基因總覽
TRAJ51 的正式名稱為 T cell receptor alpha joining 51 (pseudogene)，分類為 T cell receptor pseudogene。它屬於 T cell receptor alpha 與 delta 基因座相關的基因區域；這些基因座包含可變區（V）、接合區（J）與恆定區（C）片段，delta 基因座另含多樣性區（D），且位於 alpha 基因座內。TRAJ51 的 pseudogene 分類表示此位點不應被當作可編碼蛋白質的基因來描述；現有資料未提供其 RNA 產物或更具體的結構資訊。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000504127 ★ | 22,487,183–22,487,245 | 1 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
已知功能與來源註解
T cell receptors 可辨識外來抗原，但辨識對象不是未經處理的完整抗原，而是由抗原呈現細胞處理成小型胜肽、再與主要組織相容性複合體（MHC）分子結合後呈現的抗原。受體由兩條鏈構成，組合為 alpha 與 beta，或 delta 與 gamma。TRAJ51 本身列為 pseudogene，因此來源並未指出它能編碼功能性受體鏈；下述重組與辨識多樣性的描述，是其所屬 alpha／delta 基因座的背景，而非 TRAJ51 已證實的單獨功能。
T 細胞發育時，受體基因座依 delta、gamma、beta、alpha 的順序進行重排與表現。若 delta 與 gamma 重排都產生功能性鏈，細胞便表現 delta 與 gamma；若未能形成這些功能性鏈，則接續重排 beta 與 alpha 基因座。alpha 鏈通常由一個 V 片段與一個 J 片段重組而成；delta 鏈則先由 D 與 J 片段在 DNA 層級接合，再將 V 片段接到 D-J 基因上。兩種鏈的 C 片段之後會在 RNA 層級透過剪接接合。
不同 V 片段與多個 J 片段的組合，可增加受體辨識抗原的範圍；接合處的多樣性則可再擴大差異，來源描述其形成與 terminal deoxynucleotidyltransferase 隨機加入核苷酸有關。部分 alpha 基因座的 V 與 J 片段不能編碼蛋白質，因而被歸為 pseudogenes。資料未將這項概括描述指向 TRAJ51 的特定分子作用，也未提供 TRAJ51 本身參與受體重排或抗原辨識的證據。
Promoter 與基因調控
>TRAJ51 ENST00000504127 GRCh38 chr14:22486183-22487283 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TTCAGAAGTCCCCCTAGGGTTCTTGTAAAGGCCTCCAGTGCAGTGCTAATGCTGGTGGTACTAGCTATGG AAAGCTGACATTTGGACAAGGGACCATCTTGACTGTCCATCCAAGTAAGTGTAACAAGACACAGCAGTAT ACTGGAAATTCTGGAATGTCACCCCAGTGTCAGGTTTTAAAGAACCAGATATTGCTTAAAGTTAAGTGGT GTCCTCTGAGGTCCTTTCTCTTCTTTAACCTCAATATTCACAGATTTTCTTTTGGACCCTGAGTTGTTAG GTCTGTCTCCCTGCTGCGTGTACAGCTGACCTTGACCCTGGAAAGTCAGAATCTTTCCTGCTTTCAGTGT CTTCTCTGGAGGTGATGCCCTAACTTTTTTGAGGGGGAGGTCATCCTTTCCAAATGACTCCCCTGAGTAA CCTGTTCTAATGTTTAGTAGCATTCCCTGTCAGAAGTCCTTCCTTACCTCAATCTTAAATTATTCTTGGT ATAGCCGAGGCCGTTTCCACCAGCATCATCCACAATAAAGAGGAAAATTGAGAGCGGAGTTTGAATAGGT ATGTGGTATTTGGTTCAGAATGGGTTTTAAATGAAAGTGGAGAGGGAAAAAATGAAACCTGAATGGGAAT CTGAGGTCTTATTTCAAATCCCTCTCTGTTTCCTGTCTGTCATCTCCTTTTGCTTCTATAGATGCAAAAC TACAGAGAGAGAGGCGGGGAGAGAAAGGATAGACAGAAATAAACATCCACTGTGTCCATTCCCTGTCACT GAAACCACCAGGCAAGGGATTACAATTAATTCCAAAGAGTTTCAGATACACGGCTTAATACCTTTCTCCT TGTGGTGACTTGTATCCTGGCTGATAATTAGAGCAGATAGAAAGATTTGGCTTTGGTGTGTTTGCCGCTG CACCCCGCTGGGAAGAGACAGAAACTTGACTGTTTTTTAAGATTCATAAAGTTCCTTCTGTCAGTCGTTG TAAAACTCCCTGAAGCAGGGAGATGCGTGACAGCTATGAGAAGCTGATATTTGGAAAGGAGACATGACTA ACTGTGAAGCCAAGCAAGCTGGAAAGACCTAAACTCACAGTGTTCCTTATG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR14_B6GGL · enhancer · 22481466–22482464 · regulatory
ENSR14_9BWXT · enhancer · 22484091–22484451 · regulatory
ENSR14_9BWXZ · promoter · 22484452–22484952 · regulatory
ENSR14_9BWZ7 · enhancer · 22485189–22485571 · regulatory
ENSR14_B6GHD · enhancer · 22486943–22487758 · regulatory
ENSR14_9BX2C · enhancer · 22489203–22489578 · regulatory
ENSR14_9BX2P · enhancer · 22490558–22490880 · regulatory
ENSR14_C4893 · enhancer · 22491814–22492937 · regulatory
· motif · 22483772–22483784 · motif
· motif · 22484340–22484353 · motif
· motif · 22484340–22484353 · motif
· motif · 22484408–22484421 · motif
· motif · 22484408–22484421 · motif
· motif · 22484497–22484508 · motif
· motif · 22484499–22484508 · motif
· motif · 22485203–22485215 · motif
· motif · 22485459–22485466 · motif
· motif · 22485531–22485544 · motif
· motif · 22485536–22485548 · motif
· motif · 22485849–22485861 · motif
· motif · 22486300–22486315 · motif
· motif · 22487226–22487234 · motif
· motif · 22487590–22487598 · motif
· motif · 22487801–22487823 · motif
· motif · 22487801–22487823 · motif
· motif · 22487813–22487825 · motif
· motif · 22488436–22488449 · motif
· motif · 22488658–22488671 · motif
· motif · 22488658–22488671 · motif
· motif · 22488794–22488806 · motif
· motif · 22489600–22489613 · motif
· motif · 22489964–22489977 · motif
· motif · 22490690–22490701 · motif
· motif · 22490864–22490875 · motif
· motif · 22491343–22491354 · motif
· motif · 22491394–22491407 · motif
· motif · 22491394–22491407 · motif
· motif · 22491557–22491568 · motif
基因座與轉錄註解
TRAJ51 依 HGNC／Ensembl 分類為 T cell receptor pseudogene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000504127 ★ | TR_J_pseudogene | 63 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
細胞內定位
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | T cell receptor 辨識抗原呈現細胞表面由 MHC 呈現的小型抗原胜肽；受體由 alpha-beta 或 delta-gamma 鏈組成。T 細胞發育期間基因座依序重排，並透過 V、J、D 片段重組及接合處核苷酸增添形成多樣性；部分 alpha 基因座片段不能編碼蛋白質，屬 pseudogene。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源T cell receptors recognize foreign antigens which have been processed as small peptides and bound to major histocompatibility complex (MHC) molecules at the surface of antigen presenting cells (APC). Each T cell receptor is a dimer consisting of one alpha and one beta chain or one delta and one gamma chain. In a single cell, the T cell receptor loci are rearranged and expressed in the order delta, gamma, beta, and alpha. If both delta and gamma rearrangements produce functional chains, the cell expresses delta and gamma. If not, the cell proceeds to rearrange the beta and alpha loci. This region represents the germline organization of the T cell receptor alpha and delta loci. Both the alpha and delta loci include V (variable), J (joining), and C (constant) segments and the delta locus also includes diversity (D) segments. The delta locus is situated within the alpha locus, between the alpha V and J segments. During T cell development, the delta chain is synthesized by a recombination event at the DNA level joining a D segment with a J segment; a V segment is then joined to the D-J gene. The alpha chain is synthesized by recombination joining a single V segment with a J segment. For both chains, the C segment is later joined by splicing at the RNA level. Recombination of many different V segments with several J segments provides a wide range of antigen recognition. Additional diversity is attained by junctional diversity, resulting from the random additional of nucleotides by terminal deoxynucleotidyltransferase. Five variable segments can be used in either alpha or delta chains and are described by TRAV/DV symbols. Several V and J segments of the alpha locus are known to be incapable of encoding a protein and are considered pseudogenes. |
DNA 與 RNA 序列
AGATGCGTGACAGCTATGAGAAGCTGATATTTGGAAAGGA40GACATGACTAACTGTGAAGCCAA63cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。