基因總覽
TNRC18 是蛋白質編碼基因，其產物 trinucleotide repeat containing 18 為染色質讀取蛋白。現有資料將它與第一類內源性逆轉錄病毒序列的沉默作用相連；至於蛋白質的家族分類及其他基本性質，來源未提供足夠資訊。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000430969 ★ | 5,306,811–5,423,834 | 30 |
| ENST00000399537 | 5,306,790–5,423,840 | 30 |
| ENST00001141593 | 5,306,790–5,423,840 | 30 |
| ENST00000328270 | 5,313,111–5,320,607 | 5 |
| ENST00000455076 | 5,324,222–5,332,878 | 4 |
| ENST00000440081 | 5,352,002–5,362,027 | 4 |
| ENST00000413081 | 5,376,114–5,388,029 | 5 |
| ENST00000434361 | 5,389,305–5,407,394 | 4 |
| ENST00000399434 | 5,389,450–5,425,414 | 3 |
| ENST00001008984 | 5,389,462–5,423,840 | 4 |
| ENST00001008985 | 5,389,462–5,422,005 | 3 |
顯示 11/11 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TNRC18 編碼的蛋白質可讀取染色質上的組蛋白修飾，並參與抑制第一類內源性逆轉錄病毒（ERV）序列，例如 LTR12。此作用涉及辨識組蛋白 H3 第 9 位 lysine 的三甲基化修飾（H3K9me3）；該修飾由 SETB1 沉積在第一類 ERV 位點。
辨識 H3K9me3 後，TNRC18 可直接促進共抑制複合體的募集，包括 Sin3 型與 N-Cor 複合體。這使其不只是辨識染色質標記，也參與將抑制性複合體帶至相關 ERV 位點，進而促成 ERV 沉默。
因此，來源支持的功能重點是 TNRC18 透過讀取特定組蛋白修飾並介導共抑制複合體募集，參與第一類 ERV 的轉錄抑制。資料未提供其在其他基因調控過程中的作用，也未說明此機制是否適用於其他 ERV 類別。
Promoter 與基因調控
>TNRC18 ENST00000430969 GRCh38 chr7:5423734-5424834 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TCCTTTTTTCTGCTCTGATTTTTTGTTGGCGGGGGGGGAAGGAGAGGGGAGCGCCCACGCAAAGAGGGGC TTTGGGGAGGGGCGCGCTGTGCGAAGCGCCGCAGCCCGGGCCTGGGCCGAGCGGGGGGCGCGCCCCGCTC CGCGTTTCTATAGGAACCCCTTTTAGAAGATTAGAGACTCACCCGCTGCCTGCCGCCGCGGCCTCTCCAA AATATTAATCAGTAACCATCTGACACCGCGTTTCAGGGAGGGACCCGTAGGTCAGTGCTAGGAAAACGGC CTTCTCGCCTGCCCATCCCACCCGACCGCGCTGCTGGGGGAGAGGGAATGAATCGCTGCTTTGTTTTAAA AGGAAGAAAAAAAAAACAAGGGAAAAAGCAGCCCTTGTCTGTTTCGGCGTCTCCACCGCGCGTACTAGAA GCGCACCCCAGGGGAGGCCGGGGGCCGGGGCCCGGAGTGCGGGGTGCAGCCAGCCGGGCCCCAGGCCCTC TCCGGCTCGCTTGGCTTGTCACCTCCTCCTGCGAGCAGGAAGCTGACAGGCGGCCCATTAAACCGCGCCT TGCAAAGCCCTGGATTGCGGCGACAACCATCTTCCTCTATTTTGATCACTCAGCCCAGACGCTGGGGGAG GGGAGAAGGAAAAGGGAGGAGAAGGAGAAAGGAGGGAGGGGGGGGTCCGAGCTGGTGGAGGGGGAGGGCT GCCTAGAAACGGCCCGGAAAAATTCTCACCACCAGTTTTGATCATTCAGCCCCGCCGAGGGGAGCCTGGA AACTGCTGGAGCCCCTAGGTCCGTAATTGGTTTTATAGGAATGGCTGTGGGCCAAGGTGTTTACATGCGC GTGATTGGCGGCGCGCGCGGCCAATGCGCGGCGGCCGGGGGCCGGGCTGGGGGGGGGGGCGGGCACCCGG GAACAATGCGTGTTTCTTTGCCGGAGAGGGCTCCCCCTCCCCCAACCCCCTCCAACCACCCCCCTCCGCT GCCTTTTTTTTTTTTTTTTTAGATCCTGCGAGAGGAACTTGAAAGGGGGGTTGTGTAATGTACCTTTTCC AATCCCGGGCTGTATATGGAGATTTGGGATTCTTTAAACCGGCGCTACCTG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR7_B3434 · promoter · 5419337–5419856 · regulatory
ENSR7_539FLF · CTCF_binding_site · 5421463–5421484 · regulatory
ENSR7_539FW7 · CTCF_binding_site · 5423146–5423167 · regulatory
ENSR7_539FXZ · CTCF_binding_site · 5423528–5423549 · regulatory
ENSR7_CJJC · promoter · 5423536–5424621 · regulatory
ENSR7_539FZJ · CTCF_binding_site · 5423649–5423670 · regulatory
ENSR7_B343T · enhancer · 5424622–5425403 · regulatory
ENSR7_539G7N · CTCF_binding_site · 5424975–5424996 · regulatory
ENSR7_9465W · promoter · 5425404–5425904 · regulatory
ENSR7_539GBT · CTCF_binding_site · 5425666–5425687 · regulatory
ENSR7_B3448 · promoter · 5427405–5427947 · regulatory
ENSR7_B344C · enhancer · 5427948–5428916 · regulatory
· motif · 5418991–5419006 · motif
· motif · 5420728–5420739 · motif
· motif · 5421465–5421481 · motif
· motif · 5421893–5421908 · motif
· motif · 5422163–5422174 · motif
· motif · 5422278–5422293 · motif
· motif · 5423148–5423164 · motif
· motif · 5423530–5423546 · motif
· motif · 5423651–5423667 · motif
· motif · 5423796–5423805 · motif
· motif · 5423860–5423870 · motif
· motif · 5423875–5423885 · motif
· motif · 5423882–5423892 · motif
· motif · 5423930–5423940 · motif
· motif · 5423932–5423942 · motif
· motif · 5423935–5423945 · motif
· motif · 5423936–5423946 · motif
· motif · 5423948–5423958 · motif
· motif · 5424135–5424145 · motif
· motif · 5424158–5424168 · motif
· motif · 5424163–5424173 · motif
· motif · 5424201–5424211 · motif
· motif · 5424677–5424692 · motif
· motif · 5424677–5424692 · motif
· motif · 5424975–5424985 · motif
· motif · 5424977–5424993 · motif
· motif · 5425097–5425107 · motif
· motif · 5425105–5425120 · motif
· motif · 5425106–5425120 · motif
· motif · 5425401–5425415 · motif
· motif · 5425401–5425415 · motif
· motif · 5425408–5425419 · motif
· motif · 5425562–5425572 · motif
· motif · 5425668–5425684 · motif
· motif · 5426407–5426417 · motif
· motif · 5426429–5426451 · motif
· motif · 5426728–5426744 · motif
· motif · 5427060–5427070 · motif
· motif · 5427712–5427722 · motif
· motif · 5427789–5427799 · motif
· motif · 5428047–5428057 · motif
· motif · 5428135–5428145 · motif
· motif · 5428169–5428179 · motif
· motif · 5428169–5428182 · motif
· motif · 5428614–5428621 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：2968 aa
trinucleotide repeat containing 18 protein 長 2,968 個胺基酸，C 端含 BAH domain，位於第 2,817–2,962 位。序列註解另標示多段預測為無序的區域，分布於蛋白質前段、中段及接近 C 端的位置。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TNRC18 位於細胞核與染色體。 在染色質上的 ERV 位點，它可特異性結合帶有 H3K9me3 修飾的組蛋白 H3；資料未描述其他定位變化或異構型差異。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Chromosome。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TNRC18 是染色質讀取蛋白，參與沉默第一類內源性逆轉錄病毒序列（如 LTR12）。它辨識 SETB1 沉積於這些位點的 H3K9me3，並直接促進 Sin3 型及 N-Cor 共抑制複合體募集，導致 ERV 沉默。 | 含實驗來源 | 證據與來源Chromatin reader involved in the silencing of endogenous retroviruses (ERV) class-I elements, such as LTR12. Specifically binds histone H3 trimethylated at 'Lys-9' (H3K9me3) deposited by SETB1 at class-I ERV and directly mediates recruitment of corepressor complexes, such as Sin3-type and N-Cor complexes, leading to ERV silencing PMID 37938770 ↗ |
| 細胞定位 | TNRC18 位於細胞核與染色體，並在染色質的內源性逆轉錄病毒位點特異性結合帶有 H3K9me3 修飾的組蛋白 H3。 | 含實驗來源 | 證據與來源Nucleus; Chromosome; Specifically binds histone H3 trimethylated at 'Lys-9' (H3K9me3) at endogenous retroviruses (ERV) sites on chromatin PMID 37938770 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AGATCCTGCGAGAGGAACTTGAAAGGGGGGTTGTGTAATG40TACCTTTTCCAATCCCGGGCTGTATATGGAGATTTGGGAT80TCTTTAAACCGGCGCTACCTGGATTTTATTAAAAAGCGGG120GAGCTCGGCGGGAGGAAAGCTGGCTTTTCCGGGGGCTGCG160GGAGCCGGGCCGCGGGAGGGCGGAGGAGTTGGCGCGCCGA200GCGCTCGGCCCGGGGAGCGGTTTTCTACCAAAAAAAGGAA240AGGCGGGCAAAAAGTGTGAGGCGGCTGCGGGTGGCGGAGG280GGAGCGGCGGCCGCGGGATGGCGGGCAGCAGGGGCGCCTA320GCTGCGCCGGGAGCCGGGGCCGCCGCCGGAGTCGTTGTCG360CCGGAGCCTGGAGCCGTGAACCCAGCCGCGCCAGACGCCG400TGTGCGCCGCCTCGCGCAGCTCCGCCTGGCCGCCCGGAGG440GGCCCCACCGCCGGCCGCCTGTGCGCCCCGGGCCGCGGGC480CCGCCGCCGAGCGCAAGCCCCGCTGGCCGCCGCCATGCAC520GCCGCGGAGCCCCCGCCGCCCGAGGACTCTGGGACTACGC560CGAGGCCGAACTTTTAGGTCCCACTGAGCTAGGCCTGCGG600GCCGGGTGGGGGGCTGATCGCGGCACTCCCGCGGAGGATG640GATGGCCGAGACTTCGGGCCCCAGCGGTCCGTGCACGGTC680CCCCGCCGCCGCTGCTGTCCGGCCTGGCCATGGACAGCCA720CCGCGTGGGCGCGGCCACTGCCGGACGCTTGCCCGCCTCG760GGCTTGCCCGGCCCGCTGCCGCCCGGGAAGTACATGGCCG800GCCTGAATCTCCATCCGCACCCGGGCGAGGCCTTCTTGGG840CAGCTTTGTGGCCAGCGGGATGGGGCCCTCGGCCTCGTCC880CATGGGAGCCCAGTGCCACTGCCCTCTGACCTGTCTTTCC920GCTCCCCAACCCCTAGCAACCTGCCCATGGTGCAGCTGTG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。