基因總覽
TRAV8-7 的正式名稱為 T cell receptor alpha variable 8-7 (pseudogene)，基因類型為 T cell receptor pseudogene。它位於 T cell receptor alpha/delta 基因座的脈絡中；該區域包含 alpha 與 delta 兩個基因座的胚系組織。這兩個基因座都具有 V（可變）、J（接合）與 C（恆定）區段，而 delta 基因座另含 D（多樣性）區段，且位於 alpha 基因座內、介於 alpha 的 V 與 J 區段之間。NCBI 摘要指出，alpha 基因座有些 V 與 J 區段無法編碼蛋白質，屬於偽基因；因此，TRAV8-7 不應被描述為已證實會產生功能性蛋白質。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000390456 ★ | 22,132,553–22,133,034 | 2 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
已知功能與來源註解
T cell receptor 的一般功能，是辨識外來抗原：抗原先被處理成小胜肽，並與主要組織相容性複合體（MHC）分子結合，再呈現在抗原呈現細胞（APC）表面。T cell receptor 通常由兩條鏈組成，可為 alpha 與 beta，或 delta 與 gamma。這些背景說明的是受體及其基因座的功能，不代表偽基因 TRAV8-7 本身已被證實能產生受體鏈。
T 細胞發育期間，相關基因座依序進行重組與表現：delta、gamma、beta，最後是 alpha。若 delta 與 gamma 的重組都產生功能性鏈，細胞便表現 delta/gamma；否則會接續重組 beta 與 alpha 基因座。delta 鏈在 DNA 層級先由 D 與 J 區段接合，再將 V 區段接至 D-J 基因；alpha 鏈則由單一 V 區段與 J 區段重組形成。兩種鏈的 C 區段之後都會在 RNA 層級透過剪接接合。
多種 V 區段與數個 J 區段的不同組合，可擴展抗原辨識範圍；末端去氧核苷酸轉移酶隨機添加核苷酸所造成的接合處多樣性，則進一步增加變化。部分 V 區段可用於 alpha 或 delta 鏈，並以 TRAV/DV 符號描述。不過，來源特別指出，alpha 基因座中有些 V 與 J 區段無法編碼蛋白質，故列為偽基因；因此，這些重組與多樣性機制應視為基因座層級的背景，不能據此推定 TRAV8-7 具有功能性蛋白質產物。
Promoter 與基因調控
>TRAV8-7 ENST00000390456 GRCh38 chr14:22131553-22132653 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GCAAAGAGAGTGGCCAAAACCAGCTAAAACCAAGATGGAGATGAAAGTGACCTCTGATTGGCCCCACTGC TCATTATACACTAATTATAATACATTTGCATGCTAAGTGAAACTCCCACCACCACCATGACAGTTTACAA ATGCCATGACAATCCCCAGAAGTTACCTTATATGGCTTAAAAGGGGAGGAACCCTCAGTTTAGGGTTCCT TTTCCAGGTAATTCATGAATTTATTTATTATTTAGAATATAATCAAAAAATAGCCATATATATAGCTAGC CAACAATCCACAAGGGCTGTAACTGCTGCTGCTATTACTCTGTCTATGGAGCAACCACTTTCCTGTACTC TGTAGCTCCAATACACTTGCCTTCACTTTGCTCTGTCAGCTCACTCATGAATTCTTTCCTGTGTGAAGCC AGGAAACCTGCTGGGCTGGTTTTGGGGATCACCTACCTCACTATCACTTACTATGACTTGGACAAATTGA ATCTTTTCTTCCATGCTTTAGTTTCCCCGTTTATAAAATGACGATGATAATAGTATTTACTTCATAGGAT TAAATAATATTATTTACTTTATAAGATTAAAATAGCTTCCTCATAAGCAGACCCCTGAAAACACTGTCAT CAGATTATTCTGCTAAGAAATTCAAACCAAGGAAATGGAGCCCAAACCCAAAAGACTCAGTGTGTTTCCA CATTTGACCTCCAGGGGGCAATGTCTCACAGACCGGAAATGTCTCTGCTAAGAAGAGTTCTGTCCTTCCT GAGCGGCTTTATCTCACAGCTCACTGAGGTGCATATTCTGAGTAGGATCAACACCAGAGTGGTTGTTGTC AAGAGAGCAGCTCTTACTAGTGGTCTCTAGGCCTTACCTAAGCAGGGAACTCTTGAATCCCAGATTTTCC TCATTATAGGGACTCACCATCCTCTGGCACATTCCTTCCCACTCAGGAGATCTTCTAGAATAGAGCTCTC AGCTTCCTCACTGCCTAGCCATGCTCTTAGTGGTCATTCTGCTGCTTGGAATGTTCTTCACACTGAGTAA GTATAATAATATTGTTTCCCTGCTCCCGTCTCCATACAAGGAACATTGTTC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR14_8MKD2 · open_chromatin_region · 22132175–22132354 · regulatory
ENSR14_577JZ7 · CTCF_binding_site · 22132256–22132277 · regulatory
· motif · 22129975–22129989 · motif
· motif · 22130052–22130066 · motif
· motif · 22132258–22132274 · motif
基因座與轉錄註解
TRAV8-7 依 HGNC／Ensembl 分類為 T cell receptor pseudogene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000390456 ★ | TR_V_gene | 341 nt | 2 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
細胞內定位
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | T cell receptor 辨識由抗原呈現細胞表面 MHC 分子呈現的外來小胜肽，受體由 alpha/beta 或 delta/gamma 鏈組成。T 細胞發育時，基因座依 delta、gamma、beta、alpha 順序重組；delta/gamma 若均形成有效鏈便表現該組合，否則接續重組 beta 與 alpha。alpha 與 delta 基因座含 V、J、C 區段，delta 另含 D 區段並位於 alpha 基因座內。delta 鏈由 D-J 再接 V 重組，alpha 鏈由 V-J 重組，C 區段則經 RNA 剪接接合。多種 V/J 組合及末端去氧核苷酸轉移酶隨機添加核苷酸可增加辨識多樣性；部分 alpha 基因座 V、J 區段無法編碼蛋白質，屬偽基因。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源T cell receptors recognize foreign antigens which have been processed as small peptides and bound to major histocompatibility complex (MHC) molecules at the surface of antigen presenting cells (APC). Each T cell receptor is a dimer consisting of one alpha and one beta chain or one delta and one gamma chain. In a single cell, the T cell receptor loci are rearranged and expressed in the order delta, gamma, beta, and alpha. If both delta and gamma rearrangements produce functional chains, the cell expresses delta and gamma. If not, the cell proceeds to rearrange the beta and alpha loci. This region represents the germline organization of the T cell receptor alpha and delta loci. Both the alpha and delta loci include V (variable), J (joining), and C (constant) segments and the delta locus also includes diversity (D) segments. The delta locus is situated within the alpha locus, between the alpha V and J segments. During T cell development, the delta chain is synthesized by a recombination event at the DNA level joining a D segment with a J segment; a V segment is then joined to the D-J gene. The alpha chain is synthesized by recombination joining a single V segment with a J segment. For both chains, the C segment is later joined by splicing at the RNA level. Recombination of many different V segments with several J segments provides a wide range of antigen recognition. Additional diversity is attained by junctional diversity, resulting from the random additional of nucleotides by terminal deoxynucleotidyltransferase. Five variable segments can be used in either alpha or delta chains and are described by TRAV/DV symbols. Several V and J segments of the alpha locus are known to be incapable of encoding a protein and are considered pseudogenes. |
DNA 與 RNA 序列
ATGCTCTTAGTGGTCATTCTGCTGCTTGGAATGTTCTTCA40CACTGAGTAAAACCCAGTCGGTGACCCAGCTTGATGGCCA80CATCACTGTCTCTGAAGAAGCCCCTCTGGAACTGAAGTGC120AACTATTCCTATAGTGGAGTTCCTTCTCTCTTCTGGTATG160TCCAATACTCTAGCCAAAGCCTCCAGCTTCTCCTCAAAGA200CCTAACAAAGGCCACCCAGGTTAAAGGCATCAGAGGTTTT240GAGGCTGAATTTAAGAAGAGCGAAACCTCCTTCTACCTGA280GGAAACCATCAACCCATGTGAGTGATGCTGCTGAGTACTT320CTGTGCTGTGGGTGACAGGAG341cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。