基因總覽
TRAJ33 的正式名稱為 T cell receptor alpha joining 33，屬於 T cell receptor gene。其所在的 T cell receptor alpha 與 delta 基因區域具有胚系排列；alpha 區域包含 V（variable）、J（joining）及 C（constant）片段，delta 區域另有 D（diversity）片段，且位於 alpha 區域內、介於 alpha 的 V 與 J 片段之間。TRAJ33 的名稱指出它屬於 alpha joining 片段。T cell receptor 由兩條鏈組成，可為 alpha 與 beta，或 delta 與 gamma；T cell receptor 基因區域會在 T 細胞發育過程中重組並表現。來源也指出，alpha 區域中有若干 V 與 J 片段無法編碼蛋白質，並被視為 pseudogenes；此項說明適用於該區域的部分片段，並未特別指明 TRAJ33。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000390504 ★ | 22,508,602–22,508,658 | 1 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
T cell receptor 的作用是辨識外來抗原；這些抗原先被處理成小型胜肽，再與 major histocompatibility complex（MHC）分子結合，呈現在抗原呈現細胞（APC）表面。T cell receptor 是由兩條鏈構成的二聚體，可能是 alpha 與 beta 鏈，或 delta 與 gamma 鏈。TRAJ33 所屬的 alpha joining 片段位於參與 alpha 鏈組成的基因區域；來源並未單獨說明 TRAJ33 的特定辨識功能或其產物特性。
T 細胞發育時，T cell receptor 基因座依 delta、gamma、beta、alpha 的順序重組並表現。若 delta 與 gamma 的重組都產生功能性鏈，細胞便表現 delta 與 gamma；若未能如此，則繼續重組 beta 與 alpha 基因座。alpha 鏈的形成涉及一個 V 片段與一個 J 片段在 DNA 層級重組，之後 C 片段再透過 RNA 層級的剪接接合。相較之下，delta 鏈先由 D 與 J 片段重組，再將 V 片段接到 D-J 基因上，之後同樣由 RNA 剪接接合 C 片段。
多種 V 片段與數個 J 片段的不同組合，可帶來廣泛的抗原辨識範圍；片段接合處還能藉由 terminal deoxynucleotidyltransferase 隨機加入核苷酸，形成額外的接合多樣性。部分 V 片段可供 alpha 或 delta 鏈使用，並以 TRAV/DV 符號描述。這些重組與多樣性機制說明了 alpha、delta 鏈基因區域如何參與 T cell receptor 的形成與辨識變化；但來源未提供 TRAJ33 單獨參與這些過程的實驗細節。alpha 區域另有若干已知無法編碼蛋白質的 V 與 J 片段，歸類為 pseudogenes，來源未指出 TRAJ33 是否屬於其中。
Promoter 與基因調控
>TRAJ33 ENST00000390504 GRCh38 chr14:22507602-22508702 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GGTGCCAGTGACAGGGAAGAGCAGAGGGGCTTAGGAGGTTTTTGTAGATCTCAGTATCACTGTGTCTTAT AACACCGACAAGCTCATCTTTGGGACTGGGACCAGATTACAAGTCTTTCCAAGTAAGTACTAGAAACCAA GGAGCCATTTTGAAAAGGTGTTTTCTTTTTCTTTTTCTTTTTTTTTTAAATGAAGTTTTGCTCTTTGTTG CGCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCGGCTCACTACAACCTCCACCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTC CTGTCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCACCTACCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTT AGTAGAAACAGTGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAAGTGATCTGCCTGCC TCGGCCTGCCAAAGATTACAGGCCACTGCGCCCAGCCTTAAAAGGTGTTTTCTATAAACAGGAACGTTCT CACAGCACTGCAGGCCACCCTTACCAACTCCGAGCTCTGTAGGGGCCTTTAGCACCTATAGCTGCAGAAC CTTCTATAAACCAATTAATCTATATGTGAACAATTTAACCTATATGTGAACACCATGGTACTGAGTAAAA TCTTACCAGCAGTGAAAAGAAGGCACTAGAGCGTCAGATGCATTATGACTCTAAACAAATGATCTGTTTC CCTCTTTTGCATTTTTATTTAAAATATCAGGGAAGGTGAAGCAAGTTCAACTTCTCCAATTTGAAAACTG TTTCTGAATTATGCTTCCCTTGTATGCAGAGAGACCTAGATTGACTTTGGATGTTTAGTCATTCGATTTA ATCAAATGTAATTAAATGAGCAAATAATCTCCAATAGCCAATATTCCTATGTTGTTTCATTGTTTTATGT GCTTTGCTCTAGACTTTTTGTCTGGGCTTTGTCTCTAATAGGATCCCCGGAAGGACAGTGAAGGTTTTTG TTAAGGTTTTTGTGTCTGTGTGGATAGCAACTATCAGTTAATCTGGGGCGCTGGGACCAAGCTAATTATA AAGCCAGGTAAGTCTCAGAGATGTGACTGCACGGGAGAGGAGACACTAGTT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR14_B6GL3 · enhancer · 22505637–22506243 · regulatory
ENSR14_B6GLQ · enhancer · 22510490–22511128 · regulatory
ENSR14_B6GM2 · enhancer · 22512363–22512879 · regulatory
ENSR14_9BX9C · enhancer · 22513436–22513704 · regulatory
· motif · 22505278–22505291 · motif
· motif · 22505278–22505291 · motif
· motif · 22505795–22505810 · motif
· motif · 22505912–22505928 · motif
· motif · 22505912–22505928 · motif
· motif · 22506066–22506077 · motif
· motif · 22506092–22506108 · motif
· motif · 22506103–22506111 · motif
· motif · 22506590–22506599 · motif
· motif · 22507134–22507142 · motif
· motif · 22507662–22507677 · motif
· motif · 22507662–22507677 · motif
· motif · 22507990–22508005 · motif
· motif · 22507995–22508007 · motif
· motif · 22507998–22508005 · motif
· motif · 22509087–22509103 · motif
· motif · 22509087–22509103 · motif
· motif · 22509507–22509520 · motif
· motif · 22509507–22509520 · motif
· motif · 22509597–22509610 · motif
· motif · 22509617–22509630 · motif
· motif · 22509617–22509630 · motif
· motif · 22509731–22509738 · motif
· motif · 22509903–22509916 · motif
· motif · 22509903–22509916 · motif
· motif · 22509908–22509920 · motif
· motif · 22509910–22509917 · motif
· motif · 22510000–22510013 · motif
· motif · 22510097–22510110 · motif
· motif · 22510173–22510186 · motif
· motif · 22510173–22510186 · motif
· motif · 22510175–22510184 · motif
· motif · 22510659–22510674 · motif
· motif · 22511484–22511497 · motif
· motif · 22512613–22512626 · motif
· motif · 22512613–22512626 · motif
基因座與轉錄註解
TRAJ33 依 HGNC／Ensembl 分類為 T cell receptor gene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000390504 ★ | TR_J_gene | 57 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
細胞內定位
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | T cell receptor 可辨識由抗原呈現細胞表面 MHC 分子呈現的外來小型胜肽抗原，並由 alpha-beta 或 delta-gamma 鏈組成。其基因座在單一細胞中依 delta、gamma、beta、alpha 順序重組；若 delta 與 gamma 均形成可作用的鏈，細胞表現這兩條鏈，否則轉而重組 beta 與 alpha。alpha 與 delta 基因區域含 V、J、C 片段，delta 區域另含 D 片段且位於 alpha 區域內。發育期間，delta 鏈經 D-J 再接 V 的 DNA 重組形成，alpha 鏈則由 V-J 重組形成；兩者的 C 片段之後透過 RNA 剪接接合。多種 V、J 組合及 terminal deoxynucleotidyltransferase 隨機加入核苷酸所造成的接合多樣性，擴增抗原辨識範圍。部分 V 片段可供 alpha 或 delta 鏈使用；alpha 區域亦有若干無法編碼蛋白質的 V、J 片段，被視為 pseudogenes。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源T cell receptors recognize foreign antigens which have been processed as small peptides and bound to major histocompatibility complex (MHC) molecules at the surface of antigen presenting cells (APC). Each T cell receptor is a dimer consisting of one alpha and one beta chain or one delta and one gamma chain. In a single cell, the T cell receptor loci are rearranged and expressed in the order delta, gamma, beta, and alpha. If both delta and gamma rearrangements produce functional chains, the cell expresses delta and gamma. If not, the cell proceeds to rearrange the beta and alpha loci. This region represents the germline organization of the T cell receptor alpha and delta loci. Both the alpha and delta loci include V (variable), J (joining), and C (constant) segments and the delta locus also includes diversity (D) segments. The delta locus is situated within the alpha locus, between the alpha V and J segments. During T cell development, the delta chain is synthesized by a recombination event at the DNA level joining a D segment with a J segment; a V segment is then joined to the D-J gene. The alpha chain is synthesized by recombination joining a single V segment with a J segment. For both chains, the C segment is later joined by splicing at the RNA level. Recombination of many different V segments with several J segments provides a wide range of antigen recognition. Additional diversity is attained by junctional diversity, resulting from the random additional of nucleotides by terminal deoxynucleotidyltransferase. Five variable segments can be used in either alpha or delta chains and are described by TRAV/DV symbols. Several V and J segments of the alpha locus are known to be incapable of encoding a protein and are considered pseudogenes. |
DNA 與 RNA 序列
TGGATAGCAACTATCAGTTAATCTGGGGCGCTGGGACCAA40GCTAATTATAAAGCCAG57cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。