基因總覽
TRAJ8 的正式名稱為 T cell receptor alpha joining 8，分類為 T cell receptor gene。NCBI 對 T cell receptor alpha 與 delta 基因座的說明指出，alpha 基因座含有 V（variable）、J（joining）與 C（constant）片段；TRAJ8 的名稱表明它屬於其中的 J 片段。這些基因座的胚系排列提供 T cell receptor 鏈基因重組所用的片段組成。來源未提供 TRAJ8 個別片段的序列、蛋白質產物或其專屬結構資訊。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000390529 ★ | 22,536,145–22,536,204 | 1 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
T cell receptor 可辨識抗原呈現細胞表面、與主要組織相容性複合體（MHC）分子結合的小型外來胜肽。受體由 alpha 與 beta 鏈，或 delta 與 gamma 鏈組成。TRAJ8 是 alpha joining 片段之一；來源描述的是 alpha 與 delta 基因座的整體重組方式，並未提供 TRAJ8 單獨的功能實驗或特異性辨識對象。
T 細胞發育期間，alpha 鏈基因透過 DNA 層級的重組形成：一個 V 片段與一個 J 片段接合，之後 C 片段再經 RNA 剪接接上。不同 V 與 J 片段的組合可形成多樣的抗原辨識範圍；接合處還可能因末端去氧核苷酸轉移酶隨機加入核苷酸而增加序列多樣性。TRAJ8 作為 J 片段，屬於這種組合式重組的基因座成分，但來源未量化其對受體多樣性的個別貢獻。
T cell receptor 基因座的重排與表現依序涉及 delta、gamma、beta、alpha。若 delta 與 gamma 重排都產生功能性鏈，細胞便表現 delta 與 gamma；若未形成這些功能性鏈，則繼續重排 beta 與 alpha 基因座。這項次序說明 TRAJ8 所屬 alpha 基因座參與的發育脈絡，並不代表來源已證實 TRAJ8 本身具有獨立的發育作用。來源另指出，alpha 基因座有若干 V 與 J 片段無法編碼蛋白質，並被視為假基因；未特別指出 TRAJ8 是否屬於其中。
Promoter 與基因調控
>TRAJ8 ENST00000390529 GRCh38 chr14:22535145-22536245 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GAGAAATGCAGGGTGAAGGCACTTTGCACATAGAACTTTAGCTCTGAGAGACAGCCTCAAAATATCTAGT TCACCCCTCTTTATTTTCCCAATAAGGAAATTAAGACCCAGAGAGGTTGGCTGAATTGTCTAAGGTCAGT GCGAACTAGGGCTGGGACTAGAACCTGGAGATCCTGGTCCTGGGGCCATATTCTGTGACTGCTGTTTGGT GAACTAAACTTCTGATAGGTAGGAAGTGTGAGTTATGCTCATAAACAGGAAAAACAAATAGGTTTTACAA GGGGAGTATAAAAATGTCCTCCTTATTACTAGCACCTTAGTATAGGCTCCCTAGACCTGCTCCCCAGCTG TGGTGTAAAAATGGAAGGAGAAGGAAATGGCCCATTTTGTCGCAGTGCAAATCACTGTGGGAAATACTGG AGGCTTCAAAACTATCTTTGGAGCAGGAACAAGACTATTTGTTAAAGCAAGTAAGTTCCATGAAATAACC TGATTTATATTACAGTTGAAGAACATCTGTTTTCATTGATTTTTTTCTTTTTAGGGGGAAGGGGACATAG TTTTGTCTGCCAGTTAAATTAGAAGATACATTGGCAATAATAATGTTGCACTGTACAGTATCCATGGGCA TCACTCTTGCAAGAAACATGTATAATAACAAACAGTTAAGTGTGGATGGATAAAACTTCCCTAGGTCCTA TCTAGAACTGAAACTCTGTAATTATATTAATAACTTTTTTAACTTGAATATTAGTGACATTTTTATATAA CCCAAGGTATACAAAGCAGAATCTTCAGTTGGGTTCTATCTGATTTGTTGTCATCTTCCAATGGTCTTAG GAAAATTAAGGTTAAATAGTAAGATTAGATGCCTCCTACCACTTTGGTACATGCATGCAGACATAGAAAC ACCCTTAGTAACTAACTTGCATGTGACTTGGCAATCCTAGGCTATGGCCCAGTGACAGGGTCCCATTTTG TACAGAGTTATGTCAGAGTGTGAACACAGGCTTTCAGAAACTTGTATTTGGAACTGGCACCTGACTTCTG GTCAGTCCAAGTAAGTCAAATCTGCAGAAATGTGTAGCCCTATCCTCAATA
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR14_B6GPR · enhancer · 22531295–22532168 · regulatory
ENSR14_B6GQ2 · enhancer · 22532701–22533558 · regulatory
ENSR14_B6GQK · enhancer · 22536771–22537411 · regulatory
· motif · 22531512–22531520 · motif
· motif · 22531651–22531664 · motif
· motif · 22531815–22531828 · motif
· motif · 22531817–22531828 · motif
· motif · 22531817–22531828 · motif
· motif · 22531852–22531867 · motif
· motif · 22532589–22532600 · motif
· motif · 22532836–22532849 · motif
· motif · 22533295–22533308 · motif
· motif · 22533449–22533464 · motif
· motif · 22534115–22534127 · motif
· motif · 22536139–22536151 · motif
· motif · 22536946–22536957 · motif
· motif · 22537045–22537058 · motif
· motif · 22537072–22537080 · motif
· motif · 22537083–22537091 · motif
· motif · 22537107–22537120 · motif
· motif · 22537107–22537120 · motif
· motif · 22537130–22537138 · motif
· motif · 22537146–22537162 · motif
· motif · 22537146–22537162 · motif
· motif · 22537362–22537375 · motif
· motif · 22537396–22537409 · motif
· motif · 22537396–22537409 · motif
· motif · 22539990–22539998 · motif
· motif · 22539994–22540005 · motif
基因座與轉錄註解
TRAJ8 依 HGNC／Ensembl 分類為 T cell receptor gene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000390529 ★ | TR_J_pseudogene | 60 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
細胞內定位
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | T cell receptor 以 alpha-beta 或 delta-gamma 鏈組成，辨識抗原呈現細胞表面與 MHC 結合的小型外來胜肽。T 細胞發育時，基因座依 delta、gamma、beta、alpha 的次序重排；alpha 鏈由 V 與 J 片段在 DNA 層級接合，再以 RNA 剪接接上 C 片段。多種片段組合及接合處核苷酸隨機增加可擴大辨識多樣性；部分 alpha 基因座片段為假基因。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源T cell receptors recognize foreign antigens which have been processed as small peptides and bound to major histocompatibility complex (MHC) molecules at the surface of antigen presenting cells (APC). Each T cell receptor is a dimer consisting of one alpha and one beta chain or one delta and one gamma chain. In a single cell, the T cell receptor loci are rearranged and expressed in the order delta, gamma, beta, and alpha. If both delta and gamma rearrangements produce functional chains, the cell expresses delta and gamma. If not, the cell proceeds to rearrange the beta and alpha loci. This region represents the germline organization of the T cell receptor alpha and delta loci. Both the alpha and delta loci include V (variable), J (joining), and C (constant) segments and the delta locus also includes diversity (D) segments. The delta locus is situated within the alpha locus, between the alpha V and J segments. During T cell development, the delta chain is synthesized by a recombination event at the DNA level joining a D segment with a J segment; a V segment is then joined to the D-J gene. The alpha chain is synthesized by recombination joining a single V segment with a J segment. For both chains, the C segment is later joined by splicing at the RNA level. Recombination of many different V segments with several J segments provides a wide range of antigen recognition. Additional diversity is attained by junctional diversity, resulting from the random additional of nucleotides by terminal deoxynucleotidyltransferase. Five variable segments can be used in either alpha or delta chains and are described by TRAV/DV symbols. Several V and J segments of the alpha locus are known to be incapable of encoding a protein and are considered pseudogenes. |
DNA 與 RNA 序列
TGAACACAGGCTTTCAGAAACTTGTATTTGGAACTGGCAC40CTGACTTCTGGTCAGTCCAA60cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。