演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

TRAK2CALS-C

trafficking kinesin protein 2

TRAK2(trafficking kinesin protein 2)屬於 milton family,可能調節包括 EGFR 在內的膜貨物由胞內體運往溶酶體。

Homo sapiens2q33.1UniProt O60296
OFFICIAL SYMBOL
TRAK2
CHROMOSOME
2
UNIPROT
O60296
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

TRAK2 的正式名稱為 trafficking kinesin protein 2,是一種蛋白質編碼基因,其產物屬於 milton family。現有資料指出,TRAK2 可能參與膜貨物的胞內運輸調節;其中列出的貨物包括 EGFR。此功能描述採用「可能調節」的表述,並未將其作用寫成已確立的結果。

Official symbol
TRAK2
Gene name
trafficking kinesin protein 2
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:13206
UniProt
O60296
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
CALS-CKIAA0549GRIF-1OIP98MILT2ALS2CR3

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 22q33.1
chr2 · 242,193,529 bp · GRCh38chr2p25.3 · 1–4400000 · gnegchr2p25.2 · 4400001–6900000 · gpos50chr2p25.1 · 6900001–12000000 · gnegchr2p24.3 · 12000001–16500000 · gpos75chr2p24.2 · 16500001–19000000 · gnegchr2p24.1 · 19000001–23800000 · gpos75chr2p23.3 · 23800001–27700000 · gnegchr2p23.2 · 27700001–29800000 · gpos25chr2p23.1 · 29800001–31800000 · gnegchr2p22.3 · 31800001–36300000 · gpos75chr2p22.2 · 36300001–38300000 · gnegchr2p22.1 · 38300001–41500000 · gpos50chr2p21 · 41500001–47500000 · gnegchr2p16.3 · 47500001–52600000 · gpos100chr2p16.2 · 52600001–54700000 · gnegchr2p16.1 · 54700001–61000000 · gpos100chr2p15 · 61000001–63900000 · gnegchr2p14 · 63900001–68400000 · gpos50chr2p13.3 · 68400001–71300000 · gnegchr2p13.2 · 71300001–73300000 · gpos50chr2p13.1 · 73300001–74800000 · gnegchr2p12 · 74800001–83100000 · gpos100chr2p11.2 · 83100001–91800000 · gnegchr2p11.1 · 91800001–93900000 · acenchr2q11.1 · 93900001–96000000 · acenchr2q11.2 · 96000001–102100000 · gnegchr2q12.1 · 102100001–105300000 · gpos50chr2q12.2 · 105300001–106700000 · gnegchr2q12.3 · 106700001–108700000 · gpos25chr2q13 · 108700001–112200000 · gnegchr2q14.1 · 112200001–118100000 · gpos50chr2q14.2 · 118100001–121600000 · gnegchr2q14.3 · 121600001–129100000 · gpos50chr2q21.1 · 129100001–131700000 · gnegchr2q21.2 · 131700001–134300000 · gpos25chr2q21.3 · 134300001–136100000 · gnegchr2q22.1 · 136100001–141500000 · gpos100chr2q22.2 · 141500001–143400000 · gnegchr2q22.3 · 143400001–147900000 · gpos100chr2q23.1 · 147900001–149000000 · gnegchr2q23.2 · 149000001–149600000 · gpos25chr2q23.3 · 149600001–154000000 · gnegchr2q24.1 · 154000001–158900000 · gpos75chr2q24.2 · 158900001–162900000 · gnegchr2q24.3 · 162900001–168900000 · gpos75chr2q31.1 · 168900001–177100000 · gnegchr2q31.2 · 177100001–179700000 · gpos50chr2q31.3 · 179700001–182100000 · gnegchr2q32.1 · 182100001–188500000 · gpos75chr2q32.2 · 188500001–191100000 · gnegchr2q32.3 · 191100001–196600000 · gpos75chr2q33.1 · 196600001–202500000 · gnegchr2q33.2 · 202500001–204100000 · gpos50chr2q33.3 · 204100001–208200000 · gnegchr2q34 · 208200001–214500000 · gpos100chr2q35 · 214500001–220700000 · gnegchr2q36.1 · 220700001–224300000 · gpos75chr2q36.2 · 224300001–225200000 · gnegchr2q36.3 · 225200001–230100000 · gpos100chr2q37.1 · 230100001–234700000 · gnegchr2q37.2 · 234700001–236400000 · gpos50chr2q37.3 · 236400001–242193529 · gnegTRAK2pq1 bp242,193,529 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr2:201,377,207–201,453,449
Gene span
76,243 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000332624 ★201,377,207–201,451,45816
ENST00000861746201,377,207–201,451,60316
ENST00000861747201,377,207–201,453,44916
ENST00000861748201,377,207–201,451,59615
ENST00000861749201,377,207–201,451,59617
ENST00000861750201,377,207–201,451,59616
ENST00000861751201,377,207–201,451,59616
ENST00000861752201,377,207–201,451,59616
ENST00000861753201,377,207–201,451,49816
ENST00000972035201,377,207–201,451,59616
ENST00000972036201,377,207–201,451,59615
ENST00000972037201,377,207–201,451,59616

顯示 12/21 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

TRAK2 可能調節膜貨物由胞內體運往溶酶體的運輸過程。這項描述涵蓋細胞內膜貨物的運送路徑,但來源將其界定為可能具有調節作用,並未提供足以進一步說明調節方向、作用步驟或分子機制的資訊。

來源列出的相關貨物包括 EGFR,表示此受體也在所述可能受調節的膜貨物範圍內。不過,資料沒有說明 TRAK2 如何影響 EGFR 的運送,也未指出這種調節對受體的細胞內命運或其他生物學過程造成何種結果。因此,較適合將其功能概括為可能參與胞內體至溶酶體的膜貨物運輸調控,而不延伸推論其具體效應。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 201451458 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>TRAK2 ENST00000332624 GRCh38 chr2:201451358-201452458 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
GGGAAAAACACAGCGTTGAATTGAAAAACCGAAGACAAAACGACACTCGAGTATTTAATTTTGTAAAAGG
TTCCTTCCTAGTCCTGCTATGGGGGACTTTGCAGCGAACTTGCAGAAGGCGGCAGATAGAGCTGGGGTCT
GAGGGTGTCTTCGATATGGCAACTCCCCAAGCCCGAGAGCGCGGCCAAAGGTGAGGGGTGCGGGGAGAGG
GCGCCCGGGCGGCCTGGGCCCCGCGCACCTGGCACGGCCGGCACGGCCAACCCGGCAGGCACCACTGGGC
GGGCTGCGAACCCGCGGCCCGGGCCCCGCTGAGCCCGAGCTGCACTGGCGCAGTGGCTGCTCGCCACCTC
GGGCCGCATTCTTGCCACGGCTCCCGCCAGCCGCCGGTGCTCGGGCTGGAGGTGGGCTAGCGCGTTCTGG
CCTCTGGCTTCCCGGGCGTGCGCGGACCAAGGCTCACTCCCTCACACGTCCCCCACCGGCCCCGACACCT
TCCCTTCCCGGGCCTGCCTCCCGTCTTTACCCTAGCGGCGACCACGGCCAGCGACTCTCTTCAGGCTGCC
AGCGGTGCGGACAGGGGCGGGCGCCAGAGCCCTGCTCGCGGAGGGGCGAGGCGAGCGCTCTAGGCCCGCT
CCCGGCGCGGGGCGCGGGAGGGCGGCGAGGCCGCGACCGGGGCCGTGGGCTTGGAACTCTGCACCAGTCC
CAGGCTACCCGCTGGGAACGCATTCGCCCCACCCGCGCCGGGGTCGCGGCCCCGCCTCCCTCCCCGGGGC
TGGGCAGCGAGAAGGCGGGGCCTTCGAGCTTGAGGCGGGGCGGGCAGGAAACTACAATTCCCAGCAGGTC
TTGCGCTGGGGCCGTGGAGGCCGCTGGGAGAGTGGCTCTCCTTTGGCTTCCCCAATTGTGTGGGGGCTGC
CATTGACCCGGTGTCGCCGCAGAACCGAGGTCGCCGAGTGATGATGTTGTGAAGTCGCCCGCCTGTCCCT
GCCACGCCCGGGCGGTTGCTGGCAGTGGGAGCAGCGGCAGCAGCTTCGGCTGCTGCTTTCAGGCTGCCGC
TGCATTAGGGGCTTCCTGAGGAAGCGCGGGCGGACGACAGAGGATGCCGAA
TRAK2 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
TRAK2_1 ↗2:201,451,455負股201,451,445–201,451,504

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR2_94XXTL · enhancer · 201448765–201449111 · regulatory

ENSR2_B3GZG5 · enhancer · 201450836–201451447 · regulatory

ENSR2_94XXWD · promoter · 201451448–201451806 · regulatory

ENSR2_B3GZGB · enhancer · 201451807–201452819 · regulatory

· motif · 201448619–201448632 · motif

· motif · 201450987–201450997 · motif

· motif · 201451189–201451206 · motif

· motif · 201451245–201451257 · motif

· motif · 201451250–201451261 · motif

· motif · 201451706–201451719 · motif

· motif · 201451706–201451719 · motif

· motif · 201452216–201452225 · motif

· motif · 201452265–201452278 · motif

· motif · 201452312–201452327 · motif

· motif · 201452575–201452583 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:914 aa

1 aa914 aa結構域功能區域
依 O60296 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

TRAK2 蛋白長 914 個胺基酸,屬於 milton family。其 HAP1 N-terminal domain 位於第 48–353 個胺基酸;第 359–509 個胺基酸區域標註為與 HGS 互作。第 1–30、447–482 及 765–787 個胺基酸區段則被註記為無序區。

結構域HAP1 N-terminal48–353 aa
功能區域Disordered1–30 aa
功能區域Interaction with HGS359–509 aa
功能區域Disordered447–482 aa
功能區域Disordered765–787 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · O60296…

AlphaFold · O60296

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Cytoplasm;Early endosome;Mitochondrion

TRAK2 位於細胞質、早期胞內體及粒線體。 資料指出,TRAK2 與 MGARP 在粒線體共定位,並可能以依賴 MGARP 的方式由細胞質轉移至粒線體;此轉位描述標示為 By similarity。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 0 個夥伴 · 最多顯示 50 個
CALS-CTRAK2
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 0 個夥伴
  • 目前沒有已匯入的夥伴。
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

TRAK2 與 GABA-A receptor、O-GlcNAc transferase、RHOT1/Miro-1 及 RHOT2/Miro-2 有互作紀錄;資料也列出其與 HGS 的互作,但此項標示為 By similarity。來源未說明這些互作是否形成同一複合體,亦未提供其功能關係的細節。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

3 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 3 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能TRAK2 可能調節膜貨物由胞內體運往溶酶體的運輸,所列貨物包括 EGFR。此描述指出的是可能的調節作用,未進一步說明作用機制或運輸結果。推論支持
證據與來源

May regulate endosome-to-lysosome trafficking of membrane cargo, including EGFR

開啟資料庫紀錄 ↗

交互作用TRAK2 與 GABA-A receptor、O-GlcNAc transferase、RHOT1/Miro-1 及 RHOT2/Miro-2 有互作紀錄;與 HGS 的互作則標示為 By similarity。來源未進一步說明這些互作的功能或是否組成複合體。含實驗來源
證據與來源

Interacts with GABA-A receptor and O-GlcNAc transferase. Interacts with HGS (By similarity). Interacts with RHOT1/Miro-1 and RHOT2/Miro-2

PMID 16630562 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位TRAK2 位於細胞質、早期胞內體及粒線體,並與 MGARP 在粒線體共定位。資料另指出,TRAK2 可能以依賴 MGARP 的方式從細胞質轉移至粒線體;此轉位描述標示為 By similarity。推論支持
證據與來源

Cytoplasm; Early endosome; Mitochondrion; Colocalizes with MGARP at the mitochondria. Translocates from the cytoplasm to the mitochondria in a MGARP-dependent manner (By similarity)

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 3 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000332624 · 6,389 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1GGCAGTGGGAGCAGCGGCAGCAGCTTCGGCTGCTGCTTTC40
41AGGCTGCCGCTGCATTAGGGGCTTCCTGAGGAAGCGCGGG80
81CGGACGACAGAGGATGCCGAACCACTCCAGTCATGACTGT120
121CCAAAGTATGATAATCACATGAGAGTGCTCGTTGCTACGG160
161ATGTCATTTGACTCATCAGAGAAAATCTGTCTAAAAGAAA200
201ATATCCATGTGACCAAATCCATTTCATTATTGAATGGCTT240
241GATGGATTTCCTTTACTCTGATTCATACCAAAGCTGTCCT280
281TCTCAACCAAAGCAAGAAAGGATCCTGCATGAGTCAATCC320
321CAGAATGCAATTTTTACATCACCAACAGGTGAAGAAAACC360
361TCATGAATAGCAATCACAGAGACTCGGAGAGCATCACTGA400
401TGTCTGCTCCAATGAGGATCTCCCTGAAGTTGAGCTGGTG440
441AGTCTGCTAGAAGAACAACTACCACAGTATAGGCTAAAAG480
481TAGACACTCTCTTTCTATATGAAAATCAAGACTGGACTCA520
521GTCTCCACACCAGCGGCAGCATGCATCTGATGCTCTCTCT560
561CCAGTCCTTGCTGAAGAGACTTTCCGTTACATGATTCTAG600
601GCACAGACAGGGTGGAGCAGATGACCAAAACTTACAATGA640
641CATCGACATGGTTACACATCTCCTGGCAGAGAGGGATCGT680
681GATCTGGAACTCGCTGCTCGAATTGGACAAGCTCTCTTAA720
721AGCGGAACCATGTCTTATCTGAGCAGAACGAATCCCTGGA760
761GGAGCAATTGGGACAAGCCTTTGATCAAGTTAATCAGCTG800
801CAGCATGAGCTATGCAAGAAAGATGAGTTACTTCGAATCG840
841TCTCCATTGCTTCTGAAGAAAGTGAAACTGATTCCAGCTG880
881TTCTACACCTCTTCGGTTCAATGAGTCCTTTAGCTTATCT920
921CAAGGGTTGCTGCAGTTGGAAATGCTGCAAGAAAAGCTCA960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。