基因總覽
TRADD 的正式名稱為 TNFRSF1A associated via death domain,屬於蛋白質編碼基因,產物為 Tumor necrosis factor receptor type 1-associated DEATH domain protein。這個蛋白質與 TNFRSF1A/TNFR1 訊號相關,能作為訊號傳遞的接頭分子;其名稱所指的 death domain 也是蛋白質特徵之一。TRADD 並非固定留在單一細胞區域,而可在細胞質與細胞核之間穿梭,並曾被描述位於細胞骨架相關的細胞質區域。來源亦提及核內形式具有不同的功能脈絡;其作用細節見功能段落。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000345057 ★ | 67,154,185–67,159,909 | 5 |
| ENST00000486556 | 67,153,969–67,156,249 | 3 |
| ENST00000857835 | 67,153,969–67,159,909 | 5 |
| ENST00000857836 | 67,153,969–67,159,892 | 5 |
| ENST00000857837 | 67,153,969–67,159,688 | 5 |
| ENST00000857838 | 67,153,969–67,157,779 | 4 |
| ENST00000959440 | 67,153,969–67,163,760 | 5 |
| ENST00000959441 | 67,153,969–67,161,754 | 5 |
| ENST00000959442 | 67,153,969–67,159,911 | 5 |
| ENST00001033683 | 67,153,969–67,159,911 | 5 |
| ENST00001138940 | 67,153,969–67,159,911 | 5 |
顯示 11/11 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TRADD 是 TNF 訊號路徑中 TNFRSF1A/TNFR1 的接頭分子。受體活化後,TRADD 特異性結合其細胞質區域,並媒介受體與 FADD 的互動,啟動由多種蛋白質組成的 complex I(亦稱 TNF-R1 signaling complex 或 TNF-RSC)。這個複合體參與訊號走向的調節,可促進細胞存活,或引發程序性細胞死亡。
TRADD 的作用也與 TNFRSF1A/TNFR1 訊號所引起的細胞反應有關。來源指出,TRADD 過度表現會帶來兩種主要的 TNF 誘發反應:細胞凋亡,以及 NF-kappa-B 活化。這些結果顯示 TRADD 參與的訊號可連結不同細胞反應,但來源未將過度表現條件下的兩種反應歸結為單一方向或單一結果。
在細胞核中,TRADD 的核內形式被描述為具有腫瘤抑制作用。此作用是依據相似性推定:TRADD 與 TRIP12 互動,使 TRIP12 與 CDKN2A 的 p19ARF/ARF 異構型之間的互動受到破壞,從而防止 p19ARF/ARF 被 TRIP12 泛素化並降解。這項核內功能的敘述具有 By similarity 的證據性質,不應視為已在此來源中直接確證。
Promoter 與基因調控
>TRADD ENST00000345057 GRCh38 chr16:67159809-67160909 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TGACGGTTCTGGGGCCTGAGGGGCTCAAGATTTAAGTTCCGACCCCTGAGCAGCCCTGGCTCCCGCTGAG CAATTTGGGTTCGGCTGGAACTCCGCAGACCCACCCTGGAGCGCAGCCTTTAGAGGGGGATGGGTTACTG GAAAGTGTGCGTCCTCTTTGAAGTTGCCAATCCTGTTTGTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGAGACGGAATC TAGCTGTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGAGATCTCGGCTCACTGCAAACTCCGCCTCGCGGGTTC AAGCGATTCTTCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTCCAGGCGCGCGCCACCTCGCCGGGCTAATT TTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCAGGTG ATCCACCTGCCTCGGCCTTCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCGCCAATCTT GTTTTAAGGTTCTTAAAGGTTTGTGTACACAAGGCTTCACACTACTCGCCAGTTAATGTTCCCATATCTT CCGGGCTAACAGTTTCTCCCGGAATTTGTGCCACGTGTTTCCTGGGGCTTCAGATACGTTCGGCCGGGCT TGTACCTGGGACCCATGGGCACCCCGTTTTGAGTGCCCACTGGTAGCAGCGATCTTGAAGCCGGATCCCC AGGGGTACCAGAAAATTCTGGTCTCCAGGGGGCGCCCCCTTGATTTACCGAAGTCTGGCAGCTGTAGCTC TTACGAGCCCCCCGCCTCGTAAGAATCGCAAACCCCCAAAGTCGGGTCTTCCTGCCGTCTAACCTTGGGC GCTGGTGTCTTACCTGCTCGGCGGACCAGATGGGCTTTGCCCGGGGCAGGGGACTGGCAGCAGAGGACAG CGGACGGGAAGCAGCCACCGGGAGCCCGCGGGGCGGGACGCGCGGGCGGACGGGGCGGCTCGGGCTAGGG CACCGCCCCAGCGCCTCCGCGCACACCCGGAAGCGGCGGAGTAGAGCGGAGCCTGGCGGGCGTGGGAACC CAGGCCCCGCCGAGGCGGCCAGGTTAGTGCAGCAGGTGGGTGGGTGGGCTC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR16_5KRH28 · CTCF_binding_site · 67155520–67155541 · regulatory
ENSR16_9ZMNT · promoter · 67156239–67156739 · regulatory
ENSR16_5KRH6X · CTCF_binding_site · 67156537–67156558 · regulatory
ENSR16_5KRH85 · CTCF_binding_site · 67156796–67156817 · regulatory
ENSR16_C8MX6 · enhancer · 67158501–67159898 · regulatory
ENSR16_5KRHM5 · CTCF_binding_site · 67159173–67159194 · regulatory
ENSR16_5KRHN8 · CTCF_binding_site · 67159408–67159429 · regulatory
ENSR16_5KRHPM · CTCF_binding_site · 67159713–67159734 · regulatory
ENSR16_75XLXF · promoter · 67159899–67160015 · regulatory
ENSR16_C8MX9 · enhancer · 67160016–67161994 · regulatory
ENSR16_69W8WD · CTCF_binding_site · 67160161–67160193 · regulatory
ENSR16_5KRJG3 · CTCF_binding_site · 67163903–67163924 · regulatory
ENSR16_BHBW4 · promoter · 67164255–67164822 · regulatory
ENSR16_5KRJJ5 · CTCF_binding_site · 67164350–67164371 · regulatory
· motif · 67155314–67155330 · motif
· motif · 67155372–67155381 · motif
· motif · 67155522–67155538 · motif
· motif · 67155756–67155768 · motif
· motif · 67156539–67156555 · motif
· motif · 67156798–67156814 · motif
· motif · 67158503–67158518 · motif
· motif · 67158510–67158518 · motif
· motif · 67158771–67158783 · motif
· motif · 67158864–67158879 · motif
· motif · 67158964–67158977 · motif
· motif · 67159076–67159091 · motif
· motif · 67159175–67159191 · motif
· motif · 67159410–67159426 · motif
· motif · 67159715–67159731 · motif
· motif · 67159758–67159771 · motif
· motif · 67159812–67159825 · motif
· motif · 67159820–67159829 · motif
· motif · 67159895–67159904 · motif
· motif · 67159895–67159906 · motif
· motif · 67159895–67159906 · motif
· motif · 67159907–67159920 · motif
· motif · 67160102–67160117 · motif
· motif · 67160163–67160179 · motif
· motif · 67160174–67160190 · motif
· motif · 67160202–67160215 · motif
· motif · 67160202–67160215 · motif
· motif · 67160203–67160216 · motif
· motif · 67160203–67160216 · motif
· motif · 67160311–67160320 · motif
· motif · 67160311–67160320 · motif
· motif · 67160326–67160337 · motif
· motif · 67160981–67160994 · motif
· motif · 67160986–67160996 · motif
· motif · 67161030–67161040 · motif
· motif · 67161032–67161045 · motif
· motif · 67161091–67161104 · motif
· motif · 67163230–67163246 · motif
· motif · 67163267–67163278 · motif
· motif · 67163267–67163278 · motif
· motif · 67163371–67163382 · motif
· motif · 67163750–67163761 · motif
· motif · 67163750–67163761 · motif
· motif · 67163905–67163921 · motif
· motif · 67163948–67163961 · motif
· motif · 67164301–67164308 · motif
· motif · 67164352–67164368 · motif
· motif · 67164680–67164696 · motif
· motif · 67164680–67164696 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:312 aa
TRADD 蛋白質長 312 個胺基酸。其第 179–289 位具有 Death domain;第 170–195 位另註記為無序區域。第 222–289 位與 KRT14、KRT18 的互動相關。蛋白質還包含第 147–163 位的核輸出訊號,以及第 231–244 位的核定位訊號。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TRADD 位於細胞核與細胞質,也見於細胞骨架相關的細胞質區域,並可在細胞質和細胞核之間穿梭。 來源未進一步說明其定位變化的誘發條件或異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 6 個夥伴
- FADDQ13158 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
- KRT18P05783 · UniProt INTERACTION · 11 experiments
- TNFRSF1AP19438 · UniProt INTERACTION · 14 experiments
- TRAF2Q12933 · UniProt INTERACTION · 13 experiments
- LMP1P03230 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- nleB1B7UI21 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
TNFRSF1A 受刺激後,TRADD 參與兩種訊號複合體:位於質膜的 complex I 含 TNFRSF1A、TRADD、RIPK1、TRAF2,以及 BIRC2/c-IAP1 或 BIRC3;之後 TRADD 與 RIPK1、TRAF2 脫離受體,和 FADD、CASP8 形成細胞質 complex II。TRADD 在 complex I 中與 TNFRSF1A、TRAF2、RIPK1、TRPC4AP、DAB2IP 互動;TRPC4AP 互動促進 NF-kappa-B 活化。UXT1 與 complex I 相關,並阻止 complex II 形成。另有來源記載 TRADD 與 SQSTM1、TRIP12、HIPK2、KRT14、KRT18、KRT16、KRT17、FADD、TOMM70 及 TMC8 互動;TMC8 會妨礙 complex I 形成並促進 complex II 形成。部分互動僅有 By similarity 證據。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TRADD 是 TNFRSF1A/TNFR1 的接頭分子,結合活化受體的細胞質區域並媒介其與 FADD 的互動,啟動可調節細胞存活或程序性死亡的 complex I。TRADD 過度表現與 TNF 誘發的細胞凋亡及 NF-kappa-B 活化相關。核內形式阻止 TRIP12 泛素化並降解 CDKN2A 的 p19ARF/ARF 異構型;此核內作用標註為 By similarity。 | 含實驗來源 | 證據與來源Adapter molecule for TNFRSF1A/TNFR1 in the tumor necrosis factor-mediated (TNF) signaling pathway. Specifically associates with the cytoplasmic domain of activated TNFRSF1A/TNFR1 mediating its interaction with FADD, initiating formation of the complex I (TNF-R1 signaling complex also known as TNF-RSC), a multiprotein complex that acts as a decision maker to initiate pro-survival or programmed cell death. Overexpression of TRADD leads to two major TNF-induced responses, apoptosis and activation of NF-kappa-B. The nuclear form acts as a tumor suppressor by preventing ubiquitination and degradation of isoform p19ARF/ARF of CDKN2A by TRIP12: acts by interacting with TRIP12, leading to disrupt interaction between TRIP12 and isoform p19ARF/ARF of CDKN2A (By similarity) PMID 12887920 ↗ · PMID 23955153 ↗ · PMID 41922760 ↗ · PMID 7758105 ↗ · PMID 8612133 ↗ |
| 交互作用 | TNFRSF1A 受刺激後形成不同訊號複合體:質膜 complex I 含 TRADD 等成員並與細胞存活相關;TRADD 等蛋白隨後脫離受體,和 FADD、CASP8 組成促進細胞凋亡的細胞質 complex II。TRADD 還與多種蛋白質互動;其中 TMC8 妨礙 complex I 形成並促進 complex II,UXT1 則阻止 complex II 形成。部分互動依相似性推定。 | 含實驗來源 | 證據與來源Stimulation of TNF receptor TNFRSF1A leads to the formation of two distinct signaling complexes. Plasma membrane-bound complex I is composed of TNFRSF1A, TRADD, RIPK1, TRAF2 and BIRC2/c-IAP1 or BIRC3 which interacts with CHUCK/IKK-alpha, IKBKB/IKK-beta and IKBKG/IKK-gamma promoting cell survival. Subsequently, TRADD, RIPK1 and TRAF2 dissociate from TNFRSF1A and form cytoplasmic complex II with FADD and caspase CASP8 promoting cell apoptosis. Within complex I, interacts with TNFRSF1A/TNFR1, TRAF2 and kinase RIPK1. Within complex I, interacts with TRPC4AP; the interaction promotes NF-kappa B activation. UXT1 associates with complex I; the interaction prevents the formation of complex II. Within complex I Interacts with scaffold protein DAB2IP. Interacts with autophagy receptor SQSTM1. Interacts with E3 ligase TRIP12 (By similarity). Interacts with kinase HIPK2. Interacts with keratin KRT14. Interacts with keratin KRT18. Interacts with keratins KRT16 and KRT17 (By similarity). Interacts with FADD (By similarity). Interacts with TOMM70. Interacts with TMC8; the interaction impairs the formation of complex I and facilites complex II formation PMID 10356400 ↗ · PMID 10892748 ↗ · PMID 11032752 ↗ · PMID 11684708 ↗ · PMID 14585990 ↗ · PMID 15310755 ↗ · PMID 20628368 ↗ · PMID 21307340 ↗ · PMID 23429285 ↗ · PMID 24130170 ↗ · PMID 41922760 ↗ · PMID 7758105 ↗ · PMID 8612133 ↗ |
| 細胞定位 | TRADD 可位於細胞核、細胞質及細胞骨架相關的細胞質區域,並在細胞質與細胞核之間穿梭;來源未提供更具體的穿梭條件。 | 含實驗來源 | 證據與來源Nucleus; Cytoplasm; Cytoplasm, cytoskeleton; Shuttles between the cytoplasm and the nucleus PMID 11684708 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GCACACCCGGAAGCGGCGGAGTAGAGCGGAGCCTGGCGGG40CGTGGGAACCCAGGCCCCGCCGAGGCGGCCAGGAGGTGAG80ATGGCAGCTGGGCAAAATGGGCACGAAGAGTGGGTGGGCA120GCGCATACCTGTTTGTGGAGTCCTCGCTGGACAAGGTGGT160CCTGTCGGATGCCTACGCGCACCCCCAGCAGAAGGTGGCA200GTGTACAGGGCTCTGCAGGCTGCCTTGGCAGAGAGCGGCG240GGAGCCCGGACGTGCTGCAGATGCTGAAGATCCACCGCAG280CGACCCGCAGCTGATCGTGCAGCTGCGATTCTGCGGGCGG320CAGCCCTGTGGCCGCTTCCTCCGCGCCTACCGCGAGGGGG360CGCTGCGCGCCGCGCTGCAGAGGAGCCTGGCGGCCGCGCT400CGCCCAGCACTCGGTGCCGCTGCAACTGGAGCTGCGCGCC440GGCGCCGAGCGGCTGGACGCTTTGCTGGCGGACGAGGAGC480GCTGTTTGAGTTGCATCCTAGCCCAGCAGCCCGACCGGCT520CCGGGATGAAGAACTGGCTGAGCTGGAGGATGCGCTGCGA560AATCTGAAGTGCGGCTCGGGGGCCCGGGGTGGCGACGGGG600AGGTCGCTTCGGCCCCCTTGCAGCCCCCGGTGCCCTCTCT640GTCGGAGGTGAAGCCGCCGCCGCCGCCGCCACCTGCCCAG680ACTTTTCTGTTCCAGGGTCAGCCTGTAGTGAATCGGCCGC720TGAGCCTGAAGGACCAACAGACGTTCGCGCGCTCTGTGGG760TCTCAAATGGCGCAAGGTGGGGCGCTCACTGCAGCGAGGC800TGCCGGGCGCTGCGGGACCCGGCGCTGGACTCGCTGGCCT840ACGAGTACGAGCGCGAGGGACTGTACGAGCAGGCCTTCCA880GCTGCTGCGGCGCTTCGTGCAGGCCGAGGGCCGCCGCGCC920ACGCTGCAGCGCCTGGTGGAGGCACTCGAGGAGAACGAGC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。