基因總覽
TRBV5-6 的正式名稱為 T cell receptor beta variable 5-6,屬於 T cell receptor gene。現有資料將其定位為 T cell receptor 的 beta variable 基因;所提供的基因資訊未描述其產物的分子性質、家族細節或結構特徵,因此不據此推定蛋白質或 RNA 的具體特性。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000390375 ★ | 142,500,028–142,500,534 | 2 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
資料預測 TRBV5-6 可能參與細胞表面受體訊號傳遞,並可能是 T cell receptor complex 的一部分。這些描述屬於預測性註記,表示其可能涉及相關過程或複合體,並非此處提供了直接實驗證明。資料亦預測其可能在質膜中具有活性;此項資訊僅指出預測的活動位置,未說明位置如何影響訊號傳遞,也未提供特定條件、作用機制或下游結果。
Promoter 與基因調控
>TRBV5-6 ENST00000390375 GRCh38 chr7:142499028-142500128 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GCTTTGGTTAATGGGAAGTGGCTAATGGATAGAGGCTGAAAGAATTGGGAGGAGCAGACTAGCAAAAGTC TAGATTCCTGAAAACAGAGCATAAAGGGCAATTCTGGTGAAGGCTCAGGGGGAAATGAGGAACAAGGTAT TGAAAATCGAAGTAAATGCCATCCTTGTTGTAAGTAGCAAAAACCTTGGCAAAATTGTGTCCTGTTCTAG AACTTTATGGAATATAAAAATTATGAGCCATTTGCTAGTATATCTGCTGAAAGAAATATCTAAGAGGCAA AGCATTCAGGCTACTGTGTGACTACTTTTAGCCACCAGGAAATTTAACCCAGCAAGAAGGGAGCCATGGG AATAGATTTTGCAAACCAGCACAGATGGTGACTCTACCTCCCTCTGCTGTCCTGTCTCCCATAAGCCAAA CTCTGTGCTGTGAGCTGTTAAAGTCCAAGAATTATTTCTGGGGAATCTGTACTCTTAATAATTTACAGAC AACACAGGTCTGCTTTGGATCTGATCAGACAGACTAAATCTTGGGGACTGTACCAGTGGCCACTGAGAAA AGGGGCTCGGAATGTTGTCTTGGATAGAAAAATATAATAAGAAACATTGGTGTGAATCTAGCATCAGAAA GATGACGTGAGGACAGCAAGGAAGAGCTGGAAACTGAGGTTTACTCACAGGCTCCTCACCCTCCGCTGAT GGGCAGGTGTGTGAGCTCCAGCATGGAGCACCACAGCACTAGGTGGGAGAACGGTGATAGGGTGATGGGG CAGCCTGTGAGCTGGGGCAGTGTAGGCAGAGGAGGAACTGTATCACCACAGAAACTTCTGCCTTCACACA TCCCTCCAGCTAGGCAGGACAGGTAGAGAGTCCAGTGTCCTGGAGCACTAGACCTAAGGAAGGCTGCATG GGGAGGACAAAGGACAGTGACATCACAGGATACCCCTCCCATCAGGAAAATCAAGGCCCAGAACTCACTC GGCTCTTCCCCAGGAGAACCAAGCCCTGAATCAGATGCAGTGCTTCCTGTCCCTCTGTGCCATGGGCCCC GGGCTCCTCTGCTGGGCACTGCTTTGTCTCCTGGGAGCAGGTGAGTCCTGG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR7_538HXFB · CTCF_binding_site · 142495691–142495712 · regulatory
ENSR7_B339JT · enhancer · 142496521–142497181 · regulatory
ENSR7_538HXKW · CTCF_binding_site · 142496683–142496704 · regulatory
ENSR7_538HXLQ · CTCF_binding_site · 142496862–142496883 · regulatory
ENSR7_944K58 · enhancer · 142498449–142498722 · regulatory
ENSR7_538HZ3J · CTCF_binding_site · 142499411–142499432 · regulatory
ENSR7_86759L · enhancer · 142500437–142500658 · regulatory
ENSR7_538HZ9L · CTCF_binding_site · 142500722–142500743 · regulatory
ENSR7_538HZC3 · CTCF_binding_site · 142501031–142501052 · regulatory
ENSR7_538HZFT · CTCF_binding_site · 142501638–142501659 · regulatory
ENSR7_8675CN · enhancer · 142504039–142504226 · regulatory
ENSR7_538HZTC · CTCF_binding_site · 142504124–142504145 · regulatory
· motif · 142495693–142495709 · motif
· motif · 142496685–142496701 · motif
· motif · 142496864–142496880 · motif
· motif · 142499413–142499429 · motif
· motif · 142500724–142500740 · motif
· motif · 142501033–142501049 · motif
· motif · 142501640–142501656 · motif
· motif · 142504126–142504142 · motif
基因座與轉錄註解
TRBV5-6 依 HGNC/Ensembl 分類為 T cell receptor gene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000390375 ★ | TR_V_gene | 384 nt | 2 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
細胞內定位
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TRBV5-6 預測可能參與細胞表面受體訊號傳遞,可能是 T cell receptor complex 的一部分,也可能在質膜中具有活性。這些描述均為預測,資料未提供相關條件或實驗結果。 | 推論支持 | 證據與來源Predicted to be involved in cell surface receptor signaling pathway. Predicted to be part of T cell receptor complex. Predicted to be active in plasma membrane. · CC BY 4.0 |
DNA 與 RNA 序列
AAGCCCTGAATCAGATGCAGTGCTTCCTGTCCCTCTGTGC40CATGGGCCCCGGGCTCCTCTGCTGGGCACTGCTTTGTCTC80CTGGGAGCAGGCTTAGTGGACGCTGGAGTCACCCAAAGTC120CCACACACCTGATCAAAACGAGAGGACAGCAAGTGACTCT160GAGATGCTCTCCTAAGTCTGGGCATGACACTGTGTCCTGG200TACCAACAGGCCCTGGGTCAGGGGCCCCAGTTTATCTTTC240AGTATTATGAGGAGGAAGAGAGACAGAGAGGCAACTTCCC280TGATCGATTCTCAGGTCACCAGTTCCCTAACTATAGCTCT320GAGCTGAATGTGAACGCCTTGTTGCTGGGGGACTCGGCCC360TCTATCTCTGTGCCAGCAGCTTGG384cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。