基因總覽
TRAV31 的正式名稱為 T cell receptor alpha variable 31 (pseudogene)，屬於 T cell receptor pseudogene。它位於 T cell receptor alpha/delta 基因座相關的基因區域；此基因座包含 V（variable）、J（joining）與 C（constant）片段，delta 基因座另有 D（diversity）片段，且位於 alpha 基因座內、介於 alpha 的 V 與 J 片段之間。TRAV31 的基因分類為假基因，因此不應將它描述為產生功能性蛋白質的基因。來源未提供其轉錄產物、蛋白質結構或特定片段位置等更多資訊。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000502780 ★ | 22,177,273–22,177,864 | 2 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
已知功能與來源註解
T cell receptors 的一般作用是辨識外來抗原：抗原先被處理為小胜肽，並與主要組織相容性複合體（MHC）分子結合，再由抗原呈現細胞（APC）表面呈現。受體由兩條鏈組成，可能是 alpha 與 beta 鏈，或 delta 與 gamma 鏈。這些是 T cell receptor 的整體背景資訊，來源沒有指出 TRAV31 本身能形成受體鏈或直接參與抗原辨識。
T 細胞發育期間，T cell receptor 基因座依序進行重組與表現：先是 delta、gamma，接著是 beta、alpha。若 delta 與 gamma 的重組都產生功能性鏈，細胞便表現 delta/gamma 受體；若未能如此，則轉而重組 beta 與 alpha 基因座。alpha 基因座中的 V 與 J 片段可經 DNA 層級重組接合，形成 alpha 鏈；delta 鏈則先由 D 與 J 片段接合，再將 V 片段接至 D-J 基因。兩種鏈的 C 片段之後均透過 RNA 層級的剪接接合。
不同 V 片段與多個 J 片段的組合，以及 terminal deoxynucleotidyltransferase 隨機加入核苷酸所造成的接合處多樣性，可擴大受體辨識抗原的範圍。部分 alpha 基因座的 V 或 J 片段無法編碼蛋白質，屬於假基因；TRAV31 的分類亦為 T cell receptor pseudogene。來源未提供證據指出 TRAV31 可編碼功能性受體鏈，或說明它對受體多樣性有何直接貢獻。
Promoter 與基因調控
>TRAV31 ENST00000502780 GRCh38 chr14:22176273-22177373 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CAGATCCCTCTGAATAGATTAATGCTCTGGAGTGGAGAGAATGAATAAGTTCTCACTCTGTTAGTTCCCA AGAGAACTGGTTGTTGAAAAGAGCCTCGTATGTCCCCCTCTCTATTGCTTCCTCTCTCACTTTGTGATCT CTGCAAACAACAGCTCCCCTTTGCCTTCCACCATGAGTGGAAGGAGCCGGAGGCCCTCACCAGAAGCAGA TGCTGGTGCCATTCTTCTTGTATACTCTACAAAATCATGAGCCAAATAAATTTATTTTCTTTATAAATTA CCCAGTCTCAGTATTCCTTTATAGTAACATAAAATGGACTACGATGATGGGAAATAATATTTTATCAATG GAAGTGATCTTCTATTATAACTGAGCCAAGAGAAATAAAATTGAATAGAATGGAAGTTTTCTTTTGTCTT AACAAAGTTACCAAAATCACACATTGGGAGGATAAGCAGAAGTCTAAGATAATCAGAAAACAGAGTAGAC TGCAAAAGAATTGTTTGAAATCATCAATTAAGATGGAAAGGAGGCAGGGAAAACATCATAGTTTCTAGTA TCACCCTGAAATTTTGTGTGTAACAATATATGTATGTCTATCTACATCCAAGGATACAAAACCACATCTG TATTTTAAAGTAAAATATATTTTCTTCACTCAAAAAAATATATAGGTATCTTTTTAATCTCAGTCTAAAT CTGGGAATAAAATTTTGTGGCCCCAAAATGTCTGGAGAATAACTAAGCAAACTTTGCTAGGGAAAGAGCT GTCTTAAACACATCTAGTGGCTCAATTTAGTCTGTGCAAGTATGAGCAGGATATGATTTAACAACTTGTC CCTGCCCCTGCCTTCCCCACTGTACCACTTTCTTTCCTATTCTGAGACAGATGCATTGCTCACCTCCAAT AATTCTAGGTGGAGCTTTATACAAAACTGAATAAAGTAGGTCTCAGGCTCTGAGCAGGCAGTTTTTTTTC CTAGAAATAGAGGTGCCAACATGACTGTTGGCAGCATATTACGGGCACTCATGGCCTCTGCCTTCCTTGG TAAGGACAGTAGCTGATAGGCTGAGGACAGTCTAGGACTGGGAGAAGACAG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
基因座與轉錄註解
TRAV31 依 HGNC／Ensembl 分類為 T cell receptor pseudogene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000502780 ★ | TR_V_pseudogene | 342 nt | 2 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
細胞內定位
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | T cell receptors 可辨識由抗原呈現細胞表面 MHC 呈現的小胜肽，受體由 alpha/beta 或 delta/gamma 鏈組成。T 細胞發育時基因座依序重組；alpha、delta 鏈由不同 V、J 與 D 片段組合，並經 RNA 剪接接上 C 片段。多種片段組合及核苷酸隨機加入增加抗原辨識多樣性；部分 alpha 基因座片段不能編碼蛋白質，屬假基因。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源T cell receptors recognize foreign antigens which have been processed as small peptides and bound to major histocompatibility complex (MHC) molecules at the surface of antigen presenting cells (APC). Each T cell receptor is a dimer consisting of one alpha and one beta chain or one delta and one gamma chain. In a single cell, the T cell receptor loci are rearranged and expressed in the order delta, gamma, beta, and alpha. If both delta and gamma rearrangements produce functional chains, the cell expresses delta and gamma. If not, the cell proceeds to rearrange the beta and alpha loci. This region represents the germline organization of the T cell receptor alpha and delta loci. Both the alpha and delta loci include V (variable), J (joining), and C (constant) segments and the delta locus also includes diversity (D) segments. The delta locus is situated within the alpha locus, between the alpha V and J segments. During T cell development, the delta chain is synthesized by a recombination event at the DNA level joining a D segment with a J segment; a V segment is then joined to the D-J gene. The alpha chain is synthesized by recombination joining a single V segment with a J segment. For both chains, the C segment is later joined by splicing at the RNA level. Recombination of many different V segments with several J segments provides a wide range of antigen recognition. Additional diversity is attained by junctional diversity, resulting from the random additional of nucleotides by terminal deoxynucleotidyltransferase. Five variable segments can be used in either alpha or delta chains and are described by TRAV/DV symbols. Several V and J segments of the alpha locus are known to be incapable of encoding a protein and are considered pseudogenes. |
DNA 與 RNA 序列
ATGACTGTTGGCAGCATATTACGGGCACTCATGGCCTCTG40CCTTCCTTGCATGTCACAGAGGGTCATTCAATCCCAACCA80GCAATATCTACGCAGGAGGGTGAGACCGTGAAACTGGACT120GTGCATACAAAACTAATATTGTATATTACATATTGTATTG160GTACAAAAGGTCTCCCAATGGGAAGATTATTTTCCTCATT200TATCAGCAAACAGATGCAGAAACCAATGCGACACAGGGTC240AATATTCTGTGAGCTTCCAGAAAGCAACTAAAACTATTCA280GCTTATCATATCATCATCACAGCCAGAAGACCTGCAACAT320ATTTTTGTTGTCTCAAAGAGCC342cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。