基因總覽
TRAJ28 的正式名稱為 T cell receptor alpha joining 28，屬於 T cell receptor 基因。T cell receptor alpha 與 delta 基因座包含 V（variable）、J（joining）及 C（constant）片段；delta 基因座另有 D（diversity）片段，且位於 alpha 基因座內、介於 alpha 的 V 與 J 片段之間。來源指出，alpha 基因座有若干 V 與 J 片段不能編碼蛋白質，因而被視為 pseudogenes。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000390509 ★ | 22,515,623–22,515,688 | 1 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
T cell receptor 負責辨識外來抗原；這些抗原須先被處理成小型胜肽，並結合在抗原呈現細胞表面的主要組織相容性複合體（major histocompatibility complex, MHC）分子上。T cell receptor 可由 alpha 與 beta 鏈，或 delta 與 gamma 鏈組成二聚體。TRAJ28 的正式名稱將其歸於 alpha joining 類別；來源描述的 alpha 鏈形成方式，是由單一 V 片段與一個 J 片段重組而成。
T 細胞發育期間，T cell receptor 基因座依序進行重排與表現：先是 delta、gamma，再來是 beta、alpha。若 delta 與 gamma 的重排都產生功能性鏈，細胞便表現 delta 與 gamma；若未能如此，則進一步重排 beta 與 alpha 基因座。這項先後順序說明，alpha 鏈的重排發生在特定發育條件下，而非所有細胞都必然採用相同的鏈組合。
alpha 鏈的多樣性來自不同 V 與 J 片段的組合。相較之下，來源所述的 delta 鏈會先在 DNA 層級將 D 片段與 J 片段接合，再把 V 片段接到 D-J 基因上。兩種鏈的 C 片段則都在後續透過 RNA 層級的剪接接上。不同 V 與 J 片段的組合可擴展抗原辨識範圍；此外，terminal deoxynucleotidyltransferase 隨機加入核苷酸所造成的接合處多樣性，還會進一步增加變化。
有五個可用於 alpha 或 delta 鏈的可變片段以 TRAV/DV 符號表示。來源也指出，alpha 基因座中有若干 V 與 J 片段不能編碼蛋白質，因此歸為 pseudogenes。這些片段的存在，表示基因座內並非每個片段都能產生蛋白質；相關資訊並未指出 TRAJ28 本身是否屬於其中。
Promoter 與基因調控
>TRAJ28 ENST00000390509 GRCh38 chr14:22514623-22515723 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CCACCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGTGCCCAGCCCCAAAAGCCAT TTTTAAATACATTGCAGGTTTCTATTTAATGTTGTTATTCATTTTGATTTGCCCAAGTAATACATTAAAA TTTCTCATTGTAAACCATTCAAATTACAGATAAAGTCCAGGCACGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCA CTTTAGAAGGCTGAGGTGGGCAAATCACCTGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGTCTGGCCAACATGATGAA ATCCCATCTCTACTAAAAATACGAAAAGTAGTCAATCGTGGTGGCAGGCACCTATAATCCCAGCTACTCA GGAGGCTGAGGCAGGATAATCACTTGAACCCGGGAGGTTGAGGTTGCCATGAGCCGAGATCGTGCCACTG CACTCCAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAATTACAGATAAAACCAGCA TTCACCTTGGCCACTTCCTTCAGTATCAGTTTCCTCCTCCCCAAAAGTGACCACTGAAACCAGCTTGGTG TGTTGTGATGAGTTTCTCTGTGGAATATGTTTATGTGAAATCCCATCTTCAACCAGGAAAGCTTGAGAGG GAAAGGGCTCAGACTGCAGTTTGCAGGATTTCAATTAGATATAAGGAACAGTTGATTAGATGTAAGAGCT GTTAGCAAAGGAAAACCTTATAAAAACTAGGAGCTCTTAATAACTAGACAGGTCTTTGGTCAGACAACAC ACTGACTGAGGACAGGAGGATGGATTCGATGACCTCTGAAAGTCCAGCCAGGACTCTGGAGGACTCTGAG GAATGGTCTGTTCCATAGCCTGCCTCTGTAATGCCCTTCTCTCTTGCCTATTGTCTGGTTGTTGTTACAG TCTGAGCTTTTGTCAGAGCTGCTCCTATGCTGTGAGTGGTCTGATTTTCTCAGCATCTCTGGGGTTTTTG CAAAGCAAGGAAACTCTGTGCATACTCTGGGGCTGGGAGTTACCAACTCACTTTCGGGAAGGGGACCAAA CTCTCGGTCATACCAAGTAAGTTCTTCTTTCTGGCTAATTATTCTTCCCGA
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR14_B6GLQ · enhancer · 22510490–22511128 · regulatory
ENSR14_B6GM2 · enhancer · 22512363–22512879 · regulatory
ENSR14_9BX9C · enhancer · 22513436–22513704 · regulatory
ENSR14_8MTK4 · enhancer · 22514144–22514369 · regulatory
ENSR14_B6GMG · enhancer · 22515335–22515876 · regulatory
ENSR14_9BXBG · enhancer · 22517287–22517612 · regulatory
ENSR14_9BXBN · enhancer · 22517985–22518429 · regulatory
ENSR14_9BXC5 · enhancer · 22519602–22519949 · regulatory
ENSR14_C48C4 · enhancer · 22520135–22521299 · regulatory
· motif · 22510659–22510674 · motif
· motif · 22511484–22511497 · motif
· motif · 22512613–22512626 · motif
· motif · 22512613–22512626 · motif
· motif · 22513773–22513784 · motif
· motif · 22514472–22514484 · motif
· motif · 22514826–22514848 · motif
· motif · 22514826–22514848 · motif
· motif · 22515160–22515177 · motif
· motif · 22515380–22515395 · motif
· motif · 22515838–22515851 · motif
· motif · 22515838–22515851 · motif
· motif · 22515999–22516012 · motif
· motif · 22515999–22516012 · motif
· motif · 22517204–22517215 · motif
· motif · 22517204–22517215 · motif
· motif · 22517520–22517533 · motif
· motif · 22517550–22517563 · motif
· motif · 22517568–22517575 · motif
· motif · 22517852–22517867 · motif
· motif · 22517852–22517867 · motif
· motif · 22518264–22518281 · motif
· motif · 22518365–22518382 · motif
· motif · 22518367–22518382 · motif
· motif · 22519337–22519352 · motif
· motif · 22519459–22519473 · motif
· motif · 22519463–22519473 · motif
· motif · 22519624–22519637 · motif
· motif · 22519916–22519929 · motif
· motif · 22519927–22519940 · motif
· motif · 22519927–22519940 · motif
· motif · 22520041–22520054 · motif
· motif · 22520190–22520205 · motif
· motif · 22520412–22520427 · motif
基因座與轉錄註解
TRAJ28 依 HGNC／Ensembl 分類為 T cell receptor gene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000390509 ★ | TR_J_gene | 66 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
細胞內定位
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | T cell receptor 以 alpha-beta 或 delta-gamma 鏈組成，辨識呈現在抗原呈現細胞表面、與 MHC 結合的小型胜肽。T 細胞發育時基因座依序重排；alpha 鏈由 V 與 J 片段重組，片段組合及核苷酸隨機加入可增加辨識多樣性。部分 alpha 基因座片段是 pseudogenes。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源T cell receptors recognize foreign antigens which have been processed as small peptides and bound to major histocompatibility complex (MHC) molecules at the surface of antigen presenting cells (APC). Each T cell receptor is a dimer consisting of one alpha and one beta chain or one delta and one gamma chain. In a single cell, the T cell receptor loci are rearranged and expressed in the order delta, gamma, beta, and alpha. If both delta and gamma rearrangements produce functional chains, the cell expresses delta and gamma. If not, the cell proceeds to rearrange the beta and alpha loci. This region represents the germline organization of the T cell receptor alpha and delta loci. Both the alpha and delta loci include V (variable), J (joining), and C (constant) segments and the delta locus also includes diversity (D) segments. The delta locus is situated within the alpha locus, between the alpha V and J segments. During T cell development, the delta chain is synthesized by a recombination event at the DNA level joining a D segment with a J segment; a V segment is then joined to the D-J gene. The alpha chain is synthesized by recombination joining a single V segment with a J segment. For both chains, the C segment is later joined by splicing at the RNA level. Recombination of many different V segments with several J segments provides a wide range of antigen recognition. Additional diversity is attained by junctional diversity, resulting from the random additional of nucleotides by terminal deoxynucleotidyltransferase. Five variable segments can be used in either alpha or delta chains and are described by TRAV/DV symbols. Several V and J segments of the alpha locus are known to be incapable of encoding a protein and are considered pseudogenes. |
DNA 與 RNA 序列
CATACTCTGGGGCTGGGAGTTACCAACTCACTTTCGGGAA40GGGGACCAAACTCTCGGTCATACCAA66cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。