基因總覽
TRAV28 的正式名稱為 T cell receptor alpha variable 28 (pseudogene)，屬於 T cell receptor pseudogene，位於人類第 14 號染色體的 14q11.2。此基因名稱指向 T cell receptor alpha locus 的可變區段；來源將部分 alpha locus 的 V 與 J segments 列為無法編碼蛋白質的假基因。TRAV28 因此應以假基因身分理解，不應描述為具有已知蛋白質產物。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000557548 ★ | 22,155,079–22,155,638 | 2 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
已知功能與來源註解
現有資料描述的是 T cell receptor alpha 與 delta loci 的整體組織及重組方式，並未提供 TRAV28 本身參與重組或產生功能性受體鏈的證據。資料指出，alpha locus 中有些 V 與 J segments 無法編碼蛋白質，並歸類為假基因；因此不能將此處所述的受體功能直接歸於 TRAV28。
Promoter 與基因調控
>TRAV28 ENST00000557548 GRCh38 chr14:22154079-22155179 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter AGCATCCCTCATCTCTGCCTACTAGATGCCAGTAAGATTCTCACCTGTGGCAAACACAAATGTCTCCAGA CACTGTCAAATGTCCCTGGAGGCAAATAGCCCCTGGTTGAAAACCAATGGTCTATATGTCTACATATTGA ATGTTGAATTGATAGAGCAGGAAAAACTTTTAGAAGGTATATATATGTGTATATATATATTTAGTATATA TATGTATATATATTTATTATATATGTATATATTTATTATATATGTGTATATATATTTATTATATATGTGT ATATATATTTATTATATATGTGTATATATATTTATTATATATGTGTATATATATTTTTATTACTTATATA TTCATATACACAAAATGAGGATGTTAACATTTTTCTACTATTATAACACATTTTTATTCCTATGGTGGTC ATACGTCCTAAGTTGCTATTATTTCATTTGGCTTTAATAAATTAAATAAGATAATTTCAATGTAAAAACG GGAATTGTAATATATATATATAAACATATGTATTTTATATATAAATATATATAACTTTTTATACAATTCA TTCACAATGCAAAAAATTTTTCAGTCTGATCACGTTCCAGATTTCACCTTGGTCAATATCTTTTATCTCT GACTCCTCAAAGACATATAGACTGTTTCTCTATTCTTTCTCTAAGCTACTGTGTTCCTGTTCTTCCCCAA AATGATTCTTAAACCCTAAAAAGATGACCCCTCCATTACCCCCCACCCACACACAAACACACACAAGGAC TCACGCATACGCACCACAGTGTGCAGAAGGTGAACTAAACCACAGGTAGGTGGAGTTTTCCACTAGGAAG CTGAGGGGCAACTCCCGGGAGCTGCTGCCGCTGAATCTGTCTCATGAAATTTCTCAGCCATGGGAACAAA ATTAGTTCCAAATTCAAGATATGATACTTACCAATATTTAAAGAGAATAGATATCAAGGTGTGCCCCTGT AGCAAAAAAAGTAAAGAATCATGAAGGCATTAATAGGAATCTTGCTGGGCTTCCTGTGGATACAGATTTG CTGTGAGTTAAGGACAGCCCAGAGGAAACCTGGAGGAGTATCACAACTGAA
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR14_9BRGS · enhancer · 22159074–22159476 · regulatory
ENSR14_8MKZ6 · enhancer · 22160050–22160236 · regulatory
基因座與轉錄註解
TRAV28 依 HGNC／Ensembl 分類為 T cell receptor pseudogene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000557548 ★ | TR_V_pseudogene | 323 nt | 2 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
細胞內定位
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | T cell receptors 可辨識抗原呈現細胞表面、與 MHC 分子結合的小胜肽；受體由 alpha-beta 或 delta-gamma 鏈組成。T 細胞發育期間，alpha 與 delta 鏈透過不同區段的 DNA 重組形成，之後以 RNA 剪接接上 C segment；多種 V、J 組合及接合處新增核苷酸可增加抗原辨識多樣性。部分 alpha locus 區段無法編碼蛋白質，屬於假基因。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源T cell receptors recognize foreign antigens which have been processed as small peptides and bound to major histocompatibility complex (MHC) molecules at the surface of antigen presenting cells (APC). Each T cell receptor is a dimer consisting of one alpha and one beta chain or one delta and one gamma chain. In a single cell, the T cell receptor loci are rearranged and expressed in the order delta, gamma, beta, and alpha. If both delta and gamma rearrangements produce functional chains, the cell expresses delta and gamma. If not, the cell proceeds to rearrange the beta and alpha loci. This region represents the germline organization of the T cell receptor alpha and delta loci. Both the alpha and delta loci include V (variable), J (joining), and C (constant) segments and the delta locus also includes diversity (D) segments. The delta locus is situated within the alpha locus, between the alpha V and J segments. During T cell development, the delta chain is synthesized by a recombination event at the DNA level joining a D segment with a J segment; a V segment is then joined to the D-J gene. The alpha chain is synthesized by recombination joining a single V segment with a J segment. For both chains, the C segment is later joined by splicing at the RNA level. Recombination of many different V segments with several J segments provides a wide range of antigen recognition. Additional diversity is attained by junctional diversity, resulting from the random additional of nucleotides by terminal deoxynucleotidyltransferase. Five variable segments can be used in either alpha or delta chains and are described by TRAV/DV symbols. Several V and J segments of the alpha locus are known to be incapable of encoding a protein and are considered pseudogenes. |
DNA 與 RNA 序列
ATGAAGGCATTAATAGGAATCTTGCTGGGCTTCCTGTGGA40TACAGATTTGCTCGCAAATGAAAGTGGAGCAGAGTCCTCA80CGTCCTGATCCTCCAAGAGGGAAGAAATTCATTCCTGGTG120TGCAGTTGTTCTATTTACATGATCCGTGTGCAGTGGTTTC160ATCAAAAGCCTGGAGGACCCCTCATGTCCTTATTTAACAT200TAATTCAGGAATACAGCAAAAAAGAAGACTAAAATCCGCA240GTCAAAGCTGAGGAACTTTATGGCCACCTATACATCAGAT280TCCCAGCCTGAGGACTCAGCTATTTACTTCTGTGCTGTGG320GGA323cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。