基因總覽
TRAV6（T cell receptor alpha variable 6）屬於 T cell receptor gene，位於 T cell receptor alpha／delta 基因位點的可變區段。此位點包含 alpha 與 delta 兩類鏈的基因片段：兩者皆有 V（variable）、J（joining）與 C（constant）片段，delta 位點另含 D（diversity）片段；delta 位點嵌於 alpha 位點的 V 與 J 片段之間。部分 alpha 位點的 V 與 J 片段不能編碼蛋白質，因而被視為 pseudogenes。TRAV6 的來源資料將其歸屬於可用於 alpha 或 delta 鏈的五個可變片段之一，但未提供此基因是否具功能性或其產物的個別特性。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000390428 ★ | 21,768,489–21,769,080 | 2 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
T cell receptor 透過辨識抗原呈現細胞表面的 MHC 分子所結合的小型胜肽，參與對外來抗原的辨識。受體由兩條鏈組成，可為 alpha 與 beta 鏈，或 delta 與 gamma 鏈；TRAV6 所屬的可變片段可用於 alpha 或 delta 鏈，但資料未說明 TRAV6 本身在特定細胞中的使用情形。
T cell 發育期間，受體基因座依序進行重排與表現：先是 delta、gamma，接著 beta、alpha。若 delta 與 gamma 的重排都產生功能性鏈，細胞便表現 delta 與 gamma；若未能如此，則繼續重排 beta 與 alpha 位點。alpha 鏈由一個 V 片段與一個 J 片段在 DNA 層級重組形成，之後再透過 RNA 剪接接上 C 片段。相比之下，delta 鏈先由 D 與 J 片段重組，再接合 V 片段，C 片段同樣在 RNA 層級剪接加入。
多種 V 片段與數個 J 片段的不同組合，能擴大受體可辨識抗原的範圍。此外，terminal deoxynucleotidyltransferase 可隨機加入核苷酸，形成接合處多樣性，進一步增加可能的辨識變化。TRAV/DV 符號用於描述可供 alpha 或 delta 鏈使用的五個可變片段。這些資料說明可變片段所屬基因區域如何參與受體多樣性的形成；並指出 alpha 位點有若干 V 與 J 片段無法編碼蛋白質，屬於 pseudogenes。
Promoter 與基因調控
>TRAV6 ENST00000390428 GRCh38 chr14:21767489-21768589 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TTTTCTAGACCTGAATTCTCCTTCCAACTTGATTTTCTGCTACATTCTAGCCCATTCTCTCTTTCTTCTA TCTGTCCATCCATCTGTTCAGCTGTCATTGATCTCTCCATGGAATGGCATAAATGCATCTAAGGAAGTGA CTACAATACATCCATCCTGGCATTAAAAAGTAGAAAAGAAAGGATTTCTGATATATATAATCAGAGGGCT GCTGTATTTTAAAAATAATTTTAAACACCCTCTCAGAGGGTATTCTAGGGGTAAAAAACCCTTCACTCGT TTGAATTCTCGCTGAATTTAAACTGAATGTCTACTTATTATAGCCCAACAAGATAAAGAAAAAAGGCCTT TTGAAGTCAAAGCAATACTTTTTTTTCACCTGTGGGAAGGCCTATTCCCTAGATCTGGGAAAGTTTCCTA GAATTCAGCCATACATTTTCTGTGTTTTACATTATCTAGAGCACATGACATCTGCAACTGTGGCAAGAAG GACAGAGTAGTTCAACTGGGCAATGAAATGGAGAACTTGGAAAACTTGATCATTTGACCTGTATCCAGAA TTAATATTGTCAATTCCATGTTATGTACTGAGACTCAATTAGCATTCTTCTGGACTTGTTACTTACAAGT GTGGTCTGAGAACCAACTGTATCAGCATCACCAGTAAACTTGTTAAAATGTGGAATATCCAGCCCCACCT CAGACCTAATGAAACAGAATTCACAGCTTAACAAAATCCCCAGGTGATTTGCATACATAATTAAGTTTTA GAAGCCCTGACCTGGGAGCACGTTCCATTATTATAACAACTTTCTGAACACAAGAGGGCAGTATTTCCTA CCCCCTCAGAGCCTGTCTCAGATGTGAACCGAAGTTCACTGCATAGCTGGATTAGGCCAGTATGTGTAAG GGGCTGAACAGGCTTGCCATTGATTGGCTGGATAGGAAGGCCAGAACTTCCTTCTAGGGGTAGAAGAACC CCAGTAACACCTATCAAACTAAACAGAATGGCTTTTTGGCTGAGAAGCCTGGGTCTACATTTCAGGCCAC ATTTGGGGAGACGAATGGAGTCATTCCTGGGAGGTGTTTTGCTGATTTTGT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR14_9BM9P · enhancer · 21768184–21768469 · regulatory
ENSR14_5758K8 · CTCF_binding_site · 21768302–21768323 · regulatory
ENSR14_8M9MG · enhancer · 21771775–21771963 · regulatory
· motif · 21768304–21768320 · motif
基因座與轉錄註解
TRAV6 依 HGNC／Ensembl 分類為 T cell receptor gene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000390428 ★ | TR_V_gene | 404 nt | 2 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
細胞內定位
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | T cell receptor 會辨識抗原呈現細胞表面、與 MHC 分子結合的小型胜肽。受體由 alpha-beta 或 delta-gamma 鏈構成；發育時相關位點按 delta、gamma、beta、alpha 的順序重排，若 delta 與 gamma 均形成可用鏈，細胞便表現這兩條鏈，否則繼續重排 beta 與 alpha。alpha 與 delta 位點具有 V、J、C 片段，delta 位點另有 D 片段並位於 alpha 的 V、J 片段之間。不同 V、J 組合及核苷酸隨機加入所形成的接合多樣性，可擴展抗原辨識範圍；若干 alpha 位點片段則是無法編碼蛋白質的 pseudogenes。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源T cell receptors recognize foreign antigens which have been processed as small peptides and bound to major histocompatibility complex (MHC) molecules at the surface of antigen presenting cells (APC). Each T cell receptor is a dimer consisting of one alpha and one beta chain or one delta and one gamma chain. In a single cell, the T cell receptor loci are rearranged and expressed in the order delta, gamma, beta, and alpha. If both delta and gamma rearrangements produce functional chains, the cell expresses delta and gamma. If not, the cell proceeds to rearrange the beta and alpha loci. This region represents the germline organization of the T cell receptor alpha and delta loci. Both the alpha and delta loci include V (variable), J (joining), and C (constant) segments and the delta locus also includes diversity (D) segments. The delta locus is situated within the alpha locus, between the alpha V and J segments. During T cell development, the delta chain is synthesized by a recombination event at the DNA level joining a D segment with a J segment; a V segment is then joined to the D-J gene. The alpha chain is synthesized by recombination joining a single V segment with a J segment. For both chains, the C segment is later joined by splicing at the RNA level. Recombination of many different V segments with several J segments provides a wide range of antigen recognition. Additional diversity is attained by junctional diversity, resulting from the random additional of nucleotides by terminal deoxynucleotidyltransferase. Five variable segments can be used in either alpha or delta chains and are described by TRAV/DV symbols. Several V and J segments of the alpha locus are known to be incapable of encoding a protein and are considered pseudogenes. |
DNA 與 RNA 序列
AAACAGAATGGCTTTTTGGCTGAGAAGCCTGGGTCTACAT40TTCAGGCCACATTTGGGGAGACGAATGGAGTCATTCCTGG80GAGGTGTTTTGCTGATTTTGTGGCTTCAAGTGGACTGGGT120GAAGAGCCAAAAGATAGAACAGAATTCCGAGGCTCTGAAC160ATTCAGGAGGGTAAAACGGCCACCCTGACCTGCAACTATA200CAAACTATTCTCCAGCATACTTACAGTGGTACCGACAAGA240TCCAGGAAGAGGCCCTGTTTTCTTGCTACTCATACGTGAA280AATGAGAAAGAAAAAAGGAAAGAAAGACTGAAGGTCACCT320TTGATACCACCCTTAAACAGAGTTTGTTTCATATCACAGC360CTCCCAGCCTGCAGACTCAGCTACCTACCTCTGTGCTCTA400GACA404cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。