演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

TNNC2FAP85

troponin C2, fast skeletal type

TNNC2(troponin C2, fast skeletal type)編碼骨骼肌肌鈣蛋白複合體中的鈣結合成分,參與調節橫紋肌收縮。

Homo sapiens20q13.12UniProt P02585
OFFICIAL SYMBOL
TNNC2
CHROMOSOME
20
UNIPROT
P02585
PDB / ALPHAFOLD
7KAA
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

TNNC2 是蛋白質編碼基因,正式名稱為 troponin C2, fast skeletal type。其產物屬於 troponin C family,是橫紋肌 troponin 複合體的組成成分。這個複合體由 Tn-I、Tn-T 與 Tn-C 三部分構成:Tn-I 具有抑制 actomyosin ATPase 的作用,Tn-T 含有 tropomyosin 結合位點,而 Tn-C 則負責鈣結合。TNNC2 的產物因此是肌肉收縮調控系統中負責感受鈣訊號的成分;其具體調節方式見功能說明。

Official symbol
TNNC2
Gene name
troponin C2, fast skeletal type
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:11944
UniProt
P02585
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
FAP85CFAP85

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 2020q13.12
chr20 · 64,444,167 bp · GRCh38chr20p13 · 1–5100000 · gnegchr20p12.3 · 5100001–9200000 · gpos75chr20p12.2 · 9200001–12000000 · gnegchr20p12.1 · 12000001–17900000 · gpos75chr20p11.23 · 17900001–21300000 · gnegchr20p11.22 · 21300001–22300000 · gpos25chr20p11.21 · 22300001–25700000 · gnegchr20p11.1 · 25700001–28100000 · acenchr20q11.1 · 28100001–30400000 · acenchr20q11.21 · 30400001–33500000 · gnegchr20q11.22 · 33500001–35800000 · gpos25chr20q11.23 · 35800001–39000000 · gnegchr20q12 · 39000001–43100000 · gpos75chr20q13.11 · 43100001–43500000 · gnegchr20q13.12 · 43500001–47800000 · gpos25chr20q13.13 · 47800001–51200000 · gnegchr20q13.2 · 51200001–56400000 · gpos75chr20q13.31 · 56400001–57800000 · gnegchr20q13.32 · 57800001–59700000 · gpos50chr20q13.33 · 59700001–64444167 · gnegTNNC2pq1 bp64,444,167 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr20:45,823,214–45,833,745
Gene span
10,532 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000372555 ★45,823,214–45,827,3126
ENST0000037255745,823,214–45,833,7457
ENST0000109254245,823,214–45,827,3126
ENST0000112524945,823,214–45,827,3126

顯示 4/4 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

Troponin 是橫紋肌收縮的核心調節蛋白複合體。TNNC2 產物屬於其中的 Tn-C 成分;複合體另含 Tn-I 與 Tn-T,三者分別承擔不同角色:Tn-I 抑制 actomyosin ATPase,Tn-T 含有 tropomyosin 的結合位點,而 Tn-C 可結合鈣離子。

鈣離子與 Tn-C 結合後,會解除 troponin 對 actin filaments 的抑制作用。換言之,鈣結合使調控狀態由抑制轉為解除抑制,構成 troponin 將鈣訊號連結至橫紋肌收縮調節的作用方式。此處來源描述的是 troponin 複合體及 Tn-C 的功能,未提供更細的分子步驟或 TNNC2 特定實驗條件。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 45827312 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>TNNC2 ENST00000372555 GRCh38 chr20:45827212-45828312 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
TAATTCTAGCACTTTGGGAAACCAAGGTGGAAGGATCCCCTGAGCCTAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGGC
AACATGGTGAAACCCCATCTCTATAAAAATACAAAAAAAAAAAAAGCCAGGGGTGGTGGTGCACCTCTAG
TCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAAGTGGGAGGATCACTTGAGCCCAGGAGATAGAGGCTGCAGTGAGCTAT
AATAGCACCACTGCACATCAGCCTTGGTGACAGAGTGAGTATAGACCTTTATAATTTACAAAGCTCTGCA
GTCAAGTGGGGATAATCGTTGCTACCTCATAGGAGGAGCACTAGATGAGATCATGTTAAAATGCTTAGCA
CAGTGTGTGGCACGTCATGGGGTTCAGTAAACAGTGGCCTACCTGTCACTTTCTCCTCCTATCCCCTGCC
CCTTACCATGGTTCAAAGACGGGACATTCCTCTTGCCAAGCACCAACGCTGTGTACCCAGCACAAGCTAG
GTGACTTATACCCGGGTTCCCATTTACCATGGTCTCTCTGTGAGGGAGACCCCACAGACAGGTCCAATCC
CACAGATGAAGAAATGGCTCAGAGAGGCACTGCTACCGGCCCAAGGTCACACAACTCGCAGAGGCTGGCC
TTGGATCTTGGGTTTTGGACTTCAAGGCTTGTACTCTCCCCATTTTACCATGCTGCCTCACCCTTTACTA
CTCTGATCATCCTTACCATCTTGGAGCCAGTGTGCTTCCTCGGTCGGGGGGACTCCAAGGCAGTGGAACA
GGGCAGGCCTTCCTCACAAGAATCTAGGACGTCAAGGCCTGCCACCTGCTTGGAGGCTTAAATTTCTCTG
CAAGGGCCCTTGGCTAAATTAGGTAATGGGTTCAGACTGTGGGAGGGGTGGGACTCGCTGACCCCAGGAT
CTGATTGGGCAGGGTCTCCAGTGCTGGGGAGCAGGGAGGTGGGAGGGGAGGGTGCCCCTACAAATCCCGG
GGGCTAGAGCAGGCCAGGTCATCTTTGGGTGGTGGAGTGCAAAGGAGGCGACCTGCAACAGAGGAGTCCC
GGTCACCAGCAACCATGGTAAGGACAAGAGGGGACTTTGTGCCTTTACTCA
TNNC2 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 4 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
TNNC2_1 ↗20:45,827,312負股45,827,302–45,827,361
TNNC2_2 ↗20:45,834,018負股45,834,008–45,834,067
TNNC2_4 ↗20:45,834,411負股45,834,401–45,834,460
TNNC2_3 ↗20:45,843,666負股45,843,656–45,843,715

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR20_C6JQP · enhancer · 45822200–45823415 · regulatory

ENSR20_5DR27P · CTCF_binding_site · 45823248–45823269 · regulatory

ENSR20_5DR2F4 · CTCF_binding_site · 45824409–45824430 · regulatory

ENSR20_BC4K2 · enhancer · 45826264–45827106 · regulatory

ENSR20_9N75M · enhancer · 45828563–45829002 · regulatory

· motif · 45823250–45823266 · motif

· motif · 45824059–45824068 · motif

· motif · 45824059–45824068 · motif

· motif · 45824198–45824209 · motif

· motif · 45824300–45824311 · motif

· motif · 45824411–45824427 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:160 aa

1 aa160 aa結構域
依 P02585 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

TNNC2 產物長 160 個胺基酸,屬於 troponin C family。序列註解標示四個 EF-hand 結構域:EF-hand 1 位於第 15–50 個胺基酸,EF-hand 2 位於第 51–86 個,EF-hand 3 位於第 91–126 個,EF-hand 4 位於第 127–160 個。

結構域EF-hand 115–50 aa
結構域EF-hand 251–86 aa
結構域EF-hand 391–126 aa
結構域EF-hand 4127–160 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 PDB · 7KAA…

PDB · 7KAA

NMR · - · A=1-88

查看原始結構紀錄 ↗

實驗模型;依序列位置著色,可能只覆蓋局部區域。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:尚未取得定位註解

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 3 個夥伴 · 最多顯示 50 個
FAP85TNNC2TBC1D1TNNI3TNNI3
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

TNNC2 相關變異被報告與先天性肌病 15(CMYO15)有關。此病為常染色體顯性肌病,特徵包括新生兒期肌張力低下、肌無力及呼吸肌受累,可導致嚴重呼吸功能不全。病況會隨時間改善,但用力肺活量仍可能降低;其他表現包括臉部無力(常伴眼瞼下垂或眼外肌麻痺)、下顎或遠端關節攣縮、脊柱側彎及骨質缺乏。來源將此病歸因於影響 TNNC2 的變異,但未在此處列出特定變異。

個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

2 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 2 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能Troponin 是橫紋肌收縮的核心調節蛋白複合體,由 Tn-I、Tn-T 與 Tn-C 三部分組成。Tn-I 抑制 actomyosin ATPase,Tn-T 含有 tropomyosin 結合位點;鈣離子結合 Tn-C 後,會解除 troponin 對 actin filaments 的抑制作用。含實驗來源
證據與來源

Troponin is the central regulatory protein of striated muscle contraction. Tn consists of three components: Tn-I which is the inhibitor of actomyosin ATPase, Tn-T which contains the binding site for tropomyosin and Tn-C. The binding of calcium to Tn-C abolishes the inhibitory action of Tn on actin filaments

PMID 33755597 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

疾病關聯先天性肌病 15 是常染色體顯性肌病,於新生兒期出現肌張力低下、肌無力及呼吸肌受累,可造成嚴重呼吸功能不全。病況會隨時間改善,但用力肺活量仍降低;其他表現包括臉部無力(常伴眼瞼下垂或眼外肌麻痺)、下顎或遠端關節攣縮、脊柱側彎及骨質缺乏。此病由影響該基因的變異所致。含實驗來源
證據與來源

Congenital myopathy 15 CMYO15 An autosomal dominant myopathy characterized by neonatal onset of hypotonia, muscle weakness, and respiratory muscle involvement resulting in severe respiratory insufficiency. The disorder improves over time, although forced vital capacity remains decreased. Other features include facial weakness, often with ptosis or external ophthalmoplegia, jaw or distal joint contractures, scoliosis, and osteopenia. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 620161

PMID 33755597 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 2 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000372555 · 681 nt · GRCh38
完整拼接轉錄本,保留來源註解的 5′ UTR、CDS 和 3′ UTR。
1ATCTTTGGGTGGTGGAGTGCAAAGGAGGCGACCTGCAACA40
41GAGGAGTCCCGGTCACCAGCAACCATGACGGACCAGCAGG80
81CTGAGGCCAGGTCCTACCTCAGCGAAGAGATGATCGCTGA120
121GTTCAAGGCTGCCTTTGACATGTTTGATGCTGATGGTGGT160
161GGGGACATCAGCGTCAAGGAGTTGGGCACGGTGATGAGGA200
201TGCTGGGCCAGACACCCACCAAGGAGGAGCTGGACGCCAT240
241CATCGAGGAGGTGGATGAGGACGGCAGCGGCACCATCGAC280
281TTCGAGGAGTTCTTGGTCATGATGGTGCGCCAGATGAAAG320
321AGGACGCGAAAGGGAAGAGCGAGGAGGAGCTGGCCGAGTG360
361CTTCCGCATCTTCGACAGGAATGCAGACGGCTACATCGAC400
401CCGGAGGAGCTGGCTGAGATTTTCAGGGCCTCCGGGGAGC440
441ACGTGACGGACGAGGAGATCGAATCTCTGATGAAAGACGG480
481CGACAAGAACAACGACGGCCGCATTGACTTCGACGAGTTC520
521CTGAAGATGATGGAGGGCGTGCAGTAAGGAGTGGACAGTC560
561GCCTCTACCAAGATCGCGTGTCCCTAGGGTGTGGGAGACT600
601CCGCCCTGCCGGGTCCCCACCAGGGAGGCGCGACCCCTTG640
641TGGGTCTTTGTCTGGAAGGAATAAAAGCAAATGTTCCAAA680
681A681

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。