基因總覽
TRAJ37 的正式名稱為 T cell receptor alpha joining 37，屬於 T cell receptor gene，位於 T cell receptor alpha 基因座。此基因座與 T cell receptor delta 基因座共同構成一段基因組區域；其中 alpha 與 delta 基因座都包含 V（variable）、J（joining）和 C（constant）片段，delta 基因座另含 D（diversity）片段，且位於 alpha 基因座內、介於 alpha 的 V 與 J 片段之間。TRAJ37 是 J 片段之一，參與建立 T cell receptor alpha 鏈的基因重組組合。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000612375 ★ | 22,503,750–22,503,814 | 1 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
T cell receptor 的主要任務，是辨識外來抗原；這些抗原需先被處理成小胜肽，並與主要組織相容性複合體（major histocompatibility complex, MHC）分子結合，再呈現在抗原呈現細胞（antigen-presenting cell, APC）表面。T cell receptor 由兩條鏈組成，可能是 alpha 與 beta 鏈，或 delta 與 gamma 鏈。TRAJ37 所屬的 alpha 基因座提供 J 片段，參與 alpha 鏈的形成。
T cell 發育期間，受體基因座依序進行重組與表現：delta、gamma、beta，接著是 alpha。若 delta 與 gamma 的重組都產生可運作的鏈，細胞便表現 delta 與 gamma；若未能如此，細胞會接續重組 beta 與 alpha 基因座。alpha 鏈由一個 V 片段與一個 J 片段在 DNA 層級重組而成；之後，C 片段再透過 RNA 層級的剪接接合。相較之下，delta 鏈先由 D 與 J 片段重組，再接上 V 片段，其 C 片段同樣稍後經 RNA 剪接接合。
多種 V 片段可與數個 J 片段搭配，形成多樣的受體組合，擴大抗原辨識範圍。重組接合處還會產生額外變異：terminal deoxynucleotidyltransferase 可隨機加入核苷酸，增加接合區多樣性。部分 V 片段可用於 alpha 或 delta 鏈，並以 TRAV/DV 符號表示。來源亦指出，alpha 基因座中有數個 V 與 J 片段無法編碼蛋白質，因此被視為偽基因；這項限制適用於所述片段，不能據此推定所有相關片段皆可編碼蛋白質。
Promoter 與基因調控
>TRAJ37 ENST00000612375 GRCh38 chr14:22502750-22503850 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GATTATCCAGAATGACTCAAACTTGCGATATAACTCCTGCATCTCTCAGTTCTCTTTGGCTTAGAGCCTT ATTGTGGATTTGCTAGAGGTAACAGGAAAGGAACTGATTTCATCCTAATTCTAGCCTCTTCTGAGAAGTT ATTCTCTGCAAGAGTCTTCAGGAGCATCTTACAGACCACCTACACTATTCAGAATTTTGTTCCGCACACC ACATTGTGTTCCCAGCAGTGTTTGCTGTGGCTTTGGCTGGGGCCAGGTCCTGAGTCAGTTCTGGAGCTCC AGGCTTGGCAAAGCTGGATAAGGGCAAGGGGAGTTGTACAGCAGAACCAAAGGGCTTCAGGAAAGACATC TTTGATATAGACATTAATGAATTTCTAAATGGGCTTCTATATGCTAACCTGATAAGACTCTCTGGGGAGA AGGTCATGCTTTCCTTTGCAGCTCTAAATATAAGACACATGCAGAAAAAAAAAAAGAATGGGAAATGTCT GTTACAGTGCCAAAATGAAGATAATCAGTATAAATATTAGATTTGTCTTAATATTAAGTTTATGAAATGT AAGTCTTTCAGAAGAACTATCTCAGGATATATTTATTAGGTCAATGAAATATTTTATCCATGTGACTGGT ATACACACTTCAAAGGAGAACCCAAAATGGCAGGCAGGGGAGGGTGGCTAATGAAAGGTATGGCATAGTA GTTAAGAATATGAATTTTGGAATAAAACTGTTTGGGTAAATCCTAATTCAGAAGGTTACTTAATCTCTTT ATGCCTCTTTTTTCTCATCTGTAAAATGGGGATGGTAATAGTACCTAGCTCACTGAGATGTTACGAGATT TAAAGAGCTAATACCTATAATGGACTTTGCATAATGGCAGCCCGATTGAAAGTTTTCAGTTAATATGTTT TTATTGCTACTATGTCAGGTTGCTGGAGGGAAGGAAGAAAAATGGAAATGATCCCCATTTATAGTTTTTG TAAAGTACAGCATTAGAGTGTGGCTCTAGCAACACAGGCAAACTAATCTTTGGGCAAGGGACAACTTTAC AAGTAAAACCAGGTAGGTCTGGATGTTTCTAAGTGAAGTGCAGTTATCCAC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR14_B6GL3 · enhancer · 22505637–22506243 · regulatory
· motif · 22500388–22500401 · motif
· motif · 22502761–22502769 · motif
· motif · 22505278–22505291 · motif
· motif · 22505278–22505291 · motif
· motif · 22505795–22505810 · motif
· motif · 22505912–22505928 · motif
· motif · 22505912–22505928 · motif
· motif · 22506066–22506077 · motif
· motif · 22506092–22506108 · motif
· motif · 22506103–22506111 · motif
· motif · 22506590–22506599 · motif
· motif · 22507134–22507142 · motif
· motif · 22507662–22507677 · motif
· motif · 22507662–22507677 · motif
· motif · 22507990–22508005 · motif
· motif · 22507995–22508007 · motif
· motif · 22507998–22508005 · motif
基因座與轉錄註解
TRAJ37 依 HGNC／Ensembl 分類為 T cell receptor gene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000612375 ★ | TR_J_gene | 65 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
細胞內定位
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | T cell receptor 辨識的外來抗原須先加工為小胜肽，並與 MHC 分子結合後呈現在 APC 表面。受體由 alpha-beta 或 delta-gamma 鏈構成；T cell 發育時依 delta、gamma、beta、alpha 的順序重組。TRAJ37 所屬的 alpha 基因座含 V、J、C 片段，J 片段可與 V 片段重組形成 alpha 鏈，之後 C 片段經 RNA 剪接接合。多種 V 與 J 組合及接合處隨機加入核苷酸，增加抗原辨識多樣性；部分 alpha 基因座 V、J 片段不能編碼蛋白質，屬偽基因。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源T cell receptors recognize foreign antigens which have been processed as small peptides and bound to major histocompatibility complex (MHC) molecules at the surface of antigen presenting cells (APC). Each T cell receptor is a dimer consisting of one alpha and one beta chain or one delta and one gamma chain. In a single cell, the T cell receptor loci are rearranged and expressed in the order delta, gamma, beta, and alpha. If both delta and gamma rearrangements produce functional chains, the cell expresses delta and gamma. If not, the cell proceeds to rearrange the beta and alpha loci. This region represents the germline organization of the T cell receptor alpha and delta loci. Both the alpha and delta loci include V (variable), J (joining), and C (constant) segments and the delta locus also includes diversity (D) segments. The delta locus is situated within the alpha locus, between the alpha V and J segments. During T cell development, the delta chain is synthesized by a recombination event at the DNA level joining a D segment with a J segment; a V segment is then joined to the D-J gene. The alpha chain is synthesized by recombination joining a single V segment with a J segment. For both chains, the C segment is later joined by splicing at the RNA level. Recombination of many different V segments with several J segments provides a wide range of antigen recognition. Additional diversity is attained by junctional diversity, resulting from the random additional of nucleotides by terminal deoxynucleotidyltransferase. Five variable segments can be used in either alpha or delta chains and are described by TRAV/DV symbols. Several V and J segments of the alpha locus are known to be incapable of encoding a protein and are considered pseudogenes. |
DNA 與 RNA 序列
TGGCTCTAGCAACACAGGCAAACTAATCTTTGGGCAAGGG40ACAACTTTACAAGTAAAACCAGGTA65cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。