基因總覽
TOP3B 是蛋白質編碼基因，其產物 DNA topoisomerase III beta 屬於 type IA topoisomerase 家族。這類酵素的基本特徵，是能暫時切開 DNA 單股，再將其重新接合；DNA topoisomerase III beta 具有鬆弛負超螺旋 DNA 的活性。這些性質使它能處理 DNA 分子中的拓樸張力。其作用方式涉及短暫形成 DNA 與酵素之間的共價中間體，完成單股通過後再恢復 DNA 骨架。蛋白質序列中可辨識出 Toprim 與 Topo IA-type catalytic 結構域，另有一段被註記為無序區域。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000357179 ★ | 21,957,025–21,982,787 | 18 |
| ENST00000398793 | 21,957,025–21,982,791 | 18 |
| ENST00000868094 | 21,957,025–21,982,809 | 16 |
| ENST00000868095 | 21,957,025–21,982,809 | 20 |
| ENST00000868096 | 21,957,025–21,982,809 | 17 |
| ENST00000937943 | 21,957,025–21,982,809 | 18 |
| ENST00000937944 | 21,957,025–21,982,809 | 17 |
| ENST00000937945 | 21,957,025–21,982,791 | 19 |
| ENST00000937946 | 21,957,025–21,982,809 | 19 |
| ENST00000937947 | 21,957,025–21,982,809 | 18 |
| ENST00000968013 | 21,957,025–21,982,788 | 18 |
| ENST00000968014 | 21,957,025–21,982,809 | 18 |
顯示 12/25 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
DNA topoisomerase III beta 可解除 DNA 複製與轉錄過程中產生的超螺旋及扭轉張力。來源將其功能描述為透過暫時切開 DNA 雙股中的一條鏈，讓 DNA 鏈段得以移動，之後再重新接合；此酵素也具有鬆弛負超螺旋 DNA 的活性。其作用不需要 ATP，涉及單股 DNA 的切斷、鏈段通過及重新接合。
在分子步驟上，酵素先於雙股 DNA 的目標位置，以催化酪胺酸攻擊可切斷的磷酸二酯鍵，形成 DNA-(5'-磷酸酪胺酸)-酵素共價中間體，並釋出帶有 3'-OH 的 DNA 鏈。游離鏈隨後繞過未切斷的另一條鏈，使 DNA 超螺旋得以消除。最後，DNA 的 3'-OH 端攻擊共價中間體，排出活性位點的酪胺酸，並恢復 DNA 磷酸二酯骨架。
因此，DNA topoisomerase III beta 的功能是藉由短暫改變 DNA 單股的連接狀態，調整 DNA 的拓樸結構，而不是永久切斷 DNA。來源以相似性註記描述上述反應機制；另列出的活性則概括為 ATP 非依賴性的單股 DNA 斷裂、鏈段通過與重新接合。
Promoter 與基因調控
>TOP3B ENST00000357179 GRCh38 chr22:21982687-21983787 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GAGTCACACCTGTAATCCCAGCATTTTGGGAGGCCGAGGGAGGCGGACCACCTAAGGTCAGGAGTTCAAG ACTAGCCTGGTTAACACGGTGAAACCCCCGTCTCTACTAAAAATATAGAAATCTTTGGGAGGCCAAGGCG GGCGGATCACGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAGCCCCGTCTCTACTAAAAAA ATACAAAAAATTAGCCCGCGTGGTGGCAAGCGCCTATAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCGAGATC ATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATTGCGCCACTGCACTTCAGCCTGGGCAAC AGAGTGAGACTCCGCCTCAAAAAAAAAAAAAAAAATATATATATATATGTATACACACACATATATATAC ATACACATATAAATTAGCTGGGCGTGGTGGCGCACGCCTGTAATCCCAGCTATTTAGGAGGCTGAGGCAG GCGAATTGCTTGAACCTGGGAGGCGGAGGTTTCAGTGAGCCGAGATCACACCACTGCACTCCAGCCTGGG CGACAAGAGTAAAACTCTGTCTCAAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAACTTAATTTTAGAATTC ATCTTCCAAATATATTTTACACAGATCATTCATTCATTCCACAGATTTTTTTACAGCATCGAAAAGAAGC CTGCTATACACACATCGGTACATTTTTATTATTTTAATTATTAACAGCATAAATGTTTTCATGCCAGTTT TCATAATCATTGTAATGATAATTGTCATGATTGTCTCTCCGTGGCGGGGAAGAATCTGGGTGCAGGGCTT GGGGATCCCTGCGGTCCGCGGCGTGCAAGTGCCACTCCCTGGGGTGCTCCCGGAATCCGCGAGCCACGGA ACCTAAGAACGCCGACCCGCCGGAGCCGGAGGGCAGACGCTGGCACACCGGACGCGGGGACGCCAGAAGC GGCTGGACCCGGAAATAGGGGTTGTCGGTAGCCGCCCCGGGAACAAGGACCGGAGCTGGATCCGCGGTGC GGCTGTGGGTGAGCGGCGGGCTGCGGGACCCTCGCCCGGCGGCTCAGAAAG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TOP3B_1 ↗ | 22:21,982,787 | 負股 | 21,982,777–21,982,836 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR22_9BPKN · enhancer · 21982229–21982739 · regulatory
ENSR22_9BPKR · promoter · 21982740–21983150 · regulatory
ENSR22_9BPLF · enhancer · 21984876–21985297 · regulatory
ENSR22_576LPM · CTCF_binding_site · 21985039–21985060 · regulatory
· motif · 21982160–21982172 · motif
· motif · 21982207–21982218 · motif
· motif · 21982396–21982416 · motif
· motif · 21982435–21982457 · motif
· motif · 21982435–21982457 · motif
· motif · 21982479–21982487 · motif
· motif · 21982791–21982800 · motif
· motif · 21982791–21982802 · motif
· motif · 21982791–21982802 · motif
· motif · 21982901–21982914 · motif
· motif · 21982901–21982914 · motif
· motif · 21982924–21982939 · motif
· motif · 21983007–21983020 · motif
· motif · 21983007–21983020 · motif
· motif · 21983162–21983173 · motif
· motif · 21983197–21983208 · motif
· motif · 21985041–21985057 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：862 aa
DNA topoisomerase III beta 長 862 個胺基酸，屬於 type IA topoisomerase 家族。其 Toprim 結構域位於第 3–153 位，Topo IA-type catalytic 結構域位於第 171–593 位；第 821–854 位則註記為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 13 個夥伴
- ADAMTSL4Q6UY14-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- AXIN2Q9Y2T1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CIAO1O76071 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- FASTKQ14296 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GPRASP3Q6PI77 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KANK2Q63ZY3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MID2Q9UJV3-2 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- PNMA2Q9UL42 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SPRED2Q7Z698 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- SSX2IPQ9Y2D8 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- TDRD3Q9H7E2-3 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- TRIM41Q8WV44 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- ZNF250P15622-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | DNA topoisomerase III beta 可解除 DNA 複製與轉錄期間產生的超螺旋及扭轉張力，並具有鬆弛負超螺旋 DNA 的活性。它以催化酪胺酸切開 DNA 單股，形成 DNA-(5'-磷酸酪胺酸)-酵素中間體並釋出 3'-OH DNA 鏈；該鏈繞過未切斷鏈後，由 3'-OH 端促成重新接合、恢復 DNA 骨架。此機制的證據註記為相似性推論。 | 推論支持 | 證據與來源Releases the supercoiling and torsional tension of DNA introduced during the DNA replication and transcription by transiently cleaving and rejoining one strand of the DNA duplex. Introduces a single-strand break via transesterification at a target site in duplex DNA. The scissile phosphodiester is attacked by the catalytic tyrosine of the enzyme, resulting in the formation of a DNA-(5'-phosphotyrosyl)-enzyme intermediate and the expulsion of a 3'-OH DNA strand. The free DNA strand than undergoes passage around the unbroken strand thus removing DNA supercoils. Finally, in the religation step, the DNA 3'-OH attacks the covalent intermediate to expel the active-site tyrosine and restore the DNA phosphodiester backbone (By similarity). Possesses negatively supercoiled DNA relaxing activity |
| 分子活性 | 此酵素具有不依賴 ATP 的單股 DNA 斷裂活性，之後可使 DNA 鏈段通過並重新接合。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
GTTGTCGGTAGCCGCCCCGGGAACAAGGACCGGAGCTGGA40TCCGCGGTGCGGCTGTGGGAGTCAGCATTGGTAATAGTGC80TGTGCTGCGGAAGAGTGGAGTCTAAACTTTTTCATTGCCA120GTGCCCCGAAACTGGAGTGTGAAGGACCGAGACAAAATGA160AGACTGTGCTCATGGTTGCTGAAAAGCCGTCCTTGGCACA200GTCAATTGCCAAAATCCTCTCTAGAGGGAGCCTGTCCTCA240CACAAAGGGCTGAACGGGGCCTGCTCAGTCCACGAGTACA280CTGGGACCTTTGCTGGCCAGCCAGTGCGCTTCAAGATGAC320GTCTGTCTGTGGTCACGTGATGACCCTGGATTTCCTGGGA360AAATACAACAAATGGGACAAAGTGGACCCCGCAGAACTGT400TCAGCCAAGCTCCCACGGAGAAGAAAGAAGCTAACCCCAA440GCTGAACATGGTGAAGTTCCTGCAGGTGGAGGGCAGAGGC480TGCGACTACATCGTGCTGTGGCTGGACTGCGACAAGGAGG520GGGAGAACATCTGCTTTGAGGTTCTTGATGCTGTTCTGCC560CGTCATGAACAAGGCCCATGGTGGCGAGAAGACCGTGTTC600CGGGCCAGGTTTAGCTCCATCACGGACACAGACATCTGTA640ATGCCATGGCCTGCCTAGGCGAGCCTGACCACAACGAGGC680GCTCTCAGTGGATGCTCGCCAGGAGCTGGACCTGCGAATC720GGCTGTGCATTCACCAGGTTTCAGACTAAATATTTCCAGG760GGAAATACGGTGATTTAGACAGCTCTCTCATCTCCTTTGG800GCCGTGTCAGACTCCAACCCTGGGATTCTGTGTGGAGAGA840CATGATAAAATCCAGTCCTTCAAACCAGAGACCTACTGGG880TGCTGCAGGCCAAGGTTAACACTGACAAAGACAGATCTCT920CCTTTTGGACTGGGACCGAGTAAGAGTGTTTGACCGGGAG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。