基因總覽
TRAF5 的正式名稱為 TNF receptor associated factor 5,是一種蛋白質編碼基因,所產生的蛋白質屬於 TNF receptor-associated factor family。這類蛋白質可作為接頭蛋白與訊號轉導因子;TRAF5 的特色是能連結 TNF receptor family 成員與不同訊號路徑。其蛋白質包含 RING-type zinc finger、兩個 TRAF-type zinc finger,以及 MATH domain,另有一段與 EIF2AK2/PKR 互作相關的區域。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000261464 ★ | 211,326,833–211,374,946 | 11 |
| ENST00000891548 | 211,326,325–211,375,117 | 10 |
| ENST00000891549 | 211,326,325–211,375,117 | 10 |
| ENST00000891550 | 211,326,325–211,375,117 | 8 |
| ENST00000891552 | 211,326,325–211,375,117 | 12 |
| ENST00000939500 | 211,326,325–211,375,117 | 12 |
| ENST00000939501 | 211,326,325–211,375,117 | 11 |
| ENST00000942797 | 211,326,325–211,375,117 | 10 |
| ENST00000942799 | 211,326,325–211,375,117 | 10 |
| ENST00000942800 | 211,326,325–211,375,117 | 11 |
| ENST00001145755 | 211,326,325–211,375,117 | 11 |
| ENST00000336184 | 211,326,588–211,375,117 | 11 |
顯示 12/15 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TRAF5 作為接頭蛋白與訊號轉導因子,透過與 TNF receptor family 成員的受體細胞質區域及 kinases 關聯,將受體訊號連接至不同路徑。這項角色使 TRAF5 能參與受體訊號的傳遞,而不是單獨作為訊號輸出的來源。
TRAF5 可介導 NF-κB 活化;它也可能介導 JNK 活化,但來源對此以「可能」描述,尚非確定陳述。這些訊號作用說明 TRAF5 與不同訊號路徑的連結有關,來源未進一步界定各路徑的具體下游機制或作用條件。
此外,TRAF5 似乎也參與 apoptosis;此功能同樣以不確定語氣記載,不能據此視為已確認其作用方式。來源未說明 TRAF5 在 apoptosis 中的具體分子步驟,也未提供特定細胞或刺激條件。
TRAF5 亦參與 EIF2AK2/PKR 所介導的 NF-κB 活化。此敘述指出它與 EIF2AK2/PKR 的訊號作用相關,並將其功能連結至 NF-κB 活化;來源沒有進一步說明此作用是否涉及其他中間因子或其完整機制。
Promoter 與基因調控
>TRAF5 ENST00000261464 GRCh38 chr1:211325833-211326933 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TCCATTTCATTTATATAGAATGTATTGCCCTTGGAGAGAATATATTGTAAGAAAGAGCCCGTATCTAAGA GTGCGCAGGCCAAGCGCGGTGGCTCACGCCTGTTGGGAGGGCAAGGCAGGCGGATCACAAGGTCAAGAGA TGAGACCAGCCTGACCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAGTACAAAAATTAGCCCGGCGTGGTG GCACATGCTTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCTGGGAGGCCAGGG TTGCAGTGAGCCGAGATCGCGTCACCGCACTCCAGCCTGGCGTGAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAATA AAATAAAATAAAAAATACGTATAGAGAGAGAGAGAGGGAGAGAGACAGGCAGACAGCAGACCTGGATTCA AGTTCCAGCTGCAGAGCTTGCTGAGCGTGTCTAACCTTGGGTACGTCACTCCACGTTGCTGCTCTGGCCC TCAGACAGCTCATCTGTAAAATGGGGATGACCAGGCCTACTTCACCAGCTTGTTTTGAGGACCACAGGAG ATGTTTGGGAAGCCAACCGGGGAGCTCTACAACTCTCAGAGATTGCTGGTGTTAGGCCAACAGCAAGAGG AGGGCTGGCAAATTTGTGCTACCCTGAAGGAAAGTCCAGGAAGGACTGATTTGAGCCAGATCTCAAGCAA GGCCTTGAGCAAATGGGTCAACACAGGAGAGGACGGGCTGAGCCTTGTTGTGCCTGACGGAAGAGCAAGA CGGCCACAATTCAGACGCACGTGAGGGAAATCAGATGACTGGACTTGTAGATACTAACGGTTCTGAAGCG GGTAGGTTAGCTTTCCAACCGCCTGGATGACGGTCTCAGCCTCCTCCCGACCCCTTCCTGCGCGTCCGCT CTTCCCCTGCGCCCGCCCGCGCCCCTCCGCCCGCGCCCCGGCCCCGCCCCAGGCCTCGCCTCCGCTTCGC CGCCGCCGCCGGCCGCAGCCAGGAGCAGCAGCCGCGCCTGCAGACCGGCCTCGCGGAGCCCGCGCGCCGA GCCCCACGTGAGTCCGGCGGGTCGCCGCCCTGGGCACCCTCGCGACGGAAG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TRAF5_2 ↗ | 1:211,326,635 | 正股 | 211,326,586–211,326,645 |
| TRAF5_1 ↗ | 1:211,326,833 | 正股 | 211,326,784–211,326,843 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:557 aa
TRAF5 蛋白質長 557 個胺基酸,屬於 TNF receptor-associated factor family。其特徵包括第 45–85 位的 RING-type zinc finger、第 127–181 位與第 182–239 位的 TRAF-type zinc finger,以及第 403–549 位的 MATH domain。第 345–557 位另註記為與 EIF2AK2/PKR 互作的區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TRAF5 定位於細胞質,並註記於 cytosol。 來源未提供其定位隨條件改變或不同異構型間差異的資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 40 個夥伴
- CCDC184Q52MB2 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- CDC37Q16543 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CIB3Q96Q77 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ENOX2Q16206-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FAM9AQ8IZU1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FBXO28Q9NVF7 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- GAS8O95995 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GORASP2Q9H8Y8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HOMER1Q86YM7 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- HSF2BPO75031 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LAMP2P13473-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LMO4P61968 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LNX1Q8TBB1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MEOX2Q6FHY5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NMIQ13287 · UniProt INTERACTION · 12 experiments
- NTAQ1Q96HA8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ODF2Q5BJF6-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PHYHO14832 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PIAS2O75928-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PIBF1Q4G0R1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PICK1Q9NRD5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PSMA1P25786 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RAD23AP54725 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RNF4P78317 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- SDCBPO00560 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
TRAF5 可能形成同源三聚體,並可與 TRAF3 形成異源複合體。它透過與 TRAF3 互作而關聯 TNFRSF5/CD40;另記載與 LTBR/TNFRSF3、TNFRSF4、TNFRSF8/CD30、TNFRSF11A/RANK、TNFRSF13B/TACI、TNFRSF14、TNFRSF17、TNFRSF19/TROY、RIPK2、MAP3K14、MAP3K5 及 TDP2 有關聯。TRAF5 的 C 端則與 EIF2AK2/PKR 的 kinase catalytic domain 互作。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TRAF5 是接頭蛋白與訊號轉導因子,透過關聯 TNF 受體家族成員的受體細胞質區域及 kinases,將訊號連至不同路徑。它可介導 NF-κB 活化,並可能介導 JNK 活化;來源也以不確定語氣指出它似乎參與 apoptosis。此外,TRAF5 參與 EIF2AK2/PKR 所介導的 NF-κB 活化。 | 含實驗來源 | 證據與來源Adapter protein and signal transducer that links members of the tumor necrosis factor receptor family to different signaling pathways by association with the receptor cytoplasmic domain and kinases. Mediates activation of NF-kappa-B and probably JNK. Seems to be involved in apoptosis. Plays a role in mediating activation of NF-kappa-B by EIF2AK2/PKR PMID 15121867 ↗ |
| 交互作用 | TRAF5 可能形成同源三聚體,並與 TRAF3 形成異源複合體;它透過 TRAF3 與 TNFRSF5/CD40 關聯,也與多個 TNF 受體家族成員、RIPK2、MAP3K14、MAP3K5 及 TDP2 有關聯。TRAF5 的 C 端與 EIF2AK2/PKR 的 kinase catalytic domain 互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homotrimer (Probable). Heteromer with TRAF3. Associates with TNFRSF5/CD40 through interaction with TRAF3. Associates with LTBR/TNFRSF3, TNFRSF4, TNFRSF8/CD30, TNFRSF11A/RANK, TNFRSF13B/TACI, TNFRSF14, TNFRSF17, TNFRSF19/TROY, RIPK2, MAP3K14, MAP3K5, and TRAF and TNF receptor associated protein TDP2. Interacts (via C-terminus) with EIF2AK2/PKR (via the kinase catalytic domain) PMID 10764746 ↗ · PMID 10809768 ↗ · PMID 10880535 ↗ · PMID 10908663 ↗ · PMID 15121867 ↗ · PMID 8999898 ↗ · PMID 9153189 ↗ · PMID 9162022 ↗ · PMID 9275204 ↗ · PMID 9488716 ↗ · PMID 9511754 ↗ · PMID 9642260 ↗ · PMID 9718306 ↗ · PMID 9774460 ↗ · PMID 9774977 ↗ |
| 細胞定位 | TRAF5 定位於細胞質,並註記位於 cytosol。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
AGGAGCAGCAGCCGCGCCTGCAGACCGGCCTCGCGGAGCC40CGCGCGCCGAGCCCCACAATGGCTTATTCAGAAGAGCATA80AAGGTATGCCCTGTGGTTTCATCCGCCAGAATTCCGGCAA120CTCCATTTCCTTGGACTTTGAGCCCAGTATAGAGTACCAG160TTTGTGGAGCGGTTGGAAGAGCGCTACAAATGTGCCTTCT200GCCACTCGGTGCTTCACAACCCCCACCAGACAGGATGTGG240GCACCGCTTCTGCCAGCACTGCATCCTGTCCCTGAGAGAA280TTAAACACAGTGCCAATCTGCCCTGTAGATAAAGAGGTCA320TCAAATCTCAGGAGGTTTTTAAAGACAATTGTTGCAAAAG360AGAAGTCCTCAACTTATATGTATATTGCAGCAATGCTCCT400GGATGTAATGCCAAGGTTATTCTGGGCCGGTACCAGGATC440ACCTTCAGCAGTGCTTATTTCAACCTGTGCAGTGTTCTAA480TGAGAAGTGCCGGGAGCCAGTCCTACGGAAAGACCTGAAA520GAGCATTTGAGTGCATCCTGTCAGTTTCGAAAGGAAAAAT560GCCTTTATTGCAAAAAGGATGTGGTAGTCATCAATCTACA600GAATCATGAGGAAAACTTGTGTCCTGAATACCCAGTATTT640TGTCCCAACAATTGTGCGAAGATTATTCTAAAAACTGAGG680TAGATGAACACCTGGCTGTATGTCCTGAAGCTGAGCAAGA720CTGTCCTTTTAAGCACTATGGCTGTGCTGTAACGGATAAA760CGGAGGAACCTGCAGCAACATGAGCATTCAGCCTTACGGG800AGCACATGCGTTTGGTTTTAGAAAAGAATGTCCAATTAGA840AGAACAGATTTCTGACTTACACAAGAGCCTAGAACAGAAA880GAAAGTAAAATCCAGCAGCTAGCAGAAACTATAAAGAAAC920TTGAAAAGGAGTTCAAGCAGTTTGCACAGTTGTTTGGCAA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。