演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

TNFRSF6BDcR3

TNF receptor superfamily member 6b

TNFRSF6B 編碼 TNF receptor superfamily member 6b,是可溶性的誘餌受體,可中和多種 TNF 家族配體。

Homo sapiens20q13.33UniProt O95407
OFFICIAL SYMBOL
TNFRSF6B
CHROMOSOME
20
UNIPROT
O95407
PDB / ALPHAFOLD
3K51
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

TNFRSF6B 是蛋白質編碼基因,其產物 TNF receptor superfamily member 6b 屬於 TNF receptor superfamily。來源描述此蛋白質為可溶性誘餌受體,能結合 TNF 家族配體;其蛋白質序列包含四個 TNFR-Cys 重複區。這些特徵構成此受體的基本性質;其配體作用及相關功能見下方說明。

Official symbol
TNFRSF6B
Gene name
TNF receptor superfamily member 6b
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:11921
UniProt
O95407
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
DcR3DCR3TR6M68

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 2020q13.33
chr20 · 64,444,167 bp · GRCh38chr20p13 · 1–5100000 · gnegchr20p12.3 · 5100001–9200000 · gpos75chr20p12.2 · 9200001–12000000 · gnegchr20p12.1 · 12000001–17900000 · gpos75chr20p11.23 · 17900001–21300000 · gnegchr20p11.22 · 21300001–22300000 · gpos25chr20p11.21 · 22300001–25700000 · gnegchr20p11.1 · 25700001–28100000 · acenchr20q11.1 · 28100001–30400000 · acenchr20q11.21 · 30400001–33500000 · gnegchr20q11.22 · 33500001–35800000 · gpos25chr20q11.23 · 35800001–39000000 · gnegchr20q12 · 39000001–43100000 · gpos75chr20q13.11 · 43100001–43500000 · gnegchr20q13.12 · 43500001–47800000 · gpos25chr20q13.13 · 47800001–51200000 · gnegchr20q13.2 · 51200001–56400000 · gpos75chr20q13.31 · 56400001–57800000 · gnegchr20q13.32 · 57800001–59700000 · gpos50chr20q13.33 · 59700001–64444167 · gnegTNFRSF6Bpq1 bp64,444,167 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr20:63,696,368–63,698,689
Gene span
2,322 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000369996 ★63,696,652–63,698,6843
ENST0000087850263,696,368–63,698,6894
ENST0000087850363,696,386–63,698,6894
ENST0000087850563,696,386–63,698,6892
ENST0000096457363,696,386–63,698,6893
ENST0000098472763,696,386–63,698,6893
ENST0000111910163,696,386–63,698,6553
ENST0000113192463,696,386–63,698,6893
ENST0000087850463,696,616–63,698,6893

顯示 9/9 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

TNFRSF6B 的產物 TNF receptor superfamily member 6b 是可溶性誘餌受體。它會結合並中和 TNF 家族配體 TNFSF14/LIGHT、TNFSF15 與 FASLG,使這些配體無法與各自相應的受體互動。

藉由阻止配體接觸其相應受體,TNFRSF6B 可抑制細胞凋亡及其他免疫訊號路徑。來源支持的功能重點,是受體透過攔截配體調節相關訊號,而非啟動這些配體所對應的受體作用。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 63696652 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>TNFRSF6B ENST00000369996 GRCh38 chr20:63695652-63696752 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
TTGGTGCCTGGCCACTACAGTTCCTGCTGGGTGTAGCCCCAGGTGATGGGCTGAGGGGGAAAGGGCAGGC
CCTTGTCCTGGTGGCAACGCCTGGCAGACGTGTGCAGTGGGCCGGTTGTCTCACAGGCCTCTAGGATGTG
CCCAGCCTGCCACACCGCCTCCAGGAAGCAGAGCGTCATGCAGGTCTTCTGGCCAGAGCCCCAGTGAGTG
CCCACGGAGGCCCCCAGCACACCCAACGTGGCTTGATCACCTGCCTGTCCAGCTCTGGTGGGCCAAGAAC
CCACCCAACAGAATAGGCCAGCCCATGCCAGCCGGCTTGGCCCGCTGCAGGCCTCAGGCAGGCGGGGCCC
ATGGTTGGTCCCTGCGGTGGGACCGGATCTGGGCCTGCCTCTGAGAAGCCCTGAGCTACCTTGGGGTCTG
GGGTGGGTTTCTGGGAAAGTGCTTCCCCAGAACTTCCCTGGCTCCTGGCCTGTGAGTGGTGCCACAGGGG
CACCCCAGCTGAGCCCCTCACCGGGAAGGAGGAGACCCCCGTGGGCACGTGTCCACTTTTAATCAGGGGA
CAGGGCTCTCTAATAAAGCTGCTGGCAGTGCCCAGGACGGTGTCTTCGTGGCCTGGGCTTGGTGGTGGGA
GTTGAGGGACAGGGAGTTGGCAGAGGCCCCTCCCAGCCTGCCATGTGACACTGTACTTCCTCCACGGTGG
GCTCAGCCCTGCCCTCATCCTCACAGCCGCAGCCAAGCTGCAGTTGGTAGGGGATCCACCGACACACCAG
GCTGCCTGGGCTGGTCTCTGGGTTGGGAGCTGCCCCAGGTGCTGAGGAGGGCAGCTCCCTGGCTGGTGAG
GCCCCTCCCAGAACCACCCTTGGACTGAGCTCTGGGGAGGGATGGTACCAGGTGGGTGAGGGGGGCTGCC
TGGGGAGGGAGGGGTTCCTATGGGGCGTGGCGAGGCTGGCCCAGCCCTCTCCCCGCCCATATATGTAGGG
CAGCAGCAGGATGGGCTTCTGGACTTGGGCGGCCCCTCCGCAGGCGGACCGGGGGCAAAGGAGGTGGCAT
GTCGGTCAGGCACAGCAGGGTCCTGTGTCCGCGCTGAGCCGCGCTCTCCCT
TNFRSF6B 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
TNFRSF6B_1 ↗20:63,696,652正股63,696,603–63,696,662
TNFRSF6B_2 ↗20:63,698,472正股63,698,423–63,698,482

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR20_9X9LN · promoter · 63696162–63696662 · regulatory

· motif · 63692294–63692305 · motif

· motif · 63692294–63692305 · motif

· motif · 63692380–63692391 · motif

· motif · 63692424–63692435 · motif

· motif · 63693988–63693999 · motif

· motif · 63693988–63693999 · motif

· motif · 63696023–63696032 · motif

· motif · 63697231–63697240 · motif

· motif · 63697233–63697242 · motif

· motif · 63697650–63697662 · motif

· motif · 63697652–63697659 · motif

· motif · 63697652–63697665 · motif

· motif · 63697932–63697939 · motif

· motif · 63698837–63698850 · motif

· motif · 63699273–63699281 · motif

· motif · 63699311–63699319 · motif

· motif · 63699815–63699828 · motif

· motif · 63699815–63699828 · motif

· motif · 63699978–63699987 · motif

· motif · 63699978–63699989 · motif

· motif · 63699978–63699989 · motif

· motif · 63699983–63699995 · motif

· motif · 63699985–63699992 · motif

· motif · 63699985–63700000 · motif

· motif · 63699991–63700003 · motif

· motif · 63699993–63700000 · motif

· motif · 63699993–63700008 · motif

· motif · 63699999–63700011 · motif

· motif · 63700001–63700008 · motif

· motif · 63700001–63700014 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:300 aa

1 aa300 aa重複區訊號胜肽
依 O95407 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

TNF receptor superfamily member 6b 長 300 個胺基酸。序列第 1–29 位為訊號胜肽,其後有四個 TNFR-Cys 重複區,分別位於第 31–70、72–113、115–150 與 152–193 位。

訊號胜肽1–29 aa
重複區TNFR-Cys 131–70 aa
重複區TNFR-Cys 272–113 aa
重複區TNFR-Cys 3115–150 aa
重複區TNFR-Cys 4152–193 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 PDB · 3K51…

PDB · 3K51

X-ray · 2.45 A · B=30-195

查看原始結構紀錄 ↗

實驗模型;依序列位置著色,可能只覆蓋局部區域。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。細胞外定位以細胞周圍、與細胞膜保持距離的圓點表示。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Secreted

TNF receptor superfamily member 6b 定位於細胞外,來源將其描述為分泌型蛋白質。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 3 個夥伴 · 最多顯示 50 個
DcR3TNFRSF6BKRTAP10-9TNFSF14TNFSF15
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

TNFRSF6B 可呈單體形式;另有資料指出,它與 TNFSF14 以 3:3 化學計量比結合。來源未提供此處所述互動之外的複合體資訊。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

3 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 3 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能TNFRSF6B 產物是可溶性誘餌受體,會結合並中和 TNF 家族配體 TNFSF14/LIGHT、TNFSF15 與 FASLG,使其無法與各自相應的受體互動,進而阻斷細胞凋亡及其他免疫訊號路徑。含實驗來源
證據與來源

Soluble decoy receptor that binds and neutralizes the TNF-family ligands TNFSF14/LIGHT, TNFSF15, and FASLG, preventing them from interacting with their cognate receptors and thereby blocking apoptosis and other immune-signaling pathway

PMID 10318773 ↗ · PMID 11390428 ↗ · PMID 21300286 ↗ · PMID 25087510 ↗ · PMID 27806260 ↗ · PMID 9872321 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

交互作用TNFRSF6B 可呈單體形式;此外,TNFRSF6B 與 TNFSF14 的結合化學計量比為 3:3。含實驗來源
證據與來源

Monomer. TNFRSF6B binds to TNFSF14 with 3:3 stoichiometry

PMID 21300286 ↗ · PMID 25087510 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位Secreted含實驗來源
證據與來源

Secreted

PMID 10318773 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 3 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000369996 · 1,140 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1GGACTTGGGCGGCCCCTCCGCAGGCGGACCGGGGGCAAAG40
41GAGGTGGCATGTCGGTCAGGCACAGCAGGGTCCTGTGTCC80
81GCGCTGAGCCGCGCTCTCCCTGCTCCAGCAAGGACCATGA120
121GGGCGCTGGAGGGGCCAGGCCTGTCGCTGCTGTGCCTGGT160
161GTTGGCGCTGCCTGCCCTGCTGCCGGTGCCGGCTGTACGC200
201GGAGTGGCAGAAACACCCACCTACCCCTGGCGGGACGCAG240
241AGACAGGGGAGCGGCTGGTGTGCGCCCAGTGCCCCCCAGG280
281CACCTTTGTGCAGCGGCCGTGCCGCCGAGACAGCCCCACG320
321ACGTGTGGCCCGTGTCCACCGCGCCACTACACGCAGTTCT360
361GGAACTACCTAGAGCGCTGCCGCTACTGCAACGTCCTCTG400
401CGGGGAGCGTGAGGAGGAGGCACGGGCTTGCCACGCCACC440
441CACAACCGTGCCTGCCGCTGCCGCACCGGCTTCTTCGCGC480
481ACGCTGGTTTCTGCTTGGAGCACGCATCGTGTCCACCTGG520
521TGCCGGCGTGATTGCCCCGGGCACCCCCAGCCAGAACACG560
561CAGTGCCAGCCGTGCCCCCCAGGCACCTTCTCAGCCAGCA600
601GCTCCAGCTCAGAGCAGTGCCAGCCCCACCGCAACTGCAC640
641GGCCCTGGGCCTGGCCCTCAATGTGCCAGGCTCTTCCTCC680
681CATGACACCCTGTGCACCAGCTGCACTGGCTTCCCCCTCA720
721GCACCAGGGTACCAGGAGCTGAGGAGTGTGAGCGTGCCGT760
761CATCGACTTTGTGGCTTTCCAGGACATCTCCATCAAGAGG800
801CTGCAGCGGCTGCTGCAGGCCCTCGAGGCCCCGGAGGGCT840
841GGGGTCCGACACCAAGGGCGGGCCGCGCGGCCTTGCAGCT880
881GAAGCTGCGTCGGCGGCTCACGGAGCTCCTGGGGGCGCAG920
921GACGGGGCGCTGCTGGTGCGGCTGCTGCAGGCGCTGCGCG960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。