基因總覽
TRAJ31 是 T cell receptor alpha joining 31，屬於 T cell receptor 基因座中的 joining segment。NCBI 摘要描述的 alpha 與 delta 基因座具有 V（variable）、J（joining）和 C（constant）片段；TRAJ31 對應 alpha 基因座的 J 類片段。這些基因座的胚系排列提供基因重組所需的片段組成。來源未提供 TRAJ31 個別片段的序列、蛋白質產物或其是否能編碼蛋白質等資訊，因此不能據此進一步描述其產物特性。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000390506 ★ | 22,510,968–22,511,024 | 1 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
T cell receptor 可辨識外來抗原，但辨識對象不是未經處理的抗原：抗原會先成為小胜肽，並與主要組織相容性複合體（MHC）分子結合，呈現在抗原呈現細胞（APC）表面。T cell receptor 是由兩條鏈組成的二聚體，可為 alpha 與 beta 鏈，或 delta 與 gamma 鏈。NCBI 摘要說明 TRAJ31 所屬的 alpha 基因座參與此受體系統；來源未詳述 TRAJ31 單一片段的辨識特異性或個別功能。
T 細胞發育期間，受體基因座依序重排與表現：delta、gamma、beta，接著是 alpha。若 delta 與 gamma 的重排都產生功能性鏈，細胞便表現 delta 與 gamma；若未能如此，則繼續重排 beta 與 alpha 基因座。alpha 鏈的形成涉及一個 V 片段與一個 J 片段在 DNA 層級重組，之後 C 片段再經 RNA 剪接接合。TRAJ31 作為 alpha 基因座的 joining segment，屬於這類重組所涉及的 J 片段；摘要並未單獨說明 TRAJ31 被選用時的結果。
不同 V 片段與多個 J 片段的組合，可提供較廣的抗原辨識範圍。重組接合處也能增加多樣性：terminal deoxynucleotidyltransferase 可隨機加入核苷酸，形成接合多樣性。這些描述適用於 alpha 或 delta 鏈的基因重組概況，並非 TRAJ31 特有的實驗結果。摘要另指出，alpha 基因座有數個 V 與 J 片段已知無法編碼蛋白質，並被視為假基因；但未指出 TRAJ31 是否屬於其中之一。
Promoter 與基因調控
>TRAJ31 ENST00000390506 GRCh38 chr14:22509968-22511068 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter ATCCACGTATCTGTCACTCTATTTCCTACGTTTGCTTCCCTTTTGTTTTCTCTAGAATAAGTTCTTTTTG TTTGCTCTGGACACCCACTGCTCCCAGGATGAAAGGAGAGAAATGAGATCAGTTTTGAACACTTCCTCTT GAAATATAAAGAATCAACAAGTTACAGTCATGTTGGGGACTTCTTCTCTCTCCAAGCTTAAATTTCTATT ACGTAAGCCTTACTTTTAACCAAGAAAGTTAGTGACATGGTATCACTGTCTGGGATGCTCACCCCTCTCT CTTTTCTCCAGATACTCCGTGTATACTAAAGCTCAGCCAATGCTCAGCTTTGTGATAAAGGAGCTGTTGT GTGTCTTTATCTCTGCCTTTAGGATACAGTCTTTTTTATAACAGAAAGTGTTCACTTCTCCCATTTATTT CATGGCTGGACTCTCTACCCCTTCCTGGCTGAAACAGCATATGGGTCCATGGTGGAACTTCTTTGGGAAA AAAAAAAAATAGAACTGTTTGACTTTTGCCACTCTTCCCTCATGAAATGTTTTTTAGGCTATCAAATAAG CATTATTACACATTGAGAAGGCTTTGAAAAAACTTGATCACTGAGTCTGGAGGTGAGCTGGGATGGCTCT GTAGCTGGAAAATATCCCTGTGGGTGTAGGAATGTACCGTCCCTTCAAACTTGTGTGTTTAGGGCTGAGC TCACACATACGACAGCAAGAGTTGTTAACAAATTAGATTCAGCTTTGGCAGTTTTATGCCTAGAAATGCA AAAGAATTTTAAAAGCTCATAAGTTTGGCATTTTTAAAGGAGACATTGTTTGCTTTATGTTGCAGAGCCA ATTTTTCTTCCTATCATAAAAGGCCAGAAACACAGAGAAAGCAAAAAAAAAAAAGGAAAAAAAAAAAAAA CACAAGGAGAGTCTAACTGCCCCCTCACCACAGTGCTATGTGTTTGGTAGGGTTTTACTATGGGTTTCAG TAAAGGCAGGAAGTGCTGTGGGAATAACAATGCCAGACTCATGTTTGGAGATGGAACTCAGCTGGTGGTG AAGCCCAGTAAGTGGCCATGTTTTATTGATATTTGACCAAACAAATAAATC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR14_B6GL3 · enhancer · 22505637–22506243 · regulatory
ENSR14_B6GLQ · enhancer · 22510490–22511128 · regulatory
ENSR14_B6GM2 · enhancer · 22512363–22512879 · regulatory
ENSR14_9BX9C · enhancer · 22513436–22513704 · regulatory
ENSR14_8MTK4 · enhancer · 22514144–22514369 · regulatory
ENSR14_B6GMG · enhancer · 22515335–22515876 · regulatory
· motif · 22506066–22506077 · motif
· motif · 22506092–22506108 · motif
· motif · 22506103–22506111 · motif
· motif · 22506590–22506599 · motif
· motif · 22507134–22507142 · motif
· motif · 22507662–22507677 · motif
· motif · 22507662–22507677 · motif
· motif · 22507990–22508005 · motif
· motif · 22507995–22508007 · motif
· motif · 22507998–22508005 · motif
· motif · 22509087–22509103 · motif
· motif · 22509087–22509103 · motif
· motif · 22509507–22509520 · motif
· motif · 22509507–22509520 · motif
· motif · 22509597–22509610 · motif
· motif · 22509617–22509630 · motif
· motif · 22509617–22509630 · motif
· motif · 22509731–22509738 · motif
· motif · 22509903–22509916 · motif
· motif · 22509903–22509916 · motif
· motif · 22509908–22509920 · motif
· motif · 22509910–22509917 · motif
· motif · 22510000–22510013 · motif
· motif · 22510097–22510110 · motif
· motif · 22510173–22510186 · motif
· motif · 22510173–22510186 · motif
· motif · 22510175–22510184 · motif
· motif · 22510659–22510674 · motif
· motif · 22511484–22511497 · motif
· motif · 22512613–22512626 · motif
· motif · 22512613–22512626 · motif
· motif · 22513773–22513784 · motif
· motif · 22514472–22514484 · motif
· motif · 22514826–22514848 · motif
· motif · 22514826–22514848 · motif
· motif · 22515160–22515177 · motif
· motif · 22515380–22515395 · motif
· motif · 22515838–22515851 · motif
· motif · 22515838–22515851 · motif
基因座與轉錄註解
TRAJ31 依 HGNC／Ensembl 分類為 T cell receptor gene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000390506 ★ | TR_J_gene | 57 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
細胞內定位
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | T cell receptor 以 alpha-beta 或 delta-gamma 鏈構成，辨識呈現在 APC 表面的 MHC 結合小胜肽。T 細胞發育時依序重排受體基因座；alpha 鏈由 V 與 J 片段重組，C 片段再經 RNA 剪接接合。不同片段組合及隨機核苷酸加入可增加辨識多樣性；部分 alpha 基因座片段是無法編碼蛋白質的假基因。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源T cell receptors recognize foreign antigens which have been processed as small peptides and bound to major histocompatibility complex (MHC) molecules at the surface of antigen presenting cells (APC). Each T cell receptor is a dimer consisting of one alpha and one beta chain or one delta and one gamma chain. In a single cell, the T cell receptor loci are rearranged and expressed in the order delta, gamma, beta, and alpha. If both delta and gamma rearrangements produce functional chains, the cell expresses delta and gamma. If not, the cell proceeds to rearrange the beta and alpha loci. This region represents the germline organization of the T cell receptor alpha and delta loci. Both the alpha and delta loci include V (variable), J (joining), and C (constant) segments and the delta locus also includes diversity (D) segments. The delta locus is situated within the alpha locus, between the alpha V and J segments. During T cell development, the delta chain is synthesized by a recombination event at the DNA level joining a D segment with a J segment; a V segment is then joined to the D-J gene. The alpha chain is synthesized by recombination joining a single V segment with a J segment. For both chains, the C segment is later joined by splicing at the RNA level. Recombination of many different V segments with several J segments provides a wide range of antigen recognition. Additional diversity is attained by junctional diversity, resulting from the random additional of nucleotides by terminal deoxynucleotidyltransferase. Five variable segments can be used in either alpha or delta chains and are described by TRAV/DV symbols. Several V and J segments of the alpha locus are known to be incapable of encoding a protein and are considered pseudogenes. |
DNA 與 RNA 序列
GGAATAACAATGCCAGACTCATGTTTGGAGATGGAACTCA40GCTGGTGGTGAAGCCCA57cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。