基因總覽
TRAJ61 的正式名稱為 T cell receptor alpha joining 61 (non-functional)，屬於 T cell receptor gene。它位於 T 細胞受體 α／δ 基因座的基因組區域；該區域包含可變（V）、接合（J）與恆定（C）片段，δ 基因座另有多樣性（D）片段。此基因名稱標示其為非功能性，NCBI 摘要也指出，α 基因座中的部分 V 與 J 片段無法編碼蛋白質，因而歸為假基因。TRAJ61 因此應視為基因座中的非功能性片段，而非已知具有功能性蛋白質產物的基因。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000390479 ★ | 22,475,316–22,475,375 | 1 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
T 細胞受體可辨識經處理成小胜肽、並結合於抗原呈現細胞表面主要組織相容性複合體（MHC）分子的外來抗原。一般而言，受體由 α、β 鏈或 δ、γ 鏈組成；T 細胞發育時，受體基因座依序重排，順序為 δ、γ、β、α。若 δ 與 γ 重排皆產生功能性鏈，細胞便表現 δ、γ 鏈；否則會接續重排 β 與 α 基因座。
在此基因座區域，α 鏈由一個 V 片段與一個 J 片段重組形成，之後再於 RNA 層級透過剪接接上 C 片段。V 與 J 片段的多種組合可擴展抗原辨識範圍；末端脫氧核苷酸轉移酶隨機加入核苷酸所造成的接合多樣性，則進一步增加變異。這些描述是 α／δ 基因座及 T 細胞受體重組的概述，並不表示非功能性的 TRAJ61 本身能產生功能性受體鏈。來源指出，α 基因座中有些 J 片段不能編碼蛋白質，屬於假基因。
Promoter 與基因調控
>TRAJ61 ENST00000390479 GRCh38 chr14:22474316-22475416 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TTTGGTAAAGGGCAAATTTTTCCATTTCTGTCTTTTCCATGGACCATTTCCCCTGCTATCAATTGCTGTT GCCTGCAGCCTAAGAAATAAAATTTTTAAATAAATGAGAACGTTCTATAATTCTCTCTAAAATCATAAAC AATGTGTCAAGGCCAAACACTTCCCTGGTGTGATTTATTCCTATGTGGACTCATCCTTGTATAATTAGCA GGAATAATCACACCCTGAGCCAGCTGGCAGAGCCCCTGGGGACAGAGACCACCCAAAGAAGGTCCTTGTT CTCCTGAGTCACATAAAGGGAGTCACACAAGGCGGGAGTGGAACTCAGGTGTCCGGAGTTCTAGTCCCAG CTCTGCTTCTACCTATCTACATGACCTTGAGCAAATTTATCCCGCAGAGCTTCAGCATTTTCATCTCTAA AATGAGGGCATTGGCCCAGGCAGCTGTTAAATTTCCTTCCAAGTCTCACATTCTAGGATGCTAATGTGTA AAATTATAGAACTGACCCAAGAGTTATTAGTTCATATCCCCCTGTGCATGTTGCTTGAACTCCTCATTGC CCAGCAGGAGGAAAAGGGAAAACATGTTTCTTCATTGGGGGGTAGCATAATTTCCTGGTTGACTATGTGT GACTCATCAGAGCCTGGCGGTCCAAGCCCATATGCCATTTGAAATCCGGTTATTATTACATCTGGGAGAG AGAAAAGTGCTGAAAACAGCCTTTGGGACACTATCGATTTGGCCAAAAAAAAAAGAAGAAGAAGAAGAAG GCTCTGTCTAGTGTGATAACATTTTGTTATCTTATTCATTGTCTTCATCCCTGAAATACACTCTGCTCTC TCCTATCTCTGCTCTGAAAGGCAGAAAGAGGGCAGCCCTCTCCAAGGCAAAATGGGGCTCCTGTGGGGAA CAGAGGGGTGCCTCTGTCAACAAAGGTGATGCCACATCCCTTTCAACCATGCTGACACCTCTGGTTTTTG TAAAGGTGCCCACTCCTGTGGGTACCGGGTTAATAGGAAACTGACATTTGGAGCCAACACTAGAGGAATC ATGAAACTCAGCAAGTAATATTTGGCAGAATTTTTTTTTCTATCTGAAAAT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR14_9BWS8 · enhancer · 22471577–22472024 · regulatory
ENSR14_579P6M · CTCF_binding_site · 22471693–22471714 · regulatory
ENSR14_B6GFB · enhancer · 22472659–22473461 · regulatory
ENSR14_579PFG · CTCF_binding_site · 22473162–22473183 · regulatory
ENSR14_579PGQ · CTCF_binding_site · 22473444–22473465 · regulatory
ENSR14_B6GFK · enhancer · 22474682–22475308 · regulatory
ENSR14_B6GFQ · enhancer · 22475837–22476533 · regulatory
ENSR14_C4884 · enhancer · 22478352–22480196 · regulatory
· motif · 22471462–22471477 · motif
· motif · 22471462–22471477 · motif
· motif · 22471695–22471711 · motif
· motif · 22471742–22471753 · motif
· motif · 22471762–22471771 · motif
· motif · 22471762–22471773 · motif
· motif · 22471799–22471809 · motif
· motif · 22472634–22472647 · motif
· motif · 22472634–22472647 · motif
· motif · 22473164–22473180 · motif
· motif · 22473446–22473462 · motif
· motif · 22473750–22473761 · motif
· motif · 22473789–22473801 · motif
· motif · 22474468–22474490 · motif
· motif · 22474468–22474490 · motif
· motif · 22474529–22474541 · motif
· motif · 22474556–22474569 · motif
· motif · 22474556–22474569 · motif
· motif · 22475053–22475064 · motif
· motif · 22475646–22475654 · motif
· motif · 22476684–22476697 · motif
· motif · 22477096–22477109 · motif
· motif · 22477096–22477109 · motif
· motif · 22478785–22478798 · motif
· motif · 22478785–22478798 · motif
· motif · 22479205–22479218 · motif
· motif · 22479205–22479218 · motif
· motif · 22479734–22479747 · motif
· motif · 22479751–22479763 · motif
· motif · 22479995–22480008 · motif
· motif · 22480172–22480185 · motif
基因座與轉錄註解
TRAJ61 依 HGNC／Ensembl 分類為 T cell receptor gene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000390479 ★ | TR_J_gene | 60 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
細胞內定位
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | T 細胞受體辨識結合於抗原呈現細胞表面 MHC 的外來抗原胜肽，受體由 α／β 或 δ／γ 鏈組成。發育中的基因座依序重排；α 鏈由 V、J 片段重組，並於 RNA 層級接上 C 片段。V、J 組合及末端脫氧核苷酸轉移酶加入核苷酸可增加辨識多樣性。α 基因座部分 V、J 片段不能編碼蛋白質，屬假基因。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源T cell receptors recognize foreign antigens which have been processed as small peptides and bound to major histocompatibility complex (MHC) molecules at the surface of antigen presenting cells (APC). Each T cell receptor is a dimer consisting of one alpha and one beta chain or one delta and one gamma chain. In a single cell, the T cell receptor loci are rearranged and expressed in the order delta, gamma, beta, and alpha. If both delta and gamma rearrangements produce functional chains, the cell expresses delta and gamma. If not, the cell proceeds to rearrange the beta and alpha loci. This region represents the germline organization of the T cell receptor alpha and delta loci. Both the alpha and delta loci include V (variable), J (joining), and C (constant) segments and the delta locus also includes diversity (D) segments. The delta locus is situated within the alpha locus, between the alpha V and J segments. During T cell development, the delta chain is synthesized by a recombination event at the DNA level joining a D segment with a J segment; a V segment is then joined to the D-J gene. The alpha chain is synthesized by recombination joining a single V segment with a J segment. For both chains, the C segment is later joined by splicing at the RNA level. Recombination of many different V segments with several J segments provides a wide range of antigen recognition. Additional diversity is attained by junctional diversity, resulting from the random additional of nucleotides by terminal deoxynucleotidyltransferase. Five variable segments can be used in either alpha or delta chains and are described by TRAV/DV symbols. Several V and J segments of the alpha locus are known to be incapable of encoding a protein and are considered pseudogenes. |
DNA 與 RNA 序列
GGTACCGGGTTAATAGGAAACTGACATTTGGAGCCAACAC40TAGAGGAATCATGAAACTCA60cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。