基因總覽
TRAJ34 的正式名稱為 T cell receptor alpha joining 34,屬於 T cell receptor gene。它位於 T cell receptor alpha 與 delta 基因座所在區域;其中 delta 基因座嵌在 alpha 基因座內,介於 alpha 的 V 與 J 片段之間。alpha 基因座由 V(variable)、J(joining)及 C(constant)片段組成,TRAJ34 所屬的 J 片段是這套基因重組架構的一部分。此基因座含有多個 V 與 J 片段,並有部分片段被認定為無法編碼蛋白質的假基因。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000390503 ★ | 22,507,666–22,507,723 | 1 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TRAJ34 所屬的 J 片段參與 T cell receptor alpha 鏈的形成。T cell receptor 能辨識外來抗原,但其辨識對象不是未經處理的抗原:抗原會先被處理成小胜肽,並與 major histocompatibility complex(MHC)分子結合,再呈現在抗原呈現細胞(APC)表面。T cell receptor 通常由 alpha 與 beta 鏈,或 delta 與 gamma 鏈組成二聚體。
在 T 細胞發育期間,alpha 鏈透過 DNA 層級的重組形成:單一 V 片段與一個 J 片段接合;之後,C 片段再經 RNA 剪接接上。相較之下,delta 鏈的重組先將 D 片段與 J 片段接合,再連接 V 片段。alpha 與 delta 基因座的重排與表現依序進行;若 delta 與 gamma 重排都產生功能性鏈,細胞便表現 delta 與 gamma,否則會繼續重排 beta 與 alpha 基因座。
多種 V 片段與數個 J 片段的不同組合,可增加 T cell receptor 的抗原辨識範圍;接合處的多樣性也能進一步擴大辨識差異,這是由 terminal deoxynucleotidyltransferase 隨機加入核苷酸所造成。部分 V 片段可供 alpha 或 delta 鏈使用,並以 TRAV/DV 符號描述。上述資料說明了 alpha 鏈重組如何參與形成多樣化的抗原辨識能力;但來源未提供 TRAJ34 單一片段的特定辨識對象或獨立功能。
Promoter 與基因調控
>TRAJ34 ENST00000390503 GRCh38 chr14:22506666-22507766 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CATTGCGGGTCCGGCACTCAAGTGATTGTTTTACCACGTAAGTATATCTTTTCTCATTTCTGTGGGCTGT TATGTCCGTAAATCATATAGAACAGTTCTTCTTATGCACACACACACACACACACCCATTTTCCAGTCAC TGAGGAGAAACAGTCTCTGGGTCTACCTACACAGCCAGTTTGACCATTAAGATGGTCAAATTCATTTTTC AAGATAATTTTAACTGGTTCCATTTAATGCTGCCAACAGCCAAGGGCATTAGCATGTCGTGGGAACCTAA TCTATGTTCACTCACTGCTGTGGGAGGACAGTCATTTCTTCTTCTCCCCTGGCAGTCAGACTTCAGAATC CAGCTGACCTTTTCCATGCCTGTCTCTTCTGGCAGATTAAGTGGTTATTTCCACTAACTTTCTTGTGGAA AAACACACAAGACAGATATATTCTCCTTCAGTTTTTACTAAGAAAGTTTTGTGGTTATCATTTTGACAAT AAACTTCAGCTAGCATAGTCCCTACTATTCATGTTAATAATATCTTGACTTGAACCATCATATTTTCCCC ACATCATTCACAATGCATTTCAATGCTGTAACCCACTGCACCATCCCCAGCCCTTTTATCTTCACAACGT TCTCTAATAAGGTAAACAGGATCATACATCATCAAACATATGTCACAGACAGAAAAGCTGACACACAGAC AAGTTAAATAATTTAAGTCAAACCAAAAAAAAATCATAACTGGGATTAGAGCTTGAGATTCCCTATTTTC TTACAGTGAACTGTCTTGAGCTGTCACTTAATGCATTGAAAACATAATAAGCACAGGCCATAGGCATTTT CAGAACATGAAACTTGACTGAAACAAAAACTGACTGTTTGATTGCTTTGGTGTTTTAAATGTATCCCCAA ATCTCCTTTGCTATTGATAGTCATTTGGTGCCAGTGACAGGGAAGAGCAGAGGGGCTTAGGAGGTTTTTG TAGATCTCAGTATCACTGTGTCTTATAACACCGACAAGCTCATCTTTGGGACTGGGACCAGATTACAAGT CTTTCCAAGTAAGTACTAGAAACCAAGGAGCCATTTTGAAAAGGTGTTTTC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR14_B6GL3 · enhancer · 22505637–22506243 · regulatory
ENSR14_B6GLQ · enhancer · 22510490–22511128 · regulatory
ENSR14_B6GM2 · enhancer · 22512363–22512879 · regulatory
· motif · 22502761–22502769 · motif
· motif · 22505278–22505291 · motif
· motif · 22505278–22505291 · motif
· motif · 22505795–22505810 · motif
· motif · 22505912–22505928 · motif
· motif · 22505912–22505928 · motif
· motif · 22506066–22506077 · motif
· motif · 22506092–22506108 · motif
· motif · 22506103–22506111 · motif
· motif · 22506590–22506599 · motif
· motif · 22507134–22507142 · motif
· motif · 22507662–22507677 · motif
· motif · 22507662–22507677 · motif
· motif · 22507990–22508005 · motif
· motif · 22507995–22508007 · motif
· motif · 22507998–22508005 · motif
· motif · 22509087–22509103 · motif
· motif · 22509087–22509103 · motif
· motif · 22509507–22509520 · motif
· motif · 22509507–22509520 · motif
· motif · 22509597–22509610 · motif
· motif · 22509617–22509630 · motif
· motif · 22509617–22509630 · motif
· motif · 22509731–22509738 · motif
· motif · 22509903–22509916 · motif
· motif · 22509903–22509916 · motif
· motif · 22509908–22509920 · motif
· motif · 22509910–22509917 · motif
· motif · 22510000–22510013 · motif
· motif · 22510097–22510110 · motif
· motif · 22510173–22510186 · motif
· motif · 22510173–22510186 · motif
· motif · 22510175–22510184 · motif
· motif · 22510659–22510674 · motif
· motif · 22511484–22511497 · motif
· motif · 22512613–22512626 · motif
· motif · 22512613–22512626 · motif
基因座與轉錄註解
TRAJ34 依 HGNC/Ensembl 分類為 T cell receptor gene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000390503 ★ | TR_J_gene | 58 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
細胞內定位
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | T cell receptor 辨識的是經處理成小胜肽、並與 major histocompatibility complex(MHC)分子結合後呈現在抗原呈現細胞(APC)表面的外來抗原。受體由 alpha 與 beta 鏈或 delta 與 gamma 鏈組成;T 細胞發育時依序重排 delta、gamma、beta、alpha 基因座,delta 與 gamma 若都產生功能性鏈便予以表現,否則繼續重排 beta 與 alpha。alpha 鏈由 V 與 J 片段接合形成,delta 鏈則先接合 D 與 J,再連接 V;兩者皆由 RNA 剪接接上 C 片段。不同 V、J 組合及 terminal deoxynucleotidyltransferase 隨機加入核苷酸所造成的接合多樣性,擴大抗原辨識範圍。部分 alpha 基因座的 V、J 片段無法編碼蛋白質,屬於假基因。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源T cell receptors recognize foreign antigens which have been processed as small peptides and bound to major histocompatibility complex (MHC) molecules at the surface of antigen presenting cells (APC). Each T cell receptor is a dimer consisting of one alpha and one beta chain or one delta and one gamma chain. In a single cell, the T cell receptor loci are rearranged and expressed in the order delta, gamma, beta, and alpha. If both delta and gamma rearrangements produce functional chains, the cell expresses delta and gamma. If not, the cell proceeds to rearrange the beta and alpha loci. This region represents the germline organization of the T cell receptor alpha and delta loci. Both the alpha and delta loci include V (variable), J (joining), and C (constant) segments and the delta locus also includes diversity (D) segments. The delta locus is situated within the alpha locus, between the alpha V and J segments. During T cell development, the delta chain is synthesized by a recombination event at the DNA level joining a D segment with a J segment; a V segment is then joined to the D-J gene. The alpha chain is synthesized by recombination joining a single V segment with a J segment. For both chains, the C segment is later joined by splicing at the RNA level. Recombination of many different V segments with several J segments provides a wide range of antigen recognition. Additional diversity is attained by junctional diversity, resulting from the random additional of nucleotides by terminal deoxynucleotidyltransferase. Five variable segments can be used in either alpha or delta chains and are described by TRAV/DV symbols. Several V and J segments of the alpha locus are known to be incapable of encoding a protein and are considered pseudogenes. |
DNA 與 RNA 序列
TCTTATAACACCGACAAGCTCATCTTTGGGACTGGGACCA40GATTACAAGTCTTTCCAA58cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。