基因總覽
TRAJ46 的正式名稱為 T cell receptor alpha joining 46，屬於 T cell receptor 基因。其名稱指出它是 T cell receptor alpha 基因座中的 joining 片段；該基因座與 delta 基因座共同構成 T cell receptor alpha 與 delta 區域。來源未提供 TRAJ46 個別序列或其是否能編碼蛋白質的資訊，因此不將其描述為已確認的蛋白質產物。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000390491 ★ | 22,493,403–22,493,465 | 1 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
T cell receptor alpha 基因座中的 J（joining）片段參與 alpha chain 的基因重組。T cell 發育期間，alpha chain 由一個 V（variable）片段與一個 J 片段重組形成；C（constant）片段則於後續透過 RNA 剪接接合。TRAJ46 是此基因座的 joining 基因，但來源未提供其個別重組情形或產物特性。
不同 V 片段可與多個 J 片段組合，形成多樣的 alpha chain，讓 T cell receptor 能涵蓋較廣的抗原辨識範圍。接合處還可因 terminal deoxynucleotidyltransferase 隨機加入核苷酸而產生額外差異，增加受體多樣性。這些描述適用於 alpha chain 重組的一般機制，並非 TRAJ46 個別功能的實驗結果。
Promoter 與基因調控
>TRAJ46 ENST00000390491 GRCh38 chr14:22492403-22493503 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter ATAACAAGTTCGTTTTCCAAGCCGTGCTTCCAGAAGCTGTTAGTGGTTGGTAGTTGCTAAGGGTTTTGAA ACTGGAGGACATCATAGCAGAGTGGAATTATTTGGCACAAGGGGCTATGATTAGAATTAATGAGATGAAA GAAAATTCTGGCTAGAAGACTAGAAAAATCCGGAAAGAAAAGATACAGTAAACCTTGGGGGAGTTGTAGC ATTTATCCTAGTCCAAGCAGCAAAGAGCAGACAGAAGCCAAATTCCAATAAACAATTGGCCTTTTTACTT TTACAAGTTTCTGCAATTATCACAATGTCTTCAGCTTCTTGGGCAAATATCAACAGGTCCTAAATGCAAA GTGGAACAGTCCTCTGTTTCCAGAACCGAGTAGCTTAGCCCCGCCCCACACACCACCCATGCTCAACCAC TGTTTTTGTAGAGGAGTTTGACGCTGTGTGGAATATGGAAACAAACTGGTCTTTGGCGCAGGAACCATTC TGAGAGTCAAGTCCTGTGAGTATAAAACACACTCAAGTCCCAACCTGGGTTTCATTGCATATTAAATAAA CTTTTTCTGGCTGGGAAGTATTTGATTCTAAAGAAAGGAAAAGTGAAATTCCAAGCGCAACGCAAGCATT TCATTAGTGTGATTCATTAAGAATTTCCATGGGTTGCCTTCGAGAGCGTTAATCACATCCATTCACTGGT GAGACCCACAGTTTGAAAATTGAGTTAAATTTGAAAAAAAAATTGTCACCATCTCTGTAGACCACAGTGC TTGCTGTTTGGGTGTCTAGACTTCCAAAATGGAACCTCAATCTGTAGTTTCGAGCTTGGAGATTTATCCC GAGCCCGTGACTTAGAGATGTGTAAGAAAAGCTGCACACTGCTGGGCCTTGTAGGGCATTTGTGGGATCA GTGTCATGAAATAGCCTGGGTAGACAGGTTGGTGAGGAGACACTGGTGACAGGTGTCTGCCCTGTTTCTG TAAAGCTGCTGACAGCCGTGAGAAGAAAAGCAGCGGAGACAAGCTGACTTTTGGGACCGGGACTCGTTTA GCAGTTAGGCCCAGTAAGTCTGAGCAGAAAGTAAGATATTTATGCCTTTTC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR14_9BX2C · enhancer · 22489203–22489578 · regulatory
ENSR14_9BX2P · enhancer · 22490558–22490880 · regulatory
ENSR14_C4893 · enhancer · 22491814–22492937 · regulatory
ENSR14_579T5G · CTCF_binding_site · 22494764–22494785 · regulatory
ENSR14_8MT5W · enhancer · 22494866–22495063 · regulatory
ENSR14_B6GJQ · enhancer · 22496598–22497195 · regulatory
ENSR14_8MT7K · enhancer · 22497681–22497934 · regulatory
· motif · 22488436–22488449 · motif
· motif · 22488658–22488671 · motif
· motif · 22488658–22488671 · motif
· motif · 22488794–22488806 · motif
· motif · 22489600–22489613 · motif
· motif · 22489964–22489977 · motif
· motif · 22490690–22490701 · motif
· motif · 22490864–22490875 · motif
· motif · 22491343–22491354 · motif
· motif · 22491394–22491407 · motif
· motif · 22491394–22491407 · motif
· motif · 22491557–22491568 · motif
· motif · 22492436–22492451 · motif
· motif · 22492946–22492959 · motif
· motif · 22492946–22492959 · motif
· motif · 22493567–22493582 · motif
· motif · 22494589–22494601 · motif
· motif · 22494591–22494598 · motif
· motif · 22494766–22494782 · motif
· motif · 22494873–22494889 · motif
· motif · 22495440–22495451 · motif
· motif · 22495786–22495806 · motif
· motif · 22496234–22496249 · motif
· motif · 22496870–22496883 · motif
· motif · 22496870–22496883 · motif
基因座與轉錄註解
TRAJ46 依 HGNC／Ensembl 分類為 T cell receptor gene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000390491 ★ | TR_J_gene | 63 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
細胞內定位
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | T cell receptor 以 alpha-beta 或 delta-gamma 鏈二聚體辨識抗原呈現細胞表面、由 MHC 呈現的加工胜肽。T cell 發育時受體基因座依序重排；alpha chain 由 V 與 J 片段重組，C 片段再經 RNA 剪接接合。多種 V、J 組合及接合處隨機加入核苷酸可增加辨識多樣性；部分 alpha 基因座片段為假基因。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源T cell receptors recognize foreign antigens which have been processed as small peptides and bound to major histocompatibility complex (MHC) molecules at the surface of antigen presenting cells (APC). Each T cell receptor is a dimer consisting of one alpha and one beta chain or one delta and one gamma chain. In a single cell, the T cell receptor loci are rearranged and expressed in the order delta, gamma, beta, and alpha. If both delta and gamma rearrangements produce functional chains, the cell expresses delta and gamma. If not, the cell proceeds to rearrange the beta and alpha loci. This region represents the germline organization of the T cell receptor alpha and delta loci. Both the alpha and delta loci include V (variable), J (joining), and C (constant) segments and the delta locus also includes diversity (D) segments. The delta locus is situated within the alpha locus, between the alpha V and J segments. During T cell development, the delta chain is synthesized by a recombination event at the DNA level joining a D segment with a J segment; a V segment is then joined to the D-J gene. The alpha chain is synthesized by recombination joining a single V segment with a J segment. For both chains, the C segment is later joined by splicing at the RNA level. Recombination of many different V segments with several J segments provides a wide range of antigen recognition. Additional diversity is attained by junctional diversity, resulting from the random additional of nucleotides by terminal deoxynucleotidyltransferase. Five variable segments can be used in either alpha or delta chains and are described by TRAV/DV symbols. Several V and J segments of the alpha locus are known to be incapable of encoding a protein and are considered pseudogenes. |
DNA 與 RNA 序列
AGAAGAAAAGCAGCGGAGACAAGCTGACTTTTGGGACCGG40GACTCGTTTAGCAGTTAGGCCCA63cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。