基因總覽
TRAJ2 的正式名稱為 T cell receptor alpha joining 2 (non-functional)，分類為 T cell receptor gene。其名稱指出它是 T cell receptor alpha 位點中的 joining（J）片段，並標示為非功能性；因此不應將 TRAJ2 描述為可產生功能性蛋白質的基因。T cell receptor alpha 位點包含 V（variable）、J（joining）與 C（constant）片段，TRAJ2 所屬的 J 片段位於該基因座的胚系組織中。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000390535 ★ | 22,544,071–22,544,136 | 1 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
T cell receptors 可辨識抗原呈遞細胞表面、與 major histocompatibility complex（MHC）分子結合的小型胜肽。T cell receptor 通常由 alpha 與 beta 鏈，或 delta 與 gamma 鏈組成；T 細胞內相關基因座的重組與表現依序涉及 delta、gamma、beta、alpha。若 delta 與 gamma 重組都產生功能性鏈，細胞會表現 delta 與 gamma；若未能如此，則接續重組 beta 與 alpha 位點。
在 T 細胞發育期間，alpha 鏈透過 DNA 層級的重組形成：單一 V 片段與一個 J 片段相接，之後 C 片段再於 RNA 層級經由剪接接合。不同 V 與 J 片段的組合可擴大抗原辨識範圍；接合處隨機新增核苷酸則帶來額外多樣性。這些是 alpha 位點的一般重組機制，並不表示 TRAJ2 本身具有功能性。
TRAJ2 的名稱將其標示為非功能性。NCBI 摘要指出，alpha 位點有數個 V 與 J 片段已知無法編碼蛋白質，因而視為假基因；但該摘要未逐一指出哪些片段符合此描述。據此可說明 TRAJ2 的非功能性註記及其所在位點的背景，不能進一步推定它參與特定重組步驟或產生功能性產物。
Promoter 與基因調控
>TRAJ2 ENST00000390535 GRCh38 chr14:22543071-22544171 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TGTAAGCAACAAAGACCCAAGGAGCCTTTTAGAATGTTGCTCTGGGACCCCAGTGGCTTCCAGCAGATTA GCATCAAGAAGGTTATCTCAAAGACCTTACCCACAGTGGGGGTACAGCAGTGCTTCCAAGATAATCTTTG GATCAGGGACCAGACTCAGCATCCGGCCAAGTAAGTAGAATGAAGCAGGAGAGCAAGGGAGGACGGACAA CTATTTCTTCTTTGTCCAAAATGCCAACTTGAACCCAGGTATTTTCCTCTGTGGGCTCCAAAATGGTTTC TTCCACCCATCCCCAGAAAATCCTCCCATCCAGCTCTCGGTGCTCTGCAGACATCATCCTTAGGCTGGGA CCTTAGGAACCATGAGGCAGGCAATGAGCGAGTACTCCTGAACCTTCCACAAACATATCCAAGATACTGC TGCCTGGAATTGAGGTTTTTGTTCTAGGGAATTATTGGTTTATTGAAATCATATGAAGTCACAACCTCAG CCCAGGGAATCACAGCAGAATGGAACAGGAGGAGAACTTTTGTATCAGAAGCGAAATTTCAGTGCAAAAG AGCAGAAGGTTTAGGCCTGGCGTGGTGGCTCACGCCTGTAATCCTAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGG AGATCACAAGGTCAGGAGATCAAGACCATCCTGGCTAACACAGTGAAACCCTATCTCTACTAAAAATACA AAAATTAGCCGGGCGTGATGGCACGCGCCTGTAGTCTCAGCTACTCGGGAGACTGAGGCAGGAGAATTGT TGAACCCGGGAGGCAGAGATTGCAGTGAGCTGAGATCGCATCATTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCA AGACTCCTTCTCAAAAAAACAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAGGTCTAACCCTTAGGAGTGTGATTATCCT GTTCTCCTGCCTTGTGGGGGAGATCAGTGTTTCTCTTATTTAAGTAATAGGTAGGTCCTGTGAGTTTGTG CAATGGTGTCACCTACGGTATGAATACTGGAGGAACAATTGATAAACTCACATTTGGGAAAGGGACCCAT GTATTCATTATATCTGGTGAGTCATCCCAGGTGGCACCACGTGCAACCCCA
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR14_B6GRX · enhancer · 22545947–22546964 · regulatory
ENSR14_9BXM6 · enhancer · 22547227–22547703 · regulatory
ENSR14_9BXMD · enhancer · 22548112–22548411 · regulatory
· motif · 22539990–22539998 · motif
· motif · 22539994–22540005 · motif
· motif · 22543700–22543715 · motif
· motif · 22543706–22543718 · motif
· motif · 22543708–22543723 · motif
· motif · 22543992–22544003 · motif
· motif · 22545246–22545259 · motif
· motif · 22545246–22545259 · motif
· motif · 22545430–22545441 · motif
· motif · 22547363–22547374 · motif
基因座與轉錄註解
TRAJ2 依 HGNC／Ensembl 分類為 T cell receptor gene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000390535 ★ | TR_J_gene | 66 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
細胞內定位
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | T 細胞受體辨識抗原呈遞細胞表面、與 MHC 分子結合的小型胜肽，並由 alpha-beta 或 delta-gamma 鏈組成。T 細胞發育時，受體基因座依序重組；alpha 鏈由 V 與 J 片段重組形成，C 片段之後經 RNA 剪接接合。V、J 組合及接合處新增核苷酸可增加辨識多樣性；alpha 位點有些 V、J 片段無法編碼蛋白質，被視為假基因。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源T cell receptors recognize foreign antigens which have been processed as small peptides and bound to major histocompatibility complex (MHC) molecules at the surface of antigen presenting cells (APC). Each T cell receptor is a dimer consisting of one alpha and one beta chain or one delta and one gamma chain. In a single cell, the T cell receptor loci are rearranged and expressed in the order delta, gamma, beta, and alpha. If both delta and gamma rearrangements produce functional chains, the cell expresses delta and gamma. If not, the cell proceeds to rearrange the beta and alpha loci. This region represents the germline organization of the T cell receptor alpha and delta loci. Both the alpha and delta loci include V (variable), J (joining), and C (constant) segments and the delta locus also includes diversity (D) segments. The delta locus is situated within the alpha locus, between the alpha V and J segments. During T cell development, the delta chain is synthesized by a recombination event at the DNA level joining a D segment with a J segment; a V segment is then joined to the D-J gene. The alpha chain is synthesized by recombination joining a single V segment with a J segment. For both chains, the C segment is later joined by splicing at the RNA level. Recombination of many different V segments with several J segments provides a wide range of antigen recognition. Additional diversity is attained by junctional diversity, resulting from the random additional of nucleotides by terminal deoxynucleotidyltransferase. Five variable segments can be used in either alpha or delta chains and are described by TRAV/DV symbols. Several V and J segments of the alpha locus are known to be incapable of encoding a protein and are considered pseudogenes. |
DNA 與 RNA 序列
TGAATACTGGAGGAACAATTGATAAACTCACATTTGGGAA40AGGGACCCATGTATTCATTATATCTG66cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。