演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

TNFRSF8KI-1

TNF receptor superfamily member 8

TNFRSF8 編碼 TNF receptor superfamily member 8,是 TNFSF8/CD30L 的受體;其訊號可能參與活化淋巴母細胞的生長與轉化調節。

Homo sapiens1p36.22UniProt P28908
OFFICIAL SYMBOL
TNFRSF8
CHROMOSOME
1
UNIPROT
P28908
PDB / ALPHAFOLD
1D01
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

TNFRSF8 是蛋白質編碼基因,正式名稱為 TNF receptor superfamily member 8,產物屬於 TNFR8 family。蛋白質全長 595 個胺基酸,具有單次跨膜的第一型膜蛋白構造:N 端訊號胜肽之後是細胞外區段,接著為跨膜區,C 端則位於細胞質。細胞外區含有六段 TNFR-Cys 重複序列。這些基本特徵界定了它作為膜受體的架構;其配體及細胞訊號相關功能見下方說明。

Official symbol
TNFRSF8
Gene name
TNF receptor superfamily member 8
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:11923
UniProt
P28908
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
KI-1CD30D1S166E

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 11p36.22
chr1 · 248,956,422 bp · GRCh38chr1p36.33 · 1–2300000 · gnegchr1p36.32 · 2300001–5300000 · gpos25chr1p36.31 · 5300001–7100000 · gnegchr1p36.23 · 7100001–9100000 · gpos25chr1p36.22 · 9100001–12500000 · gnegchr1p36.21 · 12500001–15900000 · gpos50chr1p36.13 · 15900001–20100000 · gnegchr1p36.12 · 20100001–23600000 · gpos25chr1p36.11 · 23600001–27600000 · gnegchr1p35.3 · 27600001–29900000 · gpos25chr1p35.2 · 29900001–32300000 · gnegchr1p35.1 · 32300001–34300000 · gpos25chr1p34.3 · 34300001–39600000 · gnegchr1p34.2 · 39600001–43700000 · gpos25chr1p34.1 · 43700001–46300000 · gnegchr1p33 · 46300001–50200000 · gpos75chr1p32.3 · 50200001–55600000 · gnegchr1p32.2 · 55600001–58500000 · gpos50chr1p32.1 · 58500001–60800000 · gnegchr1p31.3 · 60800001–68500000 · gpos50chr1p31.2 · 68500001–69300000 · gnegchr1p31.1 · 69300001–84400000 · gpos100chr1p22.3 · 84400001–87900000 · gnegchr1p22.2 · 87900001–91500000 · gpos75chr1p22.1 · 91500001–94300000 · gnegchr1p21.3 · 94300001–99300000 · gpos75chr1p21.2 · 99300001–101800000 · gnegchr1p21.1 · 101800001–106700000 · gpos100chr1p13.3 · 106700001–111200000 · gnegchr1p13.2 · 111200001–115500000 · gpos50chr1p13.1 · 115500001–117200000 · gnegchr1p12 · 117200001–120400000 · gpos50chr1p11.2 · 120400001–121700000 · gnegchr1p11.1 · 121700001–123400000 · acenchr1q11 · 123400001–125100000 · acenchr1q12 · 125100001–143200000 · gvarchr1q21.1 · 143200001–147500000 · gnegchr1q21.2 · 147500001–150600000 · gpos50chr1q21.3 · 150600001–155100000 · gnegchr1q22 · 155100001–156600000 · gpos50chr1q23.1 · 156600001–159100000 · gnegchr1q23.2 · 159100001–160500000 · gpos50chr1q23.3 · 160500001–165500000 · gnegchr1q24.1 · 165500001–167200000 · gpos50chr1q24.2 · 167200001–170900000 · gnegchr1q24.3 · 170900001–173000000 · gpos75chr1q25.1 · 173000001–176100000 · gnegchr1q25.2 · 176100001–180300000 · gpos50chr1q25.3 · 180300001–185800000 · gnegchr1q31.1 · 185800001–190800000 · gpos100chr1q31.2 · 190800001–193800000 · gnegchr1q31.3 · 193800001–198700000 · gpos100chr1q32.1 · 198700001–207100000 · gnegchr1q32.2 · 207100001–211300000 · gpos25chr1q32.3 · 211300001–214400000 · gnegchr1q41 · 214400001–223900000 · gpos100chr1q42.11 · 223900001–224400000 · gnegchr1q42.12 · 224400001–226800000 · gpos25chr1q42.13 · 226800001–230500000 · gnegchr1q42.2 · 230500001–234600000 · gpos50chr1q42.3 · 234600001–236400000 · gnegchr1q43 · 236400001–243500000 · gpos75chr1q44 · 243500001–248956422 · gnegTNFRSF8pq1 bp248,956,422 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr1:12,063,079–12,144,221
Gene span
81,143 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000263932 ★12,063,303–12,144,20715
ENST0000108651712,063,079–12,144,22115
ENST0000108651812,063,079–12,144,22114
ENST0000108651912,063,079–12,144,22113
ENST0000108652012,063,079–12,144,22113
ENST0000114453012,063,079–12,144,22115
ENST0000041781412,063,377–12,144,22114
ENST0000041314612,125,899–12,144,2215

顯示 8/8 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

TNF receptor superfamily member 8 是 TNFSF8/CD30L 的受體。來源指出此受體可能參與活化淋巴母細胞的細胞生長與轉化調節;這項描述具有可能性,並未將其表述為在所有細胞或情境中必然發生的作用。

此受體也可透過活化 NF-kappa-B 調節基因表現。來源將此訊號途徑與基因表現調控相連,但沒有進一步列明受影響的基因、下游步驟或其與細胞生長及轉化之間的具體因果關係。因此,可確認的功能重點是受體參與 NF-kappa-B 活化所連結的基因表現調節,以及可能參與活化淋巴母細胞生長與轉化的調控。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 12063303 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>TNFRSF8 ENST00000263932 GRCh38 chr1:12062303-12063403 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
TGCATCCATCCATCCACCCATCCACCCACCCATTTACCCACTCACCTGCTGCTCACCCATCCATCCATCC
ATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCACTTATGCATCCATCCATCCACTTATGCATCCATCCATCCAT
CCATCCATCCATCCATCCATCCATCCACCTATGCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCC
ATCCATCCATCCACTTATGCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCACCTATGCATCCATCCAT
CCATCCATCTATGCATCCATCCATCCACCCATCCACCCACCCATTTACCCACTCACCTGCTGCTCACCCA
TCCATCCATCCATCCATCCATCCACTTATGCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCACTTATGCATC
CATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCACCTATGCATCCATCCATCCATCCATCCA
TCCATCCATCCATCCATCCATCCACTTATGCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATC
CATCCACCTATGCATCCATCCATCCATCCATCCATCCACCAATTTATCATCCACTCACTGATTCATTTTA
CAGCAAATGCTTATGAATGGGGATGGGTGGGTGATGGTTGCTTTTTCTGCAGTCTCCCTAGGCCAGTTGT
CCCTTCCAAAGAATCTCAAGGGCATGGGAGAAGGTCCTGGCTGATCGTGTCAGGGACAGGAAACTACTCA
CATTTCACCGTTTCTTGGGGCAGGAGTGGAGGTGGGGGCATTGGAACCCCCTTGGGGCCTCCTAATATCC
TGTGAGTCCCCACCTCCAGGGCCAGAAGCTGCCTGCCTCCGCTCCCCGCAGCCCAGGTGCGGCGGGCAGC
ACACTCCCTAGAGCCAGGACCACTAGTTCCGTCAAATCCGGGGCGGGCCATTCAAACAGCTAAGGGAGGC
GTCTCCTAGTGTGCCTTTTCCTGAGTCATCTCTGCACGTGTTTGCCCCCTTTTTTCTTCGCTGCTTGTAG
CTAAGTGTTCCTGGAACCAATTTGATACGGGAGAACTAAGGCTGAAACCTC
TNFRSF8 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 3 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
TNFRSF8_1 ↗1:12,063,303正股12,063,254–12,063,313
TNFRSF8_3 ↗1:12,063,598正股12,063,549–12,063,608
TNFRSF8_2 ↗1:12,125,955正股12,125,906–12,125,965

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR1_96R9H · promoter · 12062948–12063387 · regulatory

ENSR1_C37BN · enhancer · 12063388–12064892 · regulatory

ENSR1_54SLHM · CTCF_binding_site · 12063516–12063537 · regulatory

ENSR1_96RBB · enhancer · 12065862–12066174 · regulatory

ENSR1_C37BZ · enhancer · 12067582–12068870 · regulatory

· motif · 12058519–12058531 · motif

· motif · 12058519–12058534 · motif

· motif · 12059155–12059166 · motif

· motif · 12059350–12059359 · motif

· motif · 12059911–12059924 · motif

· motif · 12059911–12059924 · motif

· motif · 12060387–12060400 · motif

· motif · 12060387–12060400 · motif

· motif · 12063014–12063027 · motif

· motif · 12063118–12063131 · motif

· motif · 12063118–12063131 · motif

· motif · 12063194–12063203 · motif

· motif · 12063300–12063314 · motif

· motif · 12063303–12063311 · motif

· motif · 12063315–12063324 · motif

· motif · 12063315–12063324 · motif

· motif · 12063315–12063324 · motif

· motif · 12063315–12063324 · motif

· motif · 12063508–12063525 · motif

· motif · 12063518–12063534 · motif

· motif · 12063521–12063534 · motif

· motif · 12063523–12063539 · motif

· motif · 12063523–12063539 · motif

· motif · 12063552–12063561 · motif

· motif · 12063773–12063786 · motif

· motif · 12063822–12063831 · motif

· motif · 12064072–12064089 · motif

· motif · 12064124–12064131 · motif

· motif · 12064165–12064178 · motif

· motif · 12064245–12064254 · motif

· motif · 12064245–12064254 · motif

· motif · 12064247–12064263 · motif

· motif · 12064247–12064263 · motif

· motif · 12064272–12064284 · motif

· motif · 12064588–12064601 · motif

· motif · 12064714–12064727 · motif

· motif · 12064721–12064734 · motif

· motif · 12064781–12064794 · motif

· motif · 12065331–12065353 · motif

· motif · 12065331–12065353 · motif

· motif · 12066119–12066132 · motif

· motif · 12066129–12066140 · motif

· motif · 12066202–12066215 · motif

· motif · 12066202–12066215 · motif

· motif · 12067998–12068010 · motif

· motif · 12068000–12068007 · motif

· motif · 12068000–12068015 · motif

· motif · 12068041–12068050 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:595 aa

1 aa595 aa功能區域重複區訊號胜肽跨膜區拓樸區域
依 P28908 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

TNF receptor superfamily member 8 長 595 個胺基酸,包含 N 端訊號胜肽、細胞外區、單次螺旋跨膜區與細胞質區。細胞外區具有六段 TNFR-Cys 重複序列;另有數段區域被註記為無序區。蛋白質屬於 TNFR8 family。

訊號胜肽1–18 aa
拓樸區域Extracellular19–385 aa
跨膜區Helical386–406 aa
拓樸區域Cytoplasmic407–595 aa
重複區TNFR-Cys 128–66 aa
重複區TNFR-Cys 268–106 aa
重複區TNFR-Cys 3107–150 aa
重複區TNFR-Cys 4205–241 aa
重複區TNFR-Cys 5243–281 aa
重複區TNFR-Cys 6282–325 aa
功能區域Disordered167–238 aa
功能區域Disordered323–355 aa
功能區域Disordered438–457 aa
功能區域Disordered485–509 aa
功能區域Disordered536–595 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 PDB · 1D01…

PDB · 1D01

X-ray · 2.00 A · G/H/I=576-583

查看原始結構紀錄 ↗

實驗模型;依序列位置著色,可能只覆蓋局部區域。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Cell membrane;Cytoplasm

Isoform 1 位於細胞膜,為單次跨膜的第一型膜蛋白;Isoform 2 則定位於細胞質。 兩種異構型的定位不同,來源未提供其定位轉換條件。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 1 個夥伴 · 最多顯示 50 個
KI-1TNFRSF8TNFSF8
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

TNF receptor superfamily member 8 與 TRAF1、TRAF2、TRAF3 及 TRAF5 有交互作用。來源未進一步說明這些關係是否構成特定複合體,或各自對受體功能的影響。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

4 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 4 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能TNF receptor superfamily member 8 是 TNFSF8/CD30L 的受體,並可能參與活化淋巴母細胞的細胞生長與轉化調節;此外,它可藉由活化 NF-kappa-B 調節基因表現。含實驗來源
證據與來源

Receptor for TNFSF8/CD30L. May play a role in the regulation of cellular growth and transformation of activated lymphoblasts. Regulates gene expression through activation of NF-kappa-B

PMID 8391931 ↗ · PMID 8999898 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

交互作用TNF receptor superfamily member 8 與 TRAF1、TRAF2、TRAF3 及 TRAF5 有交互作用;來源未進一步指定這些互作的條件或功能後果。含實驗來源
證據與來源

Interacts with TRAF1, TRAF2, TRAF3 and TRAF5

PMID 10518213 ↗ · PMID 8627180 ↗ · PMID 8999898 ↗ · PMID 9168896 ↗ · PMID 9511754 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位Isoform 1 定位於細胞膜,並具有單次跨膜的第一型膜蛋白定位特徵。含實驗來源
證據與來源

Isoform 1; Cell membrane / Single-pass type I membrane protein

PMID 8391931 ↗ · PMID 8999898 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位Isoform 2 定位於細胞質;來源未提供其定位條件或與其他異構型之間的變化關係。含實驗來源
證據與來源

Isoform 2; Cytoplasm

PMID 8839832 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 4 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000263932 · 3,760 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1CTGAGTCATCTCTGCACGTGTTTGCCCCCTTTTTTCTTCG40
41CTGCTTGTAGCTAAGTGTTCCTGGAACCAATTTGATACGG80
81GAGAACTAAGGCTGAAACCTCGGAGGAACAACCACTTTTG120
121AAGTGACTTCGCGGCGTGCGTTGGGTGCGGACTAGGTGGC160
161CGCGGCGGGAGTGTGCTGGAGCCTGAAGTCCACGCGCGCG200
201GCTGAGAACCGCCGGGACCGCACGTGGGCGCCGCGCGCTT240
241CCCCCGCTTCCCAGGTGGGCGCCGGCCGCCAGGCCACCTC280
281ACGTCCGGCCCCGGGGATGCGCGTCCTCCTCGCCGCGCTG320
321GGACTGCTGTTCCTGGGGGCGCTACGAGCCTTCCCACAGG360
361ATCGACCCTTCGAGGACACCTGTCATGGAAACCCCAGCCA400
401CTACTATGACAAGGCTGTCAGGAGGTGCTGTTACCGCTGC440
441CCCATGGGGCTGTTCCCGACACAGCAGTGCCCACAGAGGC480
481CTACTGACTGCAGGAAGCAGTGTGAGCCTGACTACTACCT520
521GGATGAGGCCGACCGCTGTACAGCCTGCGTGACTTGTTCT560
561CGAGACGACCTCGTGGAGAAGACGCCGTGTGCATGGAACT600
601CCTCCCGTGTCTGCGAATGTCGACCCGGCATGTTCTGTTC640
641CACGTCTGCCGTCAACTCCTGTGCCCGCTGCTTCTTCCAT680
681TCTGTCTGTCCGGCAGGGATGATTGTCAAGTTCCCAGGCA720
721CGGCGCAGAAGAACACGGTCTGTGAGCCGGCTTCCCCAGG760
761GGTCAGCCCTGCCTGTGCCAGCCCAGAGAACTGCAAGGAA800
801CCCTCCAGTGGCACCATCCCCCAGGCCAAGCCCACCCCGG840
841TGTCCCCAGCAACCTCCAGTGCCAGCACCATGCCTGTAAG880
881AGGGGGCACCCGCCTCGCCCAGGAAGCTGCTTCTAAACTG920
921ACGAGGGCTCCCGACTCTCCCTCCTCTGTGGGAAGGCCTA960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。