基因總覽
TRBV5-5 的正式名稱為 T cell receptor beta variable 5-5,屬於 T cell receptor gene。現有資料將其描述為預測可能構成 T 細胞受體複合體的一部分,並預測其活性位置在細胞膜。這些資訊提供了此基因的受體相關基本定位與角色概述;資料未提供其產物的分子結構或其他結構特徵。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000390372 ★ | 142,482,548–142,483,019 | 2 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TRBV5-5 的功能資料屬於預測性描述:它可能參與細胞表面受體訊號傳遞,並可能是 T 細胞受體複合體的一部分。資料也預測其在細胞膜具有活性;這些描述指出其與膜上的受體複合體及訊號傳遞相關,但尚未提供可進一步說明分子作用方式的細節。
因此,現有資訊支持的功能範圍限於受體訊號傳遞、複合體組成與細胞膜活性等預測,未說明其具體作用機制或對其他生物學過程的影響。
Promoter 與基因調控
>TRBV5-5 ENST00000390372 GRCh38 chr7:142481548-142482648 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TTGGAAAAATTGTGTCCTGTTCTAGGACTTTCTGGAATAAAAATATTATGAGCTATTAGCTAGGATATCT ACTGAAGGAAATATCTAAGCAGCTAAGCATTCAGGCTATTGTGGACTACTTTCAGGCACCAGGAAATTTA ACCCAGCAAGAAAGGAGCCAAGGGAATAGATTTTGCAAACCAGCACAGATGGTGACACTACCTACCTCTG CTGTCCTGTCTCCAATAAGACAAACTCGCTCTGGAGTTAGAGAAAAGAGGAGCCAGTTAACATAATACAC TGGGGTCAGCTTCTGAAGGCAGGGTGGATCTGAAGGGAATAACATAAACTGTCCAGAGCACTACGTATAG GATGACCTTGAGGGTGCTGAGTCCCAAGCTGGCTAGGTCTGTGCTATGAGCTGAGAAGGCCCTAGAATTA TTTCTGGGGAATCTGAACTCTTGATAATTTACAGACAACACAGGTCTGCTTTGATTCTGATCAGATGGAC TAAATCTTGGGGACTCTGCACCGCTGGCCACTCAGGAAATGGGTTGGGAATGTTGCCTGAGACAGGAAAA TATGATAAGAAACATGGTGTGAATCTAGCATCAGAAAGATGATGTGAGGACAGCAAGGAAGAACTGCAAC TTGAGGTTTAATCACAGGCTCCTCATCCTCCCCTGATGGGCAGGTGTGTGAGCTCCAGGATGGAGTACCA CAGCACTAGGTGGGAGAAGGGTGATAGGGTGGTGGGGCTGCCTGTGAGCTGGGGCAGTGTAGGTAGAGGA GCAACTGTATCACCACAGAAGCTTCTGCCTTCACACATTCCTCCAGCTCTGCAGGACAGGTTGAGTCCAG GGTCCGTAGTGCGCTAGACTTAAGGAAGGCTGCATGGGGAGGACACAGGACAGTGACATCACAGGATACC CCTCCCATCAGGAAAATCAAGGCTCAGAACTCACTGGGTTCTTCCCCAGGAGGACCAAGCCCTGAATCAG GTGCAGTGCTGCCTGCCCCACTGTGCCATGGGCCCTGGGCTCCTCTGCTGGGTGCTGCTTTGTCTCCTGG GAGCAGGTGAGTCCTGGGCACAGGACAGCAGCCCCATTCTCAGCTTTTCCA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR7_944JW4 · enhancer · 142477272–142477571 · regulatory
ENSR7_538HSBK · CTCF_binding_site · 142477603–142477624 · regulatory
ENSR7_B339G8 · enhancer · 142478382–142479119 · regulatory
ENSR7_538HSH9 · CTCF_binding_site · 142478614–142478635 · regulatory
ENSR7_538HSJ5 · CTCF_binding_site · 142478803–142478824 · regulatory
ENSR7_8674TP · enhancer · 142481613–142481850 · regulatory
ENSR7_B339GW · enhancer · 142482932–142483636 · regulatory
ENSR7_538HTBR · CTCF_binding_site · 142483484–142483505 · regulatory
ENSR7_538HTC2 · CTCF_binding_site · 142483527–142483548 · regulatory
ENSR7_6LQFPD · CTCF_binding_site · 142484118–142484158 · regulatory
ENSR7_8674Z3 · enhancer · 142485710–142485908 · regulatory
ENSR7_538HTPH · CTCF_binding_site · 142485793–142485814 · regulatory
· motif · 142477605–142477621 · motif
· motif · 142478616–142478632 · motif
· motif · 142478805–142478821 · motif
· motif · 142483486–142483502 · motif
· motif · 142483529–142483545 · motif
· motif · 142484120–142484136 · motif
· motif · 142484139–142484155 · motif
· motif · 142485795–142485811 · motif
基因座與轉錄註解
TRBV5-5 依 HGNC/Ensembl 分類為 T cell receptor gene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000390372 ★ | TR_V_gene | 350 nt | 2 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
細胞內定位
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TRBV5-5 預測可能參與細胞表面受體訊號傳遞,可能是 T 細胞受體複合體的一部分,並預測在細胞膜具有活性;這些均為預測性描述。 | 推論支持 | 證據與來源Predicted to be involved in cell surface receptor signaling pathway. Predicted to be part of T cell receptor complex. Predicted to be active in plasma membrane. · CC BY 4.0 |
DNA 與 RNA 序列
CTGTGCCATGGGCCCTGGGCTCCTCTGCTGGGTGCTGCTT40TGTCTCCTGGGAGCAGGCCCAGTGGACGCTGGAGTCACCC80AAAGTCCCACACACCTGATCAAAACGAGAGGACAGCAAGT120GACTCTGAGATGCTCTCCTATCTCTGGGCACAAGAGTGTG160TCCTGGTACCAACAGGTCCTGGGTCAGGGGCCCCAGTTTA200TCTTTCAGTATTATGAGAAAGAAGAGAGAGGAAGAGGAAA240CTTCCCTGATCGATTCTCAGCTCGCCAGTTCCCTAACTAT280AGCTCTGAGCTGAATGTGAACGCCTTGTTGCTGGGGGACT320CGGCCCTGTATCTCTGTGCCAGCAGCTTGG350cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。