基因總覽
TRAJ30 的正式名稱為 T cell receptor alpha joining 30，屬於 T cell receptor gene。它位於 T 細胞受體 alpha／delta 基因座；此基因座包含可變區（V）、接合區（J）與恆定區（C）片段，delta 基因座另含多樣性區（D）片段。delta 基因座位於 alpha 基因座內，介於 alpha 的 V 與 J 片段之間。現有資料描述的是基因座的整體組織，未指出 TRAJ30 本身是否能編碼功能性蛋白質。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000390507 ★ | 22,512,852–22,512,908 | 1 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
T 細胞受體辨識的目標，是經處理成小型胜肽並結合主要組織相容性複合體（MHC）分子的外來抗原；這些 MHC 分子位於抗原呈現細胞（APC）表面。受體由兩條鏈組成，可為 alpha 與 beta 鏈，或 delta 與 gamma 鏈。TRAJ30 所屬的基因座提供 alpha 鏈重組所涉及的 J 片段，但資料未單獨說明 TRAJ30 片段的功能性或特定抗原辨識特性。
在 T 細胞發育期間，alpha 鏈透過 DNA 層級的重組形成，過程中一個 V 片段與一個 J 片段接合；之後，C 片段再於 RNA 層級透過剪接接上。相較之下，delta 鏈先由 D 與 J 片段接合，再將 V 片段接至 D-J 基因。T 細胞受體基因座的重排與表現依 delta、gamma、beta、alpha 的順序進行；若 delta 與 gamma 的重排都產生功能性鏈，細胞便表現這兩條鏈，否則會繼續重排 beta 與 alpha 基因座。
多種 V 片段與數個 J 片段的不同組合，可拓展抗原辨識的範圍；接合處多樣性則帶來額外變化，來源所述的機制是 terminal deoxynucleotidyltransferase 隨機添加核苷酸。另有五個可變片段可用於 alpha 或 delta 鏈，並以 TRAV/DV 符號表示。alpha 基因座中有若干 V 與 J 片段已知不能編碼蛋白質，因而歸類為偽基因；資料沒有確認 TRAJ30 是否屬於其中之一。
Promoter 與基因調控
>TRAJ30 ENST00000390507 GRCh38 chr14:22511852-22512952 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GCTGGAGTCACCACATTGACTGTCTGTTATTAAACCCTATAACAGGTTATAATTAAGATTATGGAATGAC TAACCCAAGGAGCTTTAAAATAGGATAGCCTAGTTTTAAACGGTTCAGCCTTGGGAAATGCTGGAAGACA AGGAAATGAGATAGATGACTCCATAGGTTTGTTTTACGTCTGGTGAACATATCCATCCCATGTTAATTTT TTTTAACGACTATGATAAAGAGCTTCTTTGGGGTCAGGTAGAACCCAAAGGAGGAAGAGAAAATGGGACT TGGTTCTTTAAGTGTCAAACAAGGATCCAGCCAGGGTTGAGGGCAATGGCATAAGGCTTCCCTCTCTTGG TGGTGAGAGACCACATCCATGGACTGTGGAAGGAGAACATTTTCTAAAAGACGGGGATCCCTTGGGCTAA AATGAATGATGCTCATGACCCCCAGCTAGGGCAGGGCTATAATGAGTACAGCAAACATAAGGCAAGGTAT CCTCAGAATTTGGTGACAGGGCAAATTCTAGAACTTAAGGCTTAGAGCCAGGGTGAAGGGAAGACTCTGT AATGCAGTTCCTTCTCAGGTGGAAATCCAGATATGTGCCCTAAGTGACCTATTCCTGCCCCATTTTTGTT TGGGCTCTGAAAAGTGGATTCCTAGCTCAGTGGCTGTCTGCCAGGTATCTTTTGCCTTCAGTAACAGAAT TATGTTTGATATTGGAAAGGAGTTTGTTGTATTGTTGGCTTTATAATTCACTCTCAGTGTCAAATGAGGT CATTCAACTTCCTCTCGCACATTTGCAATAAGCAGCATGAAATTCAAGCAGAACAACTAGAAGACACAGA GAAAGATGGCTGAGCTGATAATGAGGCCTGTTTATTACAGGAGAAGAGACAATATAGGAATCTGTTAAGT CCCATGAGGTTGAAATATCCACCAAAAAATATGCAGCTGTCCCCCAAAAAAAAGTCACTAGGAGTTTTTG TTATGGTCCCAATCACAGTGTGAACAGAGATGACAAGATCATCTTTGGAAAAGGGACACGACTTCATATT CTCCCCAGTAAGTGCTGTTTATGTGATTTTCTGACATTAACTCCCACTGAG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR14_B6GLQ · enhancer · 22510490–22511128 · regulatory
ENSR14_B6GM2 · enhancer · 22512363–22512879 · regulatory
ENSR14_9BX9C · enhancer · 22513436–22513704 · regulatory
ENSR14_8MTK4 · enhancer · 22514144–22514369 · regulatory
ENSR14_B6GMG · enhancer · 22515335–22515876 · regulatory
ENSR14_9BXBG · enhancer · 22517287–22517612 · regulatory
· motif · 22507990–22508005 · motif
· motif · 22507995–22508007 · motif
· motif · 22507998–22508005 · motif
· motif · 22509087–22509103 · motif
· motif · 22509087–22509103 · motif
· motif · 22509507–22509520 · motif
· motif · 22509507–22509520 · motif
· motif · 22509597–22509610 · motif
· motif · 22509617–22509630 · motif
· motif · 22509617–22509630 · motif
· motif · 22509731–22509738 · motif
· motif · 22509903–22509916 · motif
· motif · 22509903–22509916 · motif
· motif · 22509908–22509920 · motif
· motif · 22509910–22509917 · motif
· motif · 22510000–22510013 · motif
· motif · 22510097–22510110 · motif
· motif · 22510173–22510186 · motif
· motif · 22510173–22510186 · motif
· motif · 22510175–22510184 · motif
· motif · 22510659–22510674 · motif
· motif · 22511484–22511497 · motif
· motif · 22512613–22512626 · motif
· motif · 22512613–22512626 · motif
· motif · 22513773–22513784 · motif
· motif · 22514472–22514484 · motif
· motif · 22514826–22514848 · motif
· motif · 22514826–22514848 · motif
· motif · 22515160–22515177 · motif
· motif · 22515380–22515395 · motif
· motif · 22515838–22515851 · motif
· motif · 22515838–22515851 · motif
· motif · 22515999–22516012 · motif
· motif · 22515999–22516012 · motif
· motif · 22517204–22517215 · motif
· motif · 22517204–22517215 · motif
· motif · 22517520–22517533 · motif
· motif · 22517550–22517563 · motif
· motif · 22517568–22517575 · motif
· motif · 22517852–22517867 · motif
· motif · 22517852–22517867 · motif
基因座與轉錄註解
TRAJ30 依 HGNC／Ensembl 分類為 T cell receptor gene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000390507 ★ | TR_J_gene | 57 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
細胞內定位
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | T 細胞受體辨識與 MHC 結合的小型胜肽抗原，受體由 alpha-beta 或 delta-gamma 鏈構成。T 細胞發育時依序重排受體基因座；alpha 鏈由 V 與 J 片段重組，delta 鏈則涉及 D、J 與 V 片段，之後兩者皆接上 C 片段。不同片段組合及接合處核苷酸添加增加辨識多樣性；部分 alpha 基因座 V、J 片段為偽基因。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源T cell receptors recognize foreign antigens which have been processed as small peptides and bound to major histocompatibility complex (MHC) molecules at the surface of antigen presenting cells (APC). Each T cell receptor is a dimer consisting of one alpha and one beta chain or one delta and one gamma chain. In a single cell, the T cell receptor loci are rearranged and expressed in the order delta, gamma, beta, and alpha. If both delta and gamma rearrangements produce functional chains, the cell expresses delta and gamma. If not, the cell proceeds to rearrange the beta and alpha loci. This region represents the germline organization of the T cell receptor alpha and delta loci. Both the alpha and delta loci include V (variable), J (joining), and C (constant) segments and the delta locus also includes diversity (D) segments. The delta locus is situated within the alpha locus, between the alpha V and J segments. During T cell development, the delta chain is synthesized by a recombination event at the DNA level joining a D segment with a J segment; a V segment is then joined to the D-J gene. The alpha chain is synthesized by recombination joining a single V segment with a J segment. For both chains, the C segment is later joined by splicing at the RNA level. Recombination of many different V segments with several J segments provides a wide range of antigen recognition. Additional diversity is attained by junctional diversity, resulting from the random additional of nucleotides by terminal deoxynucleotidyltransferase. Five variable segments can be used in either alpha or delta chains and are described by TRAV/DV symbols. Several V and J segments of the alpha locus are known to be incapable of encoding a protein and are considered pseudogenes. |
DNA 與 RNA 序列
TGAACAGAGATGACAAGATCATCTTTGGAAAAGGGACACG40ACTTCATATTCTCCCCA57cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。