基因總覽
TPBG(trophoblast glycoprotein)是人類的蛋白質編碼基因,其產物為單次跨膜的第一型膜蛋白。蛋白質包含細胞外區段、跨膜螺旋與細胞質區段;細胞外部分具有多個 leucine-rich repeat(LRR),並由 LRRNT 與 LRRCT 區域分別位於重複序列的前後。這些結構特徵界定了 TPBG 蛋白的基本架構;來源另指出它可能參與調節 Wnt/β-catenin 訊號,相關作用機制見功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000369750 ★ | 82,363,817–82,367,420 | 2 |
| ENST00000535040 | 82,363,200–82,370,827 | 3 |
| ENST00000885042 | 82,363,200–82,370,827 | 2 |
| ENST00000885043 | 82,363,644–82,370,827 | 3 |
| ENST00001135026 | 82,363,644–82,370,827 | 2 |
| ENST00000885044 | 82,363,878–82,370,827 | 2 |
| ENST00000543496 | 82,364,001–82,370,827 | 2 |
| ENST00000930942 | 82,364,199–82,370,827 | 2 |
| ENST00000930943 | 82,364,337–82,370,827 | 2 |
顯示 9/9 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TPBG 可能具有抑制 Wnt/β-catenin 訊號的作用。來源以「可能」描述這項功能,並提出其作用與 LRP6 及 Wnt3a 有關;因此不宜將此功能表述為已確立或適用於所有情境的結論。
提出的機制是 TPBG 間接與 LRP6 互動,並阻止 Wnt3a 依賴的 LRP6 內化。換言之,來源將 TPBG 的可能抑制作用連結到受 Wnt3a 影響的受體內化過程,而不是指出 TPBG 直接結合 Wnt3a,或直接作用於 β-catenin。所述互動為間接互動,不能據此改述為 TPBG 與 LRP6 的直接結合。
依此描述,TPBG 可能藉由限制 Wnt3a 所依賴的 LRP6 內化,對 Wnt/β-catenin 訊號產生抑制影響。現有資料未提供更細的下游分子步驟、具體細胞或組織條件,也未說明該作用的效應幅度;因此功能意義應限於來源所述的可能抑制角色及其與 LRP6 內化的關聯。
Promoter 與基因調控
>TPBG ENST00000369750 GRCh38 chr6:82362817-82363917 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CAGAACCCAAAACCTGTCTGGTATAATAACAGATCCTTCCGGTAACCAACCATTCAATTTGTCCCTCTCC CCAACCCCATCCTCTCCATCACCATCTGCCAGATGCCCCCTGGGACAATCGACTTTGAAACCAAACTTCT CTCCCAGGTCAGCTCCTGCAATCCCCACTCCTCATCCTTGGAGCTTTCTCCACAGAAGTGACTTGACACA CCGCGCTACATCTGGGGAGGGGGGCGGGTCCGCTTTCCGGGAGACTCAAGTCTTTGCTATTTGCCTTTTG TTTCTGGGATGCCTTTGGCTGCCTTTCTCTTCCATCTGCTTTTAATTTTGGTAAGAGAAAAGCTAATGAA TCAGGAATGAATCTCCTCTCCACTAATCTTTTTTTTTTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTTAAAGTTGGCGC GCTCTCTTCACAAGTTCCATCACTACCCAAGAAGTGAGGGGGCGGGGGGGACAGGCGGGAAGGCATTAAT TACACCTAAATCTGAAGTTTGCGGCCTCAAGTACCACTTTGATGGGGAGAGCTTCTGAAGCTTCCATACA ACCTGCCGTGCCTTTGCTGCTGCCGCAGTAGATTTTCAGCTCATTTCTTTCTGCTGCTGCTTCGCGCTGC TCTGTCATGCCTAAATCTATCTCGTCACTGCCAAAGGTGCCTGAATCAGGGTGAATTCCACGAGATTCAC CAGCGGTTTTGCTCCAGTCCAAGGTAAATACAGTATGCAAAATGAGGAACCACCCAAGGATGTCGGGGAG GGGGGAGAGAAAGGGATTCCCTCACCTTTTCCGGCACATTCCTCGTTAATTTCCACCAGGAGGAGGCGCG CAGCCCAGCTCCCCTAGTCTCTCTTCTTAAATCCCCCTACCTACGGCTGCCGAGGTTGGCCGCGCGTCGG GAATCTCCCCGACAGTCCTGGCCCTCCCCCGCCCCCCGGGTTGGTTTTTCCCAGCTGCGGAGGTTGGGAG GTTGGGCCAGGGGCTGGGGTGCGAAGAGAGTCGGCGCCCGCAACGCGGAGCCGGGAAGTCGTCGCTACTC TGGTGGAACTCAGAGTTGGTTCTGGAGGCGGCGGACGCGGAGGTGAGCAGT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TPBG_1 ↗ | 6:82,363,817 | 正股 | 82,363,768–82,363,827 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR6_937NMW · promoter · 82362822–82363216 · regulatory
ENSR6_937NN2 · enhancer · 82363217–82363646 · regulatory
ENSR6_5PD3P6 · CTCF_binding_site · 82363635–82363659 · regulatory
ENSR6_BLCC4 · promoter · 82363647–82364254 · regulatory
ENSR6_5PD3S6 · CTCF_binding_site · 82364280–82364301 · regulatory
ENSR6_5PD3TS · CTCF_binding_site · 82364644–82364665 · regulatory
ENSR6_5PD43X · CTCF_binding_site · 82365744–82365765 · regulatory
· motif · 82363621–82363630 · motif
· motif · 82363637–82363653 · motif
· motif · 82363640–82363656 · motif
· motif · 82363697–82363714 · motif
· motif · 82364282–82364298 · motif
· motif · 82364646–82364662 · motif
· motif · 82364810–82364819 · motif
· motif · 82365195–82365203 · motif
· motif · 82365746–82365762 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:420 aa
TPBG 蛋白長 420 個胺基酸。其 N 端訊號肽位於第 1–31 位,細胞外區段為第 32–355 位;跨膜螺旋位於第 356–376 位,細胞質區段為第 377–420 位。細胞外區域含 LRRNT、第 92–275 位的七個 LRR,以及 LRRCT。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TPBG 被註記為位於細胞膜的單次跨膜第一型膜蛋白。 來源未提供其定位隨條件改變的資訊,也未指出異構型之間的定位差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TPBG 可能抑制 Wnt/β-catenin 訊號;提出的可能機制是 TPBG 間接與 LRP6 互動,阻止 Wnt3a 依賴的 LRP6 內化。此描述保留了功能的不確定性,且不表示 TPBG 與 LRP6 直接結合。 | 含實驗來源 | 證據與來源May function as an inhibitor of Wnt/beta-catenin signaling by indirectly interacting with LRP6 and blocking Wnt3a-dependent LRP6 internalization PMID 22100263 ↗ |
| 細胞定位 | TPBG 被註記為細胞膜上的單次跨膜第一型膜蛋白。此定位資料描述的是 TPBG 本身,未提供其他細胞區室、定位變化條件或異構型差異的資訊。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
GCGAAGAGAGTCGGCGCCCGCAACGCGGAGCCGGGAAGTC40GTCGCTACTCTGGTGGAACTCAGAGTTGGTTCTGGAGGCG80GCGGACGCGGAGGTCCCTCAGAGGATCCAGCGAGGGGCGC120CAACAAGAGGCGAAGAGGTGGCACCAGGGCGGCGGCAGGA160AGAGGAGCGGGAGCAGGAGCGCGGAGCGGAGCGTCCCGAC200CCGCCGTGCGTACTTTCTGGAGGGAAGGGGCGGGGGAATC240GGCCCCTGAGGGAAGCGCCCGGTGGCGAGGGGGTTAGCCA280AGTTCCGGCTGCGGCGCCACTCCCTCGGTTCCACGAGAGG320AAAGTTTTTTTTTTCCAGACGCTTCCGCCGGCTCGCGCCC360TCCGGGCCCAGCCTCCCGAGCCTTCGGAGCGGGCGCCGTC400CCAGCCCAGCTCCGGGGAAACGCGAGCCGCGATGCCTGGG440GGGTGCTCCCGGGGCCCCGCCGCCGGGGACGGGCGTCTGC480GGCTGGCGCGACTAGCGCTGGTACTCCTGGGCTGGGTCTC520CTCGTCTTCTCCCACCTCCTCGGCATCCTCCTTCTCCTCC560TCGGCGCCGTTCCTGGCTTCCGCCGTGTCCGCCCAGCCCC600CGCTGCCGGACCAGTGCCCCGCGCTGTGCGAGTGCTCCGA640GGCAGCGCGCACAGTCAAGTGCGTTAACCGCAATCTGACC680GAGGTGCCCACGGACCTGCCCGCCTACGTGCGCAACCTCT720TCCTTACCGGCAACCAGCTGGCCGTGCTCCCTGCCGGCGC760CTTCGCCCGCCGGCCGCCGCTGGCGGAGCTGGCCGCGCTC800AACCTCAGCGGCAGCCGCCTGGACGAGGTGCGCGCGGGCG840CCTTCGAGCATCTGCCCAGCCTGCGCCAGCTCGACCTCAG880CCACAACCCACTGGCCGACCTCAGTCCCTTCGCTTTCTCG920GGCAGCAATGCCAGCGTCTCGGCCCCCAGTCCCCTTGTGG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。