基因總覽
TRAV8-4（T cell receptor alpha variable 8-4）屬於 T cell receptor gene，位於 T cell receptor alpha/delta 基因區。這個基因區包含可變區段（V）、接合區段（J）與恆定區段（C）；delta 基因區另有多樣性區段（D），且位於 alpha 基因區內，介於 alpha 的 V 與 J 區段之間。TRAV/DV 符號用來描述可供 alpha 或 delta 鏈使用的五個可變區段。來源未單獨說明 TRAV8-4 是否能編碼蛋白質。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000390438 ★ | 21,894,433–21,895,030 | 2 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
T cell receptor 的功能是辨識外來抗原；抗原須先被處理成小胜肽，並與主要組織相容性複合體（MHC）分子結合，呈現在抗原呈現細胞（APC）表面。受體由 alpha 與 beta 鏈，或 delta 與 gamma 鏈組成。TRAV8-4 所屬的可變區段參與形成受體鏈的多樣性，但來源未提供此單一區段的專屬作用或其是否能編碼蛋白質的資訊。
T 細胞發育期間，受體基因區依序進行重組與表現：delta、gamma、beta，最後是 alpha。若 delta 與 gamma 的重組都產生功能性鏈，細胞便表現 delta 與 gamma；若未能如此，則轉而重組 beta 與 alpha 基因區。alpha 鏈由一個 V 區段與一個 J 區段重組形成；delta 鏈則先由 D 與 J 區段重組，再接上 V 區段。兩種鏈的 C 區段之後都會在 RNA 層級透過剪接接合。
多個 V 區段與數個 J 區段的不同組合，擴大了受體可辨識抗原的範圍；接合處也可因末端脫氧核苷酸轉移酶隨機加入核苷酸而產生額外多樣性。這些描述適用於相關基因區與受體鏈的形成過程，來源並未指出 TRAV8-4 單獨造成的辨識特性。alpha 基因區中有些 V 與 J 區段已知無法編碼蛋白質，並被視為假基因；來源未指明 TRAV8-4 是否屬於其中。
Promoter 與基因調控
>TRAV8-4 ENST00000390438 GRCh38 chr14:21893433-21894533 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TGCTGGTTGCATTCCTCCCAATTTTCTGAGTTAACACAGGTTTATTTTACTTTTCTTTTCCTAACTCTTC CCAGGATTATTTATTTGTTATATTTTCTTACACTCATCATTCCACTCAAGTTTTTCCATAGATGGGCCTC TGTTAATGTTCTTTTTAGTGTGAGATATAATTTGGCATGATGTATCAGACTGTAGGAGCTTTGACAATTG GAACATGATTCTTTTTAAACATGAAGTACCTAAGTTGTTTTTTCCTAGAGTTACAAATATCGAAGTTATT GACCTGAAACCAAGGGGCCTCTTTAACATTTTTGCTTAACAAAAAAAATTTTGCTTTATTTGTTTGCTTT GATTAATTAATTAGTGACATGTGATCCATGCTGATTTTAAGTATGAGACTCAGGTCTAGTTTGTTTATTT TTTTAAGAATCAAATAAGGAATAATCTCTTTCACCCACCGTAATGCTGACATTCAGAAACACAGGGCCAT ATGAAACTCAGCCCAGACTGAGGCAACTGATCACCTCCCTTCTCCTTGATGAATGGTTTTACAAAATAAT ATAGAGTGTCTCAATGGTATTCCAAAGTCTAGAATGTTGTCTTCTGTGACTAGTTGCTCAGTAAAGTAAA TTAGTCTTCTATTTTTACATTACTCTCATTTCTCATGTATTTAGGATTAAAACCATGTACTCTACAGAAG GTGACGTCATCACAGATTTGGGAAGAAAGAAACACTTTCTGTTGGTTTTGATACCACATTTCTCAAATGA GAAGCAAACAGTTCACTTCCTTGGATCCGTGGTTTCGCCTGTGGCCTTCAGGGGGCGACGTTGCACTAAG GAGGCATCTGTGTTCATTGCCGACCATCCTCATCCACTGAGCCTCCTCCCTGCAGCTGGCTGATGTAGCT CACTGGTGTCTGTGTAGATAGGGAGCTGTGATGAGAACAAGAGGTCAGAACACATCCAGGCTCCTTAAGA GAAAGCCTTTCTTTAACCATTTTTGAAACCCTTCAAAGGCAGAGACTTGTCCAGCCTAACCTGCCTGCTG CTCCTAGCTCCTGAGGCTCAGGGCCCTTGGCTTCTGTCCGCTCTGCTCAGG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR14_57635P · CTCF_binding_site · 21894122–21894143 · regulatory
ENSR14_9BNM6 · enhancer · 21894146–21894518 · regulatory
ENSR14_576369 · CTCF_binding_site · 21894243–21894264 · regulatory
· motif · 21894124–21894140 · motif
· motif · 21894131–21894144 · motif
· motif · 21894131–21894144 · motif
· motif · 21894245–21894261 · motif
基因座與轉錄註解
TRAV8-4 依 HGNC／Ensembl 分類為 T cell receptor gene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000390438 ★ | TR_V_gene | 469 nt | 2 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
細胞內定位
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | T 細胞受體辨識由抗原呈現細胞表面 MHC 呈現的小胜肽，並由 alpha/beta 或 delta/gamma 鏈組成。T 細胞發育時依序重組受體基因區；V、J（及 delta 鏈的 D）區段重組形成鏈，C 區段再經 RNA 剪接接合。不同區段組合與接合處核苷酸增加可擴大辨識多樣性；部分 alpha 區段是無法編碼蛋白質的假基因。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源T cell receptors recognize foreign antigens which have been processed as small peptides and bound to major histocompatibility complex (MHC) molecules at the surface of antigen presenting cells (APC). Each T cell receptor is a dimer consisting of one alpha and one beta chain or one delta and one gamma chain. In a single cell, the T cell receptor loci are rearranged and expressed in the order delta, gamma, beta, and alpha. If both delta and gamma rearrangements produce functional chains, the cell expresses delta and gamma. If not, the cell proceeds to rearrange the beta and alpha loci. This region represents the germline organization of the T cell receptor alpha and delta loci. Both the alpha and delta loci include V (variable), J (joining), and C (constant) segments and the delta locus also includes diversity (D) segments. The delta locus is situated within the alpha locus, between the alpha V and J segments. During T cell development, the delta chain is synthesized by a recombination event at the DNA level joining a D segment with a J segment; a V segment is then joined to the D-J gene. The alpha chain is synthesized by recombination joining a single V segment with a J segment. For both chains, the C segment is later joined by splicing at the RNA level. Recombination of many different V segments with several J segments provides a wide range of antigen recognition. Additional diversity is attained by junctional diversity, resulting from the random additional of nucleotides by terminal deoxynucleotidyltransferase. Five variable segments can be used in either alpha or delta chains and are described by TRAV/DV symbols. Several V and J segments of the alpha locus are known to be incapable of encoding a protein and are considered pseudogenes. |
DNA 與 RNA 序列
TTTTGAAACCCTTCAAAGGCAGAGACTTGTCCAGCCTAAC40CTGCCTGCTGCTCCTAGCTCCTGAGGCTCAGGGCCCTTGG80CTTCTGTCCGCTCTGCTCAGGGCCCTCCAGCGTGGCCACT120GCTCAGCCATGCTCCTGCTGCTCGTCCCAGTGCTCGAGGT160GATTTTTACCCTGGGAGGAACCAGAGCCCAGTCGGTGACC200CAGCTTGGCAGCCACGTCTCTGTCTCTGAAGGAGCCCTGG240TTCTGCTGAGGTGCAACTACTCATCGTCTGTTCCACCATA280TCTCTTCTGGTATGTGCAATACCCCAACCAAGGACTCCAG320CTTCTCCTGAAGTACACATCAGCGGCCACCCTGGTTAAAG360GCATCAACGGTTTTGAGGCTGAATTTAAGAAGAGTGAAAC400CTCCTTCCACCTGACGAAACCCTCAGCCCATATGAGCGAC440GCGGCTGAGTACTTCTGTGCTGTGAGTGA469cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。