基因總覽
TRAK2 的正式名稱為 trafficking kinesin protein 2,是一種蛋白質編碼基因,其產物屬於 milton family。現有資料指出,TRAK2 可能參與膜貨物的胞內運輸調節;其中列出的貨物包括 EGFR。此功能描述採用「可能調節」的表述,並未將其作用寫成已確立的結果。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000332624 ★ | 201,377,207–201,451,458 | 16 |
| ENST00000861746 | 201,377,207–201,451,603 | 16 |
| ENST00000861747 | 201,377,207–201,453,449 | 16 |
| ENST00000861748 | 201,377,207–201,451,596 | 15 |
| ENST00000861749 | 201,377,207–201,451,596 | 17 |
| ENST00000861750 | 201,377,207–201,451,596 | 16 |
| ENST00000861751 | 201,377,207–201,451,596 | 16 |
| ENST00000861752 | 201,377,207–201,451,596 | 16 |
| ENST00000861753 | 201,377,207–201,451,498 | 16 |
| ENST00000972035 | 201,377,207–201,451,596 | 16 |
| ENST00000972036 | 201,377,207–201,451,596 | 15 |
| ENST00000972037 | 201,377,207–201,451,596 | 16 |
顯示 12/21 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TRAK2 可能調節膜貨物由胞內體運往溶酶體的運輸過程。這項描述涵蓋細胞內膜貨物的運送路徑,但來源將其界定為可能具有調節作用,並未提供足以進一步說明調節方向、作用步驟或分子機制的資訊。
來源列出的相關貨物包括 EGFR,表示此受體也在所述可能受調節的膜貨物範圍內。不過,資料沒有說明 TRAK2 如何影響 EGFR 的運送,也未指出這種調節對受體的細胞內命運或其他生物學過程造成何種結果。因此,較適合將其功能概括為可能參與胞內體至溶酶體的膜貨物運輸調控,而不延伸推論其具體效應。
Promoter 與基因調控
>TRAK2 ENST00000332624 GRCh38 chr2:201451358-201452458 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GGGAAAAACACAGCGTTGAATTGAAAAACCGAAGACAAAACGACACTCGAGTATTTAATTTTGTAAAAGG TTCCTTCCTAGTCCTGCTATGGGGGACTTTGCAGCGAACTTGCAGAAGGCGGCAGATAGAGCTGGGGTCT GAGGGTGTCTTCGATATGGCAACTCCCCAAGCCCGAGAGCGCGGCCAAAGGTGAGGGGTGCGGGGAGAGG GCGCCCGGGCGGCCTGGGCCCCGCGCACCTGGCACGGCCGGCACGGCCAACCCGGCAGGCACCACTGGGC GGGCTGCGAACCCGCGGCCCGGGCCCCGCTGAGCCCGAGCTGCACTGGCGCAGTGGCTGCTCGCCACCTC GGGCCGCATTCTTGCCACGGCTCCCGCCAGCCGCCGGTGCTCGGGCTGGAGGTGGGCTAGCGCGTTCTGG CCTCTGGCTTCCCGGGCGTGCGCGGACCAAGGCTCACTCCCTCACACGTCCCCCACCGGCCCCGACACCT TCCCTTCCCGGGCCTGCCTCCCGTCTTTACCCTAGCGGCGACCACGGCCAGCGACTCTCTTCAGGCTGCC AGCGGTGCGGACAGGGGCGGGCGCCAGAGCCCTGCTCGCGGAGGGGCGAGGCGAGCGCTCTAGGCCCGCT CCCGGCGCGGGGCGCGGGAGGGCGGCGAGGCCGCGACCGGGGCCGTGGGCTTGGAACTCTGCACCAGTCC CAGGCTACCCGCTGGGAACGCATTCGCCCCACCCGCGCCGGGGTCGCGGCCCCGCCTCCCTCCCCGGGGC TGGGCAGCGAGAAGGCGGGGCCTTCGAGCTTGAGGCGGGGCGGGCAGGAAACTACAATTCCCAGCAGGTC TTGCGCTGGGGCCGTGGAGGCCGCTGGGAGAGTGGCTCTCCTTTGGCTTCCCCAATTGTGTGGGGGCTGC CATTGACCCGGTGTCGCCGCAGAACCGAGGTCGCCGAGTGATGATGTTGTGAAGTCGCCCGCCTGTCCCT GCCACGCCCGGGCGGTTGCTGGCAGTGGGAGCAGCGGCAGCAGCTTCGGCTGCTGCTTTCAGGCTGCCGC TGCATTAGGGGCTTCCTGAGGAAGCGCGGGCGGACGACAGAGGATGCCGAA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TRAK2_1 ↗ | 2:201,451,455 | 負股 | 201,451,445–201,451,504 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR2_94XXTL · enhancer · 201448765–201449111 · regulatory
ENSR2_B3GZG5 · enhancer · 201450836–201451447 · regulatory
ENSR2_94XXWD · promoter · 201451448–201451806 · regulatory
ENSR2_B3GZGB · enhancer · 201451807–201452819 · regulatory
· motif · 201448619–201448632 · motif
· motif · 201450987–201450997 · motif
· motif · 201451189–201451206 · motif
· motif · 201451245–201451257 · motif
· motif · 201451250–201451261 · motif
· motif · 201451706–201451719 · motif
· motif · 201451706–201451719 · motif
· motif · 201452216–201452225 · motif
· motif · 201452265–201452278 · motif
· motif · 201452312–201452327 · motif
· motif · 201452575–201452583 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:914 aa
TRAK2 蛋白長 914 個胺基酸,屬於 milton family。其 HAP1 N-terminal domain 位於第 48–353 個胺基酸;第 359–509 個胺基酸區域標註為與 HGS 互作。第 1–30、447–482 及 765–787 個胺基酸區段則被註記為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TRAK2 位於細胞質、早期胞內體及粒線體。 資料指出,TRAK2 與 MGARP 在粒線體共定位,並可能以依賴 MGARP 的方式由細胞質轉移至粒線體;此轉位描述標示為 By similarity。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
TRAK2 與 GABA-A receptor、O-GlcNAc transferase、RHOT1/Miro-1 及 RHOT2/Miro-2 有互作紀錄;資料也列出其與 HGS 的互作,但此項標示為 By similarity。來源未說明這些互作是否形成同一複合體,亦未提供其功能關係的細節。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TRAK2 可能調節膜貨物由胞內體運往溶酶體的運輸,所列貨物包括 EGFR。此描述指出的是可能的調節作用,未進一步說明作用機制或運輸結果。 | 推論支持 | |
| 交互作用 | TRAK2 與 GABA-A receptor、O-GlcNAc transferase、RHOT1/Miro-1 及 RHOT2/Miro-2 有互作紀錄;與 HGS 的互作則標示為 By similarity。來源未進一步說明這些互作的功能或是否組成複合體。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with GABA-A receptor and O-GlcNAc transferase. Interacts with HGS (By similarity). Interacts with RHOT1/Miro-1 and RHOT2/Miro-2 PMID 16630562 ↗ |
| 細胞定位 | TRAK2 位於細胞質、早期胞內體及粒線體,並與 MGARP 在粒線體共定位。資料另指出,TRAK2 可能以依賴 MGARP 的方式從細胞質轉移至粒線體;此轉位描述標示為 By similarity。 | 推論支持 | 證據與來源Cytoplasm; Early endosome; Mitochondrion; Colocalizes with MGARP at the mitochondria. Translocates from the cytoplasm to the mitochondria in a MGARP-dependent manner (By similarity) |
核酸與蛋白質序列
GGCAGTGGGAGCAGCGGCAGCAGCTTCGGCTGCTGCTTTC40AGGCTGCCGCTGCATTAGGGGCTTCCTGAGGAAGCGCGGG80CGGACGACAGAGGATGCCGAACCACTCCAGTCATGACTGT120CCAAAGTATGATAATCACATGAGAGTGCTCGTTGCTACGG160ATGTCATTTGACTCATCAGAGAAAATCTGTCTAAAAGAAA200ATATCCATGTGACCAAATCCATTTCATTATTGAATGGCTT240GATGGATTTCCTTTACTCTGATTCATACCAAAGCTGTCCT280TCTCAACCAAAGCAAGAAAGGATCCTGCATGAGTCAATCC320CAGAATGCAATTTTTACATCACCAACAGGTGAAGAAAACC360TCATGAATAGCAATCACAGAGACTCGGAGAGCATCACTGA400TGTCTGCTCCAATGAGGATCTCCCTGAAGTTGAGCTGGTG440AGTCTGCTAGAAGAACAACTACCACAGTATAGGCTAAAAG480TAGACACTCTCTTTCTATATGAAAATCAAGACTGGACTCA520GTCTCCACACCAGCGGCAGCATGCATCTGATGCTCTCTCT560CCAGTCCTTGCTGAAGAGACTTTCCGTTACATGATTCTAG600GCACAGACAGGGTGGAGCAGATGACCAAAACTTACAATGA640CATCGACATGGTTACACATCTCCTGGCAGAGAGGGATCGT680GATCTGGAACTCGCTGCTCGAATTGGACAAGCTCTCTTAA720AGCGGAACCATGTCTTATCTGAGCAGAACGAATCCCTGGA760GGAGCAATTGGGACAAGCCTTTGATCAAGTTAATCAGCTG800CAGCATGAGCTATGCAAGAAAGATGAGTTACTTCGAATCG840TCTCCATTGCTTCTGAAGAAAGTGAAACTGATTCCAGCTG880TTCTACACCTCTTCGGTTCAATGAGTCCTTTAGCTTATCT920CAAGGGTTGCTGCAGTTGGAAATGCTGCAAGAAAAGCTCA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。