基因總覽
TRAJ6（T cell receptor alpha joining 6）屬於 T cell receptor gene，名稱指出它是 T cell receptor alpha 基因座中的 joining 基因片段。來源描述的區域涵蓋 T cell receptor alpha 與 delta 基因座的胚系組織；兩者均包含 V（variable）、J（joining）與 C（constant）片段，而 delta 基因座另有 D（diversity）片段，並位於 alpha 基因座內、介於 alpha 的 V 與 J 片段之間。這項基因身分資訊不表示 TRAJ6 本身是完整的蛋白質編碼序列；來源也指出，alpha 基因座有部分 V 與 J 片段不能編碼蛋白質，並被視為假基因，但未特別將 TRAJ6 列入其中。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000390531 ★ | 22,539,073–22,539,134 | 1 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
T 細胞受體辨識的外來抗原，是經處理後形成的小胜肽，並與主要組織相容性複合體（MHC）分子結合、呈現在抗原呈現細胞（APC）表面的抗原。受體由一條 alpha 鏈與一條 beta 鏈，或一條 delta 鏈與一條 gamma 鏈組成。TRAJ6 所屬的 alpha 基因座，其 J 片段是形成 alpha 鏈的基因重組材料之一；來源描述的是基因座與重組機制，並未提供 TRAJ6 單一片段的專屬功能或辨識對象。
在 T 細胞發育期間，alpha 鏈由一個 V 片段與一個 J 片段重組形成；之後，C 片段再透過 RNA 層級的剪接接合。相比之下，delta 鏈先由 D 與 J 片段在 DNA 層級重組，再接上一個 V 片段，之後同樣與 C 片段剪接接合。alpha 與 delta 基因座的排列也有特定關係：delta 基因座位於 alpha 基因座內，處在 alpha 的 V 與 J 片段之間。
T 細胞受體基因座的重組與表現依序涉及 delta、gamma、beta、alpha。若 delta 與 gamma 的重組都產生功能性鏈，細胞便表現 delta-gamma 受體；若沒有，細胞會繼續重組 beta 與 alpha 基因座。因此，TRAJ6 所屬的 alpha J 片段參與受體鏈形成的基因座安排，但來源並未說明 TRAJ6 在個別細胞中的使用條件或頻率。
不同 V 片段與多個 J 片段的重組組合，可擴大受體辨識抗原的範圍；接合處多樣性則提供額外變化，來源將其歸因於 terminal deoxynucleotidyltransferase 隨機增加核苷酸。來源另指出，有五個可變片段能用於 alpha 或 delta 鏈，並以 TRAV/DV 符號描述；alpha 基因座中也有若干 V 與 J 片段無法編碼蛋白質，屬於假基因。
Promoter 與基因調控
>TRAJ6 ENST00000390531 GRCh38 chr14:22538073-22539173 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GTGGAGGGGCCCCAGCCCTTTACTCCCACCCTGAGTTTGGTGGAGCCACACAGCTCTTTGCTAAGTGACC CTCAAACCCAGTGTGAGATAAGCTGAGTGTTGACAGTGCCCACCTGCTAGGGAACCAAGTACTGAGTTCC TGCCCCAGCTCAGGACTGTGGCGCAGGCCATGACCTCCCTGAGCCTCAGTTTTCATATCTCTGAAGTAGA CAGCATGGTCTCTGTTTCCTCCCATCTTTCAAAAATTCTATGGAAATTATTGTGACTTTTTTCTCTGTAA TTGTAGGGTTTCACAGAGGCAGGGCCTTGTCTGAGTCAAGGTCATTAGAAATAAAGGAATCCAAGGGCTT TGGATGCCTTGGCCTAATTCTAGGTGGTAAAGAGGGAAGGATGAAAGCACAAATCACAGGAAGTGCCTAA ATCCTGCTTGGATTTAGTGTTGCCTCAAACAGGGATATGCAGAAATCCAACCCCAGGGTCTCCCATAGGA AGAAGACTAGGAGTGGGAAGTGCCAAAGAGCTCTGGAAAGGAAAAGAGAACAAGGAGCACTCTGAGAAAA GGAGGTCAGAACAGCTTCAGGAAAAACGTCACATAAAATTTCCTTTGCTCTCTGTCCTCGCAGCACTTTC AGAAGCTCCTTGCATCTGACTAAAGAGTAGCAGAGCCAGACCCTCAGAATGTCTGCCCCAAGCAAGCAGA GTGTGGTGTTTGTATTGGGGTGCTGGGAGCAGACATGGGGAGTTGCTGCCCTGCTTCTCTGCTGATGGGA AGGTGGTATTTTCCCCTGGGTACACGGGGGCCAAAGAGCTCTCCAGTCCCCAGCCCCTGGCTCCCGCCCC TGGGCTCCAGCACTCGGGGGCTCTAAGGACAGCAGTAGGAGACTTTCTACAACTCAGAGAGTATTCAGGA GGGTTTCCCAGGATGTTGCCCAATACCATGGGGCAATTGGTAGAGGGAGGTCACATGAAACAGGTTTTAT CAAAGGCTGTCCTCACTGTGTGCATCAGGAGGAAGCTACATACCTACATTTGGAAGAGGAACCAGCCTTA TTGTTCATCCGTGTAAGTATTATAGAAATGATCAAGGGAAATTTTGCAGAC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR14_B6GQK · enhancer · 22536771–22537411 · regulatory
· motif · 22534115–22534127 · motif
· motif · 22536139–22536151 · motif
· motif · 22536946–22536957 · motif
· motif · 22537045–22537058 · motif
· motif · 22537072–22537080 · motif
· motif · 22537083–22537091 · motif
· motif · 22537107–22537120 · motif
· motif · 22537107–22537120 · motif
· motif · 22537130–22537138 · motif
· motif · 22537146–22537162 · motif
· motif · 22537146–22537162 · motif
· motif · 22537362–22537375 · motif
· motif · 22537396–22537409 · motif
· motif · 22537396–22537409 · motif
· motif · 22539990–22539998 · motif
· motif · 22539994–22540005 · motif
· motif · 22543700–22543715 · motif
· motif · 22543706–22543718 · motif
· motif · 22543708–22543723 · motif
· motif · 22543992–22544003 · motif
基因座與轉錄註解
TRAJ6 依 HGNC／Ensembl 分類為 T cell receptor gene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000390531 ★ | TR_J_gene | 62 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
細胞內定位
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | T 細胞受體以 alpha-beta 或 delta-gamma 鏈組成，辨識由抗原呈現細胞呈現、與 MHC 結合的小胜肽。受體鏈在發育期間依基因座順序重組；alpha 鏈由 V 與 J 片段組合，delta 鏈則先接合 D、J，再接上 V，兩者之後都與 C 片段剪接。不同片段組合及接合處核苷酸增加帶來辨識多樣性；部分 alpha 基因座片段是不能編碼蛋白質的假基因。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源T cell receptors recognize foreign antigens which have been processed as small peptides and bound to major histocompatibility complex (MHC) molecules at the surface of antigen presenting cells (APC). Each T cell receptor is a dimer consisting of one alpha and one beta chain or one delta and one gamma chain. In a single cell, the T cell receptor loci are rearranged and expressed in the order delta, gamma, beta, and alpha. If both delta and gamma rearrangements produce functional chains, the cell expresses delta and gamma. If not, the cell proceeds to rearrange the beta and alpha loci. This region represents the germline organization of the T cell receptor alpha and delta loci. Both the alpha and delta loci include V (variable), J (joining), and C (constant) segments and the delta locus also includes diversity (D) segments. The delta locus is situated within the alpha locus, between the alpha V and J segments. During T cell development, the delta chain is synthesized by a recombination event at the DNA level joining a D segment with a J segment; a V segment is then joined to the D-J gene. The alpha chain is synthesized by recombination joining a single V segment with a J segment. For both chains, the C segment is later joined by splicing at the RNA level. Recombination of many different V segments with several J segments provides a wide range of antigen recognition. Additional diversity is attained by junctional diversity, resulting from the random additional of nucleotides by terminal deoxynucleotidyltransferase. Five variable segments can be used in either alpha or delta chains and are described by TRAV/DV symbols. Several V and J segments of the alpha locus are known to be incapable of encoding a protein and are considered pseudogenes. |
DNA 與 RNA 序列
TGCATCAGGAGGAAGCTACATACCTACATTTGGAAGAGGA40ACCAGCCTTATTGTTCATCCGT62cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。