基因總覽
TRAJ29 的正式名稱為 T cell receptor alpha joining 29，屬於 T cell receptor gene。它位於 T cell receptor alpha 與 delta 基因座區域；此區域包含 V（variable）、J（joining）與 C（constant）片段，而 delta 基因座另含 D（diversity）片段。delta 基因座位於 alpha 基因座內，介於 alpha 的 V 與 J 片段之間。TRAJ29 是 joining 片段，不應與完整的 T cell receptor 鏈或已重組的受體混為一談；來源描述的是基因座的生殖系組織及其重組方式，並未提供 TRAJ29 個別片段的蛋白質產物或結構資訊。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000390508 ★ | 22,513,939–22,513,998 | 1 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
T cell receptor 的 alpha 鏈與 beta 鏈，或 delta 鏈與 gamma 鏈，分別組成受體二聚體。這些受體辨識外來抗原，但辨識對象是經處理成小胜肽、並結合於抗原呈現細胞表面主要組織相容性複合體（MHC）分子的抗原。TRAJ29 所屬的 alpha 基因座 J 片段，是形成 alpha 鏈時可參與重組的基因片段之一；來源未說明 TRAJ29 單一片段的特定辨識對象或獨立功能。
T 細胞發育期間，T cell receptor 基因座依序進行重組與表現，順序為 delta、gamma、beta、alpha。若 delta 與 gamma 的重組都產生功能性鏈，細胞便表現 delta 與 gamma；若未能如此，則接續重組 beta 與 alpha 基因座。alpha 鏈的形成涉及一個 V 片段與一個 J 片段的 DNA 重組，之後 C 片段再透過 RNA 層級的剪接接上。相較之下，delta 鏈先由 D 與 J 片段重組，再接入 V 片段；這是區分兩種鏈形成方式的來源描述，並非 TRAJ29 特有的步驟。
多種 V 片段與數個 J 片段的不同組合，能增加受體辨識抗原的範圍；重組接合處也可因 terminal deoxynucleotidyltransferase 隨機添加核苷酸而產生額外差異。因此，J 片段參與的是建立多樣化 T cell receptor 的基因重組過程。來源另指出，alpha 或 delta 鏈可使用五個以 TRAV/DV 符號描述的可變片段；alpha 基因座中也有數個 V 與 J 片段不能編碼蛋白質，因而被視為假基因，但未指出 TRAJ29 是否屬於其中。
Promoter 與基因調控
>TRAJ29 ENST00000390508 GRCh38 chr14:22512939-22514039 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TAACTCCCACTGAGTTCAAACTGCTGAGAGTGTTCAGTAGGAAAGTTTCTAAGACATGTGGGTGGCCTGT AGGTCCTGGGCTCTTCTCTTGCAGAGGTCCAGTCCTCAGCCTTTCCACAGCTGAGCCAAATACCAAATTC TCCCCTCCAGGGCTGGAAAAGTTGCTACCAGTCCTCTGCTACCCAAATATAAATTATTTTTTTATTGTTT ATTAAGAAGAGTAAAAGAATCGTGACACTTTGTCCAGAACCTATTTTCCAGTCTTTTCCCCCAGGCTTGT CCCTGGTAACCTCTGTTTGGACTCATTGTTAAGCCCAGCGTGATTTTTGGCTCCAACTAAATTGATTTTG GAAATGACTCCAGCATACCTATGACCCCTCTCCTTCCACCCTCCATAAAAGATTTATTTTTCTTTATTTG GCCTCTGCTGAGATTCCTGGCTTTGATGCCCCAGGATCTCTCATTTCCCTTGTTCCAGGGATAAGTGAGA GATGACTTTTTAAAGAGCTACTTTCATCTTAGAGACAACAAAGAGAGTATGCCAGCAAGAGCAACATCTT GCATTGAGCCTTCTCACTCTATGCCATTTTCCAAATCTTTTTCTTTATTTAGGATAAGTGACCACTCCTT TTTATTTCTAGTACAGCAAAGAGTACATCATGATGTCAGAAACAGGGATTTCCTTTGGAATGTTTTTCAC AGGCTAACAATAAGCTAGAAGTCTGCAAGCAATTCAGAAATGCATCCCTGAGCTACAACTCCATGTATGG AAGCTCATCAGCAGGGTAGACAGGCAAAGCAGAAACATTTTAATTATACCATACTTTGTAGAGATTGGGG GAGAAGTGGGCAAATGCGTGCTAAGGAAAAACAAAAACTATGGTTAAGTGGGGAGATTTCTAGATGGTTC TAACAGGGAAGAAGACCAACAAGAGGAAACTTCCAGGAAAACCACCAAGGCCAGGCATTCAGGGTTTTTG TTATGGAGGAAATCACTGTGGGAATTCAGGAAACACACCTCTTGTCTTTGGAAAGGGCACAAGACTTTCT GTGATTGCAAGTAAGTGTTTCTAGCCATCCTTGATTTTGATCAGCAATGGC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR14_B6GLQ · enhancer · 22510490–22511128 · regulatory
ENSR14_B6GM2 · enhancer · 22512363–22512879 · regulatory
ENSR14_9BX9C · enhancer · 22513436–22513704 · regulatory
ENSR14_8MTK4 · enhancer · 22514144–22514369 · regulatory
ENSR14_B6GMG · enhancer · 22515335–22515876 · regulatory
ENSR14_9BXBG · enhancer · 22517287–22517612 · regulatory
ENSR14_9BXBN · enhancer · 22517985–22518429 · regulatory
· motif · 22509087–22509103 · motif
· motif · 22509087–22509103 · motif
· motif · 22509507–22509520 · motif
· motif · 22509507–22509520 · motif
· motif · 22509597–22509610 · motif
· motif · 22509617–22509630 · motif
· motif · 22509617–22509630 · motif
· motif · 22509731–22509738 · motif
· motif · 22509903–22509916 · motif
· motif · 22509903–22509916 · motif
· motif · 22509908–22509920 · motif
· motif · 22509910–22509917 · motif
· motif · 22510000–22510013 · motif
· motif · 22510097–22510110 · motif
· motif · 22510173–22510186 · motif
· motif · 22510173–22510186 · motif
· motif · 22510175–22510184 · motif
· motif · 22510659–22510674 · motif
· motif · 22511484–22511497 · motif
· motif · 22512613–22512626 · motif
· motif · 22512613–22512626 · motif
· motif · 22513773–22513784 · motif
· motif · 22514472–22514484 · motif
· motif · 22514826–22514848 · motif
· motif · 22514826–22514848 · motif
· motif · 22515160–22515177 · motif
· motif · 22515380–22515395 · motif
· motif · 22515838–22515851 · motif
· motif · 22515838–22515851 · motif
· motif · 22515999–22516012 · motif
· motif · 22515999–22516012 · motif
· motif · 22517204–22517215 · motif
· motif · 22517204–22517215 · motif
· motif · 22517520–22517533 · motif
· motif · 22517550–22517563 · motif
· motif · 22517568–22517575 · motif
· motif · 22517852–22517867 · motif
· motif · 22517852–22517867 · motif
· motif · 22518264–22518281 · motif
· motif · 22518365–22518382 · motif
· motif · 22518367–22518382 · motif
基因座與轉錄註解
TRAJ29 依 HGNC／Ensembl 分類為 T cell receptor gene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000390508 ★ | TR_J_gene | 60 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
細胞內定位
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | T cell receptor 以 alpha-beta 或 delta-gamma 鏈形成二聚體，辨識結合於抗原呈現細胞表面 MHC 的外來抗原小胜肽。T 細胞發育時，基因座依 delta、gamma、beta、alpha 的順序重組；alpha 鏈由 V 與 J 片段重組形成，之後以 RNA 剪接接上 C 片段。不同 V、J 組合及 terminal deoxynucleotidyltransferase 隨機添加核苷酸可增加辨識多樣性；部分 alpha 基因座 V、J 片段不能編碼蛋白質，屬假基因。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源T cell receptors recognize foreign antigens which have been processed as small peptides and bound to major histocompatibility complex (MHC) molecules at the surface of antigen presenting cells (APC). Each T cell receptor is a dimer consisting of one alpha and one beta chain or one delta and one gamma chain. In a single cell, the T cell receptor loci are rearranged and expressed in the order delta, gamma, beta, and alpha. If both delta and gamma rearrangements produce functional chains, the cell expresses delta and gamma. If not, the cell proceeds to rearrange the beta and alpha loci. This region represents the germline organization of the T cell receptor alpha and delta loci. Both the alpha and delta loci include V (variable), J (joining), and C (constant) segments and the delta locus also includes diversity (D) segments. The delta locus is situated within the alpha locus, between the alpha V and J segments. During T cell development, the delta chain is synthesized by a recombination event at the DNA level joining a D segment with a J segment; a V segment is then joined to the D-J gene. The alpha chain is synthesized by recombination joining a single V segment with a J segment. For both chains, the C segment is later joined by splicing at the RNA level. Recombination of many different V segments with several J segments provides a wide range of antigen recognition. Additional diversity is attained by junctional diversity, resulting from the random additional of nucleotides by terminal deoxynucleotidyltransferase. Five variable segments can be used in either alpha or delta chains and are described by TRAV/DV symbols. Several V and J segments of the alpha locus are known to be incapable of encoding a protein and are considered pseudogenes. |
DNA 與 RNA 序列
GGAATTCAGGAAACACACCTCTTGTCTTTGGAAAGGGCAC40AAGACTTTCTGTGATTGCAA60cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。