基因總覽
TRAJ58 是 T cell receptor alpha joining 58 (non-functional)，屬於 T cell receptor gene。NCBI 摘要說明，T cell receptor alpha 與 delta 基因座包含 V（variable）、J（joining）及 C（constant）segments；delta 基因座另有 D（diversity）segments，且位於 alpha 基因座內、介於 alpha V 與 J segments 之間。摘要指出，alpha 基因座中的若干 V 與 J segments 無法編碼蛋白質，因此歸為 pseudogenes；TRAJ58 的正式名稱也標示其為 non-functional。這些資料描述的是 alpha／delta 基因座的組織及其中部分基因片段的性質，並未提供 TRAJ58 產生功能性蛋白質的證據。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000390481 ★ | 22,477,707–22,477,769 | 1 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
NCBI 摘要將 TRAJ58 放在 T cell receptor alpha／delta 基因座的基因組織脈絡中。T cell receptors 可辨識外來抗原；抗原需先加工成小胜肽，再與 major histocompatibility complex（MHC）分子結合，並呈現在抗原呈現細胞（APC）表面。T cell receptor 通常由 alpha 與 beta 鏈，或 delta 與 gamma 鏈構成二聚體；摘要描述整個受體系統的作用，並未指出 TRAJ58 本身形成具功能的受體鏈。
在單一細胞中，T cell receptor 基因座依序進行重組與表現，順序為 delta、gamma、beta、alpha。若 delta 與 gamma 的重組都產生功能性鏈，細胞便表現 delta 與 gamma；若未能如此，則接續重組 beta 與 alpha 基因座。這項流程說明 alpha／delta 基因座所在的重組背景，不能據此推論 TRAJ58 具有功能性產物。
T 細胞發育期間，delta 鏈先由 DNA 層級的重組連接 D 與 J segments，再將 V segment 接到 D-J 基因；alpha 鏈則透過單一 V segment 與 J segment 重組形成。兩種鏈的 C segment 之後再於 RNA 層級經由剪接接合。多種 V segments 與數個 J segments 的不同組合，能擴大抗原辨識範圍；terminal deoxynucleotidyltransferase 隨機加入核苷酸所造成的接合處多樣性，則進一步增加變化。部分 V segments 可用於 alpha 或 delta 鏈，並以 TRAV/DV 符號表示。
摘要指出，alpha 基因座中的若干 V 與 J segments 無法編碼蛋白質，因而被視為 pseudogenes。這項限制適用於摘要所述的那些片段；資料沒有逐一列出相關片段，也沒有說明 TRAJ58 個別參與重組或抗原辨識的功能。
Promoter 與基因調控
>TRAJ58 ENST00000390481 GRCh38 chr14:22476707-22477807 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter AATTCTGACTTCAAACTTCTAAAAAGATCAAATGTTAAATCAGATAGTAGGCTTGGAAAACTCTATTTCT CTATGTAAAAAGTAGAGAACTACTTTTCTTTTGTTTGATCATTTTATTTTGTTTAGGAAATAAGAGGATT AGATACCCTGGTGGTGAGTGGGGAGGGCAGGGACATTTGCACAGCATTTCTGGATAAATTAGATCCAAAT AATCAAATCAAAGACTCTCAGCTCAGAAAGTAATTAAAGATCTCCTCACCCACCTCTTTAATTTTGCAAA TGAAGACAGTGAAACTCAGAGAGGTTATGAACTTGCTCAAGGTCACACAACTGATCCTGATATCAAGGTC CAGGGCAAAGCCAAGACAGCTCATAGTTCTCACCAGCCCAGACCCAAGGGAGAAAAAAACATCATAGTCC TTGGCCACGGCAGCATCATTTGCATCCCAAACATTCTTTACCCAAGACTTAATGAACTCAAAAAGAAATC CTGAGTTCCAAAGGGAAATAAAATCATTCTGCGTCTGTTGAAAAAAAAAGCAAGCTAAAGTGGAACAATA ATTGAACTTGATATTAGGGGAAAGGTGCAGCCATCTGCAGACTGAGAGAAGGGTGAAAAAAACAAAATGA AAATGCTAGTCTTGTGTTCAGACAATGATTATGACCATAGAACACTACCTATAAGTTCTGTAGAGCTAAT TTCTTTCCCAGTGGGGTTGATATTCTATGATAGATTGCATCAGCGGTGTGATTGTTTTGGACCATAGAAT ACGTATACAGAATTGGCTTGTTGAGCCTTCTGGTGTCTTGAAGTGAAAATCATATCTCTGGACATATCTG TCAGGCCTGAAGCCCTAGGCTACTGGAAAGAAAGATACCATGACTTATCCTTCCTCTAAAGCTTAGAAGT TGGAGAAAAATTCTAGTTCTTGGGAAGCTCTGCAAAGCAGGGTTCGTTAAGCTGATGCCACAGGTTTTTG CAAAGCCCCTCAGCACAGTGTTTAAGAAACCAGTGGCTCTAGGTTGACCTTTGGGGAAGGAACACAGCTC ACAGTGAATCCTGGTAAGTGGAGGGGAGCATTGAATCCTCTGCCTGAATGT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR14_B6GFB · enhancer · 22472659–22473461 · regulatory
ENSR14_579PFG · CTCF_binding_site · 22473162–22473183 · regulatory
ENSR14_579PGQ · CTCF_binding_site · 22473444–22473465 · regulatory
ENSR14_B6GFK · enhancer · 22474682–22475308 · regulatory
ENSR14_B6GFQ · enhancer · 22475837–22476533 · regulatory
ENSR14_C4884 · enhancer · 22478352–22480196 · regulatory
ENSR14_B6GGL · enhancer · 22481466–22482464 · regulatory
· motif · 22473164–22473180 · motif
· motif · 22473446–22473462 · motif
· motif · 22473750–22473761 · motif
· motif · 22473789–22473801 · motif
· motif · 22474468–22474490 · motif
· motif · 22474468–22474490 · motif
· motif · 22474529–22474541 · motif
· motif · 22474556–22474569 · motif
· motif · 22474556–22474569 · motif
· motif · 22475053–22475064 · motif
· motif · 22475646–22475654 · motif
· motif · 22476684–22476697 · motif
· motif · 22477096–22477109 · motif
· motif · 22477096–22477109 · motif
· motif · 22478785–22478798 · motif
· motif · 22478785–22478798 · motif
· motif · 22479205–22479218 · motif
· motif · 22479205–22479218 · motif
· motif · 22479734–22479747 · motif
· motif · 22479751–22479763 · motif
· motif · 22479995–22480008 · motif
· motif · 22480172–22480185 · motif
· motif · 22480926–22480938 · motif
· motif · 22481306–22481317 · motif
· motif · 22481480–22481491 · motif
· motif · 22481480–22481491 · motif
基因座與轉錄註解
TRAJ58 依 HGNC／Ensembl 分類為 T cell receptor gene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000390481 ★ | TR_J_gene | 63 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
細胞內定位
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | T cell receptors 可辨識經加工成小胜肽、並與 major histocompatibility complex（MHC）分子結合後呈現在抗原呈現細胞（APC）表面的外來抗原。受體由 alpha／beta 鏈或 delta／gamma 鏈構成；基因座依 delta、gamma、beta、alpha 的順序重組。摘要並說明 alpha／delta 基因座的 segments 組成、鏈的重組與剪接，以及不同 V、J 組合和核苷酸隨機加入所帶來的多樣性；alpha 基因座有若干 V、J segments 無法編碼蛋白質，屬於 pseudogenes。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源T cell receptors recognize foreign antigens which have been processed as small peptides and bound to major histocompatibility complex (MHC) molecules at the surface of antigen presenting cells (APC). Each T cell receptor is a dimer consisting of one alpha and one beta chain or one delta and one gamma chain. In a single cell, the T cell receptor loci are rearranged and expressed in the order delta, gamma, beta, and alpha. If both delta and gamma rearrangements produce functional chains, the cell expresses delta and gamma. If not, the cell proceeds to rearrange the beta and alpha loci. This region represents the germline organization of the T cell receptor alpha and delta loci. Both the alpha and delta loci include V (variable), J (joining), and C (constant) segments and the delta locus also includes diversity (D) segments. The delta locus is situated within the alpha locus, between the alpha V and J segments. During T cell development, the delta chain is synthesized by a recombination event at the DNA level joining a D segment with a J segment; a V segment is then joined to the D-J gene. The alpha chain is synthesized by recombination joining a single V segment with a J segment. For both chains, the C segment is later joined by splicing at the RNA level. Recombination of many different V segments with several J segments provides a wide range of antigen recognition. Additional diversity is attained by junctional diversity, resulting from the random additional of nucleotides by terminal deoxynucleotidyltransferase. Five variable segments can be used in either alpha or delta chains and are described by TRAV/DV symbols. Several V and J segments of the alpha locus are known to be incapable of encoding a protein and are considered pseudogenes. |
DNA 與 RNA 序列
TTTAAGAAACCAGTGGCTCTAGGTTGACCTTTGGGGAAGG40AACACAGCTCACAGTGAATCCTG63cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。