基因總覽
TRAJ56 的正式名稱為 T cell receptor alpha joining 56，屬於 T cell receptor gene。NCBI 對相關基因區域的描述涵蓋 T cell receptor alpha 與 delta 基因座：兩者均由 V（variable）、J（joining）與 C（constant）片段組成，delta 基因座另含 D（diversity）片段，並位於 alpha 基因座內、介於 alpha 的 V 與 J 片段之間。這些資訊說明 TRAJ56 所屬基因類別與相關基因座的組織方式；來源未提供 TRAJ56 個別產物或結構的細節。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000390483 ★ | 22,479,521–22,479,582 | 1 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
T cell receptor 可辨識外來抗原：抗原先被處理為小型胜肽，並與 major histocompatibility complex（MHC）分子結合，再由抗原呈現細胞（APC）表面呈現。受體由兩條鏈組成，配對形式為 alpha 與 beta，或 delta 與 gamma。NCBI 摘要描述的是 alpha／delta 相關基因座的一般重組與受體多樣性，並未指出 TRAJ56 單獨具有的功能或辨識特異性。
在 T cell 發育過程中，受體基因座依序進行重組與表現；若 delta 與 gamma 重組均產生功能性鏈，細胞便表現 delta 與 gamma，否則會接續重組 beta 與 alpha 基因座。alpha 鏈透過一個 V 片段與一個 J 片段的 DNA 重組形成；delta 鏈則先由 D 與 J 片段重組，再接上 V 片段。兩種鏈的 C 片段之後都會在 RNA 層級透過剪接接合。
多種 V 片段與數個 J 片段的不同組合，可拓展抗原辨識範圍；重組接合處的多樣性也會增加變化，來源將其歸因於 terminal deoxynucleotidyltransferase 隨機加入核苷酸。五個可用於 alpha 或 delta 鏈的可變片段以 TRAV/DV 符號描述。來源亦指出，alpha 基因座有數個 V 與 J 片段無法編碼蛋白質，因此被視為假基因。這些是相關基因座層級的說明，不能據此推定 TRAJ56 本身的特定重組結果或產物性質。
Promoter 與基因調控
>TRAJ56 ENST00000390483 GRCh38 chr14:22478521-22479621 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter AGCAGTTGCTGTTTTCCCCACTTTACAAGTGAGGAAACTGAGGTGTAGCAAGTTAGGAAACTTGTCCTGA GTTTTAAACTCAAGCCTACCTGCCCCAAAGCCTGAGCTCTTTTAAATTAACTGCAACTGCTGACCAGTTA GATTAACTAATTACTTAATTAATAAGATAACAACCTAACAGGCTGTAAGGTAAAAAAGTAATCAGATTTG TTCTATAGGTCCCCTCCCTTTTCGGGAATAGCTATACAATTGTATAATTTTATGCTTCCCCTGGGAGAGT GGGTGGAGCCCTGGCTCCCAGCCCATGATGGAAGGGTCTTGGCAGTATTTGTAAAGCAGTCTGTGGGGGT GTAACTCAGGGCGGATCTGAAAAGCTGGTCTTTGGAAAGGGAACGAAACTGACAGTAAACCCATGTAAGT CTGAATAATGCTTCCAAATTTCTCCCTGGAACCCTGATTTCCAAATTTTCCATTCTGTTTTATAACCCAG GTCCAAACCACAGCAGTCCCATTAATGGATTCCAGTGCAAAACAACTGCTGGTGTATTCCTACTACACGC AGGTCTCTGTTGTTTGCCCTCATGTGCTATTTTATCTAATAGCTGAGAATGACAGTACCAATGGAGCACT GAGTTAAGGAGTCAGACTGTTCGAAGGCTTCATTCTTCGTTATAATTGGTGAGATTTTCCATGGGACTAA GAGAAAATTGATTAACTCTCTGAGCCTCTATTTTCCTCCTCTGTAGAATGGGGGAGGCAGTTCCTGTTCC CATTTTACCACAGCCGGCGTGCTGTGAGGGGATGTTGGTACATTTCCAATAAGGGGACAATGAGTGTGAA GAGAAAGGAAGGCCCCAGGTGGTCCGTAAACTCTTCCACCAGTCCCACACTATAAACAGCTGGTTTTATC AGGGGGATTCTTGGATGACAAGTAAGCACTTAAGTAAATATCAAGGGGAGTCTGGGCAACTGAGTTTTTG TAGATCCTCGTGTCATTGTGTTATACTGGAGCCAATAGTAAGCTGACATTTGGAAAAGGAATAACTCTGA GTGTTAGACCAGGTATGTTTTAATGAATGTTATTTGTTTCCAAACATAAGC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR14_B6GFK · enhancer · 22474682–22475308 · regulatory
ENSR14_B6GFQ · enhancer · 22475837–22476533 · regulatory
ENSR14_C4884 · enhancer · 22478352–22480196 · regulatory
ENSR14_B6GGL · enhancer · 22481466–22482464 · regulatory
ENSR14_9BWXT · enhancer · 22484091–22484451 · regulatory
ENSR14_9BWXZ · promoter · 22484452–22484952 · regulatory
· motif · 22474529–22474541 · motif
· motif · 22474556–22474569 · motif
· motif · 22474556–22474569 · motif
· motif · 22475053–22475064 · motif
· motif · 22475646–22475654 · motif
· motif · 22476684–22476697 · motif
· motif · 22477096–22477109 · motif
· motif · 22477096–22477109 · motif
· motif · 22478785–22478798 · motif
· motif · 22478785–22478798 · motif
· motif · 22479205–22479218 · motif
· motif · 22479205–22479218 · motif
· motif · 22479734–22479747 · motif
· motif · 22479751–22479763 · motif
· motif · 22479995–22480008 · motif
· motif · 22480172–22480185 · motif
· motif · 22480926–22480938 · motif
· motif · 22481306–22481317 · motif
· motif · 22481480–22481491 · motif
· motif · 22481480–22481491 · motif
· motif · 22483772–22483784 · motif
· motif · 22484340–22484353 · motif
· motif · 22484340–22484353 · motif
· motif · 22484408–22484421 · motif
· motif · 22484408–22484421 · motif
· motif · 22484497–22484508 · motif
· motif · 22484499–22484508 · motif
基因座與轉錄註解
TRAJ56 依 HGNC／Ensembl 分類為 T cell receptor gene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000390483 ★ | TR_J_gene | 62 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
細胞內定位
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | T cell receptor 以 alpha–beta 或 delta–gamma 兩鏈形式辨識 APC 表面呈現、與 MHC 結合的外來小型胜肽。發育時基因座依序重組；alpha 鏈由 V–J 重組形成，delta 鏈由 D–J 後接 V，兩者的 C 片段再經 RNA 剪接接合。V、J 組合及接合處核苷酸添加擴增辨識多樣性；部分 alpha V、J 片段是假基因。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源T cell receptors recognize foreign antigens which have been processed as small peptides and bound to major histocompatibility complex (MHC) molecules at the surface of antigen presenting cells (APC). Each T cell receptor is a dimer consisting of one alpha and one beta chain or one delta and one gamma chain. In a single cell, the T cell receptor loci are rearranged and expressed in the order delta, gamma, beta, and alpha. If both delta and gamma rearrangements produce functional chains, the cell expresses delta and gamma. If not, the cell proceeds to rearrange the beta and alpha loci. This region represents the germline organization of the T cell receptor alpha and delta loci. Both the alpha and delta loci include V (variable), J (joining), and C (constant) segments and the delta locus also includes diversity (D) segments. The delta locus is situated within the alpha locus, between the alpha V and J segments. During T cell development, the delta chain is synthesized by a recombination event at the DNA level joining a D segment with a J segment; a V segment is then joined to the D-J gene. The alpha chain is synthesized by recombination joining a single V segment with a J segment. For both chains, the C segment is later joined by splicing at the RNA level. Recombination of many different V segments with several J segments provides a wide range of antigen recognition. Additional diversity is attained by junctional diversity, resulting from the random additional of nucleotides by terminal deoxynucleotidyltransferase. Five variable segments can be used in either alpha or delta chains and are described by TRAV/DV symbols. Several V and J segments of the alpha locus are known to be incapable of encoding a protein and are considered pseudogenes. |
DNA 與 RNA 序列
TTATACTGGAGCCAATAGTAAGCTGACATTTGGAAAAGGA40ATAACTCTGAGTGTTAGACCAG62cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。