基因總覽
TPSAB1 是蛋白質編碼基因，其產物 tryptase alpha/beta 1 屬於 peptidase S1 家族的 tryptase 亞家族。這種蛋白質是 mast cell 中的主要中性蛋白酶，具有訊號序列，並含有 Peptidase S1 結構域。來源亦指出其存在不同異構型；各異構型對不同大小底物的切割效率有所差異。其細胞活化相關分泌特性與蛋白酶活性，構成理解此基因產物的基本特徵。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000338844 ★ | 1,240,705–1,242,554 | 6 |
| ENST00000677899 | 1,240,379–1,242,555 | 6 |
| ENST00000960445 | 1,240,460–1,242,555 | 6 |
| ENST00000561736 | 1,240,694–1,242,555 | 6 |
| ENST00000907588 | 1,240,694–1,242,555 | 6 |
| ENST00000907589 | 1,240,694–1,242,555 | 6 |
| ENST00001138749 | 1,240,694–1,242,555 | 6 |
| ENST00000711396 | 1,240,701–1,242,555 | 6 |
| ENST00000461509 | 1,240,701–1,242,555 | 5 |
| ENST00000907590 | 1,240,701–1,242,555 | 6 |
| ENST00000907591 | 1,240,701–1,242,555 | 5 |
| ENST00000960446 | 1,240,701–1,242,555 | 5 |
顯示 12/12 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
tryptase alpha/beta 1 是 mast cell 的主要中性蛋白酶。當 mast cell 發生與活化相連的脫顆粒反應時，tryptase 會隨之分泌；來源也指出它可能參與先天免疫，但沒有進一步界定其在此過程中的具體作用，因此這項功能應保留為可能性，而非確定結論。
在底物辨識方面，tryptase 優先於 Arg 或 Lys 之後的肽鍵進行切割，切割位置可表示為 Arg-|-Xaa 或 Lys-|-Xaa。不過，相較於 trypsin，其底物特異性較受限制。這描述的是偏好的切割位點與相對狹窄的辨識範圍，不能據此推定所有含有這些胺基酸的序列都會被切割。
不同異構型對底物大小的處理效率並不相同：isoform 2 切割 fibronectin 等大型底物時，比 isoform 1 更有效率；但對小型底物，isoform 2 似乎較不有效。這種差異顯示異構型間的相對活性會隨底物大小而變化；來源並未提供可將此差異延伸至其他底物或生理情境的資料。
Promoter 與基因調控
>TPSAB1 ENST00000338844 GRCh38 chr16:1239705-1240805 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter AAGCGGAGGAGGTGGGCTGGAGGCCCCAGTGACCAACAGGCCCAGGGGAGTCGGGAGGTGGGGTGGACGG ACCTGCAGGGACAGTGTCAGCGCTGAATGGGATGGAGAGCACAGGGAGCTGGGGCCGGGGATGAGACCAT GGGGAGCTGGGGCTGGGGCTGGGACTAGTCCATGGGGAGCTGGGGCTGAAGTTGGGGGTGAGTCCATGGG GAGCTGGGCTGGGCCTCCTGGGGTTGCACCTGCACTCCTCTCTGCTCTTCCCTCTGCGTATGAAGCTCAG ATCCCATGATAAGGAGGCACCTGCAGACCAGGGGACCTGCACGGACAGCCCCAGAGGTGGACATTGAGGA CTCGTAGGAGGACTTGGGTCTCATACGGCGGGTGGGGAGCAGGGCCCCTTCCTGGCTGAGGACACTTGGT GCTGTCCCCTCTCAAGGCTGTTTCCCCATCTGACAAAGGGGTCTCACGTGAGCCCCCAACCAAGTGAGTC GAGGAGGGCTGGCCCCACCCCCGTGGATTCGGAGTCCGTAGGAGGGGTGTCACCCGTCATGTCCCCACCC CGTGGGCACCTTCCCGTCTCTTGGAGCGTGGCCCATGGACATGAGTTCCTCACCCGTGTCCCTCTTGGGG AAACAGGTTTCAGGAGCGACGGGTCTTGTAGCCTGGGGCAGCCAGGCCACCTGGGTGCAGCAATGCCTGA AGGCCTCCTGGCACCGAGACAGGGGCAGGAGCAGATCCCACCAGCGGGAAGGTGGTGGGTTCCAGTGCTG GGATCCACCAGCTGACAGGTGGAGCTGCCAGTCTCCAGTGCTCAGCCCTCAGCGGGGCCTGCCTGGCAGC CCCACACACAGAGGGCATCGGGGTGGCGGGGGCACGTGTTACACGGGGGCCCTGGGTCTGAGTCATCCAC TTCCTCCGAGTCTGGATGGGAGGACCCAGCGCCCCTCCTCCGCCCCCTCCTGATCTGGAAGGATAAATGG GGAGGGGAGAGCCCACTGGGTAGAAGGAACAGGGAGCGGCCAGGGTAAGTCCCCACTCTCAGAGACCCTG ACATCAGCGTCACCTGGAGCAGAGTGGCCCAGCCTCAGACTCAGAGCACCA
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TPSAB1_1 ↗ | 16:1,240,706 | 正股 | 1,240,657–1,240,716 |
| TPSAB1_2 ↗ | 16:1,241,273 | 正股 | 1,241,224–1,241,283 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR16_9H8T · promoter · 1236515–1237015 · regulatory
ENSR16_9H8Z · enhancer · 1237016–1237329 · regulatory
ENSR16_9H9K · enhancer · 1239015–1239363 · regulatory
ENSR16_8ZNJ · enhancer · 1244990–1245138 · regulatory
· motif · 1236885–1236895 · motif
· motif · 1236896–1236906 · motif
· motif · 1236907–1236917 · motif
· motif · 1236960–1236970 · motif
· motif · 1236965–1236975 · motif
· motif · 1237209–1237222 · motif
· motif · 1237215–1237230 · motif
· motif · 1237216–1237229 · motif
· motif · 1237221–1237233 · motif
· motif · 1237223–1237236 · motif
· motif · 1237264–1237276 · motif
· motif · 1238325–1238334 · motif
· motif · 1245016–1245030 · motif
· motif · 1245016–1245030 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：275 aa
tryptase alpha/beta 1 長 275 個胺基酸，N 端第 1 至 18 位為訊號序列；第 31 至 272 位含 Peptidase S1 結構域。此蛋白質屬於 peptidase S1 家族的 tryptase 亞家族。
蛋白質三維結構
細胞內定位
tryptase alpha/beta 1 會被分泌；mast cell 活化時，蛋白質由分泌顆粒釋出。 來源未提供其他定位或異構型間定位差異的資訊。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
細胞外定位：圓點散佈於細胞周圍，與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 2 個夥伴
- NCK1P16333 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- PIK3R1P27986 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
tryptase alpha/beta 1 可形成同源四聚體。沒有 heparin 時，活性四聚體在中性或酸性 pH 下會轉為非活性單體；在 pH 6.0 且 heparin 濃度低的條件下，非活性單體可轉為活性單體。活性單體濃度較高時，則會先形成活性單體，之後再形成活性四聚體。單體與四聚體在功能上不同：單體的活性位點可接觸大型蛋白質與抑制劑，fibrinogen 是單體而非四聚體的底物。單體亦會與 SERPINB6 形成複合體。
疾病與遺傳關聯
Hereditary alpha tryptasemia 與 alpha allele 拷貝數增加有關，通常為兩至三個拷貝；患者的基礎血清 tryptase 濃度升高，並可伴隨皮膚潮紅與搔癢、自律神經功能異常、功能性胃腸症狀、慢性疼痛及結締組織異常。來源指出，這些多系統症狀是否可能由共同遺傳的另一個功能性基因變異所致，目前仍不清楚。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | tryptase 是 mast cell 中主要的中性蛋白酶，會在 mast cell 活化並伴隨脫顆粒時分泌，且可能參與先天免疫。異構型間對底物的切割效率不同：isoform 2 處理 fibronectin 等大型底物比 isoform 1 有效率，但對小型底物似乎較無效率。 | 含實驗來源 | 證據與來源Tryptase is the major neutral protease present in mast cells and is secreted upon the coupled activation-degranulation response of this cell type. May play a role in innate immunity. Isoform 2 cleaves large substrates, such as fibronectin, more efficiently than isoform 1, but seems less efficient toward small substrates PMID 18854315 ↗ |
| 分子活性 | tryptase 優先切割 Arg 或 Lys 之後的肽鍵，位點表示為 Arg-|-Xaa 或 Lys-|-Xaa；相較於 trypsin，其底物特異性較受限制。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Preferential cleavage: Arg-|-Xaa, Lys-|-Xaa, but with more restricted specificity than trypsin. |
| 交互作用 | tryptase 可形成同源四聚體。沒有 heparin 時，活性四聚體在中性或酸性 pH 下轉為非活性單體；低濃度非活性單體在 pH 6.0 且有 heparin 時可成為活性單體。活性單體濃度較高時，會形成活性單體並進一步形成活性四聚體。單體與四聚體功能不同：單體活性位點可接觸大型蛋白質及抑制劑，fibrinogen 是單體而非四聚體的底物；單體也會與 SERPINB6 形成複合體。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homotetramer. The active tetramer is converted to inactive monomers at neutral and acidic pH in the absence of heparin. Low concentrations of inactive monomers become active monomers at pH 6.0 in the presence of heparin. When the concentration of active monomers is higher, they convert to active monomers and then to active tetramers. These monomers are active and functionally distinct from the tetrameric enzyme. In contrast to the hidden active sites in the tetrameric form, the active site of the monomeric form is accessible for macromolecular proteins and inhibitors, e.g. fibrinogen which is a substrate for the monomeric but not for the tetrameric form. The monomeric form forms a complex with SERPINB6 PMID 18039527 ↗ |
| 細胞定位 | tryptase 會被分泌；mast cell 活化時，蛋白質由分泌顆粒釋出。 | 資料庫紀錄 | |
| 疾病關聯 | Hereditary alpha tryptasemia 與 alpha allele 拷貝數增加有關，通常增加至兩至三個拷貝。患者基礎血清 tryptase 濃度升高，並與皮膚潮紅及搔癢、自律神經功能異常、功能性胃腸症狀、慢性疼痛和結締組織異常相關。這些多系統症狀是否可能源自共同遺傳的另一個功能性基因變異，仍不清楚。 | 含實驗來源 | 證據與來源Hereditary alpha tryptasemia is caused by an increase in the copy number (usually between two and three copies) of the alpha allele. Affected individuals have elevated basal serum tryptase levels that are associated with cutaneous flushing and pruritus, dysautonomia, functional gastrointestinal symptoms, chronic pain, and connective tissue abnormalities. It is not clear if the associated multisystem complaints might be due to the coinheritance of a second functional genetic variant PMID 27749843 ↗ |
核酸與蛋白質序列
TAGAAGGAACAGGGAGCGGCCAGGATGCTGAATCTGCTGC40TGCTGGCGCTGCCCGTCCTGGCGAGCCGCGCCTACGCGGC80CCCTGCCCCAGGCCAGGCCCTGCAGCGAGTGGGCATCGTC120GGGGGTCAGGAGGCCCCCAGGAGCAAGTGGCCCTGGCAGG160TGAGCCTGAGAGTCCACGGCCCATACTGGATGCACTTCTG200CGGGGGCTCCCTCATCCACCCCCAGTGGGTGCTGACCGCA240GCGCACTGCGTGGGACCGGACGTCAAGGATCTGGCCGCCC280TCAGGGTGCAACTGCGGGAGCAGCACCTCTACTACCAGGA320CCAGCTGCTGCCGGTCAGCAGGATCATCGTGCACCCACAG360TTCTACACCGCCCAGATCGGAGCGGACATCGCCCTGCTGG400AGCTGGAGGAGCCGGTGAACGTCTCCAGCCACGTCCACAC440GGTCACCCTGCCCCCTGCCTCAGAGACCTTCCCCCCGGGG480ATGCCGTGCTGGGTCACTGGCTGGGGCGATGTGGACAATG520ATGAGCGCCTCCCACCGCCATTTCCTCTGAAGCAGGTGAA560GGTCCCCATAATGGAAAACCACATTTGTGACGCAAAATAC600CACCTTGGCGCCTACACGGGAGACGACGTCCGCATCGTCC640GTGACGACATGCTGTGTGCCGGGAACACCCGGAGGGACTC680ATGCCAGGGCGACTCCGGAGGGCCCCTGGTGTGCAAGGTG720AATGGCACCTGGCTGCAGGCGGGCGTGGTCAGCTGGGGCG760AGGGCTGTGCCCAGCCCAACCGGCCTGGCATCTACACCCG800TGTCACCTACTACTTGGACTGGATCCACCACTATGTCCCC840AAAAAGCCGTGAGTCAGGCCTGGGTTGGCCACCTGGGTCA880CTGGAGGACCAACCCCTGCTGTCCAAAACACCACTGCTTC920CTACCCAGGTGGCGACTGCCCCCCACACCTTCCCTGCCCC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。