基因總覽
TNFSF8 是蛋白質編碼基因,正式名稱為 TNF superfamily member 8。其產物屬於 tumor necrosis factor family,是一種細胞激素;來源亦記載此蛋白質可形成同源三聚體。這些資訊界定了 TNFSF8 產物的家族歸屬與基本分子性質。其功能相關的受體為 TNFRSF8/CD30,與 T 細胞增殖有關;具體作用方式見功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000223795 ★ | 114,901,145–114,930,591 | 4 |
| ENST00000618336 | 114,893,343–114,930,596 | 5 |
| ENST00001138231 | 114,901,145–114,930,596 | 4 |
| ENST00000872160 | 114,901,341–114,930,596 | 3 |
顯示 4/4 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TNFSF8 的產物是一種細胞激素,可結合 TNFRSF8/CD30。來源所述的細胞作用是誘導 T 細胞增殖,指出此分子與 T 細胞增殖反應相關。現有資料未提供更細的訊號傳遞機制、作用條件或其他生物學過程,因此不延伸描述其下游效應。
Promoter 與基因調控
>TNFSF8 ENST00000223795 GRCh38 chr9:114930491-114931591 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AGATTGAATGACTTAGCACGAGCTTTCAGCCAGGCAGGCTGCAAAGTGCACCCAAGTTCTTTCAGTGATC GACACTTGCGACTTAGGTTGAGATAGTTTTCATCCTCCCTGAGCCTCAGTTTTCCCATCTGTAAAAAATA AACATTGCCTGCCTCGGAGGGTGGAGGTGGAAGTGGAATGAAGCCACATGTAACTCCTAGCGCTGTGCCT GAGACAGTAGAGGTTCAATTATAGTAGTCACATACACACACAACACATACATACACAAGACACAACACAC CACACACAACACATACATACACACCACACACAACACTTACATACGCACCACACTCGGCATGCATTGCAGA TCACAAATGCACACCACACACACACTGCATACATATACCATAGAGAACACACAACACCTACACATACCCC CATACCACAAATACACACACACTACATAGTACACCACGCAGAACACACACAGCCCCCATATTCCACACCA CACCATCTCACTGCCAATTCCTTCCCCTCTTCATGAGTTTTACGGCAGGTCCAGGTTCATCTGCCAGTTT AACAGATCCCAAAACTTCTGCAGGAGTGTTTGTTCAAAAGATTGATATTTCCAGATTCCTGCTTTCTGAC AGTATCTTTGAACCCCAAATTTCATACTGCCATGAGCCAGTCCCCCTTTGGAGAAATATCTCCATTTGTG TGCCCTTTTTCCCCCAGGGAACCTGCAGCATGTCCCTTTTTCAGCAGTAGCCTATCAAACCGAACCCTTT GGAGTTATTACACTGCAGTCCGAGGGATCCGGCCTCCCTGAGACCCAGCAAGGACTCATTATCTGGGGAG GTCTTCTGAGCCACAGGCCTCGCTGAAAGAAGGTGCAGCTTCTTGAACAGGAAGGCGTTTTGTGGCAGAG TCTAAACGAAACAGAAGTTGCTTTGTGTGTGCGCACGCATGCACACACACACACACACACACACACATAC ACACACACAGTCGGGGAACCGTCATTTTCCTACGCGCCCTCTGACATCAGCCACCTTCTCTGTAGCTAGT TTCTCTGCACACAACTTAATCCCTGGCAATGAAAAATGAACCTCTCCCCCA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TNFSF8_1 ↗ | 9:114,930,533 | 負股 | 114,930,523–114,930,582 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR9_93NLM2 · enhancer · 114925723–114926016 · regulatory
ENSR9_BSRSJ · enhancer · 114929084–114929863 · regulatory
ENSR9_93NLNF · promoter · 114930581–114930969 · regulatory
· motif · 114930194–114930209 · motif
· motif · 114930219–114930236 · motif
· motif · 114930322–114930334 · motif
· motif · 114930564–114930577 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:234 aa
TNFSF8 蛋白質長 234 個胺基酸,屬於 tumor necrosis factor family。其第 1–37 位為細胞質區,第 38–62 位是作為第二型膜蛋白訊號錨定的螺旋跨膜區;第 63–234 位位於細胞外。THD domain 註解於第 98–225 位。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TNFSF8 被註解為膜蛋白,具有單次跨膜的第二型膜蛋白拓撲。 其蛋白質序列包含細胞質區、跨膜區與細胞外區;來源未提供定位變化條件或異構型差異。
未繪示構造:Membrane。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
- BMP10O95393 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CXCL9Q07325 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TNFRSF8P28908 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
TNFSF8 以同源三聚體形式存在。來源未提供其他複合體成分或額外的實體結合資訊。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TNFSF8 產物是一種細胞激素,可結合 TNFRSF8/CD30,並誘導 T 細胞增殖。這項描述指出其受體結合對象及與 T 細胞增殖相關的作用;來源未提供其他條件或機制細節。 | 資料庫紀錄 | |
| 交互作用 | Homotrimer | 推論支持 | |
| 細胞定位 | TNFSF8 蛋白質位於膜上,並具有單次跨膜的第二型膜蛋白拓撲。此定位描述未指出會改變定位的條件或不同異構型之間的差異。 | 資料庫紀錄 |
核酸與蛋白質序列
GTCATTTTCCTACGCGCCCTCTGACATCAGCCACCTTCTC40TGTAGCTAGTTTCTCTGCACACAACTTAATCCCTGGCAAT80GAAAAATGAACCTCTCCCCCACCCTTGCTGCCGCCTCTCG120CCTCACGCCCCCAGAGAAGAGTTTCTCCACCAGGCAGCAG160GTGAAGGTTTTTTTCCAAGTCACATGATTCAGGATTCAGG200GGGAGAATCCTTCTTGGAACAGAGATGGGCCCAGAACTGA240ATCAGATGAAGAGAGATAAGGTGTGATGTGGGGAAGACTA280TATAAAGAATGGACCCAGGGCTGCAGCAAGCACTCAACGG320AATGGCCCCTCCTGGAGACACAGCCATGCATGTGCCGGCG360GGCTCCGTGGCCAGCCACCTGGGGACCACGAGCCGCAGCT400ATTTCTATTTGACCACAGCCACTCTGGCTCTGTGCCTTGT440CTTCACGGTGGCCACTATTATGGTGTTGGTCGTTCAGAGG480ACGGACTCCATTCCCAACTCACCTGACAACGTCCCCCTCA520AAGGAGGAAATTGCTCAGAAGACCTCTTATGTATCCTGAA560AAGGGCTCCATTCAAGAAGTCATGGGCCTACCTCCAAGTG600GCAAAGCATCTAAACAAAACCAAGTTGTCTTGGAACAAAG640ATGGCATTCTCCATGGAGTCAGATATCAGGATGGGAATCT680GGTGATCCAATTCCCTGGTTTGTACTTCATCATTTGCCAA720CTGCAGTTTCTTGTACAATGCCCAAATAATTCTGTCGATC760TGAAGTTGGAGCTTCTCATCAACAAGCATATCAAAAAACA800GGCCCTGGTGACAGTGTGTGAGTCTGGAATGCAAACGAAA840CACGTATACCAGAATCTCTCTCAATTCTTGCTGGATTACC880TGCAGGTCAACACCACCATATCAGTCAATGTGGATACATT920CCAGTACATAGATACAAGCACCTTTCCTCTTGAGAATGTG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。