基因總覽
TNFRSF6B 是蛋白質編碼基因,其產物 TNF receptor superfamily member 6b 屬於 TNF receptor superfamily。來源描述此蛋白質為可溶性誘餌受體,能結合 TNF 家族配體;其蛋白質序列包含四個 TNFR-Cys 重複區。這些特徵構成此受體的基本性質;其配體作用及相關功能見下方說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000369996 ★ | 63,696,652–63,698,684 | 3 |
| ENST00000878502 | 63,696,368–63,698,689 | 4 |
| ENST00000878503 | 63,696,386–63,698,689 | 4 |
| ENST00000878505 | 63,696,386–63,698,689 | 2 |
| ENST00000964573 | 63,696,386–63,698,689 | 3 |
| ENST00000984727 | 63,696,386–63,698,689 | 3 |
| ENST00001119101 | 63,696,386–63,698,655 | 3 |
| ENST00001131924 | 63,696,386–63,698,689 | 3 |
| ENST00000878504 | 63,696,616–63,698,689 | 3 |
顯示 9/9 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TNFRSF6B 的產物 TNF receptor superfamily member 6b 是可溶性誘餌受體。它會結合並中和 TNF 家族配體 TNFSF14/LIGHT、TNFSF15 與 FASLG,使這些配體無法與各自相應的受體互動。
藉由阻止配體接觸其相應受體,TNFRSF6B 可抑制細胞凋亡及其他免疫訊號路徑。來源支持的功能重點,是受體透過攔截配體調節相關訊號,而非啟動這些配體所對應的受體作用。
Promoter 與基因調控
>TNFRSF6B ENST00000369996 GRCh38 chr20:63695652-63696752 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TTGGTGCCTGGCCACTACAGTTCCTGCTGGGTGTAGCCCCAGGTGATGGGCTGAGGGGGAAAGGGCAGGC CCTTGTCCTGGTGGCAACGCCTGGCAGACGTGTGCAGTGGGCCGGTTGTCTCACAGGCCTCTAGGATGTG CCCAGCCTGCCACACCGCCTCCAGGAAGCAGAGCGTCATGCAGGTCTTCTGGCCAGAGCCCCAGTGAGTG CCCACGGAGGCCCCCAGCACACCCAACGTGGCTTGATCACCTGCCTGTCCAGCTCTGGTGGGCCAAGAAC CCACCCAACAGAATAGGCCAGCCCATGCCAGCCGGCTTGGCCCGCTGCAGGCCTCAGGCAGGCGGGGCCC ATGGTTGGTCCCTGCGGTGGGACCGGATCTGGGCCTGCCTCTGAGAAGCCCTGAGCTACCTTGGGGTCTG GGGTGGGTTTCTGGGAAAGTGCTTCCCCAGAACTTCCCTGGCTCCTGGCCTGTGAGTGGTGCCACAGGGG CACCCCAGCTGAGCCCCTCACCGGGAAGGAGGAGACCCCCGTGGGCACGTGTCCACTTTTAATCAGGGGA CAGGGCTCTCTAATAAAGCTGCTGGCAGTGCCCAGGACGGTGTCTTCGTGGCCTGGGCTTGGTGGTGGGA GTTGAGGGACAGGGAGTTGGCAGAGGCCCCTCCCAGCCTGCCATGTGACACTGTACTTCCTCCACGGTGG GCTCAGCCCTGCCCTCATCCTCACAGCCGCAGCCAAGCTGCAGTTGGTAGGGGATCCACCGACACACCAG GCTGCCTGGGCTGGTCTCTGGGTTGGGAGCTGCCCCAGGTGCTGAGGAGGGCAGCTCCCTGGCTGGTGAG GCCCCTCCCAGAACCACCCTTGGACTGAGCTCTGGGGAGGGATGGTACCAGGTGGGTGAGGGGGGCTGCC TGGGGAGGGAGGGGTTCCTATGGGGCGTGGCGAGGCTGGCCCAGCCCTCTCCCCGCCCATATATGTAGGG CAGCAGCAGGATGGGCTTCTGGACTTGGGCGGCCCCTCCGCAGGCGGACCGGGGGCAAAGGAGGTGGCAT GTCGGTCAGGCACAGCAGGGTCCTGTGTCCGCGCTGAGCCGCGCTCTCCCT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TNFRSF6B_1 ↗ | 20:63,696,652 | 正股 | 63,696,603–63,696,662 |
| TNFRSF6B_2 ↗ | 20:63,698,472 | 正股 | 63,698,423–63,698,482 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR20_9X9LN · promoter · 63696162–63696662 · regulatory
· motif · 63692294–63692305 · motif
· motif · 63692294–63692305 · motif
· motif · 63692380–63692391 · motif
· motif · 63692424–63692435 · motif
· motif · 63693988–63693999 · motif
· motif · 63693988–63693999 · motif
· motif · 63696023–63696032 · motif
· motif · 63697231–63697240 · motif
· motif · 63697233–63697242 · motif
· motif · 63697650–63697662 · motif
· motif · 63697652–63697659 · motif
· motif · 63697652–63697665 · motif
· motif · 63697932–63697939 · motif
· motif · 63698837–63698850 · motif
· motif · 63699273–63699281 · motif
· motif · 63699311–63699319 · motif
· motif · 63699815–63699828 · motif
· motif · 63699815–63699828 · motif
· motif · 63699978–63699987 · motif
· motif · 63699978–63699989 · motif
· motif · 63699978–63699989 · motif
· motif · 63699983–63699995 · motif
· motif · 63699985–63699992 · motif
· motif · 63699985–63700000 · motif
· motif · 63699991–63700003 · motif
· motif · 63699993–63700000 · motif
· motif · 63699993–63700008 · motif
· motif · 63699999–63700011 · motif
· motif · 63700001–63700008 · motif
· motif · 63700001–63700014 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:300 aa
TNF receptor superfamily member 6b 長 300 個胺基酸。序列第 1–29 位為訊號胜肽,其後有四個 TNFR-Cys 重複區,分別位於第 31–70、72–113、115–150 與 152–193 位。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TNF receptor superfamily member 6b 定位於細胞外,來源將其描述為分泌型蛋白質。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
- KRTAP10-9P60411 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TNFSF14O43557 · UniProt INTERACTION · 2 experiments · 2 筆來源紀錄
- TNFSF15O95150-1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
TNFRSF6B 可呈單體形式;另有資料指出,它與 TNFSF14 以 3:3 化學計量比結合。來源未提供此處所述互動之外的複合體資訊。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TNFRSF6B 產物是可溶性誘餌受體,會結合並中和 TNF 家族配體 TNFSF14/LIGHT、TNFSF15 與 FASLG,使其無法與各自相應的受體互動,進而阻斷細胞凋亡及其他免疫訊號路徑。 | 含實驗來源 | 證據與來源Soluble decoy receptor that binds and neutralizes the TNF-family ligands TNFSF14/LIGHT, TNFSF15, and FASLG, preventing them from interacting with their cognate receptors and thereby blocking apoptosis and other immune-signaling pathway PMID 10318773 ↗ · PMID 11390428 ↗ · PMID 21300286 ↗ · PMID 25087510 ↗ · PMID 27806260 ↗ · PMID 9872321 ↗ |
| 交互作用 | TNFRSF6B 可呈單體形式;此外,TNFRSF6B 與 TNFSF14 的結合化學計量比為 3:3。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | Secreted | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
GGACTTGGGCGGCCCCTCCGCAGGCGGACCGGGGGCAAAG40GAGGTGGCATGTCGGTCAGGCACAGCAGGGTCCTGTGTCC80GCGCTGAGCCGCGCTCTCCCTGCTCCAGCAAGGACCATGA120GGGCGCTGGAGGGGCCAGGCCTGTCGCTGCTGTGCCTGGT160GTTGGCGCTGCCTGCCCTGCTGCCGGTGCCGGCTGTACGC200GGAGTGGCAGAAACACCCACCTACCCCTGGCGGGACGCAG240AGACAGGGGAGCGGCTGGTGTGCGCCCAGTGCCCCCCAGG280CACCTTTGTGCAGCGGCCGTGCCGCCGAGACAGCCCCACG320ACGTGTGGCCCGTGTCCACCGCGCCACTACACGCAGTTCT360GGAACTACCTAGAGCGCTGCCGCTACTGCAACGTCCTCTG400CGGGGAGCGTGAGGAGGAGGCACGGGCTTGCCACGCCACC440CACAACCGTGCCTGCCGCTGCCGCACCGGCTTCTTCGCGC480ACGCTGGTTTCTGCTTGGAGCACGCATCGTGTCCACCTGG520TGCCGGCGTGATTGCCCCGGGCACCCCCAGCCAGAACACG560CAGTGCCAGCCGTGCCCCCCAGGCACCTTCTCAGCCAGCA600GCTCCAGCTCAGAGCAGTGCCAGCCCCACCGCAACTGCAC640GGCCCTGGGCCTGGCCCTCAATGTGCCAGGCTCTTCCTCC680CATGACACCCTGTGCACCAGCTGCACTGGCTTCCCCCTCA720GCACCAGGGTACCAGGAGCTGAGGAGTGTGAGCGTGCCGT760CATCGACTTTGTGGCTTTCCAGGACATCTCCATCAAGAGG800CTGCAGCGGCTGCTGCAGGCCCTCGAGGCCCCGGAGGGCT840GGGGTCCGACACCAAGGGCGGGCCGCGCGGCCTTGCAGCT880GAAGCTGCGTCGGCGGCTCACGGAGCTCCTGGGGGCGCAG920GACGGGGCGCTGCTGGTGCGGCTGCTGCAGGCGCTGCGCG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。