基因總覽
TRA（T cell receptor alpha locus）是位於人類第 14 號染色體的蛋白質編碼基因。其產物為 T cell receptor 的 alpha chain；此處描述的 alpha chain 與特定 beta chain 組成 alpha-beta T cell receptor，屬於辨識抗原的受體組成部分。來源所述的受體 clonotype 具有指定的可變區與接合區組合，並與 HLA-A*02:01 限制性抗原辨識相關。alpha chain 含有 Ig-like V-type 與 Ig-like C1-type 結構域，另有跨膜區及短的細胞質區段，構成其受體鏈的基本結構。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
帶型資料未取得，未套用其他染色體的條紋或著絲點位置。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
來源描述的 TR alpha chain 與 TRBV19*01J2S7*01C*02 beta chain 組成特定的 alpha-beta T cell receptor clonotype，辨識 influenza A virus 的 M/matrix protein 1 免疫優勢表位 GILGFVFTL；此表位由 HLA-A*02:01 呈現。該 clonotype 被歸類為 public TR clonotype，在多名 HLA-A*02:01 帶有者的效應記憶 CD8-positive T cells 中較常被選出，並與對 influenza A virus 感染的長期免疫相關。
此受體也能以分子模仿方式交叉辨識偶發出現的 influenza A virus 變異株，來源指出這可引發對不同 influenza strains 的免疫反應。這項描述涵蓋特定受體 clonotype 與抗原辨識情境，不代表所有 TRA 產物均具有相同辨識範圍。
抗原辨識會促使細胞表面的 TR-CD3 聚集，並啟動細胞內 LCK。LCK 磷酸化 CD3G、CD3D、CD3E 與 CD247 的 ITAM motifs，促進 ZAP70 被招募；接著 ZAP70 磷酸化 LAT，使其招募多種訊號分子形成 LAT signalosome。
LAT signalosome 將訊號分流至 calcium、mitogen-activated protein kinase（MAPK）kinase 與 nuclear factor NF-kappa-B（NF-kB）三條主要路徑，進而動員調控基因表現的轉錄因子。來源以相似性推定，這些轉錄調控作用對 T cell 分化為效應／記憶 T cells 至關重要；此部分屬於 By similarity 的功能註解。
Promoter 與基因調控
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：268 aa
此蛋白質長 268 個胺基酸，N 端含 1–19 位的訊號肽；Ig-like V-type 與 Ig-like C1-type 結構域分別位於 20–107 與 147–235 位。CDR1、CDR2、CDR3 分別位於 45–49、67–69、107–118 位。C 端的螺旋跨膜區位於 244–266 位，267–268 位為細胞質拓撲區段。
蛋白質三維結構
細胞內定位
來源將此蛋白質定位於細胞膜；此定位註記未描述其他條件下的變化或異構型差異。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
TR alpha chain 以二硫鍵與 TRBV19*01J2S7*01C*02 beta chain 形成異源二聚體。該 TR 主要透過 CDR3-beta domain，以「peg-notch」辨識模式與 HLA-A*02.01 所呈現的 M/matrix protein 1 衍生胜肽 GILGFVFTL 作用。alpha-beta TR 另與跨膜訊號 CD3 蛋白組成 TR-CD3（TCR）複合體：在內質網中，一個 alpha-beta TR 異源二聚體與一個 CD3D-CD3E 異源二聚體、一個 CD3G-CD3E 異源二聚體及一個 CD247 同源二聚體組成穩定的八聚體。CD3D-CD3E 與 CD3G-CD3E 分別偏好結合 TR alpha 與 TR beta chain；CD247 同源二聚體最後加入，且此步驟為複合體運送至細胞表面所需。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | 特定 TRA alpha chain 與 TRBV19*01J2S7*01C*02 beta chain 組成 public TR clonotype，辨識 HLA-A*02:01 呈現的 influenza A virus M/matrix protein 1 表位 GILGFVFTL；此 clonotype 在多名 HLA-A*02:01 帶有者的效應記憶 CD8-positive T cells 中較常被選出，並與長期免疫及對偶發病毒變異株的交叉辨識相關。抗原辨識後，LCK、ZAP70 與 LAT 依序參與訊號傳遞，連結 calcium、MAPK kinase 及 NF-kB 路徑；效應／記憶 T cell 分化相關功能為相似性推定。 | 含實驗來源 | 證據與來源The alpha chain of TRAV27*01J42*01C*01/TRBV19*01J2S7*01C*02 alpha-beta T cell receptor (TR) clonotype that is specific for HLA-A*02:01-restricted M/matrix protein 1 immunodominant epitope GILGFVFTL of influenza A virus (IAV). Classified as a public TR clonotype, it is preferentially selected in effector memory CD8-positive T cells among multiple HLA-A*02:01 carriers and confers long-lived immunity against IAV infection. Can cross-recognize sporadically emerging IAV variants by molecular mimicry, inducing immunity toward different influenza strains. Antigen recognition initiates TR-CD3 clustering on the cell surface and intracellular activation of LCK that phosphorylates the ITAM motifs of CD3G, CD3D, CD3E and CD247 enabling the recruitment of ZAP70. In turn, ZAP70 phosphorylates LAT, which recruits numerous signaling molecules to form the LAT signalosome. The LAT signalosome propagates signal branching to three major signaling pathways, the calcium, the mitogen-activated protein kinase (MAPK) kinase and the nuclear factor NF-kappa-B (NF-kB) pathways, leading to the mobilization of transcription factors that are critical for gene expression and essential for T cell differentiation into effector/memory T cells (By similarity) PMID 12796775 ↗ · PMID 18275829 ↗ · PMID 1833769 ↗ · PMID 27036003 ↗ · PMID 29997621 ↗ · PMID 7807026 ↗ |
| 交互作用 | TR alpha chain 以二硫鍵與 TRBV19*01J2S7*01C*02 beta chain 形成異源二聚體，並透過 CDR3-beta domain 辨識 HLA-A*02.01 呈現的 GILGFVFTL 胜肽。alpha-beta TR 在內質網組裝時與兩種 CD3 異源二聚體及 CD247 同源二聚體形成穩定八聚體；CD247 最後加入，且為複合體運送至細胞表面所需。部分組裝描述為相似性推定。 | 含實驗來源 | 證據與來源Disulfide-linked heterodimer with TRBV19*01J2S7*01C*02 beta chain. The TR primarily interacts via its CDR3-beta domain with M/matrix protein 1-derived peptide (GILGFVFTL) displayed by HLA-A*02.01 in a 'peg-notch' recognition mode. The alpha-beta TR associates with the transmembrane signaling CD3 coreceptor proteins to form the TR-CD3 (TCR). The assembly of alpha-beta TR heterodimers with CD3 occurs in the endoplasmic reticulum where a single alpha-beta TR heterodimer associates with one CD3D-CD3E heterodimer, one CD3G-CD3E heterodimer and one CD247 homodimer forming a stable octameric structure. CD3D-CD3E and CD3G-CD3E heterodimers preferentially associate with TR alpha and TR beta chains (via TM domain), respectively. The association of the CD247 homodimer is the last step of TCR assembly in the endoplasmic reticulum and is required for transport to the cell surface (By similarity) PMID 12796775 ↗ · PMID 18275829 ↗ · PMID 27036003 ↗ |
| 細胞定位 | 此蛋白質定位於細胞膜。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。