演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

TPBG5T4-AG

trophoblast glycoprotein

TPBG(trophoblast glycoprotein)是單次跨膜的細胞表面蛋白,可能透過影響 LRP6 的內化,抑制 Wnt/β-catenin 訊號。

Homo sapiens6q14.1UniProt Q13641
OFFICIAL SYMBOL
TPBG
CHROMOSOME
6
UNIPROT
Q13641
PDB / ALPHAFOLD
4CNC
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

TPBG(trophoblast glycoprotein)是人類的蛋白質編碼基因,其產物為單次跨膜的第一型膜蛋白。蛋白質包含細胞外區段、跨膜螺旋與細胞質區段;細胞外部分具有多個 leucine-rich repeat(LRR),並由 LRRNT 與 LRRCT 區域分別位於重複序列的前後。這些結構特徵界定了 TPBG 蛋白的基本架構;來源另指出它可能參與調節 Wnt/β-catenin 訊號,相關作用機制見功能說明。

Official symbol
TPBG
Gene name
trophoblast glycoprotein
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:12004
UniProt
Q13641
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
5T4-AG5T4

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 66q14.1
chr6 · 170,805,979 bp · GRCh38chr6p25.3 · 1–2300000 · gnegchr6p25.2 · 2300001–4200000 · gpos25chr6p25.1 · 4200001–7100000 · gnegchr6p24.3 · 7100001–10600000 · gpos50chr6p24.2 · 10600001–11600000 · gnegchr6p24.1 · 11600001–13400000 · gpos25chr6p23 · 13400001–15200000 · gnegchr6p22.3 · 15200001–25200000 · gpos75chr6p22.2 · 25200001–27100000 · gnegchr6p22.1 · 27100001–30500000 · gpos50chr6p21.33 · 30500001–32100000 · gnegchr6p21.32 · 32100001–33500000 · gpos25chr6p21.31 · 33500001–36600000 · gnegchr6p21.2 · 36600001–40500000 · gpos25chr6p21.1 · 40500001–46200000 · gnegchr6p12.3 · 46200001–51800000 · gpos100chr6p12.2 · 51800001–53000000 · gnegchr6p12.1 · 53000001–57200000 · gpos100chr6p11.2 · 57200001–58500000 · gnegchr6p11.1 · 58500001–59800000 · acenchr6q11.1 · 59800001–62600000 · acenchr6q11.2 · 62600001–62700000 · gnegchr6q12 · 62700001–69200000 · gpos100chr6q13 · 69200001–75200000 · gnegchr6q14.1 · 75200001–83200000 · gpos50chr6q14.2 · 83200001–84200000 · gnegchr6q14.3 · 84200001–87300000 · gpos50chr6q15 · 87300001–92500000 · gnegchr6q16.1 · 92500001–98900000 · gpos100chr6q16.2 · 98900001–100000000 · gnegchr6q16.3 · 100000001–105000000 · gpos100chr6q21 · 105000001–114200000 · gnegchr6q22.1 · 114200001–117900000 · gpos75chr6q22.2 · 117900001–118100000 · gnegchr6q22.31 · 118100001–125800000 · gpos100chr6q22.32 · 125800001–126800000 · gnegchr6q22.33 · 126800001–130000000 · gpos75chr6q23.1 · 130000001–130900000 · gnegchr6q23.2 · 130900001–134700000 · gpos50chr6q23.3 · 134700001–138300000 · gnegchr6q24.1 · 138300001–142200000 · gpos75chr6q24.2 · 142200001–145100000 · gnegchr6q24.3 · 145100001–148500000 · gpos75chr6q25.1 · 148500001–152100000 · gnegchr6q25.2 · 152100001–155200000 · gpos50chr6q25.3 · 155200001–160600000 · gnegchr6q26 · 160600001–164100000 · gpos50chr6q27 · 164100001–170805979 · gnegTPBGpq1 bp170,805,979 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr6:82,363,200–82,370,827
Gene span
7,628 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000369750 ★82,363,817–82,367,4202
ENST0000053504082,363,200–82,370,8273
ENST0000088504282,363,200–82,370,8272
ENST0000088504382,363,644–82,370,8273
ENST0000113502682,363,644–82,370,8272
ENST0000088504482,363,878–82,370,8272
ENST0000054349682,364,001–82,370,8272
ENST0000093094282,364,199–82,370,8272
ENST0000093094382,364,337–82,370,8272

顯示 9/9 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

TPBG 可能具有抑制 Wnt/β-catenin 訊號的作用。來源以「可能」描述這項功能,並提出其作用與 LRP6 及 Wnt3a 有關;因此不宜將此功能表述為已確立或適用於所有情境的結論。

提出的機制是 TPBG 間接與 LRP6 互動,並阻止 Wnt3a 依賴的 LRP6 內化。換言之,來源將 TPBG 的可能抑制作用連結到受 Wnt3a 影響的受體內化過程,而不是指出 TPBG 直接結合 Wnt3a,或直接作用於 β-catenin。所述互動為間接互動,不能據此改述為 TPBG 與 LRP6 的直接結合。

依此描述,TPBG 可能藉由限制 Wnt3a 所依賴的 LRP6 內化,對 Wnt/β-catenin 訊號產生抑制影響。現有資料未提供更細的下游分子步驟、具體細胞或組織條件,也未說明該作用的效應幅度;因此功能意義應限於來源所述的可能抑制角色及其與 LRP6 內化的關聯。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 82363817 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>TPBG ENST00000369750 GRCh38 chr6:82362817-82363917 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
CAGAACCCAAAACCTGTCTGGTATAATAACAGATCCTTCCGGTAACCAACCATTCAATTTGTCCCTCTCC
CCAACCCCATCCTCTCCATCACCATCTGCCAGATGCCCCCTGGGACAATCGACTTTGAAACCAAACTTCT
CTCCCAGGTCAGCTCCTGCAATCCCCACTCCTCATCCTTGGAGCTTTCTCCACAGAAGTGACTTGACACA
CCGCGCTACATCTGGGGAGGGGGGCGGGTCCGCTTTCCGGGAGACTCAAGTCTTTGCTATTTGCCTTTTG
TTTCTGGGATGCCTTTGGCTGCCTTTCTCTTCCATCTGCTTTTAATTTTGGTAAGAGAAAAGCTAATGAA
TCAGGAATGAATCTCCTCTCCACTAATCTTTTTTTTTTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTTAAAGTTGGCGC
GCTCTCTTCACAAGTTCCATCACTACCCAAGAAGTGAGGGGGCGGGGGGGACAGGCGGGAAGGCATTAAT
TACACCTAAATCTGAAGTTTGCGGCCTCAAGTACCACTTTGATGGGGAGAGCTTCTGAAGCTTCCATACA
ACCTGCCGTGCCTTTGCTGCTGCCGCAGTAGATTTTCAGCTCATTTCTTTCTGCTGCTGCTTCGCGCTGC
TCTGTCATGCCTAAATCTATCTCGTCACTGCCAAAGGTGCCTGAATCAGGGTGAATTCCACGAGATTCAC
CAGCGGTTTTGCTCCAGTCCAAGGTAAATACAGTATGCAAAATGAGGAACCACCCAAGGATGTCGGGGAG
GGGGGAGAGAAAGGGATTCCCTCACCTTTTCCGGCACATTCCTCGTTAATTTCCACCAGGAGGAGGCGCG
CAGCCCAGCTCCCCTAGTCTCTCTTCTTAAATCCCCCTACCTACGGCTGCCGAGGTTGGCCGCGCGTCGG
GAATCTCCCCGACAGTCCTGGCCCTCCCCCGCCCCCCGGGTTGGTTTTTCCCAGCTGCGGAGGTTGGGAG
GTTGGGCCAGGGGCTGGGGTGCGAAGAGAGTCGGCGCCCGCAACGCGGAGCCGGGAAGTCGTCGCTACTC
TGGTGGAACTCAGAGTTGGTTCTGGAGGCGGCGGACGCGGAGGTGAGCAGT
TPBG 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
TPBG_1 ↗6:82,363,817正股82,363,768–82,363,827

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR6_937NMW · promoter · 82362822–82363216 · regulatory

ENSR6_937NN2 · enhancer · 82363217–82363646 · regulatory

ENSR6_5PD3P6 · CTCF_binding_site · 82363635–82363659 · regulatory

ENSR6_BLCC4 · promoter · 82363647–82364254 · regulatory

ENSR6_5PD3S6 · CTCF_binding_site · 82364280–82364301 · regulatory

ENSR6_5PD3TS · CTCF_binding_site · 82364644–82364665 · regulatory

ENSR6_5PD43X · CTCF_binding_site · 82365744–82365765 · regulatory

· motif · 82363621–82363630 · motif

· motif · 82363637–82363653 · motif

· motif · 82363640–82363656 · motif

· motif · 82363697–82363714 · motif

· motif · 82364282–82364298 · motif

· motif · 82364646–82364662 · motif

· motif · 82364810–82364819 · motif

· motif · 82365195–82365203 · motif

· motif · 82365746–82365762 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:420 aa

1 aa420 aa結構域重複區訊號胜肽跨膜區拓樸區域
依 Q13641 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

TPBG 蛋白長 420 個胺基酸。其 N 端訊號肽位於第 1–31 位,細胞外區段為第 32–355 位;跨膜螺旋位於第 356–376 位,細胞質區段為第 377–420 位。細胞外區域含 LRRNT、第 92–275 位的七個 LRR,以及 LRRCT。

訊號胜肽1–31 aa
拓樸區域Extracellular32–355 aa
跨膜區Helical356–376 aa
拓樸區域Cytoplasmic377–420 aa
結構域LRRNT53–91 aa
重複區LRR 192–113 aa
重複區LRR 2116–139 aa
重複區LRR 3141–163 aa
重複區LRR 4172–204 aa
重複區LRR 5209–232 aa
重複區LRR 6233–255 aa
重複區LRR 7256–275 aa
結構域LRRCT283–346 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 PDB · 4CNC…

PDB · 4CNC

X-ray · 1.77 A · A/B=60-345

查看原始結構紀錄 ↗

實驗模型;依序列位置著色,可能只覆蓋局部區域。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Cell membrane

TPBG 被註記為位於細胞膜的單次跨膜第一型膜蛋白。 來源未提供其定位隨條件改變的資訊,也未指出異構型之間的定位差異。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 0 個夥伴 · 最多顯示 50 個
5T4-AGTPBG
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 0 個夥伴
  • 目前沒有已匯入的夥伴。
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

目前未取得此類註解。
10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

2 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 2 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能TPBG 可能抑制 Wnt/β-catenin 訊號;提出的可能機制是 TPBG 間接與 LRP6 互動,阻止 Wnt3a 依賴的 LRP6 內化。此描述保留了功能的不確定性,且不表示 TPBG 與 LRP6 直接結合。含實驗來源
證據與來源

May function as an inhibitor of Wnt/beta-catenin signaling by indirectly interacting with LRP6 and blocking Wnt3a-dependent LRP6 internalization

PMID 22100263 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位TPBG 被註記為細胞膜上的單次跨膜第一型膜蛋白。此定位資料描述的是 TPBG 本身,未提供其他細胞區室、定位變化條件或異構型差異的資訊。含實驗來源
證據與來源

Cell membrane / Single-pass type I membrane protein

PMID 24582434 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 2 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000369750 · 2,890 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1GCGAAGAGAGTCGGCGCCCGCAACGCGGAGCCGGGAAGTC40
41GTCGCTACTCTGGTGGAACTCAGAGTTGGTTCTGGAGGCG80
81GCGGACGCGGAGGTCCCTCAGAGGATCCAGCGAGGGGCGC120
121CAACAAGAGGCGAAGAGGTGGCACCAGGGCGGCGGCAGGA160
161AGAGGAGCGGGAGCAGGAGCGCGGAGCGGAGCGTCCCGAC200
201CCGCCGTGCGTACTTTCTGGAGGGAAGGGGCGGGGGAATC240
241GGCCCCTGAGGGAAGCGCCCGGTGGCGAGGGGGTTAGCCA280
281AGTTCCGGCTGCGGCGCCACTCCCTCGGTTCCACGAGAGG320
321AAAGTTTTTTTTTTCCAGACGCTTCCGCCGGCTCGCGCCC360
361TCCGGGCCCAGCCTCCCGAGCCTTCGGAGCGGGCGCCGTC400
401CCAGCCCAGCTCCGGGGAAACGCGAGCCGCGATGCCTGGG440
441GGGTGCTCCCGGGGCCCCGCCGCCGGGGACGGGCGTCTGC480
481GGCTGGCGCGACTAGCGCTGGTACTCCTGGGCTGGGTCTC520
521CTCGTCTTCTCCCACCTCCTCGGCATCCTCCTTCTCCTCC560
561TCGGCGCCGTTCCTGGCTTCCGCCGTGTCCGCCCAGCCCC600
601CGCTGCCGGACCAGTGCCCCGCGCTGTGCGAGTGCTCCGA640
641GGCAGCGCGCACAGTCAAGTGCGTTAACCGCAATCTGACC680
681GAGGTGCCCACGGACCTGCCCGCCTACGTGCGCAACCTCT720
721TCCTTACCGGCAACCAGCTGGCCGTGCTCCCTGCCGGCGC760
761CTTCGCCCGCCGGCCGCCGCTGGCGGAGCTGGCCGCGCTC800
801AACCTCAGCGGCAGCCGCCTGGACGAGGTGCGCGCGGGCG840
841CCTTCGAGCATCTGCCCAGCCTGCGCCAGCTCGACCTCAG880
881CCACAACCCACTGGCCGACCTCAGTCCCTTCGCTTTCTCG920
921GGCAGCAATGCCAGCGTCTCGGCCCCCAGTCCCCTTGTGG960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。