基因總覽
TRAV14DV4 的正式名稱為 T cell receptor alpha variable 14/delta variable 4，屬於 T cell receptor gene。它位於 T 細胞受體 alpha 與 delta 基因座的胚系組織中，屬於可變區片段；這類 TRAV/DV 片段可用於 alpha 鏈或 delta 鏈。alpha 與 delta 基因座包含 V（可變）、J（接合）及 C（恆定）片段，delta 基因座另含 D（多樣性）片段，且位於 alpha 基因座內、介於 alpha 的 V 與 J 片段之間。來源未提供 TRAV14DV4 所編碼產物的個別結構或蛋白質特性。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000390440 ★ | 21,924,063–21,924,651 | 2 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TRAV14DV4 所屬的可變區片段可用於組成 T 細胞受體的 alpha 鏈或 delta 鏈。T 細胞受體通常由 alpha 與 beta 鏈，或 delta 與 gamma 鏈形成二聚體；受體辨識的對象是經處理成小胜肽、並結合於抗原呈現細胞表面主要組織相容性複合體（MHC）分子的外來抗原。因此，可變區片段的重組選擇有助於形成不同的抗原辨識範圍。
T 細胞發育期間，受體基因座依 delta、gamma、beta、alpha 的順序進行重排與表現。若 delta 與 gamma 的重排都產生功能性鏈，細胞便表現 delta-gamma 受體；若未能如此，則接續重排 beta 與 alpha 基因座。delta 鏈由 DNA 層級的重組形成，先將 D 片段與 J 片段接合，再將 V 片段接至 D-J 基因；alpha 鏈則由單一 V 片段與 J 片段重組而成。兩種鏈的 C 片段之後都會透過 RNA 層級的剪接接合。
多種 V 片段與數個 J 片段的不同組合，提供廣泛的受體組成可能性；接合處的多樣性則進一步增加變化，來源描述其形成涉及 terminal deoxynucleotidyltransferase 隨機加入核苷酸。五個可變片段可供 alpha 或 delta 鏈使用，並以 TRAV/DV 符號表示。這些機制共同擴展受體辨識抗原的範圍；不過，來源也指出 alpha 基因座中有若干 V 與 J 片段不能編碼蛋白質，因而被視為假基因。
Promoter 與基因調控
>TRAV14DV4 ENST00000390440 GRCh38 chr14:21923063-21924163 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter AAGATCTGAAGACGCTTCAACCAATTTTGACAAGGCTAAGATAAGCTATTTTAAGACAAGAGCGATAAGC TATGGCTACTATATTAATAAATAAATTATGGTAGGCAAGGCAATGACCTGAGTTGTTTGCAGTGTTGTTG AGTAGTATCACTAGGGCATGGTCTTTAATGTTTACACAGAAAGAAAATTTGTCACAATCGGTGATCCTGT AATCAGTTGTCCTGTATATGGGATCGTCCAGAACACATTCTCTTCAGAGCGGGGCATACAGAACGGCGTG GCTTGCTGGGGCTTATTTGGAGTCTGAATTGAAGTCATGGAAAAAATATAAATTCGAAGGTTTGATAACC TAATAACCAAACTCTGTAATCTAATATGATCTGTATGAACAGAGCTGGCTGTTGAAACTGAATAGAAAAG AGAATGGGACCTTTAAAACACAACTTGATATCTGAGGGGTTAATTCTAAACTCTTCGTCAAAGAGAGATT CGTTTTTCTGCTGTTTGGCCCCAAGATTGGCAACTGGATAGGCATTGGAATTGAGGAGGAATACTGTTAT ATCAATAGATAAGTCAAAAGATCTGCAGAGATTTGTACAAACCTTCTTATCATAACATGATGTATTTGTA CTTTAGGAGAAACAACAACATACATAGATGTGAGGCTAGAGGATTATTGTATCTTACATTGTCTGTATAA TTCATTACAGGTATCAAATATGTGTCAATCTCCCAGTTCCATCACAGGTGCAATGATAAAATACAGTAGT TGGTCAAATGATCATTTTTCCTCTCAATGTGACCATGTTTATTTTCAGATTTGTTAACAAATTAAGAGTT GGTTGATCCAAAAGAAAGTCTGCATTGGGTGAGCTTCTCAGCCAGTACATAGAGAAGTGTGAGATGACAC ACACTAGTTTGCTATACCAGGAAACCTCTGTTTCCTGTTCTAGGGCAGCAGTAGCAGCAGCACATGGCCC AGTAATTCTTCTCTCACCATGCCAGGTTCACTTCACAGTACAGAGTCCTGAAAATAAAGAAGAAAATTTT TTTTTATCTAGAAAAAGAACCAAACATGTCACTTTCTAGCCTGCTGAAGGT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR14_C46PX · enhancer · 21923707–21924903 · regulatory
ENSR14_5768DB · CTCF_binding_site · 21924706–21924727 · regulatory
· motif · 21924708–21924724 · motif
基因座與轉錄註解
TRAV14DV4 依 HGNC／Ensembl 分類為 T cell receptor gene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000390440 ★ | TR_V_gene | 425 nt | 2 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
細胞內定位
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | T 細胞受體辨識經處理成小胜肽並結合於抗原呈現細胞表面 MHC 分子的外來抗原。受體由 alpha-beta 或 delta-gamma 鏈組成；發育時依 delta、gamma、beta、alpha 順序重排，若 delta 與 gamma 均形成有效鏈便表現該組合，否則接續重排 beta 與 alpha。alpha 與 delta 基因座含 V、J、C 片段，delta 另含 D 片段且位於 alpha 基因座內。delta 鏈先由 D-J、再接 V 重組形成，alpha 鏈由 V-J 重組形成，兩者的 C 片段再經 RNA 剪接接合。不同 V、J 組合及 terminal deoxynucleotidyltransferase 隨機加入核苷酸所造成的接合多樣性，擴大抗原辨識範圍；部分 alpha 位點 V、J 片段不能編碼蛋白質，屬於假基因。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源T cell receptors recognize foreign antigens which have been processed as small peptides and bound to major histocompatibility complex (MHC) molecules at the surface of antigen presenting cells (APC). Each T cell receptor is a dimer consisting of one alpha and one beta chain or one delta and one gamma chain. In a single cell, the T cell receptor loci are rearranged and expressed in the order delta, gamma, beta, and alpha. If both delta and gamma rearrangements produce functional chains, the cell expresses delta and gamma. If not, the cell proceeds to rearrange the beta and alpha loci. This region represents the germline organization of the T cell receptor alpha and delta loci. Both the alpha and delta loci include V (variable), J (joining), and C (constant) segments and the delta locus also includes diversity (D) segments. The delta locus is situated within the alpha locus, between the alpha V and J segments. During T cell development, the delta chain is synthesized by a recombination event at the DNA level joining a D segment with a J segment; a V segment is then joined to the D-J gene. The alpha chain is synthesized by recombination joining a single V segment with a J segment. For both chains, the C segment is later joined by splicing at the RNA level. Recombination of many different V segments with several J segments provides a wide range of antigen recognition. Additional diversity is attained by junctional diversity, resulting from the random additional of nucleotides by terminal deoxynucleotidyltransferase. Five variable segments can be used in either alpha or delta chains and are described by TRAV/DV symbols. Several V and J segments of the alpha locus are known to be incapable of encoding a protein and are considered pseudogenes. |
DNA 與 RNA 序列
GCCAGGTTCACTTCACAGTACAGAGTCCTGAAAATAAAGA40AGAAAATTTTTTTTTATCTAGAAAAAGAACCAAACATGTC80ACTTTCTAGCCTGCTGAAGGTGGTCACAGCTTCACTGTGG120CTAGGACCTGGCATTGCCCAGAAGATAACTCAAACCCAAC160CAGGAATGTTCGTGCAGGAAAAGGAGGCTGTGACTCTGGA200CTGCACATATGACACCAGTGATCCAAGTTATGGTCTATTC240TGGTACAAGCAGCCCAGCAGTGGGGAAATGATTTTTCTTA280TTTATCAGGGGTCTTATGACCAGCAAAATGCAACAGAAGG320TCGCTACTCATTGAATTTCCAGAAGGCAAGAAAATCCGCC360AACCTTGTCATCTCCGCTTCACAACTGGGGGACTCAGCAA400TGTACTTCTGTGCAATGAGAGAGGG425cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。