基因總覽
TNP2 是蛋白質編碼基因,正式名稱為 transition protein 2,產物屬於 Nuclear transition protein 2 家族。這項蛋白質與哺乳類精子細胞成熟過程中的染色質蛋白轉換有關;來源指出,它在延長中的精子細胞參與組蛋白由 protamine 取代的過程。其作用涉及精子細胞染色質逐步凝縮時的核小體,並與 protamine 的招募及處理相關。這些特性使 TNP2 成為精子細胞發育期間染色質重整相關的蛋白質。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000312693 ★ | 11,267,857–11,269,325 | 2 |
| ENST00000560751 | 11,267,748–11,269,533 | 1 |
顯示 2/2 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TNP2 在哺乳類精子細胞發育過程中,參與延長中的精子細胞內組蛋白被 protamine 取代。這項轉換與染色質凝縮相連:組蛋白離開染色質,而 protamine 負責促成組蛋白的移除。來源將 TNP2 描述為此替換過程中的重要參與者,但未進一步界定它如何直接影響組蛋白移除。
在染色質凝縮中的精子細胞內,TNP2 會被載入核小體,並促進 protamine 的招募與處理。換言之,TNP2 所述的功能不只是與精子細胞中的染色質相關,也包括協助 protamine 到達並經過處理,使其能參與後續的組蛋白置換。來源未提供處理步驟的具體分子機制,因此不宜將其描述為由 TNP2 直接完成組蛋白移除。
依據來源,TNP2 的作用可放在精子細胞染色質由組蛋白配置轉向 protamine 參與的脈絡中理解。它在凝縮階段與核小體相連,並促進 protamine 招募和處理;protamine 則負責組蛋白移除。這些資訊支持 TNP2 參與精子細胞染色質轉換的角色,但未說明其作用以外的生理結果,也未提供可延伸至其他物種或細胞類型的證據。
Promoter 與基因調控
>TNP2 ENST00000312693 GRCh38 chr16:11269225-11270325 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter ACCCAAAGACTAGAAGATCAAATGGCTTAGTGTTCAAACATAAGTCTGGGCTTTCTTCTAGAGGTACTGG GGTATCTGAGCAGGGACGGCGTGATTCAAACGGTATGGCGAGGCTTCGTTAGCAGGAAGGGGAGGAGAAT CAAGAGGCAGAAACTGAAGGAGAGAGACGGGTTTCCAAGGGCCTCCTGTAGCTTGACAGGCATCTCAGGC TCACGAGAATACCAGGAAAGAAGGAAAGACACCCCTTTGTCACATACGGCAATTAAGCCTCAGAAACCAC AATGGCCTACCCAAGACTGGACATCAGTGCAAACTGGGATTTGAACCCGGCTCTGAATTTCCCGACTTTA GATCTGGCTGGGGAGGTAGGCTTGCCAAGCGAGCCCCAGGACCACCCCTTGGTCCATGTGGTTACTCATC TTTCATCCATCCACCAAGCCATCTGACCAATTCATCACCTCCCCATCATCTGGGCACTAATCATCTGTCT TAACAACTGCCCACCATTCAGCTGCCATCACCAGGGTCAGGGCTGCACTCCTGGTACCCAAGTTGCCCAG GGCGTTAAGAAAAACACCTGATGATGCTGGTCAGTGATGTTTACTGAGCTCTTATTGTGGGCTGGGCCTG AGCTAACTGCTTGATATAAATTCTCTCCTTTATTAATAATTCTTCTAATGTCCGAATGAGGTCAGTACAA TTATTATCCCTATTCTGCAGAGATGGGGAAACTGGGACTTGTTCAGGCGAATTCCCAGGGCTGACCATGT GGAAAAAGCAGATCTGGGATGCAGACTCAGCTTAATCTGACCCAAGGGCTCCTACCCTGAACCAGTAGCT GGGACTATCCCCAGGGTACCCCTGAGAGCTGCCCCAGCCTGGGGGTGAGGGTAAGGGGTAGGGGGCTTTG TCTTGGCTGAGCCACATCTCTCACACCCCTGTGGCCTGGGCCATCATAATCAGCCCCAACTATATAACCA GGTGGGCTGCCAGGGCCTCTGTAAAGCTAGGCCTGCTGGGAGAGGATGAGGAGGAGGCCCTGCCCCTCCA AACGTGGCCTCCTATGGACACCCAGACTCACAGCCTTCCTATCACCCACAC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TNP2_1 ↗ | 16:11,269,325 | 負股 | 11,269,315–11,269,374 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR16_96GPR · enhancer · 11265670–11265950 · regulatory
ENSR16_8BXM8 · enhancer · 11273792–11273969 · regulatory
· motif · 11264364–11264375 · motif
· motif · 11264366–11264375 · motif
· motif · 11264434–11264445 · motif
· motif · 11264434–11264445 · motif
· motif · 11264434–11264447 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:138 aa
transition protein 2 長 138 個胺基酸,屬於 Nuclear transition protein 2 家族。來源將整段胺基酸序列(第 1–138 位)註記為無序區域;第 111–119 位則標示為核定位訊號。這些序列特徵提供蛋白質區域的註解,並未額外界定其結構或功能機制。
蛋白質三維結構
細胞內定位
來源列出 TNP2 位於細胞核、核仁及染色體,並指出它會載入凝縮中的精子細胞核小體;此載入資訊標註為相似性推定。 其核輸入由 IPO4 介導。 核仁定位則有條件限制:蛋白質必須經磷酸化;此項定位條件同樣屬相似性推定。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
未繪示構造:Chromosome。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 7 個夥伴
- APPBP2Q92624 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP1-1Q07627 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP10-8P60410 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP10-9P60411 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP12-3P60328 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP2-4Q9BYR9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MDFIQ99750 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TNP2 在哺乳類延長中的精子細胞內,參與組蛋白被 protamine 取代。在染色質凝縮中的精子細胞裡,TNP2 載入核小體,並促進 protamine 的招募與處理;protamine 負責移除組蛋白。 | 推論支持 | 證據與來源Plays a key role in the replacement of histones to protamine in the elongating spermatids of mammals. In condensing spermatids, loaded onto the nucleosomes, where it promotes the recruitment and processing of protamines, which are responsible for histone eviction |
| 細胞定位 | 來源列出 TNP2 位於細胞核、核仁與染色體,並指出它可載入凝縮中精子細胞的核小體;該載入定位為相似性推定。IPO4 介導其核輸入,而核仁定位需要蛋白質經磷酸化;後兩項也標註為相似性推定。 | 推論支持 | 證據與來源Nucleus; Nucleus, nucleolus; Chromosome; Loaded onto the nucleosomes of condensing spermatids (By similarity). Nuclear import is mediated by IPO4. Nucleolar localization requires the protein to be phosphorylated (By similarity) |
核酸與蛋白質序列
GTAAAGCTAGGCCTGCTGGGAGAGGATGAGGAGGAGGCCC40TGCCCCTCCAAACGTGGCCTCCTATGGACACCCAGACTCA80CAGCCTTCCTATCACCCACACTCAGCTCCATAGCAACTCT120CAGCCCCAAAGCCGCACCTGCACCCGCCATTGCCAAACCT160TCAGCCAGAGTTGCAGACAGAGCCATCGTGGCAGCCGGAG200CCAGAGCTCCAGCCAGAGCCCGGCCAGCCACCGCAACCCA240ACTGGAGCCCACAGCTCATCCGGCCACCAGAGCCAGAGTC280CCAACACTAGTCCACCACCAAAGCGCCACAAAAAGACTAT320GAACTCCCACCACTCTCCCATGCGGCCCACCATCCTGCAC360TGCCGCTGCCCCAAGAACAGAAAGAACTTGGAAGGCAAGC400TGAAAAAGAAAAAAATGGCCAAGAGGATCCAGCAGGTGTA440CAAAACCAAGACGCGGAGCTCAGGATGGAAATCCAACTAA480TGAGACCGCACTCCTTGGCTTGTTCCTGCGTGTTTCACCC520AAAGGAGAAAATGCTAGGATGAAGTCAATCTTCTTGCAGG560AACATGTTACTATGGTGATTTCTACGCAACACTAATTAAA600GCTTGTACCTGGAAGACTA619cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。