基因總覽
TP53BP1 是蛋白質編碼基因，產物為 tumor protein p53 binding protein 1。這是一種大型蛋白質，參與 DNA 損傷反應，並與染色質上的組蛋白修飾訊號互動。其結構包含 Tudor-like 區域及位於 C 端的兩個 BRCT 結構域；蛋白質多處區段則被註記為無序區域。這些結構特色構成辨識染色質訊號及參與細胞核內反應的基礎。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000382044 ★ | 43,403,061–43,493,156 | 28 |
| ENST00000263801 | 43,403,061–43,510,614 | 28 |
| ENST00000382039 | 43,403,061–43,493,178 | 27 |
| ENST00000450115 | 43,403,061–43,493,178 | 28 |
| ENST00000858968 | 43,403,061–43,493,178 | 26 |
| ENST00000931501 | 43,403,061–43,493,178 | 26 |
| ENST00000931502 | 43,403,061–43,493,178 | 28 |
| ENST00000931503 | 43,403,061–43,493,178 | 27 |
| ENST00000966911 | 43,403,061–43,493,178 | 27 |
| ENST00000966912 | 43,403,061–43,493,178 | 28 |
| ENST00001137556 | 43,403,061–43,493,178 | 28 |
| ENST00000434595 | 43,409,010–43,413,286 | 4 |
顯示 12/15 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TP53BP1 參與 DNA 損傷反應，尤其是 DNA 雙股斷裂（DSB）的修復。它促進非同源末端接合（NHEJ）修復，並特別拮抗同源重組（HR）修復蛋白 BRCA1 的作用；因此，其功能與細胞在雙股斷裂後採取的修復途徑相關。來源指出，TP53BP1 並非所有 NHEJ 類型都必需：它不參與典型 NHEJ，也不參與 V(D)J 重組。
雙股斷裂發生後，ATM 磷酸化 TP53BP1，促進其與 RIF1 互動，並使其與 NUDT16L1/TIRR 解離，進而有助於招募至斷裂位置。TP53BP1 也能辨識斷裂處的染色質標記：它結合單泛素化於 Lys-15 的 histone H2A（H2AK15Ub），以及在 Lys-20 二甲基化的 histone H4（H4K20me2）。這些標記協助 TP53BP1 定位到受損 DNA 附近，使其能參與後續修復反應。
在抗體生成期間，TP53BP1 是免疫球蛋白類別轉換重組（CSR）所必需的。CSR 涉及 DNA 雙股斷裂；TP53BP1 參與斷裂 DNA 末端的修復及方向安排。此作用與典型 NHEJ 及 V(D)J 重組有所區別，來源指出 TP53BP1 不為後兩者所需。
TP53BP1 也與端粒動態相關，並可透過與 PAXIP1 互動，促進功能失常端粒的 NHEJ。這顯示其 DNA 末端修復功能不只涉及一般 DNA 損傷，也延伸至特定端粒情境；但來源並未將此描述為所有端粒維護過程的普遍作用。
Promoter 與基因調控
>TP53BP1 ENST00000382044 GRCh38 chr15:43493056-43494156 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GCTGCTCTGGCTAGAATTCTATCCTGGATCCAACTGCCACTTAAATAATATACCCCCACCCCTCAACAAC AACAACAACAAAACAAACACATATGCCACATGGGGCTTAGTTCATTAAGACTCGTCACAGCTGCCACACC CTCTTTAAGACCCTGGCACCATAATTAGGATAATAGAATCTCTGGGTTTGGAAGTATCTTTGAGGTCATC TAGTTAGAAGGGGTGGCAGCTGTTCTCTTTACCATGGAGTTTGAGAATGACAGTGCTCAATTCTCTCAAT GGGAGGTGCAAAATATGTCTGGGGCTGTAGTCTCTGCAGGCAATCCCATAAAAGATAAGGCAACGATAAA CAAGTGTGAAGCTTGAAATACGTCCTAGGCGGAAAAGGGCAATGGGAAGAAATATGGCTTACTGGAGCCC TTATACAATGTAAAAACAAACAAATACTAAAAACGCCCTGGCAGAGATGTAATGTCAGGCCCTTGGATTC AGGGTAGAGGCCCACAAAAGGGATCCTGATTGACACAGGTTAACCCTGTGTCAAAGAAGAAAGAGTCTCT TCTGTTGGGTTCACCAGCTCTGAAGTACCTAGCCATCCTCAAGCCGCTTCTTCTTTGCCCTGTTATGAGA AAGCTGGGAAACTCTCTCCTTTTCCAGGAAAGAGGGTGAGGGACGGGGATTAAGGGGCGTGAACGAGAAA AAGCAGGTAGAGGTACTGAAATGTCTGAGTAGTGGTAAATGCAATCGTCCTGGAAGCAGGGGAAGGTATT TCACGCCCTCTCAAGGTCCCTTCGGTTCAAGGATACCGTCATTCTCCGGCTCTACTAAAGGGGAGGGCCT GCAACGTCCATGCTGCCATGGAAACGCGCCGCCGTGTTCCTTTTTCTTACGTGGGGCAGGGCACTCTGCC GCAGCTACCTATCATCCACGGGATTTCTTGAGTGGCGGGCGGCGGCAGCGAATGGACGATCCGATATTGT GTGACGTGACGGGAAAGGGGGAGTTCGCGGCCGGTGGCGGCGGTGGCGACAGCGGCGACCTAGGGATCGA TCTGGAGGGACTTGGGGAGCGTGCAGAGACCTCTAGCTCGAGCGCGAGGGA
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TP53BP1_1 ↗ | 15:43,493,155 | 負股 | 43,493,145–43,493,204 |
| TP53BP1_2 ↗ | 15:43,510,640 | 負股 | 43,510,630–43,510,689 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR15_BBM3F · promoter · 43493095–43493646 · regulatory
ENSR15_5D87P8 · CTCF_binding_site · 43493367–43493388 · regulatory
· motif · 43492794–43492805 · motif
· motif · 43493019–43493030 · motif
· motif · 43493369–43493385 · motif
· motif · 43493378–43493390 · motif
· motif · 43493887–43493900 · motif
· motif · 43494020–43494033 · motif
· motif · 43494761–43494776 · motif
· motif · 43497813–43497822 · motif
· motif · 43497813–43497822 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：1972 aa
TP53BP1 蛋白質長 1,972 個胺基酸。C 端具有 BRCT 1（第 1,724–1,848 位）與 BRCT 2（第 1,864–1,964 位）；另有 Tudor-like 區域（第 1,484–1,603 位），其中第 1,495–1,523 位註記與二甲基化 histone H4 互動。序列亦包含 GAR 與 UDR 基序，並有多段預測為無序的區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
沒有 DNA 損傷時，TP53BP1 位於細胞核；DNA 受損後則被招募至損傷位置，例如雙股斷裂處。 此招募與辨識 H2AK15Ub 及 H4K20me2 有關。 TP53BP1 也在有絲分裂期間與動粒相關。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Chromosome；Chromosome, centromere, kinetochore。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 49 個夥伴
- ANKS1AQ49AR9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ATMQ13315 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- ATP1A3P13637 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
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- CREB5Q02930-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DMWDG5E9A7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DNAJB6O75190-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
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- H3C12P68431 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
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- HGSO14964 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HSPD1P10809 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
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- MEOX2P50222 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NCOA6Q14686 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
TP53BP1 可形成同源寡聚體，並與 p53/TP53、DCLRE1C、histone H2AX、histone H4、PAXIP1、RIF1 等蛋白質互動。其對組蛋白的結合具修飾選擇性：偏好 H4K20me2，對 H4K20me1 親和力低，且不結合未甲基化或 H4K20me3；對 H3K79me2 親和力低，對 H3K79me1 親和力極低，且不結合未甲基化 histone H3。另有多項互作依賴磷酸化或特定結構區域。感染情境下，TP53BP1 也透過 C 端與 Epstein-Barr virus 的 BZLF1 互動；此互動與病毒裂解週期活化有關。
疾病與遺傳關聯
涉及 TP53BP1 的染色體異常曾見於一種伴嗜酸性球增多的慢性骨髓增生性疾病。該異常為 t(5;15)(q33;q22)，使 TP53BP1 與 PDGFRB 形成融合蛋白 TP53BP1-PDGFRB。此資料描述的是染色體重排與疾病的關聯，未提供足以判定其因果或疾病風險的進一步證據。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TP53BP1 參與 DNA 損傷反應、端粒動態及抗體生成期間的類別轉換重組，並藉促進 NHEJ 修復雙股斷裂、拮抗 BRCA1 相關 HR 作用而參與修復。雙股斷裂後，ATM 磷酸化促使其與 RIF1 互動並脫離 NUDT16L1/TIRR；它透過辨識 H2AK15Ub 與 H4K20me2 被招募至斷裂處。TP53BP1 是免疫球蛋白類別轉換重組所需，參與 DNA 末端修復與方向安排，但依相似性註記並非典型 NHEJ 或 V(D)J 重組所需；它也透過 PAXIP1 促進功能失常端粒的 NHEJ。 | 含實驗來源 | 證據與來源Double-strand break (DSB) repair protein involved in response to DNA damage, telomere dynamics and class-switch recombination (CSR) during antibody genesis. Plays a key role in the repair of double-strand DNA breaks (DSBs) in response to DNA damage by promoting non-homologous end joining (NHEJ)-mediated repair of DSBs and specifically counteracting the function of the homologous recombination (HR) repair protein BRCA1. In response to DSBs, phosphorylation by ATM promotes interaction with RIF1 and dissociation from NUDT16L1/TIRR, leading to recruitment to DSBs sites. Recruited to DSBs sites by recognizing and binding histone H2A monoubiquitinated at 'Lys-15' (H2AK15Ub) and histone H4 dimethylated at 'Lys-20' (H4K20me2), two histone marks that are present at DSBs sites. Required for immunoglobulin class-switch recombination (CSR) during antibody genesis, a process that involves the generation of DNA DSBs. Participates in the repair and the orientation of the broken DNA ends during CSR (By similarity). In contrast, it is not required for classic NHEJ and V(D)J recombination (By similarity). Promotes NHEJ of dysfunctional telomeres via interaction with PAXIP1 PMID 12364621 ↗ · PMID 17190600 ↗ · PMID 21144835 ↗ · PMID 22553214 ↗ · PMID 23333306 ↗ · PMID 23345425 ↗ · PMID 23727112 ↗ · PMID 23760478 ↗ · PMID 27153538 ↗ · PMID 28241136 ↗ · PMID 31135337 ↗ · PMID 37696958 ↗ |
| 交互作用 | TP53BP1 可形成同源寡聚體，並與 p53/TP53、DCLRE1C、H2AX、histone H4、H2AK15Ub 及多種其他蛋白質互動。對組蛋白的結合依修飾而異：偏好 H4K20me2，對 H4K20me1 親和力低，且不結合未甲基化或 H4K20me3；對 H3K79me2 親和力低、H3K79me1 親和力極低（體外），且不結合未甲基化 H3。另有互動受 ATM 磷酸化、TP53BP1 磷酸化或特定結構區域影響；TP53BP1 亦與 CHEK2、MSL1、RIF1、NUDT16L1/TIRR、PAXIP1、SHLD2、TOPBP1、GFI1 及磷酸化 DYNLL1 有關。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homooligomer. Interacts with p53/TP53 (via the central domain). Interacts with DCLRE1C. Interacts with histone H2AX and this requires phosphorylation of H2AX on 'Ser-139'. Interacts with histone H4 that has been dimethylated at 'Lys-20' (H4K20me2). Has low affinity for histone H4 containing monomethylated 'Lys-20' (H4K20me1). Does not bind histone H4 containing unmethylated or trimethylated 'Lys-20' (H4K20me3). Has low affinity for histone H3 that has been dimethylated on 'Lys-79'. Has very low affinity for histone H3 that has been monomethylated on 'Lys-79' (in vitro). Does not bind unmethylated histone H3. Interacts with histone H2A monoubiquitinated at 'Lys-15' (H2AK15Ub). Interacts with PWWP3A/EXPAND1. Interacts with CHEK2; modulates CHEK2 phosphorylation at 'Thr-68' in response to infrared. Interacts with MSL1; this interaction may be required for MSL1 DNA repair activity, but not for histone acetyltransferase activity. Interacts (when phosphorylated by ATM) with RIF1. Interacts (via the Tudor-like domain) with NUDT16L1/TIRR; interaction masks the Tudor-like domain and prevents recruitment to chromatin. Interacts with PAXIP1. Interacts with SHLD2. Interacts (when phosphorylated) with TOPBP1. Interacts with GFI1; promoting methylation by PRMT1. Interacts with (phosphorylated) DYNLL1; specifically binds DYNLL1 phosphorylated at 'Ser-88' and promotes its recruitment to double strand breaks (DSBs) PMID 11877378 ↗ · PMID 12110597 ↗ · PMID 12364621 ↗ · PMID 12607005 ↗ · PMID 15525939 ↗ · PMID 15574327 ↗ · PMID 16294047 ↗ · PMID 17190600 ↗ · PMID 19650074 ↗ · PMID 20347427 ↗ · PMID 23333306 ↗ · PMID 23345425 ↗ · PMID 23727112 ↗ · PMID 23760478 ↗ · PMID 29651020 ↗ · PMID 29789392 ↗ · PMID 31135337 ↗ · PMID 37696958 ↗ |
| 交互作用 | 在微生物感染情境中，TP53BP1 透過 C 端與 Epstein-Barr virus 裂解週期啟動蛋白 BZLF1 的 C 端互動；此互動與病毒裂解週期的活化有關。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Interacts (via C-terminus) with Epstein-Barr virus lytic switch protein BZLF1 (via C-terminus); this interaction is involved in the activation of the viral lytic cycle PMID 19656881 ↗ |
| 細胞定位 | TP53BP1 在沒有 DNA 損傷時位於細胞核；DNA 損傷後會被招募至損傷位置，例如雙股斷裂處，並辨識 H2AK15Ub 與 H4K20me2。來源另指出 TP53BP1 在有絲分裂期間與動粒相關；此項定位資訊標示為依相似性推定。 | 含實驗來源 | 證據與來源Nucleus; Chromosome; Chromosome, centromere, kinetochore; Localizes to the nucleus in absence of DNA damage. Following DNA damage, recruited to sites of DNA damage, such as double strand breaks (DSBs): recognizes and binds histone H2A monoubiquitinated at 'Lys-15' (H2AK15Ub) and histone H4 dimethylated at 'Lys-20' (H4K20me2), two histone marks that are present at DSBs sites. Associated with kinetochores during mitosis (By similarity) PMID 11331310 ↗ · PMID 15525939 ↗ · PMID 16294045 ↗ · PMID 16294047 ↗ · PMID 17190600 ↗ · PMID 19176521 ↗ · PMID 21144835 ↗ · PMID 28241136 ↗ · PMID 9748285 ↗ · PMID 12824158 ↗ · PMID 23333306 ↗ · PMID 23760478 ↗ · PMID 24703952 ↗ · PMID 31135337 ↗ · PMID 37696958 ↗ |
| 疾病關聯 | 涉及 TP53BP1 的染色體異常曾見於一種伴嗜酸性球增多的慢性骨髓增生性疾病。其異常為 t(5;15)(q33;q22)，並與 PDGFRB 形成 TP53BP1-PDGFRB 融合蛋白；這筆資料描述疾病與染色體重排的關聯，未提供可據以判定因果的資訊。 | 含實驗來源 | 證據與來源A chromosomal aberration involving TP53BP1 is found in a form of myeloproliferative disorder chronic with eosinophilia. Translocation t(5;15)(q33;q22) with PDGFRB creating a TP53BP1-PDGFRB fusion protein PMID 15492236 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GAGTTCGCGGCCGGTGGCGGCGGTGGCGACAGCGGCGACC40TAGGGATCGATCTGGAGGGACTTGGGGAGCGTGCAGAGAC80CTCTAGCTCGAGCGCGAGGGACCTCCCGCCGGGATGCCTG120GGGAGCAGATGGACCCTACTGGAAGTCAGTTGGATTCAGA160TTTCTCTCAGCAAGATACTCCTTGCCTGATAATTGAAGAT200TCTCAGCCTGAAAGCCAGGTTCTAGAGGATGATTCTGGTT240CTCACTTCAGTATGCTATCTCGACACCTTCCTAATCTCCA280GACGCACAAAGAAAATCCTGTGTTGGATGTTGTGTCCAAT320CCTGAACAAACAGCTGGAGAAGAACGAGGAGACGGTAATA360GTGGGTTCAATGAACATTTGAAAGAAAACAAGGTTGCAGA400CCCTGTGGATTCTTCTAACTTGGACACATGTGGTTCCATC440AGTCAGGTCATTGAGCAGTTACCTCAGCCAAACAGGACAA480GCAGTGTTCTGGGAATGTCAGTGGAATCTGCTCCTGCTGT520GGAGGAAGAGAAGGGAGAAGAGTTGGAACAGAAGGAGAAA560GAGAAGGAAGAAGATACTTCAGGCAATACTACACATTCCC600TTGGTGCTGAAGATACTGCCTCATCACAGTTGGGTTTTGG640GGTTCTGGAACTCTCCCAGAGCCAGGATGTTGAGGAAAAT680ACTGTGCCATATGAAGTGGACAAAGAGCAGCTACAATCAG720TAACCACCAACTCTGGTTATACCAGGCTGTCTGATGTGGA760TGCTAATACTGCAATTAAGCATGAAGAACAGTCCAACGAA800GATATCCCCATAGCAGAACAGTCCAGCAAGGACATCCCTG840TGACAGCACAGCCCAGTAAGGATGTACATGTTGTAAAAGA880GCAAAATCCACCACCTGCAAGGTCAGAGGACATGCCTTTT920AGCCCCAAAGCATCTGTTGCTGCTATGGAAGCAAAAGAAC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。