基因總覽
TRAJ17 的正式名稱為 T cell receptor alpha joining 17，屬於 T cell receptor gene。NCBI 的摘要描述 T cell receptor alpha 與 delta 基因座的胚系組織：兩者都含有 V（variable）、J（joining）與 C（constant）區段；delta 基因座另含 D（diversity）區段，並位於 alpha 基因座內、介於 alpha 的 V 與 J 區段之間。此基因的名稱指出其屬於 alpha joining 區段。來源並指出，alpha 基因座有若干 V 與 J 區段已知不能編碼蛋白質，並歸類為 pseudogenes；未提供 TRAJ17 本身是否具編碼能力的資訊。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000390520 ★ | 22,526,844–22,526,906 | 1 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
T cell receptor 的功能背景是辨識外來抗原：抗原先被處理為小胜肽，並與 major histocompatibility complex（MHC）分子結合，呈現在 antigen presenting cells（APC）表面。每個 T cell receptor 由 alpha 與 beta 鏈，或 delta 與 gamma 鏈組成。TRAJ17 是 alpha joining 基因；來源說明 alpha 鏈生成涉及 V 區段與 J 區段的重組，但未提供 TRAJ17 單一基因的專屬功能實驗或其重組頻率。
T cell 發育期間，受體基因座依序進行重組與表現：delta、gamma、beta，接著 alpha。若 delta 與 gamma 的重組都產生功能性鏈，細胞便表現 delta 與 gamma；若否，則繼續重組 beta 與 alpha 基因座。alpha 鏈由一個 V 區段與一個 J 區段重組而成，之後 C 區段再經 RNA 層級的剪接接合。相較之下，delta 鏈先由 D 與 J 區段在 DNA 層級接合，再將 V 區段接到 D-J 基因。
不同 V 區段與多個 J 區段的組合，使抗原辨識範圍增加；重組接合處還可因 terminal deoxynucleotidyltransferase 隨機添加核苷酸而形成額外多樣性。這些描述涵蓋 alpha 與 delta 鏈的生成方式及受體多樣性，並非 TRAJ17 個別作用的直接證據。來源另指出，有些 alpha 基因座的 V 與 J 區段不能編碼蛋白質，屬於 pseudogenes，但未指出 TRAJ17 是否屬於此類。
Promoter 與基因調控
>TRAJ17 ENST00000390520 GRCh38 chr14:22525844-22526944 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TAGGTAGATTAGGACGAGGAAGCAGAGGGAGACAAAGGCGATGGAAAGTCCCTTTTAGGAACCCAGGAAT CAGAGAGAACTTGATGGTCCCCACCAAAGGCAAAGAAGGGAGGTCCCACTAAAACATGTGAGCATCCTAA AACACCTGCTCTGGTCCACCCACAATATTTGGTGAAGGACATGGCCCTCCACCCAGAATGGGCAAGCAAA CTAGACCAGCTTTCTAAGGTGTGTTTTTCTTGGGTCCTGTGACTCTTGGCCGTCTCCCTGTCAGAGGCTC CATCTGTCGCTGCACTCTTTCTTATTGAGAATGGCCTCTCCGTGGTTCTCTGTAAACTTTCCCCAAGAAG CCTGTTTCCATGCTTCCTCAGCACTTAGCCTCACCGATGGATGGGCTCTAGAGTAGCTGGAGGGAGTCTG GGTCTGAAACTTTCACTGAGAAAGTAAAGTTGATCCGCAGTATCCAGTGGATATGGCAGCTGGGAGGACC TAGGACTGAAGTACTCGTCCTCTCTTTGGGGCCTTTCCTGGGCACTCGATTGAATACAGAAACCCTGTTA GCAAGTGCATGCATGTATATGAGTGTGTTCATTCAGCATTTCCATTCTGAATGTATGAATAGCCTTACTC TGAAGACTCCCTGGAGCTTACAGGGCTTTCTGTTTTCAGAGAAAATTGCCTTTGTGAGACAAAAATGGCC AAGTGGGCCCCTGAATGAGGTTATGGTTGAGAGCTATTAATATTATCCTTATTCACAGAGCAAGATCCGA ATTCCCAAAGCAGAGTAGACAATAACTATGTGAAGGGCTTAGACCCAAATATGTGCCCACTTGCAAGCAT TCCAGCTCTATGAAGAGGATACAGTGCTAGGAGATAGGATTACCCTGCACATTGCAAACCCTCCACTTTT CCAAGACCATAGAAAATGTCCTTTGTTGAGCACCAACTGAGTGTTATTTTCTTGGTCCCTGTGGTTTTTG CTGGGCCTTAAATCATTGTGTGATCAAAGCTGCAGGCAACAAGCTAACTTTTGGAGGAGGAACCAGGGTG CTAGTTAAACCAAGTGAGTACTGGGGCTTGACCCACAATTGAGCCTTGTCA
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR14_8MTR8 · enhancer · 22524803–22525034 · regulatory
ENSR14_B6GPR · enhancer · 22531295–22532168 · regulatory
· motif · 22522063–22522077 · motif
· motif · 22522064–22522077 · motif
· motif · 22524358–22524375 · motif
· motif · 22524572–22524587 · motif
· motif · 22524604–22524621 · motif
· motif · 22525467–22525480 · motif
· motif · 22525467–22525480 · motif
· motif · 22525838–22525851 · motif
· motif · 22525838–22525851 · motif
· motif · 22526941–22526952 · motif
· motif · 22527162–22527175 · motif
· motif · 22527162–22527175 · motif
· motif · 22528320–22528332 · motif
· motif · 22529410–22529432 · motif
· motif · 22529410–22529432 · motif
· motif · 22529500–22529515 · motif
· motif · 22531512–22531520 · motif
· motif · 22531651–22531664 · motif
· motif · 22531815–22531828 · motif
· motif · 22531817–22531828 · motif
· motif · 22531817–22531828 · motif
基因座與轉錄註解
TRAJ17 依 HGNC／Ensembl 分類為 T cell receptor gene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000390520 ★ | TR_J_gene | 63 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
細胞內定位
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | T cell receptor 可辨識由 APC 表面 MHC 呈現的小胜肽抗原，並由 alpha-beta 或 delta-gamma 鏈組成。T cell 發育時依序重組受體基因座；alpha 鏈由 V 與 J 區段接合，delta 鏈則先接合 D-J、再加入 V，兩者的 C 區段都經 RNA 剪接接合。V、J 組合及接合處核苷酸添加擴大辨識多樣性；部分 alpha 基因座 V、J 區段是 pseudogenes。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源T cell receptors recognize foreign antigens which have been processed as small peptides and bound to major histocompatibility complex (MHC) molecules at the surface of antigen presenting cells (APC). Each T cell receptor is a dimer consisting of one alpha and one beta chain or one delta and one gamma chain. In a single cell, the T cell receptor loci are rearranged and expressed in the order delta, gamma, beta, and alpha. If both delta and gamma rearrangements produce functional chains, the cell expresses delta and gamma. If not, the cell proceeds to rearrange the beta and alpha loci. This region represents the germline organization of the T cell receptor alpha and delta loci. Both the alpha and delta loci include V (variable), J (joining), and C (constant) segments and the delta locus also includes diversity (D) segments. The delta locus is situated within the alpha locus, between the alpha V and J segments. During T cell development, the delta chain is synthesized by a recombination event at the DNA level joining a D segment with a J segment; a V segment is then joined to the D-J gene. The alpha chain is synthesized by recombination joining a single V segment with a J segment. For both chains, the C segment is later joined by splicing at the RNA level. Recombination of many different V segments with several J segments provides a wide range of antigen recognition. Additional diversity is attained by junctional diversity, resulting from the random additional of nucleotides by terminal deoxynucleotidyltransferase. Five variable segments can be used in either alpha or delta chains and are described by TRAV/DV symbols. Several V and J segments of the alpha locus are known to be incapable of encoding a protein and are considered pseudogenes. |
DNA 與 RNA 序列
TGATCAAAGCTGCAGGCAACAAGCTAACTTTTGGAGGAGG40AACCAGGGTGCTAGTTAAACCAA63cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。