基因總覽
TRAJ4 的正式名稱為 T cell receptor alpha joining 4，屬於 T cell receptor gene。它所在的 T cell receptor alpha 基因座包含 V（variable）、J（joining）與 C（constant）片段；其中 J 片段可參與形成 alpha chain。來源描述的是 alpha 與 delta 基因座的生殖系排列及重組概況，未提供 TRAJ4 個別片段的蛋白質產物或獨立特性。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000390533 ★ | 22,542,199–22,542,261 | 1 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
T cell receptor 可辨識抗原呈現細胞表面的 major histocompatibility complex（MHC）分子所結合的小型外來胜肽。T cell receptor 由 alpha 與 beta chain，或 delta 與 gamma chain 組成；T cell 發育期間，相關基因座依序進行重排與表現。來源指出，若 delta 與 gamma 重排都產生可運作的鏈，細胞會表現 delta 與 gamma；否則會接續重排 beta 與 alpha 基因座。
在 alpha chain 的形成過程中，DNA 層級的重組將一個 V segment 與一個 J segment 接合，之後 C segment 再於 RNA 層級透過剪接接上。alpha 與 delta 基因座位於同一區域，delta 基因座嵌在 alpha 基因座內，介於 alpha 的 V 與 J segments 之間；delta chain 則先由 D 與 J segments 重組，再接上 V segment。這些說明是基因座與鏈形成的一般機制，並未描述 TRAJ4 單獨的功能或特定重組結果。
多種 V segments 與數個 J segments 的不同組合，可擴大抗原辨識範圍；重組接合處也能藉由 terminal deoxynucleotidyltransferase 隨機加入核苷酸，增加接合多樣性。來源另指出，部分 alpha 基因座的 V 與 J segments 無法編碼蛋白質，因而被視為 pseudogenes，但未指明 TRAJ4 是否屬於其中。
Promoter 與基因調控
>TRAJ4 ENST00000390533 GRCh38 chr14:22541199-22542299 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TATACCTTAAGCTCCATGAGGGCAGGACCCTTTTTCATCCTCACAGCTCTACAGCTCAGCACAATGCCTG GCACATAGGTGTCACCAAACAAATGATTGTGGGGAAAAAAATGCCTTCTGGCTAGATGAGTTATGATTTA TACATTAACAAATATTCTCTAACAGAGAGAGTTGTTAGACCTCAAAACCAGGAGATTGCAGAATCCATCC AGATGTCTGTGGTGGGAGAAGGCCCATCTCTCAGGGAAGAGCACCTCTGTATTTATCTGTTCATATGTGT GCTTCATCAAAGCCTCTTCTCAGCCATGGTTCAGGCTGAATTTATAAAGCTTGAAACCTATCGTATTTCT CAAGAATCAGAGATCAGAGGTGGAAGGTTTACAATATCTCGATAAGTAAGCAGTACAAATGAGTTCTAGC AGTAAAAAAGAAAGAGGTCTAATGATAAATATATGAAGCCTGTCTCCACTTGAGAGACCTCCTAGAAAAG ATTTGTTCTAAGGAAACTTTTCTCCATTAGGAGCAGAATCATCTTGGAAATATACAGCTCCAAGTTGTGT TAGAAAGGTGTGTACAAAGAAGACCAAAAATTCACATTTGGAATAAGGCATTAAAGTTGCCATTGTTTCT AGTAGGGAAACCCTGCAAAGTGTTGGGGCATCGTAGATCCTGCATGTTGACGCCTGCAACTAATCTGCCC CGGAGCTGTTCCGACAGTGGCTGGAGCATTTGCTGCACAGTTGCATAGGTGTTCAACAATTGCCAAAATA AAATGAAGCTATTTCGTGATGATTAGAAAGAAATAATCAGCATCAATGAGGCCTCTGATGCATCTTCAGG AGTGAGTAGGTGGAATGAAGACCTGGTAGGTGAGACTTTTCTCTCTTGTCAGAGAAAGTTTGACTTGGGG GAGCCTGGAAAACAGGGACAGGAGATGGAGTGCCCCAGCCAGGCATGCCCTGCCCAGGTCAGAGTTCTTG TAAAGCACCATCTGATTGTGTGTTTTCTGGTGGCTACAATAAGCTGATTTTTGGAGCAGGGACCAGGCTG GCTGTACACCCATGTGAGTATGACCCTGCAAGTGACCAGTGCAAAAAGAAC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR14_B6GQK · enhancer · 22536771–22537411 · regulatory
ENSR14_B6GRX · enhancer · 22545947–22546964 · regulatory
· motif · 22537362–22537375 · motif
· motif · 22537396–22537409 · motif
· motif · 22537396–22537409 · motif
· motif · 22539990–22539998 · motif
· motif · 22539994–22540005 · motif
· motif · 22543700–22543715 · motif
· motif · 22543706–22543718 · motif
· motif · 22543708–22543723 · motif
· motif · 22543992–22544003 · motif
· motif · 22545246–22545259 · motif
· motif · 22545246–22545259 · motif
· motif · 22545430–22545441 · motif
基因座與轉錄註解
TRAJ4 依 HGNC／Ensembl 分類為 T cell receptor gene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000390533 ★ | TR_J_gene | 63 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
細胞內定位
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | T cell receptor 以 alpha-beta 或 delta-gamma 鏈辨識 MHC 所呈現的小型外來胜肽；發育中的重排依序涉及 delta、gamma、beta 與 alpha，是否進入 beta、alpha 重排取決於 delta、gamma 是否形成可運作的鏈。alpha chain 由 V-J 重組形成，delta chain 則經 D-J 後接 V，兩者再接上 C；V、J 組合與接合處隨機加核苷酸帶來多樣性，部分 alpha 位點片段是 pseudogenes。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源T cell receptors recognize foreign antigens which have been processed as small peptides and bound to major histocompatibility complex (MHC) molecules at the surface of antigen presenting cells (APC). Each T cell receptor is a dimer consisting of one alpha and one beta chain or one delta and one gamma chain. In a single cell, the T cell receptor loci are rearranged and expressed in the order delta, gamma, beta, and alpha. If both delta and gamma rearrangements produce functional chains, the cell expresses delta and gamma. If not, the cell proceeds to rearrange the beta and alpha loci. This region represents the germline organization of the T cell receptor alpha and delta loci. Both the alpha and delta loci include V (variable), J (joining), and C (constant) segments and the delta locus also includes diversity (D) segments. The delta locus is situated within the alpha locus, between the alpha V and J segments. During T cell development, the delta chain is synthesized by a recombination event at the DNA level joining a D segment with a J segment; a V segment is then joined to the D-J gene. The alpha chain is synthesized by recombination joining a single V segment with a J segment. For both chains, the C segment is later joined by splicing at the RNA level. Recombination of many different V segments with several J segments provides a wide range of antigen recognition. Additional diversity is attained by junctional diversity, resulting from the random additional of nucleotides by terminal deoxynucleotidyltransferase. Five variable segments can be used in either alpha or delta chains and are described by TRAV/DV symbols. Several V and J segments of the alpha locus are known to be incapable of encoding a protein and are considered pseudogenes. |
DNA 與 RNA 序列
TGTTTTCTGGTGGCTACAATAAGCTGATTTTTGGAGCAGG40GACCAGGCTGGCTGTACACCCAT63cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。