基因總覽
TPX2 基因是蛋白質編碼基因,產物為 TPX2 microtubule nucleation factor,屬於 TPX2 family。這種蛋白質的主要角色與細胞分裂時紡錘體及微管的組裝有關,也能調節 AURKA 的活化和定位。其名稱所指的微管成核功能,反映它在紡錘體形成中的角色;來源並未提供更完整的結構域或整體結構描述,相關序列特徵見蛋白質特徵部分。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000300403 ★ | 31,739,290–31,801,800 | 18 |
| ENST00000340513 | 31,739,248–31,801,805 | 19 |
| ENST00000853939 | 31,739,248–31,801,805 | 18 |
| ENST00000853941 | 31,739,248–31,801,805 | 17 |
| ENST00000853943 | 31,739,248–31,801,805 | 17 |
| ENST00000853944 | 31,739,248–31,801,805 | 18 |
| ENST00000853945 | 31,739,248–31,801,805 | 17 |
| ENST00000853946 | 31,739,248–31,801,805 | 17 |
| ENST00000853947 | 31,739,248–31,801,805 | 18 |
| ENST00000853948 | 31,739,248–31,801,805 | 18 |
| ENST00000934050 | 31,739,248–31,801,805 | 18 |
| ENST00000934052 | 31,739,248–31,801,805 | 18 |
顯示 12/34 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TPX2 是紡錘體組裝因子,對有絲分裂紡錘體的正常形成不可或缺。它也參與染色質或動粒依賴的微管成核,並促進 AURKA 定位至紡錘體微管,將激酶調節與微管組裝連結起來。細胞凋亡時,TPX2 亦是正常組裝微管所需的因子。
TPX2 可活化 AURKA:它促進 AURKA 在 Thr-288 位點自體磷酸化,並保護該位點,避免去磷酸化。這些作用支持 AURKA 維持活化狀態;來源指出其結果與紡錘體微管上的 AURKA 定位及局部微管成核相關。
TPX2 的活性受 importin-alpha 結合調控;結合後,TPX2 會失活。有絲分裂開始時,GOLGA2 與 importin-alpha 作用,使 TPX2 脫離 importin-alpha。釋出的 TPX2 因而能活化 AURKA kinase,並刺激局部微管成核。這描述了細胞進入有絲分裂時,解除抑制與啟動局部微管組裝的調控關係。
此外,TPX2 參與凋亡期間的微管正常組裝,顯示其作用不只限於有絲分裂紡錘體。現有資料支持它在不同細胞狀態下與微管組裝相關,但未進一步說明凋亡微管組裝的分子機制。
Promoter 與基因調控
>TPX2 ENST00000300403 GRCh38 chr20:31738290-31739390 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AGTGATCTGCCTGTCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACATGCGTGAGCTACCGCACCCAGCCTAGGC TTAATTTTTGAATCTTTAGCTTTTGCTGGTATTATGAAGGGGGTTGTTTTGTTGTTCTTGTTGCTGCTAT TTTCTAATTGATTAAAAAAAATTAAGATGGTGGGGGTGGTCTCGTTATGATGTCTACGCTGTTCTGGAAC TCTTGGTCTCAAGGGATCCTTCTGCTTTAGCCTCCTGTGGAGCTGGGATTATAGGTGAGCGCCACGAAGC CCGGCCTCTAATTAATTATCGGTGGTGTATAAAAAGAACAGACCTTCTTAATTCGAATCCCATCTTCTCC ATTTATTATGTGATTTTGGACATGTTTGTTCAACTTCTCCTAGACTTTGTTTTCTTTTTACGACATGGGG ATCATAAAGCCGGGATGCAGTTGGGAATAAAACCGGATAAAGCTCCCAACGAACCGCGGGTTTCATAAGA TCAGGGCAGGGACTGGGTAAAAGGTTTCAAAGACTCCTGCACTATTGGGAAGGACGCTACGGGCGAGTCT ATGTTGCATGCAGGCGACTCCATGTTAAGACGAAGTGAACTCCCTGAACCTTCAAGGGATAATGCACAAC CATAACGAGAATAATTTTTAAAAATAGAGTTTTCTTCCCTGAAAACTTGGAGAGGTCCAGGATGCGCGCC ATTCTGTGATCTAGGTTGACTCTCCACCTCTTCAGTTGGTACCACCTTTCCCAAATAGTTTGGAGCAGAG CACTCCGGTCTTTGTAATAACGTACTCCTAAGAGCTGTTCCAGTGGACTCACGCAGGCGCAGGAGACTAC ACTTCCCAGGAACTCCGGGCCGCGTTGTTCGCTGGTACCTCCTTCTGACTTCCGGTATTGCTGCGGTCTG TAGGGCCAATCGGGAGCCTGGAATTGCTTTCCCGGCGCTCTGATTGGTGCATTCGACTAGGCTGCCTGGG TTCAAAATTTCAACGATACTGAATGAGTCCCGCGGCGGGTTGGCTCGCGCTTCGTTGTCAGATCTGAGGC GAGGCTAGGTGAGCCGTGGGAAGAAAAGAGGGAGCAGCTAGGGCGCGGGTC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TPX2_1 ↗ | 20:31,739,323 | 正股 | 31,739,274–31,739,333 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR20_B8B3S · enhancer · 31738288–31739133 · regulatory
ENSR20_8X79L · promoter · 31739134–31739300 · regulatory
ENSR20_B8B3Z · enhancer · 31739301–31740057 · regulatory
ENSR20_B8B44 · enhancer · 31740163–31740936 · regulatory
· motif · 31735179–31735193 · motif
· motif · 31738129–31738143 · motif
· motif · 31739109–31739120 · motif
· motif · 31739109–31739120 · motif
· motif · 31739176–31739185 · motif
· motif · 31739176–31739187 · motif
· motif · 31739176–31739187 · motif
· motif · 31739176–31739189 · motif
· motif · 31739468–31739485 · motif
· motif · 31740214–31740225 · motif
· motif · 31740350–31740372 · motif
· motif · 31740350–31740372 · motif
· motif · 31740425–31740440 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:747 aa
TPX2 microtubule nucleation factor 長 747 個胺基酸,屬於 TPX2 family。序列註解指出第 110–143 與 156–202 位胺基酸區段為無序區;這些是資料庫標示的區域特徵,來源未提供其他結構域資訊。
蛋白質三維結構
細胞內定位
細胞週期階段會影響 TPX2 的分布:S 期與 G2 期時,它分散於細胞核;有絲分裂期間則集中與紡錘體及紡錘極相關。 細胞凋亡時,TPX2 會離開細胞核,並可在凋亡微管上偵測到。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 11 個夥伴
- AURKAO14965 · UniProt INTERACTION · 10 experiments
- CALRP27797 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CDH1P12830 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CDK5R1Q15078 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DLSTP36957 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GOLGA2Q08379 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- GRB2P62993 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- HMMRO75330 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- NCK1P16333 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- NEK7Q8TDX7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PIK3R1P27986 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
TPX2 與 AURKA、importin-alpha、HNRNPU 和 KIF11 有交互作用;與 BCL2L10 的交互作用則依序列相似性推定。功能方面,importin-alpha 結合會使 TPX2 失活,而 TPX2 與 HNRNPU 的交互作用會將 HNRNPU 招募至紡錘體微管。來源未將這些交互作用描述為同一複合體。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TPX2 是紡錘體組裝因子,參與正常有絲分裂紡錘體與凋亡期間微管的組裝,也參與染色質或動粒依賴的微管成核。它促使 AURKA 定位至紡錘體微管,並藉由促進 Thr-288 自體磷酸化、避免該位點去磷酸化來活化 AURKA。TPX2 與 importin-alpha 結合時會失活;有絲分裂開始時,GOLGA2 與 importin-alpha 作用並釋放 TPX2,使其活化 AURKA kinase、刺激局部微管成核。 | 含實驗來源 | 證據與來源Spindle assembly factor required for normal assembly of mitotic spindles. Required for normal assembly of microtubules during apoptosis. Required for chromatin and/or kinetochore dependent microtubule nucleation. Mediates AURKA localization to spindle microtubules. Activates AURKA by promoting its autophosphorylation at 'Thr-288' and protects this residue against dephosphorylation. TPX2 is inactivated upon binding to importin-alpha. At the onset of mitosis, GOLGA2 interacts with importin-alpha, liberating TPX2 from importin-alpha, allowing TPX2 to activate AURKA kinase and stimulate local microtubule nucleation PMID 18663142 ↗ · PMID 19208764 ↗ · PMID 26165940 ↗ |
| 交互作用 | TPX2 與 AURKA、importin-alpha、HNRNPU 及 KIF11 有交互作用;其中與 importin-alpha 結合會使 TPX2 失活,而與 HNRNPU 的交互作用會招募 HNRNPU 至紡錘體微管。TPX2 也與 BCL2L10 交互作用,但此關係是依序列相似性推定。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with AURKA. Interacts with importin-alpha; leading to inactivate TPX2. Interacts with HNRNPU; this interaction recruits HNRNPU to spindle microtubules (MTs). Interacts with BCL2L10 (By similarity). Interacts with KIF11 PMID 14580337 ↗ · PMID 18662907 ↗ · PMID 18663142 ↗ · PMID 21242313 ↗ · PMID 25986610 ↗ · PMID 26165940 ↗ · PMID 37728657 ↗ |
| 細胞定位 | TPX2 的細胞內分布會隨細胞週期與細胞狀態改變:S 期及 G2 期時,它分散於細胞核;有絲分裂期間則與紡錘體和紡錘極緊密相關。細胞凋亡時,TPX2 會離開細胞核,並可在凋亡微管上偵測到。 | 含實驗來源 | 證據與來源Nucleus; Cytoplasm, cytoskeleton, spindle; Cytoplasm, cytoskeleton, spindle pole; During mitosis it is strictly associated with the spindle pole and with the mitotic spindle, whereas during S and G2, it is diffusely distributed throughout the nucleus. Is released from the nucleus in apoptotic cells and is detected on apoptotic microtubules PMID 19208764 ↗ · PMID 18663142 ↗ · PMID 37728657 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GAATGAGTCCCGCGGCGGGTTGGCTCGCGCTTCGTTGTCA40GATCTGAGGCGAGGCTAGGTGAGCCGTGGGAAGAAAAGAG80GGAGCAGCTAGGGCGCGGGTCTCCCTCCTCCCGGAGTTTG120GAACGGCTGAAGTTCACCTTCCAGCCCCTAGCGCCGTTCG160CGCCGCTAGGCCTGGCTTCTGAGGCGGTTGCGGTGCTCGG200TCGCCGCCTAGGCGGGGCAGGGTGCGAGCAGGGGCTTCGG240GCCACGCTTCTCTTGGCGACAGGATTTTGCTGTGAAGTCC280GTCCGGGAAACGGAGGAAAAAAAGAGTTGCGGGAGGCTGT320CGGCTAATAACGGTTCTTGATACATATTTGCCAGACTTCA360AGATTTCAGAAAAGGGGTGAAAGAGAAGATTGCAACTTTG400AGTCAGACCTGTAGGCCTGATAGACTGATTAAACCACAGA440AGGTGACCTGCTGAGAAAAGTGGTACAAATACTGGGAAAA480ACCTGCTCTTCTGCGTTAAGTGGGAGACAATGTCACAAGT520TAAAAGCTCTTATTCCTATGATGCCCCCTCGGATTTCATC560AATTTTTCATCCTTGGATGATGAAGGAGATACTCAAAACA600TAGATTCATGGTTTGAGGAGAAGGCCAATTTGGAGAATAA640GTTACTGGGGAAGAATGGAACTGGAGGGCTTTTTCAGGGC680AAAACTCCTTTGAGAAAGGCTAATCTTCAGCAAGCTATTG720TCACACCTTTGAAACCAGTTGACAACACTTACTACAAAGA760GGCAGAAAAAGAAAATCTTGTGGAACAATCCATTCCGTCA800AATGCTTGTTCTTCCCTGGAAGTTGAGGCAGCCATATCAA840GAAAAACTCCAGCCCAGCCTCAGAGAAGATCTCTTAGGCT880TTCTGCTCAGAAGGATTTGGAACAGAAAGAAAAGCATCAT920GTAAAAATGAAAGCCAAGAGATGTGCCACTCCTGTAATCA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。