基因總覽
TRAJ59 的正式名稱為 T cell receptor alpha joining 59 (non-functional)，屬於 T cell receptor gene，名稱指出它是 T cell receptor alpha 位點中的 joining 片段，且被標示為非功能性。NCBI 的摘要描述 T cell receptor alpha 與 delta 位點的整體胚系排列，並指出 alpha 位點包含 V（variable）、J（joining）與 C（constant）片段；其中部分 alpha 位點的 V 與 J 片段無法編碼蛋白質，因而被視為 pseudogenes。這些位點組成資訊提供 TRAJ59 所屬基因類別的背景，但來源未單獨說明 TRAJ59 的具體序列或其他分子特徵。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000390480 ★ | 22,476,553–22,476,606 | 1 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
T cell receptor 的主要任務是辨識外來抗原。抗原須先被處理成小型胜肽，並與 major histocompatibility complex（MHC）分子結合，再呈現在抗原呈現細胞（APC）表面，供 T cell receptor 辨識。受體由 alpha 與 beta 鏈，或 delta 與 gamma 鏈組成二聚體。此處描述的是 T cell receptor alpha 與 delta 位點的一般排列及重組方式，並未將這些受體功能單獨歸因於 TRAJ59；TRAJ59 的名稱標示其為非功能性基因片段。
在單一細胞中，T cell receptor 位點依 delta、gamma、beta、alpha 的順序進行重組與表現。若 delta 與 gamma 重組皆產生功能性鏈，細胞便表現 delta 與 gamma；否則細胞會繼續重組 beta 與 alpha 位點。alpha 與 delta 位點都包含 V、J、C 片段，而 delta 位點另有 D（diversity）片段；delta 位點嵌在 alpha 位點內，位置介於 alpha 的 V 與 J 片段之間。
發育期間，delta 鏈先由 DNA 層級的重組將 D 片段接到 J 片段，再將 V 片段接到 D-J 基因；alpha 鏈則由單一 V 片段與 J 片段重組形成。兩種鏈的 C 片段之後都透過 RNA 層級的剪接接合。多種 V 片段與數個 J 片段可形成不同組合，提供廣泛的抗原辨識範圍；terminal deoxynucleotidyltransferase 隨機加入核苷酸所造成的接合區多樣性，則進一步增加變化。另有五個可用於 alpha 或 delta 鏈的可變片段，以 TRAV/DV 符號描述。
Promoter 與基因調控
>TRAJ59 ENST00000390480 GRCh38 chr14:22475553-22476653 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TTATCGTTGCCTTAAGGGAGCTGGGGGGTTGTCAACGGGCCAGAGGTGGGATGAAAAATGACAACAGATT TACCTCTGGGACCGGGACATGGTTAACCACAGCGGCCCTGGGTAAGTAGCTTAGCTTCAGAAGAAAATGT GCCCAACAGCATGGGTAACCTAAAACACCGGGCAATCCAAATATTCTTTTATGATTGGCTTTAGCATGTA TTTTATTCTTTTGTAGGGCAGGTTTATCTCACCAATTATATATTTTCTTAACTGACCTGTAAAATCTACA GGGGAAAAGTATTTTAAGAATTATATGTTTCTGCAATTAGGCTCCCAGCAGTCAACAAAGAAGTGGTACT TTTTGTCTTTCCAGTGATGAAAAAGGGAACCTGGCATCCCTGGTGGCCCACCAGCGTCTCCTTCCCTGGC CTAGGTCAGAACAAGCCGTAAATCAGCAGGCCGTTATCTTCTTATAAATCTGTAGAGCAGGGTGGACAAC AAAAGGCAGCCTGCTAGGTTTTCAGAACATGAGTTCCTTGTGTAGCCAGAGAACCTGGGACCATCCTGAC GTGGCTGGTCCTGCTGTCCTCACAGCCTGAATCCCAGGCTGTATGAATAGGAGAGGTTCAAGTCCAGATG ACTGTTCACGATGCTGGTCCCCCTTGCATCCCTAATCATGCTAGAGACATGACCAGGGTCTGAGAGGAGG AAGTTACAGCACAGCACCAACAGGGGCTTTTGGTAAAGGGCCTGGGCACTATGTGAAGATCACCTAGATG CTCAACTTTGGGAAGGGGACTGAGTTAATTGTGAGCCTGGGTGAGTACCTCAACTCCAGAGGTAGCTTTA GCGGAACCCCTCTATACCTAACACCTGGCAATCAGAGGGCTGAAACACTTGGCCAGATAATGAATTCTCT TATCCGGTGGGAAAAGGCTGTAAAGATCAAACCACCTTTCCTATGGGTAAGCAAGAGTCTGTAGTTTATG TAAAGGCAGCAGCTCCTGTGGGAAGGAAGGAAACAGGAAATTTACATTTGGAATGGGGACGCAAGTGAGA GTGAAGCTATCTTTAAACCAAAGGTGTCAGGTTATTTGGTTTGGTTTTTGA
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR14_9BWS8 · enhancer · 22471577–22472024 · regulatory
ENSR14_579P6M · CTCF_binding_site · 22471693–22471714 · regulatory
ENSR14_B6GFB · enhancer · 22472659–22473461 · regulatory
ENSR14_579PFG · CTCF_binding_site · 22473162–22473183 · regulatory
ENSR14_579PGQ · CTCF_binding_site · 22473444–22473465 · regulatory
ENSR14_B6GFK · enhancer · 22474682–22475308 · regulatory
ENSR14_B6GFQ · enhancer · 22475837–22476533 · regulatory
ENSR14_C4884 · enhancer · 22478352–22480196 · regulatory
ENSR14_B6GGL · enhancer · 22481466–22482464 · regulatory
· motif · 22471695–22471711 · motif
· motif · 22471742–22471753 · motif
· motif · 22471762–22471771 · motif
· motif · 22471762–22471773 · motif
· motif · 22471799–22471809 · motif
· motif · 22472634–22472647 · motif
· motif · 22472634–22472647 · motif
· motif · 22473164–22473180 · motif
· motif · 22473446–22473462 · motif
· motif · 22473750–22473761 · motif
· motif · 22473789–22473801 · motif
· motif · 22474468–22474490 · motif
· motif · 22474468–22474490 · motif
· motif · 22474529–22474541 · motif
· motif · 22474556–22474569 · motif
· motif · 22474556–22474569 · motif
· motif · 22475053–22475064 · motif
· motif · 22475646–22475654 · motif
· motif · 22476684–22476697 · motif
· motif · 22477096–22477109 · motif
· motif · 22477096–22477109 · motif
· motif · 22478785–22478798 · motif
· motif · 22478785–22478798 · motif
· motif · 22479205–22479218 · motif
· motif · 22479205–22479218 · motif
· motif · 22479734–22479747 · motif
· motif · 22479751–22479763 · motif
· motif · 22479995–22480008 · motif
· motif · 22480172–22480185 · motif
· motif · 22480926–22480938 · motif
· motif · 22481306–22481317 · motif
· motif · 22481480–22481491 · motif
· motif · 22481480–22481491 · motif
基因座與轉錄註解
TRAJ59 依 HGNC／Ensembl 分類為 T cell receptor gene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000390480 ★ | TR_J_gene | 54 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
細胞內定位
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | T cell receptor 辨識經處理成小型胜肽、並與抗原呈現細胞表面的 major histocompatibility complex（MHC）分子結合的外來抗原。受體由 alpha-beta 或 delta-gamma 鏈組成；單一細胞依 delta、gamma、beta、alpha 順序重組位點，若 delta 與 gamma 均形成可作用鏈便表現兩者，否則繼續重組 beta 與 alpha。alpha、delta 位點皆含 V、J、C 片段，delta 位點另含 D 片段且嵌於 alpha 位點的 V 與 J 之間。delta 鏈經 D-J、再接 V 的 DNA 重組形成，alpha 鏈由 V-J 重組形成；兩者的 C 片段之後均經 RNA 剪接接合。多種 V 與數個 J 的組合，以及 terminal deoxynucleotidyltransferase 隨機加入核苷酸所造成的接合區多樣性，可擴大抗原辨識變化。五個可用於 alpha 或 delta 鏈的可變片段以 TRAV/DV 符號描述；alpha 位點部分 V、J 片段不能編碼蛋白質，屬於 pseudogenes。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源T cell receptors recognize foreign antigens which have been processed as small peptides and bound to major histocompatibility complex (MHC) molecules at the surface of antigen presenting cells (APC). Each T cell receptor is a dimer consisting of one alpha and one beta chain or one delta and one gamma chain. In a single cell, the T cell receptor loci are rearranged and expressed in the order delta, gamma, beta, and alpha. If both delta and gamma rearrangements produce functional chains, the cell expresses delta and gamma. If not, the cell proceeds to rearrange the beta and alpha loci. This region represents the germline organization of the T cell receptor alpha and delta loci. Both the alpha and delta loci include V (variable), J (joining), and C (constant) segments and the delta locus also includes diversity (D) segments. The delta locus is situated within the alpha locus, between the alpha V and J segments. During T cell development, the delta chain is synthesized by a recombination event at the DNA level joining a D segment with a J segment; a V segment is then joined to the D-J gene. The alpha chain is synthesized by recombination joining a single V segment with a J segment. For both chains, the C segment is later joined by splicing at the RNA level. Recombination of many different V segments with several J segments provides a wide range of antigen recognition. Additional diversity is attained by junctional diversity, resulting from the random additional of nucleotides by terminal deoxynucleotidyltransferase. Five variable segments can be used in either alpha or delta chains and are described by TRAV/DV symbols. Several V and J segments of the alpha locus are known to be incapable of encoding a protein and are considered pseudogenes. |
DNA 與 RNA 序列
GGAAGGAAGGAAACAGGAAATTTACATTTGGAATGGGGAC40GCAAGTGAGAGTGA54cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。