基因總覽
TNFRSF1A 是蛋白質編碼基因，產物 TNF receptor superfamily member 1A 屬於腫瘤壞死因子受體超家族。此受體可辨識 TNF/TNFSF2 與 LTA/TNFSF1，並參與 TNF 訊號傳遞。蛋白質具有細胞外區、單次跨膜區與細胞質區；細胞外區含有四段 TNFR-Cys 重複序列，細胞質區則包含 Death domain。這些區域構成其受體架構，並為配體辨識及細胞內訊號傳遞提供不同部分。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000162749 ★ | 6,328,771–6,342,076 | 10 |
| ENST00000440083 | 6,328,766–6,342,099 | 9 |
| ENST00000540022 | 6,328,766–6,342,099 | 9 |
| ENST00000898686 | 6,328,766–6,342,099 | 8 |
| ENST00000898687 | 6,328,766–6,342,099 | 10 |
| ENST00000898688 | 6,328,766–6,342,099 | 10 |
| ENST00000898689 | 6,328,766–6,342,099 | 8 |
| ENST00000947891 | 6,328,766–6,342,099 | 8 |
| ENST00000947892 | 6,328,766–6,342,099 | 9 |
| ENST00000947893 | 6,328,766–6,342,099 | 8 |
| ENST00001033634 | 6,328,766–6,342,099 | 9 |
| ENST00001142879 | 6,328,766–6,342,099 | 10 |
顯示 12/16 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TNFRSF1A 的產物是 TNF/TNFSF2 與 LTA/TNFSF1 的受體。當這些配體與受體結合，會啟動腫瘤壞死因子（TNF）訊號路徑，並促使 TNF-R1 signaling complex（亦稱 TNF-RSC）形成。此多蛋白質複合體可作為訊號分流的節點，啟動促進細胞存活的反應，或引發程序性細胞死亡。
TNF 訊號路徑可透過典型 NF-kappa-B 路徑促進細胞存活與發炎；在其他情況下，則可觸發細胞凋亡或程序性壞死。來源描述這些結果為不同的訊號輸出，並未將其限定為單一固定方向。受體因此參與免疫系統調節，其活化後的結果包括存活與發炎反應，也包括細胞死亡。
配體結合會促進 TNFRSF1A 聚集，並帶動 TNF-R1 signaling complex 的形成。複合體所引發的訊號可連結至 NF-kappa-B 活化、細胞凋亡或程序性壞死；不同路徑的啟動取決於相關情境。這使 TNFRSF1A 所參與的訊號能在細胞存活與死亡等不同反應間形成分流，而不是只導向單一結果。
Promoter 與基因調控
>TNFRSF1A ENST00000162749 GRCh38 chr12:6341976-6343076 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CGGACCCTCAAAACAAAAACAAAAATGAAAAACAAGCAAACGAAGAAATAAAAAAACCTAGGGGGTTGTA GTCGATGATCTGTAAGGTGAGTTATAATTGATGTATTGGAATATTTAGGAAAAGGGCACTGGGAATATGC TAGGAACACCTGATGGAGGTATCTTTATTTCCACGGCAGCTTCGTGGATACGTCTCATTGATTCTCATGG CATCACTTTCCCCATGTAGGTGGGCAGACATTGTTACCCCTGTTTAATAAACAAGGAACCAACAGAGGCT TAGGAGAGGAGTTGCCTGATGTCGCATGATTGGTGGCAGAGCCAGGATCAACAGTGGGGCAGGGTGGGGG GACCTGGCCAGGCAGAGACTGGATGAGACCTGGGGTGAGGAATGGCAGGCACCCAGTCAGGGCAGAAAAC GAGGGTTGGGACTTACTTTGAGTTTTGGATTGGATCAGTAAATTCCCAAGAAAGAGGGAGACTAGGAGGC TAGTGAAGAACTCTGGAGTAAAGGGGAGGATTACTAAGGGACATGGAGTACCTATCATGTGTCGGACGCT TATCTATATCTCTCCCATCTGAACAAATCCTTACAGGAACCCCAGGAGACAGGTTATCTCCACTCTGCAA ATTGGAAAACAGATCCAGACAGTTTCAGTTATGTGTCTGAGAAGTTCATTTATGTGTCCAAGACACATTC TTAGCTAAAAAGCTAAGCATTCTGAATTGGAACCCAGAGAATTTGACTCCCAGACTCTGGATCTTTTCAC TGCTGTGATCCATCTGGGAAAGGCTAGTGATGTGGGCAAGGGGCTTATTGCCCCTTGGTGTTTGGTTGGG AGTGGTCGGATTGGTGGGTTGGGGGCACAAGGCAGCCAGATCTGGGACTCCTGTGCTTGTGACTGGACTA CAAAGAGTTAAAGAACGTTGGGCCTCCTCCTCCCGCCTCCTGTGGCCTCCTCCTCCAGCTCTTCCTGTCC CGCTGTTGCAACACTGCCTCACTCTTCCCCTCCCACCTTCTCTCCCCTCCTCTCTGCTTTAATTTTCTCA GAATTCTCTGGACTGAGGCTCCAGTTCTGGCCTTTGGGGTTCAAGATCACT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TNFRSF1A_1 ↗ | 12:6,342,076 | 負股 | 6,342,066–6,342,125 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR12_B38ZK · promoter · 6342017–6342575 · regulatory
ENSR12_B38ZR · enhancer · 6343468–6344014 · regulatory
ENSR12_CM23 · enhancer · 6345208–6346554 · regulatory
ENSR12_53HB7N · CTCF_binding_site · 6346436–6346459 · regulatory
· motif · 6337219–6337228 · motif
· motif · 6337384–6337396 · motif
· motif · 6337391–6337400 · motif
· motif · 6337441–6337449 · motif
· motif · 6337448–6337455 · motif
· motif · 6340918–6340931 · motif
· motif · 6341441–6341452 · motif
· motif · 6341721–6341732 · motif
· motif · 6341723–6341732 · motif
· motif · 6341957–6341970 · motif
· motif · 6343648–6343662 · motif
· motif · 6343648–6343662 · motif
· motif · 6345466–6345478 · motif
· motif · 6345734–6345740 · motif
· motif · 6346153–6346168 · motif
· motif · 6346338–6346353 · motif
· motif · 6346338–6346353 · motif
· motif · 6346438–6346454 · motif
· motif · 6346440–6346456 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：455 aa
TNF receptor superfamily member 1A 長 455 個胺基酸。其訊號胜肽位於第 1–29 位，細胞外區為第 30–211 位，跨膜螺旋為第 212–232 位，細胞質區為第 233–455 位。細胞外區含四段 TNFR-Cys 重複序列；細胞質區第 356–441 位具有 Death domain，另標註第 338–348 位為 N-SMase activation domain（NSD）。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TNFRSF1A 為單次穿膜的第一型膜蛋白，定位於細胞膜及 Golgi apparatus 膜。 Isoform 4 缺少 Golgi-retention motif，且不與膜結合，因此會被分泌；此定位差異不應套用至其他異構型。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
細胞外定位：圓點散佈於細胞周圍，與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 5 個夥伴
- GRNP28799 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- RFKQ969G6 · UniProt INTERACTION · 4 experiments · 2 筆來源紀錄
- RIPK1Q13546 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
- TNFP01375 · UniProt INTERACTION · 32 experiments
- TRADDQ15628 · UniProt INTERACTION · 14 experiments
TNFRSF1A 可形成同源三聚體；TNF/TNFSF2 或 LTA/TNFSF1 結合後，受體聚集並形成三聚體四聚體複合結構及 Death domain 五聚體，進而招募 TRADD 與 RIPK1。TRAFs、FADD 等蛋白質之後參與形成 TNF-R1 signaling complex。受體另與 BAG4、BABAM2、FEM1B、GRB2、SQSTM1、TRPC4AP、NOL3、SH3RF2、PGLYRP1 和 MADD 有互作紀錄；其中 SH3RF2 促進 TNF 依賴的 RIPK1 與 TRADD 招募，PGLYRP1 的互作與細胞死亡誘導有關。感染情境下，亦記載其與 mumps virus protein SH、HCV core protein、human cytomegalovirus/HHV-5 protein UL138 及 S. aureus protein A 互作；protein A 會刺激受體表面表現與脫落。
疾病與遺傳關聯
TNFRSF1A 變異可造成常染色體顯性家族性週期性發燒，特徵包括反覆發燒、腹痛、局部觸痛性皮膚病灶及肌痛；反應性類澱粉沉積症是主要併發症，約見於 25% 病例。多發性硬化症 5 的易感性則與影響 TNFRSF1A 的變異相關，不能據此視為單一基因所致。來源記載，一種影響選擇性剪接並造成 exon 6 跳讀的內含子突變，會增加 Isoform 4 表現；該轉錄本編碼 C 端截短且可分泌的蛋白質，可能具有 TNF 拮抗作用。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 10 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TNFRSF1A 是 TNF/TNFSF2 與 LTA/TNFSF1 的受體；配體結合會啟動 TNF 訊號路徑並促成 TNF-R1 signaling complex（TNF-RSC）形成。此路徑可經典型 NF-kappa-B 路徑促進細胞存活與發炎，也可引發細胞凋亡或程序性壞死；複合體參與存活或程序性細胞死亡的訊號分流。 | 含實驗來源 | 證據與來源Receptor for TNF/TNFSF2 and LTA/TNFSF1, which activates the tumor necrosis factor-mediated (TNF) signaling pathway upon ligand-binding. The TNF signaling pathway acts as a master regulator of the immune system, which either (1) promotes cell survival and inflammation by activating the canonical NF-kappa-B pathway or (2) trigger programmed cell death (apoptosis and necroptosis). TNF/TNFSF2 and LTA/TNFSF1-binding induces formation of the complex I (TNF-R1 signaling complex also known as TNF-RSC), a multiprotein complex that acts as a decision maker to initiate pro-survival or programmed cell death PMID 11592999 ↗ · PMID 12887920 ↗ · PMID 2158104 ↗ · PMID 31937565 ↗ · PMID 33495441 ↗ · PMID 33495445 ↗ · PMID 41922760 ↗ · PMID 8387891 ↗ · PMID 9435233 ↗ |
| 交互作用 | TNFRSF1A 可形成同源三聚體；配體結合使受體聚集，形成三聚體四聚體複合結構及 Death domain 五聚體，並招募 TRADD、RIPK1，接著與 TRAFs、FADD 等形成複合體，依情境啟動 NF-kappa-B、細胞凋亡或程序性壞死。另有多種直接互作；NOL3 抑制 TNF 訊號（依相似性推定），SH3RF2 促進 TNF 依賴的 RIPK1 與 TRADD 招募，PGLYRP1 互作與細胞死亡誘導有關。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homotrimer; binding of TNF/TNFSF2 or LTA/TNFSF1 to the extracellular domain leads to clustering to form tetramer-of-trimeric complexes and formation of death domain pentamers, which seed the recruitment of TRADD-death domain and RIPK1-death domain. TRADD- and RIPK1-interacting proteins, such as TRAFs and FADD, are then recruited to form the complex I (TNF-R1 signaling complex also known as TNF-RSC), which activates at least three distinct signaling cascades, NF-kappa-B, apoptosis and necroptosis, depending on the context. Interacts (via death domain) with TRADD (via death domain). Interacts (via death domain) with RIPK1 (via death domain). Interacts with BAG4, BABAM2, FEM1B, GRB2, SQSTM1 and TRPC4AP. Interacts directly with NOL3 (via CARD domain); inhibits TNF-signaling pathway (By similarity). Interacts with SH3RF2; facilitating the recruitment of RIPK1 and TRADD to TNFRSF1A in a TNF-dependent process. Interacts with PGLYRP1; this interaction is important for cell death induction. Interacts (via death domain) with MADD (via death domain) PMID 10356400 ↗ · PMID 10359574 ↗ · PMID 10542291 ↗ · PMID 12887920 ↗ · PMID 15465831 ↗ · PMID 24130170 ↗ · PMID 26183779 ↗ · PMID 31937565 ↗ · PMID 41922760 ↗ · PMID 7758105 ↗ · PMID 7768931 ↗ · PMID 9115275 ↗ · PMID 9915703 ↗ |
| 交互作用 | 在微生物感染情境下，TNFRSF1A 與 mumps virus protein SH 互作；此互作會抑制下游 NF-kappa-B 路徑活化。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Interacts with mumps virus protein SH; this interaction inhibits downstream NF-kappa-B pathway activation PMID 28659487 ↗ |
| 交互作用 | 在微生物感染情境下，TNFRSF1A 與 HCV core protein 互作；此筆描述未提供互作造成的功能結果。 | 含實驗來源 | |
| 交互作用 | 在微生物感染情境下，TNFRSF1A 與 human cytomegalovirus/HHV-5 protein UL138 互作；此筆描述未提供互作造成的功能結果。 | 含實驗來源 | |
| 交互作用 | 在微生物感染情境下，TNFRSF1A 與 S. aureus protein A 互作；此互作會刺激 TNFRSF1A 的細胞表面表現及脫落。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Interacts with S.aureus protein A; this interaction leads to the stimulation of both surface expression and shedding of TNFRSF1A PMID 15247912 ↗ · PMID 16709567 ↗ |
| 細胞定位 | TNFRSF1A 是單次穿膜的第一型膜蛋白，定位於細胞膜及 Golgi apparatus 膜。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cell membrane / Single-pass type I membrane protein; Golgi apparatus membrane / Single-pass type I membrane protein PMID 22801493 ↗ · PMID 31937565 ↗ |
| 細胞定位 | Isoform 4 缺少 Golgi-retention motif，且不與膜結合，因此會被分泌。 | 含實驗來源 | 證據與來源Isoform 4; Secreted; Lacks a Golgi-retention motif, is not membrane bound and therefore is secreted PMID 22801493 ↗ |
| 疾病關聯 | TNFRSF1A 相關變異可造成常染色體顯性家族性週期性發燒，患者會反覆發燒，並可能有腹痛、局部觸痛性皮膚病灶及肌痛。反應性類澱粉沉積症是主要併發症，發生於 25% 病例。 | 含實驗來源 | 證據與來源Periodic fever, familial, autosomal dominant FPF A hereditary periodic fever syndrome characterized by recurrent fever, abdominal pain, localized tender skin lesions and myalgia. Reactive amyloidosis is the main complication and occurs in 25% of cases. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 142680 PMID 10199409 ↗ · PMID 10902757 ↗ · PMID 11443543 ↗ · PMID 13130484 ↗ · PMID 14610673 ↗ |
| 疾病關聯 | 多發性硬化症 5 是多因素影響的中樞神經系統發炎性脫髓鞘疾病；其易感性與 TNFRSF1A 變異相關。一種影響選擇性剪接並造成 exon 6 跳讀的內含子突變，會增加 Isoform 4 表現；此轉錄本編碼 C 端截短且可分泌的蛋白質，可能具有 TNF 拮抗作用。 | 含實驗來源 | 證據與來源Multiple sclerosis 5 MS5 A multifactorial, inflammatory, demyelinating disease of the central nervous system. Sclerotic lesions are characterized by perivascular infiltration of monocytes and lymphocytes and appear as indurated areas in pathologic specimens (sclerosis in plaques). The pathological mechanism is regarded as an autoimmune attack of the myelin sheath, mediated by both cellular and humoral immunity. Clinical manifestations include visual loss, extra-ocular movement disorders, paresthesias, loss of sensation, weakness, dysarthria, spasticity, ataxia and bladder dysfunction. Genetic and environmental factors influence susceptibility to the disease. Disease susceptibility is associated with variants affecting the gene represented in this entry. An intronic mutation affecting alternative splicing and skipping of exon 6 directs increased expression of isoform 4 a transcript encoding a C-terminally truncated protein which is secreted and may function as a TNF antagonist MIM: 614810 PMID 22801493 ↗ |
核酸與蛋白質序列
ACTCTTCCCCTCCCACCTTCTCTCCCCTCCTCTCTGCTTT40AATTTTCTCAGAATTCTCTGGACTGAGGCTCCAGTTCTGG80CCTTTGGGGTTCAAGATCACTGGGACCAGGCCGTGATCTC120TATGCCCGAGTCTCAACCCTCAACTGTCACCCCAAGGCAC160TTGGGACGTCCTGGACAGACCGAGTCCCGGGAAGCCCCAG200CACTGCCGCTGCCACACTGCCCTGAGCCCAAATGGGGGAG240TGAGAGGCCATAGCTGTCTGGCATGGGCCTCTCCACCGTG280CCTGACCTGCTGCTGCCACTGGTGCTCCTGGAGCTGTTGG320TGGGAATATACCCCTCAGGGGTTATTGGACTGGTCCCTCA360CCTAGGGGACAGGGAGAAGAGAGATAGTGTGTGTCCCCAA400GGAAAATATATCCACCCTCAAAATAATTCGATTTGCTGTA440CCAAGTGCCACAAAGGAACCTACTTGTACAATGACTGTCC480AGGCCCGGGGCAGGATACGGACTGCAGGGAGTGTGAGAGC520GGCTCCTTCACCGCTTCAGAAAACCACCTCAGACACTGCC560TCAGCTGCTCCAAATGCCGAAAGGAAATGGGTCAGGTGGA600GATCTCTTCTTGCACAGTGGACCGGGACACCGTGTGTGGC640TGCAGGAAGAACCAGTACCGGCATTATTGGAGTGAAAACC680TTTTCCAGTGCTTCAATTGCAGCCTCTGCCTCAATGGGAC720CGTGCACCTCTCCTGCCAGGAGAAACAGAACACCGTGTGC760ACCTGCCATGCAGGTTTCTTTCTAAGAGAAAACGAGTGTG800TCTCCTGTAGTAACTGTAAGAAAAGCCTGGAGTGCACGAA840GTTGTGCCTACCCCAGATTGAGAATGTTAAGGGCACTGAG880GACTCAGGCACCACAGTGCTGTTGCCCCTGGTCATTTTCT920TTGGTCTTTGCCTTTTATCCCTCCTCTTCATTGGTTTAAT960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。