基因總覽
TRAF4（TNF receptor associated factor 4）是由蛋白質編碼基因 TRAF4 產生的蛋白質，屬於 TNF receptor-associated factor 家族的 B subfamily。其蛋白質具有 E3 泛素連接酶活性，可將泛素接到受體蛋白上；此特性使它能參與不同生物過程的調節。蛋白質長 470 個胺基酸，包含 RING-type zinc finger、三個 TRAF-type zinc finger，以及位於 C 端的 MATH domain。這些結構區域構成其分子特徵，相關作用則依不同的細胞訊號與互作對象而異。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000262395 ★ | 28,744,011–28,750,956 | 7 |
| ENST00000444415 | 28,744,002–28,750,037 | 8 |
| ENST00000262396 | 28,744,002–28,749,644 | 5 |
| ENST00001074085 | 28,744,002–28,750,079 | 7 |
| ENST00001118718 | 28,744,002–28,772,560 | 8 |
| ENST00001136202 | 28,744,002–28,750,956 | 7 |
| ENST00000422344 | 28,744,030–28,748,326 | 5 |
| ENST00000584944 | 28,746,743–28,748,297 | 4 |
| ENST00000473421 | 28,747,016–28,748,423 | 5 |
顯示 9/9 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TRAF4 具有 E3 泛素連接酶活性，參與細胞增殖、遷移、分化、DNA 修復、血小板活化與細胞凋亡等多種過程。它可依不同受質形成不同連接型態的泛素鏈，因而影響受質的穩定性或訊號功能；現有資料顯示，這些作用並非單一途徑，而是涵蓋數種細胞調控情境。
在 EGFR 訊號中，TRAF4 促進 EGFR 二聚化，並帶動下游 AKT 活化，進而促進細胞增殖。對 SMURF2，TRAF4 催化 Lys-48 連結的泛素化，使 SMURF2 經蛋白酶體降解，並與骨生成分化相關。另一方面，TRAF4 促進 CHK1 的 Lys-63 連結泛素化，進而啟動細胞週期停滯及 DNA 修復；它也可促進 IRS1 C 端不典型的 Lys-29 連結泛素化，此作用對胰島素樣生長因子（IGF）訊號傳遞至關重要。
TRAF4 亦調節 Toll-like receptor 訊號所引發的 NF-kappa-B 活化，並是 TNF 訊號下 RPS6KB1 活化所需的因子；此外，它可調節 TRAF6 的功能。這些結果顯示 TRAF4 可介入免疫相關訊號，但來源未進一步說明其調節 TRAF6 的具體方式。
在分化調控方面，TRAF4 透過活化丙酮酸激酶 PKM，進而促進 beta-catenin 訊號，抑制脂肪生成分化。它也與骨骼正常發育及呼吸道正常發育有關；這兩項發育功能的資料標示為相似性推論。整體而言，來源支持 TRAF4 透過泛素化及訊號調節，連結細胞增殖、分化、DNA 修復與發育等不同過程。
Promoter 與基因調控
>TRAF4 ENST00000262395 GRCh38 chr17:28743011-28744111 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TGCAGTGAGCCGAGATCGCACCACTGCACTCCAGCCTGGATGACAGAGCAAGTCTCCCTCTCAAAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTATTTGGTGCTTACCGGGACTCTATCTCCATACTTTGGAGCAGGGCA AGCCAGGGCCTGCCTGGACTGGCCATTAGGCCTGCCTAGCTTCTGCATAGCCCGGGGCTGGGCGGTCCCC GGGAGTGCTGCCACCTCCCCTACACTTTCATCCTGAGGCAGGATTTGCTAGACGTCGGCTTGCCTCTCTT CCCCAGCAGGAGGGCAGGAGTCACTAAGTGCTGCAGAAAAGATCCGCGCTGGAGATTGCCCGTCCCCCCC ATGCCTTTCCCCAGAAACAGTTGAGAGAATGGGTAGCTGGTGGGACCAGACCGGTTTCCCAGAGGACAGG AAGGCCAATAAAAATATCAGCTGCCTGCCTGGAGTGTGGTGTCTTCAAGGGTGGGGGTGGCGACCAGGCA CCCCAGGACTGGGCTGGGCCCGACCTCGGTGGCAGGGCTGCGGCCAAGGGAGGAATGTGGGCGCAGCCGG AGGCTGGGGCCGAGGTTCCTCTGGCCCAGCGCCCAGTCCAGCCTCCCCGCCCCAGCTGGGCTCCCCGGAG CTGGTTGCCAGGCTTCGGCTGCCTAGCACCTGGAAGCTGGGGCCACGGTTCCTGGGCTGCTCACGGCCCC GGAGGCCGAGCTGTTGCCTCTGGAGAAGAAAACCTTTGTGGCGCGGCCCGTCCCCTTTTCCGACCCGCAC TTCCCCGGGGCCCGCGGGCTCTGGGGAGAAGCGGAGCCACGATCTCTGTCCCCCAGGGGAAAGAAAAGCC CATGATCCCGTGGGTGGGCGAGACTGGCGGTCACCAGACCCAAAAACCATGCACTCGGGGGTGGGCGGGG CCGCGAGGGCGCGCATTAGGACCGCGCGGCCGCGGTCCGCCCTCTCTTCCGGAGGGCGGGCTTCACAGCC GAGCCCTGGCCGCGACCGCCAGTCGGCGCCGCCCGGAGCCGGGAGCGCCGCTCCAGCGAGGCGCGGGCTG TGGGGCCGCCGCGTGCCTGGCCCCGCTCGCCCGTGCCGGCCGCTCGCCCGC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TRAF4_1 ↗ | 17:28,744,011 | 正股 | 28,743,962–28,744,021 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
TRAF4 表現會受到細菌脂多醣（LPS）及單股 CpG 寡去氧核苷酸上調。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：470 aa
TRAF4 蛋白質長 470 個胺基酸，屬於 TNF receptor-associated factor 家族的 B subfamily。其序列包含位於第 18–58 個胺基酸的 RING-type zinc finger，以及第 102–266 個胺基酸範圍內的三個 TRAF-type zinc finger；C 端第 307–462 個胺基酸為 MATH domain。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TRAF4 記錄於細胞質、細胞核、核周區域、緊密連結、細胞膜的細胞質側，以及細胞骨架相關的細胞質位置。 來源未提供不同定位之間的轉換條件或異構型差異。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Cell junction, tight junction。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 102 個夥伴
- ABI3Q9P2A4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ACTMAPQ5BKX5-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ALKBH4Q9NXW9 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- ATOSBQ7L5A3 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- BACH2Q9BYV9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BAHD1Q8TBE0 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- BANPA0A0S2Z5G4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BANPB4DE54 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BANPQ8N9N5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 3 筆來源紀錄
- BCL6BA8KA13 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BEGAINQ9BUH8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BYSLQ13895 · UniProt INTERACTION · 9 experiments
- CARFQ8N187 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CEP85Q6P2H3-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DISC1Q9NRI5-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DNM2P50570 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
- DPEP2NBA0A0U1RQF7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DTX3Q8N9I9 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- EXOC7Q96BU6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- EYA2O00167-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- EZHIPQ86X51 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FBXL18Q96D16 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FRS3O43559 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GOLGA2Q08379 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- GOLGA6AQ9NYA3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
TRAF4 可能形成同源三聚體。其互作對象包括 LTBR/TNFRSF3、NGFR/TNFRSF16、RPS6KB1、TGFB1I1 與 SMURF1；並透過 TRAF domain 與 MAP3K4 的 kinase domain 互作。TRAF4 也與 NCF1、TICAM1、IRAK1、TRAF6 互作，且可能共同構成含有這些蛋白質的複合體。它透過 MATH domain 與 GP6、GP1BB 互作，透過 C 端區域與 EGFR 結合；後者促進 EGFR 非對稱二聚體形成。TRAF4 與 PKM 的互作則促進 PKM kinase 活性。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 6 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TRAF4 是具有 E3 泛素連接酶活性的接頭蛋白，參與細胞增殖、遷移、分化、DNA 修復、血小板活化與細胞凋亡。它促進 EGFR 二聚化及下游 AKT 活化，並以 Lys-48 連結泛素化促使 SMURF2 經蛋白酶體降解；另促進 CHK1 的 Lys-63 連結泛素化及 IRS1 C 端的 Lys-29 連結泛素化。TRAF4 也調節 Toll-like receptor 引發的 NF-kappa-B 活化、TNF 訊號下 RPS6KB1 活化及 TRAF6 功能；其與骨骼和呼吸道正常發育的關係屬相似性推論。 | 含實驗來源 | 證據與來源Adapter protein with E3 ligase activity that is involved in many diverse biological processes including cell proliferation, migration, differentiation, DNA repair, platelet activation or apoptosis. Promotes EGFR-mediated signaling by facilitating the dimerization of EGFR and downstream AKT activation thereby promoting cell proliferation. Ubiquitinates SMURF2 through 'Lys-48'-linked ubiquitin chain leading to SMURF2 degradation through the proteasome and subsequently osteogenic differentiation. Promotes 'Lys-63'-mediated ubiquitination of CHK1 which in turn activates cell cycle arrest and activation of DNA repair. In addition, promotes an atypical 'Lys-29'-linked ubiquitination at the C-terminal end of IRS1 which is crucial for insulin-like growth factor (IGF) signal transduction. Regulates activation of NF-kappa-B in response to signaling through Toll-like receptors. Required for normal skeleton development, and for normal development of the respiratory tract (By similarity). Required for activation of RPS6KB1 in response to TNF signaling. Modulates TRAF6 functions. Inhibits adipogenic differentiation by activating pyruvate kinase PKM activity and subsequently the beta-catenin signaling pathway PMID 12023963 ↗ · PMID 12801526 ↗ · PMID 16052631 ↗ · PMID 16157600 ↗ · PMID 18953416 ↗ · PMID 19937093 ↗ · PMID 30352854 ↗ · PMID 31076633 ↗ · PMID 32268273 ↗ · PMID 32357935 ↗ · PMID 33991522 ↗ |
| 分子活性 | S-ubiquitinyl-[E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + N(6)-ubiquitinyl-[acceptor protein]-L-lysine. | 含實驗來源 | 證據與來源S-ubiquitinyl-[E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + N(6)-ubiquitinyl-[acceptor protein]-L-lysine. PMID 31076633 ↗ · PMID 32357935 ↗ · PMID 33991522 ↗ |
| 分子活性 | TRAF4 的功能註解涉及蛋白質降解，特別是由泛素依賴的蛋白酶體途徑介導的降解。 | 資料庫紀錄 | |
| 交互作用 | TRAF4 可能形成同源三聚體，並與 LTBR/TNFRSF3、NGFR/TNFRSF16、RPS6KB1、TGFB1I1、SMURF1 等蛋白質互作；它透過 TRAF domain 與 MAP3K4 kinase domain 互作，也與 NCF1、TICAM1、IRAK1、TRAF6 互作，且可能位於包含這些成員的複合體中。TRAF4 透過 MATH domain 與 GP6、GP1BB 互作，透過 C 端區域結合 EGFR 並促進 EGFR 非對稱二聚體形成；與 PKM 的互作則促進 PKM kinase 活性。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homotrimer (Probable). Interacts with LTBR/TNFRSF3, NGFR/TNFRSF16, RPS6KB1 and TGFB1I1. Interacts with SMURF1. Interacts (via TRAF domain) with MAP3K4 (via kinase domain). Interacts with NCF1, TICAM1, IRAK1 and TRAF6, and is probably part of a complex containing TRAF4, NCF1, TICAM1, IRAK1 and TRAF6. Interacts (via MATH domain) with GP6 and GP1BB. Interacts with EGFR (via C-terminal region); this interaction promotes the formation of EGFR asymmetric dimers. Interacts with PKM; this interaction promotes PKM kinase activity PMID 10514511 ↗ · PMID 12023963 ↗ · PMID 12801526 ↗ · PMID 16052631 ↗ · PMID 16157600 ↗ · PMID 16330715 ↗ · PMID 19937093 ↗ · PMID 20946164 ↗ · PMID 29073066 ↗ · PMID 32268273 ↗ · PMID 9626059 ↗ |
| 細胞定位 | TRAF4 被記錄於細胞質、細胞核、核周區域、緊密連結、細胞膜的細胞質側，以及細胞骨架相關的細胞質位置。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cytoplasm; Nucleus; Cytoplasm, perinuclear region; Cell junction, tight junction; Cell membrane / Peripheral membrane protein / Cytoplasmic side; Cytoplasm, cytoskeleton PMID 32268273 ↗ |
| 調控 | 細菌脂多醣（LPS）及單股 CpG 寡去氧核苷酸會上調 TRAF4。 | 含實驗來源 | 證據與來源Up-regulated by bacterial lipopolysaccharides (LPS) and by single-stranded CpG oligodeoxynucleotide PMID 16052631 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AGTCGGCGCCGCCCGGAGCCGGGAGCGCCGCTCCAGCGAG40GCGCGGGCTGTGGGGCCGCCGCGTGCCTGGCCCCGCTCGC80CCGTGCCGGCCGCTCGCCCGCCATGCCTGGCTTCGACTAC120AAGTTCCTGGAGAAGCCCAAGCGACGGCTGCTGTGCCCAC160TGTGCGGGAAGCCCATGCGCGAGCCTGTGCAGGTTTCCAC200CTGCGGCCACCGTTTCTGCGATACCTGCCTGCAGGAGTTC240CTCAGTGAAGGAGTCTTCAAGTGCCCTGAGGACCAGCTTC280CTCTGGACTATGCCAAGATCTACCCAGACCCGGAGCTGGA320AGTACAAGTATTGGGCCTGCCTATCCGCTGCATCCACAGT360GAGGAGGGCTGCCGCTGGAGTGGGCCACTACGTCATCTAC400AGGGCCACCTGAATACCTGCAGCTTCAATGTCATTCCCTG440CCCTAATCGCTGCCCCATGAAGCTGAGCCGCCGTGATCTA480CCTGCACACTTGCAGCATGACTGCCCCAAGCGGCGCCTCA520AGTGCGAGTTTTGTGGCTGTGACTTCAGTGGGGAGGCCTA560TGAGAGCCATGAGGGTATGTGCCCCCAGGAGAGTGTCTAC600TGTGAGAATAAGTGTGGTGCCCGCATGATGCGGCGGCTGC640TGGCCCAGCATGCCACCTCTGAGTGCCCCAAGCGCACTCA680GCCCTGCACCTACTGCACTAAGGAGTTCGTCTTTGACACC720ATCCAGAGCCACCAGTACCAGTGCCCAAGGCTGCCTGTTG760CCTGCCCCAACCAATGTGGTGTGGGCACTGTGGCTCGGGA800GGACCTGCCAGGCCATCTGAAGGACAGCTGTAACACCGCC840CTGGTGCTCTGCCCATTCAAAGACTCCGGCTGCAAGCACA880GGTGCCCTAAGCTGGCAATGGCACGGCATGTGGAGGAGAG920TGTGAAGCCACATCTGGCCATGATGTGTGCCCTGGTGAGC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。