基因總覽
TRAV39 的正式名稱為 T cell receptor alpha variable 39，屬於 T cell receptor gene。來源將 TRAV/DV 類可用的可變片段納入 T cell receptor alpha 與 delta 基因座的生殖系排列描述；其中 alpha 基因座包含可變片段、 joining 片段及 constant 片段。來源未指出 TRAV39 個別片段是否能編碼蛋白質，因此不能據此判定其產物。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000390466 ★ | 22,304,054–22,304,553 | 2 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
T cell receptor 能辨識外來抗原，但其辨識對象不是未處理的抗原：抗原須先成為小型胜肽，並與 major histocompatibility complex（MHC）分子結合，呈現在抗原呈現細胞表面。受體由 alpha 與 beta 鏈，或 delta 與 gamma 鏈組成；來源描述的是 T cell receptor 基因座與鏈的生成方式，並未提供 TRAV39 單一片段的專屬功能證據。
T 細胞發育期間，相關基因座依序進行重組與表現。若 delta 與 gamma 重組都產生功能性鏈，細胞便表現 delta 與 gamma；若未能如此，則繼續重組 beta 與 alpha 基因座。alpha 鏈由一個可變片段與一個 joining 片段重組形成，之後 constant 片段再經 RNA 剪接接合。delta 鏈則先由 diversity 與 joining 片段在 DNA 層級重組，再接上可變片段；其 constant 片段同樣於 RNA 層級接合。
多種可變片段與數個 joining 片段的不同組合，能擴大抗原辨識範圍；末端脫氧核苷酸轉移酶隨機添加核苷酸，則可進一步增加接合處多樣性。來源指出有五個可變片段可用於 alpha 或 delta 鏈，並以 TRAV/DV 符號描述；但 alpha 基因座中的部分可變及 joining 片段已知無法編碼蛋白質，屬於假基因。因此，不能僅依 TRAV39 名稱推定該片段可產生功能性蛋白質。
Promoter 與基因調控
>TRAV39 ENST00000390466 GRCh38 chr14:22303054-22304154 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TCCTAAAGAAATAAAAGCCTTCCTTCCCTCCCACTCTCCCTCCATCAATGGTCCACAGAGTTGAGAGAAC ACAACTGTGGTAGGCATCTACCATTTTGTTCACTTAGAATGGCAACTCATTCCTGGTAAAATATAAATTC TAACCATGTGTTATGAATGGAGACTGCTATCTTACTTATGAATGGGCTGATGAATCCACCCAGAGGTGGA TGCCTGACCCAGCTGAACCAATCATGTTATGTATACACCACTCTAGTCACAAATTGCCCCCCTGGATGGG AACCTGGCTCAGACTGAAGCAATCAAAGCCTTACCTCAATATTTTTAAATCTGGGATCAGAAAGGATCCT CAGTATTTCTTTGGTGGCTACACTGTGAGATGAATCCCAACCAAAAAATGTTTACAATCATGCCTCCTGC TTTGTGGTGGAATCTGGTCTGAGGAATGAAACTAAGACACGAATGAAAGGAAAAGTCTTAAAGGATTAAG TTCCCTGGCACCCTGGATGCCTGAAGTCCAGATACACTTCTGCTCTTGCCAAGGTTATTGGAGTCAGTGC ATTTCTCTTCTTGCCTAAGCACATTTGAGTTACATTTCTGTCACTTGTAACATCAATGAGACGTTAAAGA GTTAATTCACTAGGAAATTTTTAGGAACACCTTGCTGGCTTACAAGAAGCATCAATTCTACGAATTACTT TCTCAGGAATTTCTCTAAATATCCTGAAGAGGGCACTGTTTCCATTCATAACTTCTGTCCAAACCCACCC CCATTCTTTTGTTTTTTTTTAATTTTTCTTTTTATTTCTTTTTTTTCTTTTTCTTTTTTTTTTATGAAAG GGAGGGACTGAGTAAATTGCAGGATGTGATTCTAATTGGTTGGAACATCTTTTGAAATCGTGTTTCTGTA GAGAAAGAAAAACTACCATATTTGGATAGCCCTGGCCAACTTTCAAGGCTCCTAAATCTGAGTTTTCAGT GAACTGGACAGAAAAAAAAAATGAAGAAGCTACTAGCAATGATTCTGTGGCTTCAACTAGACCGTGAGCT GGGGGTTCATTGAAAAGGGAGCCATGGGAGGAAAGGAATTGTCCATACAAT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR14_9BT2M · enhancer · 22303660–22303952 · regulatory
ENSR14_578MD8 · CTCF_binding_site · 22303772–22303793 · regulatory
ENSR14_578MHP · CTCF_binding_site · 22304524–22304545 · regulatory
· motif · 22303547–22303569 · motif
· motif · 22303547–22303569 · motif
· motif · 22303774–22303790 · motif
· motif · 22304526–22304542 · motif
基因座與轉錄註解
TRAV39 依 HGNC／Ensembl 分類為 T cell receptor gene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000390466 ★ | TR_V_gene | 331 nt | 2 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
細胞內定位
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | T cell receptor 辨識抗原呈現細胞表面由 MHC 呈現的小型外來胜肽，受體由 alpha/beta 或 delta/gamma 鏈組成。T 細胞發育時，相關基因座依序重組；鏈的形成涉及可變、joining、constant 片段，delta 鏈另有 diversity 片段。不同片段組合及核苷酸隨機添加增加辨識多樣性；部分 alpha 基因座片段是無法編碼蛋白質的假基因。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源T cell receptors recognize foreign antigens which have been processed as small peptides and bound to major histocompatibility complex (MHC) molecules at the surface of antigen presenting cells (APC). Each T cell receptor is a dimer consisting of one alpha and one beta chain or one delta and one gamma chain. In a single cell, the T cell receptor loci are rearranged and expressed in the order delta, gamma, beta, and alpha. If both delta and gamma rearrangements produce functional chains, the cell expresses delta and gamma. If not, the cell proceeds to rearrange the beta and alpha loci. This region represents the germline organization of the T cell receptor alpha and delta loci. Both the alpha and delta loci include V (variable), J (joining), and C (constant) segments and the delta locus also includes diversity (D) segments. The delta locus is situated within the alpha locus, between the alpha V and J segments. During T cell development, the delta chain is synthesized by a recombination event at the DNA level joining a D segment with a J segment; a V segment is then joined to the D-J gene. The alpha chain is synthesized by recombination joining a single V segment with a J segment. For both chains, the C segment is later joined by splicing at the RNA level. Recombination of many different V segments with several J segments provides a wide range of antigen recognition. Additional diversity is attained by junctional diversity, resulting from the random additional of nucleotides by terminal deoxynucleotidyltransferase. Five variable segments can be used in either alpha or delta chains and are described by TRAV/DV symbols. Several V and J segments of the alpha locus are known to be incapable of encoding a protein and are considered pseudogenes. |
DNA 與 RNA 序列
ATGAAGAAGCTACTAGCAATGATTCTGTGGCTTCAACTAG40ACCGGTTAAGTGGAGAGCTGAAAGTGGAACAAAACCCTCT80GTTCCTGAGCATGCAGGAGGGAAAAAACTATACCATCTAC120TGCAATTATTCAACCACTTCAGACAGACTGTATTGGTACA160GGCAGGATCCTGGGAAAAGTCTGGAATCTCTGTTTGTGTT200GCTATCAAATGGAGCAGTGAAGCAGGAGGGACGATTAATG240GCCTCACTTGATACCAAAGCCCGTCTCAGCACCCTCCACA280TCACAGCTGCCGTGCATGACCTCTCTGCCACCTACTTCTG320TGCCGTGGACA331cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。