基因總覽
TNFSF10 是蛋白質編碼基因,其產物 TNF superfamily member 10 為 TNF 家族的細胞激素。它可與 TNFRSF10A、TNFRSF10B、TNFRSF10C 和 TNFRSF10D 結合,也可能與 TNFRSF11B 結合。這些受體結合關係構成其基本分子特性;其中部分受體無法誘導細胞凋亡,可能調節 TNFSF10 的活性。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000241261 ★ | 172,505,508–172,523,430 | 5 |
| ENST00001144641 | 172,505,508–172,523,476 | 5 |
| ENST00000855868 | 172,505,510–172,523,476 | 4 |
| ENST00000967485 | 172,505,517–172,523,476 | 4 |
| ENST00000855869 | 172,505,519–172,523,476 | 4 |
| ENST00000420541 | 172,505,662–172,523,476 | 3 |
| ENST00000855870 | 172,505,674–172,523,476 | 5 |
| ENST00001040999 | 172,505,677–172,523,476 | 4 |
| ENST00001102937 | 172,505,726–172,523,476 | 2 |
| ENST00000855871 | 172,506,404–172,523,476 | 5 |
| ENST00000855872 | 172,506,404–172,523,476 | 6 |
顯示 11/11 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TNF superfamily member 10 是一種細胞激素,可與多種受體結合並誘導細胞凋亡。已列出的受體包括 TNFRSF10A(TRAILR1)、TNFRSF10B(TRAILR2)、TNFRSF10C(TRAILR3)及 TNFRSF10D(TRAILR4);此外,它也可能與 TNFRSF11B(OPG)結合。
不同受體的功能並不相同。TNFRSF10C、TNFRSF10D 與 TNFRSF11B 被描述為誘餌受體,無法誘導細胞凋亡。TNFSF10 與這些受體結合時,其活性可能受到調節;來源未進一步說明調節的方向或程度。因此,不能將所有受體結合都視為直接引發凋亡的訊號。
這些特性顯示,TNFSF10 的作用與受體種類有關:它能誘導細胞凋亡,而誘餌受體的結合則可能改變其活性。現有資料支持其細胞激素性質、受體結合對象及凋亡相關作用,但未提供更細部的分子機制或其他生物學過程。
Promoter 與基因調控
>TNFSF10 ENST00000241261 GRCh38 chr3:172523330-172524430 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAGGAAAGAAGGAAAGAATAGAAAAGAAAAGAAAGA AAGAAAGAAAGGAAGAAAAGGAAAGAAAGAAATGCTGAATAAGATATAGAGACAACATACAGCTGGGCCA GCTTATGACATCTGATAGTGGGGAGATTTGGGGCTGGGTCCTGAATCTGAGGGTAATTAACTCCCTGTAA CTTCTTTTCCTAATCTGTAAAAGGATAGTGACAGCGAGACATTGTGATGGGGTTAATATTTTGGAAAACA TCCACATGTTTTTTTCCTTTGCCTTTCTGAGTGTGTCAACTACTTCCTACCTGTCCAGCCTAACACACAG GCATGTTGTCTTGGTAGGGATGGAGATCTGAGAAGGAGATTAGAATTTGTGTCTGAAGGTTTGCAAAGAG GAAGAAGTCGTCAATATTTAGATTCTGACATTCAAGATGGAATTATGTAGCAAGACCATTGCTATGAGAC AGTATTTCTATTTTCCTTTATCCACTCCCACCCTGCCCTCTTCCCACCCTCACAGTAGCATGAGAAAAAC CACATATGGAAGTTTCAGGTCATAAAAATTATCTTATAATTTAGAAAACAGGCCTTGTGCCTATGACAGC CAGGCCATGAGGCTTAGAGCTCTGTGGTAGAATGAGGATATGTTAGGGAAAAGCAAAGAAAATCCCTCCC CTCTTTGGCTGAGGACATTATCAAAAGGAGAGCAAGAAAGAGAAGAGAGAAATGGGCTTGAGGTGAGTGC AGATAAGGGGTGCATGGATCCTGAGGGCAAGGAGAGGAGCTTCTTTCAGTTTCCCTCCTTTCCAACGACT ACTTTGAGACAAGAGCTGTCCCTGGGCAGTAGGAAAGGGGAGGGACAGTTGCAGGTTCAATAGATGTGGG TGGGGCCAAGGCCACAGAACCCAGAAAAACAACTCATTCGCTTTCATTTCCTCACTGACTATAAAAGAAT AGAGAAGGAAGGGCTTCAGTGACCGGCTGCCTGGCTGACTTACAGCAGTCAGACTCTGACAGGATCATGG CTATGATGGAGGTCCAGGGGGGACCCAGCCTGGGACAGACCTGCGTGCTGA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TNFSF10_1 ↗ | 3:172,523,467 | 負股 | 172,523,457–172,523,516 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR3_53HKLLB · CTCF_binding_site · 172519907–172519928 · regulatory
ENSR3_B398FK · enhancer · 172520290–172520885 · regulatory
ENSR3_873XQC · enhancer · 172522305–172522475 · regulatory
ENSR3_B398G2 · promoter · 172523420–172523965 · regulatory
ENSR3_873XRQ · enhancer · 172524725–172524897 · regulatory
· motif · 172519160–172519169 · motif
· motif · 172519909–172519925 · motif
· motif · 172523495–172523512 · motif
· motif · 172523497–172523512 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:281 aa
TNF superfamily member 10 長 281 個胺基酸,屬於 TNF 家族。蛋白質 N 端第 1–17 位為細胞質區,第 18–38 位是作為第二型膜蛋白訊號錨定的螺旋跨膜區;第 39–281 位位於細胞外。第 122–280 位註記為 THD 結構域,第 124–144 位則註記為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TNFSF10 存在於細胞膜,也可呈分泌型;資料指出它同時具有膜結合型與可溶型。 其跨膜區註記為第二型膜蛋白的訊號錨定區。 來源未提供不同形式出現的條件或異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 5 個夥伴
- CUL3Q13618 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- TNFRSF10AO00220 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- TNFRSF10BO14763 · UniProt INTERACTION · 22 experiments
- TNFRSF10CO14798 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- TNFRSF10DQ9UBN6 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
TNFSF10 可形成同源三聚體。每個 TNFSF10 同源三聚體可與三個 TNFSF10A 單體互作,也可與三個 TNFSF10B 單體互作。這些資料描述的是三聚體與單體之間的互作;未進一步說明其是否構成其他複合體或具有何種功能關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TNFSF10 是一種可結合 TNFRSF10A/TRAILR1、TNFRSF10B/TRAILR2、TNFRSF10C/TRAILR3 與 TNFRSF10D/TRAILR4 的細胞激素,也可能結合 TNFRSF11B/OPG。它能誘導細胞凋亡;與無法誘導凋亡的誘餌受體 TNFRSF10C、TNFRSF10D 或 TNFRSF11B 結合時,活性可能受到調節。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cytokine that binds to TNFRSF10A/TRAILR1, TNFRSF10B/TRAILR2, TNFRSF10C/TRAILR3, TNFRSF10D/TRAILR4 and possibly also to TNFRSF11B/OPG. Induces apoptosis. Its activity may be modulated by binding to the decoy receptors TNFRSF10C/TRAILR3, TNFRSF10D/TRAILR4 and TNFRSF11B/OPG that cannot induce apoptosis PMID 10549288 ↗ · PMID 26457518 ↗ |
| 交互作用 | TNFSF10 可形成同源三聚體。每個 TNFSF10 同源三聚體與三個 TNFSF10A 單體互作;另有資料指出,每個三聚體也可與三個 TNFSF10B 單體互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homotrimer. One TNFSF10 homotrimer interacts with three TNFSF10A monomers. One TNFSF10 homotrimer interacts with three TNFSF10B monomers PMID 10549288 ↗ · PMID 26457518 ↗ |
| 細胞定位 | TNFSF10 位於細胞膜,屬於單次跨膜的第二型膜蛋白,也可被分泌。資料指出它同時具有膜結合型與可溶型。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cell membrane / Single-pass type II membrane protein; Secreted; Exists both as membrane-bound and soluble form PMID 14609566 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GACCGGCTGCCTGGCTGACTTACAGCAGTCAGACTCTGAC40AGGATCATGGCTATGATGGAGGTCCAGGGGGGACCCAGCC80TGGGACAGACCTGCGTGCTGATCGTGATCTTCACAGTGCT120CCTGCAGTCTCTCTGTGTGGCTGTAACTTACGTGTACTTT160ACCAACGAGCTGAAGCAGATGCAGGACAAGTACTCCAAAA200GTGGCATTGCTTGTTTCTTAAAAGAAGATGACAGTTATTG240GGACCCCAATGACGAAGAGAGTATGAACAGCCCCTGCTGG280CAAGTCAAGTGGCAACTCCGTCAGCTCGTTAGAAAGATGA320TTTTGAGAACCTCTGAGGAAACCATTTCTACAGTTCAAGA360AAAGCAACAAAATATTTCTCCCCTAGTGAGAGAAAGAGGT400CCTCAGAGAGTAGCAGCTCACATAACTGGGACCAGAGGAA440GAAGCAACACATTGTCTTCTCCAAACTCCAAGAATGAAAA480GGCTCTGGGCCGCAAAATAAACTCCTGGGAATCATCAAGG520AGTGGGCATTCATTCCTGAGCAACTTGCACTTGAGGAATG560GTGAACTGGTCATCCATGAAAAAGGGTTTTACTACATCTA600TTCCCAAACATACTTTCGATTTCAGGAGGAAATAAAAGAA640AACACAAAGAACGACAAACAAATGGTCCAATATATTTACA680AATACACAAGTTATCCTGACCCTATATTGTTGATGAAAAG720TGCTAGAAATAGTTGTTGGTCTAAAGATGCAGAATATGGA760CTCTATTCCATCTATCAAGGGGGAATATTTGAGCTTAAGG800AAAATGACAGAATTTTTGTTTCTGTAACAAATGAGCACTT840GATAGACATGGACCATGAAGCCAGTTTTTTTGGGGCCTTT880TTAGTTGGCTAACTGACCTGGAAAGAAAAAGCAATAACCT920CAAAGTGACTATTCAGTTTTCAGGATGATACACTATGAAG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。