基因總覽
TRAJ13 的正式名稱為 T cell receptor alpha joining 13，屬於 T cell receptor gene。其名稱指向 T cell receptor alpha 基因座中的 joining 區段；來源將 alpha 與 delta 基因座描述為由可變區、joining 區段及常數區組成，並指出 delta 基因座另有多樣性區段。TRAJ13 的來源資料未提供其獨立的蛋白質或 RNA 產物特性，也未描述其個別結構；因此不能據此進一步推定它所編碼的產物或特定分子性質。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000390524 ★ | 22,531,076–22,531,138 | 1 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
T cell receptor 參與辨識外來抗原；這些抗原先被處理成小胜肽，並與主要組織相容性複合體（MHC）分子結合，再由抗原呈現細胞（APC）表面呈現。T cell receptor 是由 alpha 與 beta 鏈，或 delta 與 gamma 鏈構成的二聚體。來源描述 TRAJ13 所屬的 alpha 基因座之重組背景，並未提供 TRAJ13 單一基因片段的獨立功能實驗或特定辨識對象。
在 T 細胞發育過程中，T cell receptor 基因座依序進行重組與表現；若 delta 與 gamma 重組都產生功能性鏈，細胞便表現這兩條鏈，否則會繼續重組 beta 與 alpha 基因座。alpha 鏈由一個 V 區段與一個 J 區段重組形成，之後 C 區段再經 RNA 剪接接合。TRAJ13 的名稱與 alpha joining 區段相符，但來源未單獨確認此基因片段在特定細胞中的使用情形。
多種 V 區段與數個 J 區段的不同組合，可擴大抗原辨識範圍；末端脫氧核苷酸轉移酶隨機添加核苷酸所造成的接合多樣性，則進一步增加變化。來源也指出，部分 alpha 基因座的 V 與 J 區段無法編碼蛋白質，並被視為假基因；但未指出 TRAJ13 本身是否屬於這類片段。
Promoter 與基因調控
>TRAJ13 ENST00000390524 GRCh38 chr14:22530076-22531176 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter AAATAAGTTTCAGAGTTGTCTAGAGAATATCACTTGGACTGTTCTCAGGCTTTCCACTACATCTATTGTA CCACTATGGTGCCCTGAAAAGAGGCTTTCTCAGGCTTAATTCCATGGCTTAGTCTTTATTCCAGTATCAA AAAGGGGGAATCCCAGCCAGAGCTCCCATGAGGGAGGATAGCTGCATGCTAACCACATTAATCTATTATC AAGGTAACTCGGTCATTTTTGTCAGGCAGCACAGTGCTGTGATTTATAGCACATTCATCTTTGGGAGTGG GACAAGATTATCAGTAAAACCTGGTAAGTAGGCAATATGTCACTAAAGTAGGAGGCTTAATGTGGCTACT GAGACCCACTAAACTTACTGCAGTATTTGGAAGGCCCAAGTGTCAAGAAATTAATGGTTTATGCAGACTT AAGTGGATTCCAATGAAGGAAGAAATGTTAAAGTAATGGCACAGAGGATAGAAGAGCTAGCTGTGAAAAA AAATAGCCATGTGGATGAACCAAACGCAACAGACTGAAAGAGCCTAGAGAGTTGATCCTAAAGAAAAAGG CAGAAAGTCTGGCTGAGCACTTCCAGTTCTGCTGACCTGGCTTGATTAGTGAATCTGGGCCACAGTATCT TTATCTATAAAATGAAAACATTTAATATCACCTCAGATTTTTTGTTTTAATTTTGTGGGTACATAATAGG TGTATATATTTATTTTAAAGATAAGCTAATATATGTGAAAGTATTTTGTAAATTCTTAAATGCTATCCAC ATGTAAAATATTATTTGTTTATAGAACAAAAAAAAACTATGTCAGATTTAGAATTCTTTTAACATGAGAA TTTGTAGGTTCTTAGTGAAATAGCCATTTACATGTGATCTGTAGCCCTAGGCATTGGTAAAAAGCACTTT CTCTTCTACTGAAATATAGTGGCTCAAATGCTACCCAAATGAAAAGGGCAGGGGAAGGGAAGTCATTTTG TAAAGGCAGGCATTACAGTGTGAATTCTGGGGGTTACCAGAAAGTTACCTTTGGAACTGGAACAAAGCTC CAAGTCATCCCAAGTGAGTCCAATTTCCTATGCTTTCCTCTTCCTTGTGTT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR14_B6GPR · enhancer · 22531295–22532168 · regulatory
ENSR14_B6GQ2 · enhancer · 22532701–22533558 · regulatory
· motif · 22526941–22526952 · motif
· motif · 22527162–22527175 · motif
· motif · 22527162–22527175 · motif
· motif · 22528320–22528332 · motif
· motif · 22529410–22529432 · motif
· motif · 22529410–22529432 · motif
· motif · 22529500–22529515 · motif
· motif · 22531512–22531520 · motif
· motif · 22531651–22531664 · motif
· motif · 22531815–22531828 · motif
· motif · 22531817–22531828 · motif
· motif · 22531817–22531828 · motif
· motif · 22531852–22531867 · motif
· motif · 22532589–22532600 · motif
· motif · 22532836–22532849 · motif
· motif · 22533295–22533308 · motif
· motif · 22533449–22533464 · motif
· motif · 22534115–22534127 · motif
基因座與轉錄註解
TRAJ13 依 HGNC／Ensembl 分類為 T cell receptor gene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000390524 ★ | TR_J_gene | 63 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
細胞內定位
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | T cell receptor 可辨識由抗原呈現細胞表面 MHC 呈現的小胜肽，受體由 alpha-beta 或 delta-gamma 鏈組成。T 細胞發育時依序重組相關基因座；alpha 鏈由 V 與 J 區段重組，C 區段再經 RNA 剪接接合。多種區段組合及末端脫氧核苷酸轉移酶造成的接合多樣性擴大辨識範圍。部分 alpha 基因座 V、J 區段被認為是假基因；此敘述未特指 TRAJ13。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源T cell receptors recognize foreign antigens which have been processed as small peptides and bound to major histocompatibility complex (MHC) molecules at the surface of antigen presenting cells (APC). Each T cell receptor is a dimer consisting of one alpha and one beta chain or one delta and one gamma chain. In a single cell, the T cell receptor loci are rearranged and expressed in the order delta, gamma, beta, and alpha. If both delta and gamma rearrangements produce functional chains, the cell expresses delta and gamma. If not, the cell proceeds to rearrange the beta and alpha loci. This region represents the germline organization of the T cell receptor alpha and delta loci. Both the alpha and delta loci include V (variable), J (joining), and C (constant) segments and the delta locus also includes diversity (D) segments. The delta locus is situated within the alpha locus, between the alpha V and J segments. During T cell development, the delta chain is synthesized by a recombination event at the DNA level joining a D segment with a J segment; a V segment is then joined to the D-J gene. The alpha chain is synthesized by recombination joining a single V segment with a J segment. For both chains, the C segment is later joined by splicing at the RNA level. Recombination of many different V segments with several J segments provides a wide range of antigen recognition. Additional diversity is attained by junctional diversity, resulting from the random additional of nucleotides by terminal deoxynucleotidyltransferase. Five variable segments can be used in either alpha or delta chains and are described by TRAV/DV symbols. Several V and J segments of the alpha locus are known to be incapable of encoding a protein and are considered pseudogenes. |
DNA 與 RNA 序列
TGAATTCTGGGGGTTACCAGAAAGTTACCTTTGGAACTGG40AACAAAGCTCCAAGTCATCCCAA63cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。