基因總覽
TRAJ19 是 T cell receptor gene，正式名稱為 T cell receptor alpha joining 19 (non-functional)。其名稱指出這是非功能性位點；現有資料未提供由 TRAJ19 產生功能性蛋白質的證據。NCBI 對 T cell receptor alpha 與 delta 基因座的說明指出，alpha 基因座包含 V（variable）、J（joining）與 C（constant）區段，且其中有些 V、J 區段不能編碼蛋白質，因而被視為 pseudogenes。這些資訊提供了 TRAJ19 所屬基因類別的基本背景，但沒有進一步描述此位點的個別序列或結構特徵。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000390518 ★ | 22,525,263–22,525,322 | 1 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TRAJ19 的正式名稱標示其為非功能性 T cell receptor alpha joining 位點，因此不能將其描述為產生功能性 T cell receptor 蛋白質的基因。NCBI 對 alpha 基因座的概述指出，其中有些 V 與 J 區段不能編碼蛋白質，並被歸類為 pseudogenes；該概述未逐一指出哪些區段屬於此類，也未提供 TRAJ19 的個別功能實驗資料。
在正常的 T cell receptor alpha 鏈形成過程中，發育中的 T 細胞會將一個 V 區段與一個 J 區段在 DNA 層級重組，之後再於 RNA 層級接合 C 區段。alpha 與 delta 基因座的重排及表現依序發生於 delta、gamma、beta 之後；若 delta 與 gamma 重排未產生功能性鏈，細胞才會繼續重排 beta 與 alpha 基因座。這是 T cell receptor 基因座的一般發育背景，不代表 TRAJ19 本身參與並產生功能性受體鏈。
功能性 T cell receptor 可辨識抗原呈現細胞表面、與 major histocompatibility complex（MHC）分子結合的小肽。多種 V 區段與數個 J 區段的組合，以及 terminal deoxynucleotidyltransferase 隨機加入核苷酸所造成的接合多樣性，可增加抗原辨識範圍。這些機制說明功能性受體基因重排的整體意義；現有資料並未指出 TRAJ19 能編碼受體，亦未說明它對抗原辨識或 T 細胞功能具有直接作用。
Promoter 與基因調控
>TRAJ19 ENST00000390518 GRCh38 chr14:22524263-22525363 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CCCTAGCCCACTCTCTTAACCATGGTCTTGGTGAGGTTTGTGTAGGGCGACCTCGCACTGTGGTTCTAAC GACTACAAGCTCAGCTTTGGAGCCGGAACCACAGTAACTGTAAGAGCAAGTAAGTAAGAAAGAAAAGTCC AGAATAATTTTAAGCAAAATGGTGGGTAGGTTTTTCAGCAATTTCACCTAGGAAGTGCAATGTCAAGAAC TAAATTCTAAGAGCTTTCCCAGTTTGTGTTAGAACCATAATTTTTCTACCTCACACGTCTCCCTCGCCTT CTCTGTCACCTCAGAACAGCTCCTCCTAAGGCATGACTTCACAATGGTACATTTGTTGGTGGCGCAGTCT TTGTGGTCAGATAAAAACTGAGCTAATTATCTGAAATTATCTCAGGTCTCTAAGTGAGAGAGTTAACTCC TTTCAAATATTTGAAGAACTACGATGTAGACCAGGTAAGGGGTGAGTGTGGAGGCCAAATCAAAACGAGC AGGTGCAAGATGTGCCCCAACCTCCCCTCAAACATTGTTGAACAAGTGGAACTGCCCTGCAGTGGAAAGG CTGCTTTGTGAAGTATGGAACTTTTCTTCCTTAGATATCTTCATGCCAGACCCCTAAGGTTAACCATGAG ATGTTGCAGAAGGCACTTCTATGCCATTTTAGCTATTAGATTGAATCACCTCTGGGCTCCCTTTCAAATC TAAATGCTAAGATCCCATGACTCAAGCCTGGAGGATTAATAGGTGAGCTCAGACTTGTTTCTTCTATTTT TACTATTTTGATAGCCAAAGAAATAATTCATCAAATTATTCATAAGCTAAAGCCTACTTGGGATTTTTAC ACCTAGAAGATGGTGGGGTATGATTTCCCAGTGCAGTAAATGAGAAAACAATAGGAGACATCAAGGAGGA AAAAAAGAAGGAAGAGATAAAGGGAATGTCTTAAGGGAGGCTCAGAGGTTGAATGAAGGAAATGAGGTGA TTTTGCAGAGGACAGATGTGGCTATCAAAGATTTTACAATTTCACCTTTGGAAAGGGATCCAAACATAAT GTCACTCCAAGTAAGTGAGCAGCCTTTTGTACTCGAAAATAGGGCCAGGGG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR14_C48C4 · enhancer · 22520135–22521299 · regulatory
ENSR14_8MTR8 · enhancer · 22524803–22525034 · regulatory
· motif · 22520412–22520427 · motif
· motif · 22520945–22520954 · motif
· motif · 22520945–22520956 · motif
· motif · 22520945–22520956 · motif
· motif · 22520945–22520958 · motif
· motif · 22521648–22521661 · motif
· motif · 22521648–22521661 · motif
· motif · 22521740–22521752 · motif
· motif · 22521742–22521764 · motif
· motif · 22521742–22521764 · motif
· motif · 22522063–22522077 · motif
· motif · 22522064–22522077 · motif
· motif · 22524358–22524375 · motif
· motif · 22524572–22524587 · motif
· motif · 22524604–22524621 · motif
· motif · 22525467–22525480 · motif
· motif · 22525467–22525480 · motif
· motif · 22525838–22525851 · motif
· motif · 22525838–22525851 · motif
· motif · 22526941–22526952 · motif
· motif · 22527162–22527175 · motif
· motif · 22527162–22527175 · motif
· motif · 22528320–22528332 · motif
· motif · 22529410–22529432 · motif
· motif · 22529410–22529432 · motif
· motif · 22529500–22529515 · motif
基因座與轉錄註解
TRAJ19 依 HGNC／Ensembl 分類為 T cell receptor gene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000390518 ★ | TR_J_gene | 60 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
細胞內定位
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | T cell receptor 以 alpha-beta 或 delta-gamma 鏈二聚體辨識與 MHC 結合的小肽；發育時依序重排 delta、gamma、beta、alpha 基因座。alpha 鏈由 V 與 J 區段重組形成，區段組合及接合處核苷酸增加帶來多樣性；部分 alpha 區段不能編碼蛋白質，屬 pseudogenes。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源T cell receptors recognize foreign antigens which have been processed as small peptides and bound to major histocompatibility complex (MHC) molecules at the surface of antigen presenting cells (APC). Each T cell receptor is a dimer consisting of one alpha and one beta chain or one delta and one gamma chain. In a single cell, the T cell receptor loci are rearranged and expressed in the order delta, gamma, beta, and alpha. If both delta and gamma rearrangements produce functional chains, the cell expresses delta and gamma. If not, the cell proceeds to rearrange the beta and alpha loci. This region represents the germline organization of the T cell receptor alpha and delta loci. Both the alpha and delta loci include V (variable), J (joining), and C (constant) segments and the delta locus also includes diversity (D) segments. The delta locus is situated within the alpha locus, between the alpha V and J segments. During T cell development, the delta chain is synthesized by a recombination event at the DNA level joining a D segment with a J segment; a V segment is then joined to the D-J gene. The alpha chain is synthesized by recombination joining a single V segment with a J segment. For both chains, the C segment is later joined by splicing at the RNA level. Recombination of many different V segments with several J segments provides a wide range of antigen recognition. Additional diversity is attained by junctional diversity, resulting from the random additional of nucleotides by terminal deoxynucleotidyltransferase. Five variable segments can be used in either alpha or delta chains and are described by TRAV/DV symbols. Several V and J segments of the alpha locus are known to be incapable of encoding a protein and are considered pseudogenes. |
DNA 與 RNA 序列
GCTATCAAAGATTTTACAATTTCACCTTTGGAAAGGGATC40CAAACATAATGTCACTCCAA60cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。