基因總覽
TRAJ25 的正式名稱為 T cell receptor alpha joining 25 (non-functional)，屬於 T cell receptor gene。名稱指出它是 T cell receptor alpha 位點中的 joining 片段，並標示為非功能性；來源並未提供其可產生蛋白質的證據，因此不應將 TRAJ25 描述為功能性蛋白質產物。T cell receptor alpha 與 delta 位點包含 V（variable）、J（joining）及 C（constant）片段；其中 delta 位點另有 D（diversity）片段，且位於 alpha 位點內、介於 alpha V 與 J 片段之間。此基因的基本性質應置於這種受體基因片段的基因組組織脈絡中理解。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000390512 ★ | 22,518,812–22,518,871 | 1 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
T cell receptor 的作用是辨識外來抗原；抗原需先被處理成小胜肽，並與主要組織相容性複合體（MHC）分子結合，呈現在抗原呈現細胞（APC）表面。T cell receptor 通常由 alpha 與 beta 鏈，或 delta 與 gamma 鏈組成二聚體。這些受體鏈的基因重組與表現依序涉及 delta、gamma、beta、alpha 位點：若 delta 與 gamma 重組都產生功能性鏈，細胞便表現 delta 與 gamma；若未能如此，則繼續重組 beta 與 alpha 位點。
在 T cell 發育期間，delta 鏈先透過 DNA 層級的重組將 D 片段接到 J 片段，再把 V 片段接到 D-J 基因；alpha 鏈則由單一 V 片段與 J 片段重組形成。兩種鏈的 C 片段之後再透過 RNA 層級的剪接接合。多種 V 片段與數個 J 片段的不同組合，能擴大抗原辨識範圍；末端去氧核苷酸轉移酶隨機加入核苷酸所造成的接合多樣性，則進一步增加變異。
所提供的資料描述的是 T cell receptor alpha 與 delta 位點的生殖系組織及其重組背景，並指出 alpha 位點中有數個 V 與 J 片段無法編碼蛋白質，因而被視為假基因。TRAJ25 的名稱也標示為非功能性；來源未將其描述為可產生功能性受體鏈的片段，因此上述受體辨識與重組機制屬於該基因位點的整體背景，不能據此推定 TRAJ25 本身具有受體功能。
Promoter 與基因調控
>TRAJ25 ENST00000390512 GRCh38 chr14:22517812-22518912 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter AGGCAGTTTATTTCAAAGAAAAGAGGTTGAGGGCAAGGTGGGAGTTAAGTCACACATCTAAATCTGGGAA AGGAAGCATTAAACAGAAGACGGAGGGGCTCGGCTCTCCACCTCCACCAGGATTCAGACCACAGGACATG GCTAATACTGCAAGAAGGGAGTTAGGTTAGTGGTAAAACCTTTCTAATAGGTTTTTGAACAGTGAAAATG AGCTGTCAGGAGTAGTTGCCAGGGCACTTTCTCTAGAGAGTTTTTGAAAGGAGATAGACACCCTGCTATC AGAGGTGATTGGAGTGCAGCCCTGCCTCGAGGCAGGAGGAGAAATGAGAGAACCTCTTAAAGCCTCTTTC CAGCCCCCAGAGCCTGTCTCCATGAAAAAGGCCCAGGCTCATTAATGCAGAGCTGCATCCTCCAGGACAC AGGGGGTTGCTGGGTTGTTAAGTTTGGAACCTTTGCCGGCTTAGTGGTTACCAAACTCCCTTTGTTCTCA AGACTTGACTTGATAAATGGGCTGGCTTTATCCCTTTAAAGCCAAAAACACAGGTTCTGAGTGCTGTGTT GTTTGTGGTGTTGAGATGCCCAGGCTGGAGGGAGGAAGCTCTAGGGGGTTTTTGCTGAGCCCAGAAACAC TGTGGGGATAACTATGGTCAGAATTTTGTCTTTGGTCCCGGAACCAGATTGTCCGTGCTGCCCTGTAAGT ACAGTTAAGTGGAGATAGAAAATGAGTCCAGTGCTTGATGTGGGGAGAAGCTGCAGGGTCTTGAGGCCAG GAGTCCACCGTGACCTCAGGAGTGGTGATGGAGAAGAAGGTTAAAAAAGGAATGAGAAACAGAACCATAA GGACAATACAGAGGAAGGGTTCATTTTCGGGAAGGAAAATCACAAGGCCGTGTGATTAACGCTGGAGGAA ATGCACTCCTTTGGAGGGTCCCTTCTCAGGAGGGCTTTGTGTCGGGGAAAGCTGAGCTGTTAGGTTTTTG ATGCTGAGATAATCACTATGCAGAAGGACAAGGCTTCTCCTTTATCTTTGGGAAGGGGACAAGGCTGCTT GTCAAGCCAAGTAAGTGACATATAATTTATATGTGCTGAATATGATTATCT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR14_8MTK4 · enhancer · 22514144–22514369 · regulatory
ENSR14_B6GMG · enhancer · 22515335–22515876 · regulatory
ENSR14_9BXBG · enhancer · 22517287–22517612 · regulatory
ENSR14_9BXBN · enhancer · 22517985–22518429 · regulatory
ENSR14_9BXC5 · enhancer · 22519602–22519949 · regulatory
ENSR14_C48C4 · enhancer · 22520135–22521299 · regulatory
· motif · 22514472–22514484 · motif
· motif · 22514826–22514848 · motif
· motif · 22514826–22514848 · motif
· motif · 22515160–22515177 · motif
· motif · 22515380–22515395 · motif
· motif · 22515838–22515851 · motif
· motif · 22515838–22515851 · motif
· motif · 22515999–22516012 · motif
· motif · 22515999–22516012 · motif
· motif · 22517204–22517215 · motif
· motif · 22517204–22517215 · motif
· motif · 22517520–22517533 · motif
· motif · 22517550–22517563 · motif
· motif · 22517568–22517575 · motif
· motif · 22517852–22517867 · motif
· motif · 22517852–22517867 · motif
· motif · 22518264–22518281 · motif
· motif · 22518365–22518382 · motif
· motif · 22518367–22518382 · motif
· motif · 22519337–22519352 · motif
· motif · 22519459–22519473 · motif
· motif · 22519463–22519473 · motif
· motif · 22519624–22519637 · motif
· motif · 22519916–22519929 · motif
· motif · 22519927–22519940 · motif
· motif · 22519927–22519940 · motif
· motif · 22520041–22520054 · motif
· motif · 22520190–22520205 · motif
· motif · 22520412–22520427 · motif
· motif · 22520945–22520954 · motif
· motif · 22520945–22520956 · motif
· motif · 22520945–22520956 · motif
· motif · 22520945–22520958 · motif
· motif · 22521648–22521661 · motif
· motif · 22521648–22521661 · motif
· motif · 22521740–22521752 · motif
· motif · 22521742–22521764 · motif
· motif · 22521742–22521764 · motif
· motif · 22522063–22522077 · motif
· motif · 22522064–22522077 · motif
基因座與轉錄註解
TRAJ25 依 HGNC／Ensembl 分類為 T cell receptor gene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000390512 ★ | TR_J_gene | 60 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
細胞內定位
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | T cell receptor 辨識外來抗原；抗原須先加工成小胜肽，並與 MHC 分子結合後呈現在 APC 表面。受體由 alpha-beta 或 delta-gamma 鏈組成。T 細胞中的受體基因依 delta、gamma、beta、alpha 順序重組與表現；若 delta 與 gamma 都產生功能性鏈，細胞表現這兩條鏈，否則進一步重組 beta 與 alpha。alpha、delta 位點均有 V、J、C 片段，delta 位點另含 D 片段並位於 alpha 位點的 V 與 J 片段之間。delta 鏈經 D-J、再接 V 的 DNA 重組形成，alpha 鏈則由 V-J 重組形成，兩者的 C 片段均在 RNA 層級剪接接合。V、J 組合及末端去氧核苷酸轉移酶隨機加入核苷酸所造成的接合變異，擴增抗原辨識多樣性；部分 alpha 位點的 V、J 片段無法編碼蛋白質，屬於假基因。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源T cell receptors recognize foreign antigens which have been processed as small peptides and bound to major histocompatibility complex (MHC) molecules at the surface of antigen presenting cells (APC). Each T cell receptor is a dimer consisting of one alpha and one beta chain or one delta and one gamma chain. In a single cell, the T cell receptor loci are rearranged and expressed in the order delta, gamma, beta, and alpha. If both delta and gamma rearrangements produce functional chains, the cell expresses delta and gamma. If not, the cell proceeds to rearrange the beta and alpha loci. This region represents the germline organization of the T cell receptor alpha and delta loci. Both the alpha and delta loci include V (variable), J (joining), and C (constant) segments and the delta locus also includes diversity (D) segments. The delta locus is situated within the alpha locus, between the alpha V and J segments. During T cell development, the delta chain is synthesized by a recombination event at the DNA level joining a D segment with a J segment; a V segment is then joined to the D-J gene. The alpha chain is synthesized by recombination joining a single V segment with a J segment. For both chains, the C segment is later joined by splicing at the RNA level. Recombination of many different V segments with several J segments provides a wide range of antigen recognition. Additional diversity is attained by junctional diversity, resulting from the random additional of nucleotides by terminal deoxynucleotidyltransferase. Five variable segments can be used in either alpha or delta chains and are described by TRAV/DV symbols. Several V and J segments of the alpha locus are known to be incapable of encoding a protein and are considered pseudogenes. |
DNA 與 RNA 序列
CAGAAGGACAAGGCTTCTCCTTTATCTTTGGGAAGGGGAC40AAGGCTGCTTGTCAAGCCAA60cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。