演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

TRAF5RNF84

TNF receptor associated factor 5

TRAF5 是 TNF receptor associated factor 家族的蛋白質,連結 TNF 受體家族成員與不同訊號路徑,並參與 NF-κB 活化。

Homo sapiens1q32.3UniProt O00463
OFFICIAL SYMBOL
TRAF5
CHROMOSOME
1
UNIPROT
O00463
PDB / ALPHAFOLD
7L3L
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

TRAF5 的正式名稱為 TNF receptor associated factor 5,是一種蛋白質編碼基因,所產生的蛋白質屬於 TNF receptor-associated factor family。這類蛋白質可作為接頭蛋白與訊號轉導因子;TRAF5 的特色是能連結 TNF receptor family 成員與不同訊號路徑。其蛋白質包含 RING-type zinc finger、兩個 TRAF-type zinc finger,以及 MATH domain,另有一段與 EIF2AK2/PKR 互作相關的區域。

Official symbol
TRAF5
Gene name
TNF receptor associated factor 5
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:12035
UniProt
O00463
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
RNF84

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 11q32.3
chr1 · 248,956,422 bp · GRCh38chr1p36.33 · 1–2300000 · gnegchr1p36.32 · 2300001–5300000 · gpos25chr1p36.31 · 5300001–7100000 · gnegchr1p36.23 · 7100001–9100000 · gpos25chr1p36.22 · 9100001–12500000 · gnegchr1p36.21 · 12500001–15900000 · gpos50chr1p36.13 · 15900001–20100000 · gnegchr1p36.12 · 20100001–23600000 · gpos25chr1p36.11 · 23600001–27600000 · gnegchr1p35.3 · 27600001–29900000 · gpos25chr1p35.2 · 29900001–32300000 · gnegchr1p35.1 · 32300001–34300000 · gpos25chr1p34.3 · 34300001–39600000 · gnegchr1p34.2 · 39600001–43700000 · gpos25chr1p34.1 · 43700001–46300000 · gnegchr1p33 · 46300001–50200000 · gpos75chr1p32.3 · 50200001–55600000 · gnegchr1p32.2 · 55600001–58500000 · gpos50chr1p32.1 · 58500001–60800000 · gnegchr1p31.3 · 60800001–68500000 · gpos50chr1p31.2 · 68500001–69300000 · gnegchr1p31.1 · 69300001–84400000 · gpos100chr1p22.3 · 84400001–87900000 · gnegchr1p22.2 · 87900001–91500000 · gpos75chr1p22.1 · 91500001–94300000 · gnegchr1p21.3 · 94300001–99300000 · gpos75chr1p21.2 · 99300001–101800000 · gnegchr1p21.1 · 101800001–106700000 · gpos100chr1p13.3 · 106700001–111200000 · gnegchr1p13.2 · 111200001–115500000 · gpos50chr1p13.1 · 115500001–117200000 · gnegchr1p12 · 117200001–120400000 · gpos50chr1p11.2 · 120400001–121700000 · gnegchr1p11.1 · 121700001–123400000 · acenchr1q11 · 123400001–125100000 · acenchr1q12 · 125100001–143200000 · gvarchr1q21.1 · 143200001–147500000 · gnegchr1q21.2 · 147500001–150600000 · gpos50chr1q21.3 · 150600001–155100000 · gnegchr1q22 · 155100001–156600000 · gpos50chr1q23.1 · 156600001–159100000 · gnegchr1q23.2 · 159100001–160500000 · gpos50chr1q23.3 · 160500001–165500000 · gnegchr1q24.1 · 165500001–167200000 · gpos50chr1q24.2 · 167200001–170900000 · gnegchr1q24.3 · 170900001–173000000 · gpos75chr1q25.1 · 173000001–176100000 · gnegchr1q25.2 · 176100001–180300000 · gpos50chr1q25.3 · 180300001–185800000 · gnegchr1q31.1 · 185800001–190800000 · gpos100chr1q31.2 · 190800001–193800000 · gnegchr1q31.3 · 193800001–198700000 · gpos100chr1q32.1 · 198700001–207100000 · gnegchr1q32.2 · 207100001–211300000 · gpos25chr1q32.3 · 211300001–214400000 · gnegchr1q41 · 214400001–223900000 · gpos100chr1q42.11 · 223900001–224400000 · gnegchr1q42.12 · 224400001–226800000 · gpos25chr1q42.13 · 226800001–230500000 · gnegchr1q42.2 · 230500001–234600000 · gpos50chr1q42.3 · 234600001–236400000 · gnegchr1q43 · 236400001–243500000 · gpos75chr1q44 · 243500001–248956422 · gnegTRAF5pq1 bp248,956,422 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr1:211,326,325–211,375,117
Gene span
48,793 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000261464 ★211,326,833–211,374,94611
ENST00000891548211,326,325–211,375,11710
ENST00000891549211,326,325–211,375,11710
ENST00000891550211,326,325–211,375,1178
ENST00000891552211,326,325–211,375,11712
ENST00000939500211,326,325–211,375,11712
ENST00000939501211,326,325–211,375,11711
ENST00000942797211,326,325–211,375,11710
ENST00000942799211,326,325–211,375,11710
ENST00000942800211,326,325–211,375,11711
ENST00001145755211,326,325–211,375,11711
ENST00000336184211,326,588–211,375,11711

顯示 12/15 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

TRAF5 作為接頭蛋白與訊號轉導因子,透過與 TNF receptor family 成員的受體細胞質區域及 kinases 關聯,將受體訊號連接至不同路徑。這項角色使 TRAF5 能參與受體訊號的傳遞,而不是單獨作為訊號輸出的來源。

TRAF5 可介導 NF-κB 活化;它也可能介導 JNK 活化,但來源對此以「可能」描述,尚非確定陳述。這些訊號作用說明 TRAF5 與不同訊號路徑的連結有關,來源未進一步界定各路徑的具體下游機制或作用條件。

此外,TRAF5 似乎也參與 apoptosis;此功能同樣以不確定語氣記載,不能據此視為已確認其作用方式。來源未說明 TRAF5 在 apoptosis 中的具體分子步驟,也未提供特定細胞或刺激條件。

TRAF5 亦參與 EIF2AK2/PKR 所介導的 NF-κB 活化。此敘述指出它與 EIF2AK2/PKR 的訊號作用相關,並將其功能連結至 NF-κB 活化;來源沒有進一步說明此作用是否涉及其他中間因子或其完整機制。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 211326833 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>TRAF5 ENST00000261464 GRCh38 chr1:211325833-211326933 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
TCCATTTCATTTATATAGAATGTATTGCCCTTGGAGAGAATATATTGTAAGAAAGAGCCCGTATCTAAGA
GTGCGCAGGCCAAGCGCGGTGGCTCACGCCTGTTGGGAGGGCAAGGCAGGCGGATCACAAGGTCAAGAGA
TGAGACCAGCCTGACCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAGTACAAAAATTAGCCCGGCGTGGTG
GCACATGCTTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCTGGGAGGCCAGGG
TTGCAGTGAGCCGAGATCGCGTCACCGCACTCCAGCCTGGCGTGAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAATA
AAATAAAATAAAAAATACGTATAGAGAGAGAGAGAGGGAGAGAGACAGGCAGACAGCAGACCTGGATTCA
AGTTCCAGCTGCAGAGCTTGCTGAGCGTGTCTAACCTTGGGTACGTCACTCCACGTTGCTGCTCTGGCCC
TCAGACAGCTCATCTGTAAAATGGGGATGACCAGGCCTACTTCACCAGCTTGTTTTGAGGACCACAGGAG
ATGTTTGGGAAGCCAACCGGGGAGCTCTACAACTCTCAGAGATTGCTGGTGTTAGGCCAACAGCAAGAGG
AGGGCTGGCAAATTTGTGCTACCCTGAAGGAAAGTCCAGGAAGGACTGATTTGAGCCAGATCTCAAGCAA
GGCCTTGAGCAAATGGGTCAACACAGGAGAGGACGGGCTGAGCCTTGTTGTGCCTGACGGAAGAGCAAGA
CGGCCACAATTCAGACGCACGTGAGGGAAATCAGATGACTGGACTTGTAGATACTAACGGTTCTGAAGCG
GGTAGGTTAGCTTTCCAACCGCCTGGATGACGGTCTCAGCCTCCTCCCGACCCCTTCCTGCGCGTCCGCT
CTTCCCCTGCGCCCGCCCGCGCCCCTCCGCCCGCGCCCCGGCCCCGCCCCAGGCCTCGCCTCCGCTTCGC
CGCCGCCGCCGGCCGCAGCCAGGAGCAGCAGCCGCGCCTGCAGACCGGCCTCGCGGAGCCCGCGCGCCGA
GCCCCACGTGAGTCCGGCGGGTCGCCGCCCTGGGCACCCTCGCGACGGAAG
TRAF5 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
TRAF5_2 ↗1:211,326,635正股211,326,586–211,326,645
TRAF5_1 ↗1:211,326,833正股211,326,784–211,326,843

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:557 aa

1 aa557 aa結構域功能區域鋅指
依 O00463 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

TRAF5 蛋白質長 557 個胺基酸,屬於 TNF receptor-associated factor family。其特徵包括第 45–85 位的 RING-type zinc finger、第 127–181 位與第 182–239 位的 TRAF-type zinc finger,以及第 403–549 位的 MATH domain。第 345–557 位另註記為與 EIF2AK2/PKR 互作的區域。

結構域MATH403–549 aa
鋅指RING-type45–85 aa
鋅指TRAF-type 1127–181 aa
鋅指TRAF-type 2182–239 aa
功能區域Interaction with EIF2AK2/PKR345–557 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 PDB · 7L3L…

PDB · 7L3L

X-ray · 2.80 A · A/C=23-164

查看原始結構紀錄 ↗

實驗模型;依序列位置著色,可能只覆蓋局部區域。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Cytoplasm;Cytoplasm, cytosol

TRAF5 定位於細胞質,並註記於 cytosol。 來源未提供其定位隨條件改變或不同異構型間差異的資訊。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 40 個夥伴 · 最多顯示 50 個
RNF84TRAF5CCDC184CDC37CIB3ENOX2FAM9AFBXO28GAS8GORASP2HOMER1HSF2BPLAMP2LMO4LNX1MEOX2NMINTAQ1ODF2PHYHPIAS2PIBF1PICK1PSMA1RAD23ARNF4SDCBPSEC13SERPINB9SPRED1SRSF1STIP1SUMO1THAP1THAP7TNFRSF14TRAF2TRAF3TRAF6YPEL5ZFAND6ZNF655
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 40 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

TRAF5 可能形成同源三聚體,並可與 TRAF3 形成異源複合體。它透過與 TRAF3 互作而關聯 TNFRSF5/CD40;另記載與 LTBR/TNFRSF3、TNFRSF4、TNFRSF8/CD30、TNFRSF11A/RANK、TNFRSF13B/TACI、TNFRSF14、TNFRSF17、TNFRSF19/TROY、RIPK2、MAP3K14、MAP3K5 及 TDP2 有關聯。TRAF5 的 C 端則與 EIF2AK2/PKR 的 kinase catalytic domain 互作。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

3 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 3 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能TRAF5 是接頭蛋白與訊號轉導因子,透過關聯 TNF 受體家族成員的受體細胞質區域及 kinases,將訊號連至不同路徑。它可介導 NF-κB 活化,並可能介導 JNK 活化;來源也以不確定語氣指出它似乎參與 apoptosis。此外,TRAF5 參與 EIF2AK2/PKR 所介導的 NF-κB 活化。含實驗來源
證據與來源

Adapter protein and signal transducer that links members of the tumor necrosis factor receptor family to different signaling pathways by association with the receptor cytoplasmic domain and kinases. Mediates activation of NF-kappa-B and probably JNK. Seems to be involved in apoptosis. Plays a role in mediating activation of NF-kappa-B by EIF2AK2/PKR

PMID 15121867 ↗

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交互作用TRAF5 可能形成同源三聚體,並與 TRAF3 形成異源複合體;它透過 TRAF3 與 TNFRSF5/CD40 關聯,也與多個 TNF 受體家族成員、RIPK2、MAP3K14、MAP3K5 及 TDP2 有關聯。TRAF5 的 C 端與 EIF2AK2/PKR 的 kinase catalytic domain 互作。含實驗來源
證據與來源

Homotrimer (Probable). Heteromer with TRAF3. Associates with TNFRSF5/CD40 through interaction with TRAF3. Associates with LTBR/TNFRSF3, TNFRSF4, TNFRSF8/CD30, TNFRSF11A/RANK, TNFRSF13B/TACI, TNFRSF14, TNFRSF17, TNFRSF19/TROY, RIPK2, MAP3K14, MAP3K5, and TRAF and TNF receptor associated protein TDP2. Interacts (via C-terminus) with EIF2AK2/PKR (via the kinase catalytic domain)

PMID 10764746 ↗ · PMID 10809768 ↗ · PMID 10880535 ↗ · PMID 10908663 ↗ · PMID 15121867 ↗ · PMID 8999898 ↗ · PMID 9153189 ↗ · PMID 9162022 ↗ · PMID 9275204 ↗ · PMID 9488716 ↗ · PMID 9511754 ↗ · PMID 9642260 ↗ · PMID 9718306 ↗ · PMID 9774460 ↗ · PMID 9774977 ↗

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細胞定位TRAF5 定位於細胞質,並註記位於 cytosol。含實驗來源
證據與來源

Cytoplasm; Cytoplasm, cytosol

PMID 15121867 ↗

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情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 3 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000261464 · 3,976 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1AGGAGCAGCAGCCGCGCCTGCAGACCGGCCTCGCGGAGCC40
41CGCGCGCCGAGCCCCACAATGGCTTATTCAGAAGAGCATA80
81AAGGTATGCCCTGTGGTTTCATCCGCCAGAATTCCGGCAA120
121CTCCATTTCCTTGGACTTTGAGCCCAGTATAGAGTACCAG160
161TTTGTGGAGCGGTTGGAAGAGCGCTACAAATGTGCCTTCT200
201GCCACTCGGTGCTTCACAACCCCCACCAGACAGGATGTGG240
241GCACCGCTTCTGCCAGCACTGCATCCTGTCCCTGAGAGAA280
281TTAAACACAGTGCCAATCTGCCCTGTAGATAAAGAGGTCA320
321TCAAATCTCAGGAGGTTTTTAAAGACAATTGTTGCAAAAG360
361AGAAGTCCTCAACTTATATGTATATTGCAGCAATGCTCCT400
401GGATGTAATGCCAAGGTTATTCTGGGCCGGTACCAGGATC440
441ACCTTCAGCAGTGCTTATTTCAACCTGTGCAGTGTTCTAA480
481TGAGAAGTGCCGGGAGCCAGTCCTACGGAAAGACCTGAAA520
521GAGCATTTGAGTGCATCCTGTCAGTTTCGAAAGGAAAAAT560
561GCCTTTATTGCAAAAAGGATGTGGTAGTCATCAATCTACA600
601GAATCATGAGGAAAACTTGTGTCCTGAATACCCAGTATTT640
641TGTCCCAACAATTGTGCGAAGATTATTCTAAAAACTGAGG680
681TAGATGAACACCTGGCTGTATGTCCTGAAGCTGAGCAAGA720
721CTGTCCTTTTAAGCACTATGGCTGTGCTGTAACGGATAAA760
761CGGAGGAACCTGCAGCAACATGAGCATTCAGCCTTACGGG800
801AGCACATGCGTTTGGTTTTAGAAAAGAATGTCCAATTAGA840
841AGAACAGATTTCTGACTTACACAAGAGCCTAGAACAGAAA880
881GAAAGTAAAATCCAGCAGCTAGCAGAAACTATAAAGAAAC920
921TTGAAAAGGAGTTCAAGCAGTTTGCACAGTTGTTTGGCAA960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。