演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

TNFRSF19TAJ-alpha

TNF receptor superfamily member 19

TNFRSF19 編碼 TNF receptor superfamily member 19,這種單次跨膜受體可參與 JNK 與 NF-kappa-B 活化,並可能促進非 caspase 依賴性細胞死亡。

Homo sapiens13q12.12UniProt Q9NS68
OFFICIAL SYMBOL
TNFRSF19
CHROMOSOME
13
UNIPROT
Q9NS68
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

TNFRSF19 是人類的蛋白質編碼基因,產物為 TNF receptor superfamily member 19,屬於腫瘤壞死因子受體超家族。此蛋白長 423 個胺基酸,具有單次跨膜的第一型膜蛋白架構:胞外區、跨膜區與細胞質區依序排列。其胞外部分含有三個 TNFR-Cys 重複區。這些基本特徵將 TNFRSF19 定位為膜受體家族成員;其訊號與細胞命運相關功能見下方說明。

Official symbol
TNFRSF19
Gene name
TNF receptor superfamily member 19
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:11915
UniProt
Q9NS68
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
TAJ-alphaTROYTAJTRADE

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1313q12.12
chr13 · 114,364,328 bp · GRCh38chr13p13 · 1–4600000 · gvarchr13p12 · 4600001–10100000 · stalkchr13p11.2 · 10100001–16500000 · gvarchr13p11.1 · 16500001–17700000 · acenchr13q11 · 17700001–18900000 · acenchr13q12.11 · 18900001–22600000 · gnegchr13q12.12 · 22600001–24900000 · gpos25chr13q12.13 · 24900001–27200000 · gnegchr13q12.2 · 27200001–28300000 · gpos25chr13q12.3 · 28300001–31600000 · gnegchr13q13.1 · 31600001–33400000 · gpos50chr13q13.2 · 33400001–34900000 · gnegchr13q13.3 · 34900001–39500000 · gpos75chr13q14.11 · 39500001–44600000 · gnegchr13q14.12 · 44600001–45200000 · gpos25chr13q14.13 · 45200001–46700000 · gnegchr13q14.2 · 46700001–50300000 · gpos50chr13q14.3 · 50300001–54700000 · gnegchr13q21.1 · 54700001–59000000 · gpos100chr13q21.2 · 59000001–61800000 · gnegchr13q21.31 · 61800001–65200000 · gpos75chr13q21.32 · 65200001–68100000 · gnegchr13q21.33 · 68100001–72800000 · gpos100chr13q22.1 · 72800001–74900000 · gnegchr13q22.2 · 74900001–76700000 · gpos50chr13q22.3 · 76700001–78500000 · gnegchr13q31.1 · 78500001–87100000 · gpos100chr13q31.2 · 87100001–89400000 · gnegchr13q31.3 · 89400001–94400000 · gpos100chr13q32.1 · 94400001–97500000 · gnegchr13q32.2 · 97500001–98700000 · gpos25chr13q32.3 · 98700001–101100000 · gnegchr13q33.1 · 101100001–104200000 · gpos100chr13q33.2 · 104200001–106400000 · gnegchr13q33.3 · 106400001–109600000 · gpos100chr13q34 · 109600001–114364328 · gnegTNFRSF19pq1 bp114,364,328 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr13:23,570,194–23,676,105
Gene span
105,912 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000248484 ★23,570,412–23,676,09310
ENST0000086281023,570,194–23,676,1058
ENST0000086281123,570,194–23,676,1059
ENST0000100001323,570,194–23,676,1058
ENST0000111459523,570,194–23,630,3015
ENST0000111896923,570,194–23,676,1059
ENST0000112908223,570,194–23,676,1058
ENST0000112908423,570,194–23,630,3246
ENST0000113232323,570,194–23,676,10510
ENST0000040337223,570,370–23,676,1058
ENST0000096086523,578,908–23,676,10510
ENST0000038225823,579,348–23,669,2739

顯示 12/26 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

TNFRSF19 可介導 JNK 與 NF-kappa-B 的活化,顯示它能參與細胞內訊號傳遞。來源將這兩種訊號路徑的活化描述為可能由此受體介導,但未進一步說明觸發條件、下游分子或作用方式,因此不宜據此推定更具體的訊號機制。

此外,TNFRSF19 可能促進不依賴 caspase 的細胞死亡。這項描述保留了可能性,且指出細胞死亡作用不依賴 caspase;來源未交代其發生情境、實驗系統或與 JNK、NF-kappa-B 活化之間的因果關係。因此,目前可支持的功能範圍是參與上述訊號活化,並可能促進非 caspase 依賴性細胞死亡。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 23570412 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>TNFRSF19 ENST00000248484 GRCh38 chr13:23569412-23570512 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
AAGGAAGATGAAACTTCTTCTTATCTTCTATTTTACTAAATACTCAAAATAAAATAATCATATTGTATTG
AATCTGACATTGTTAAGGAAAATAGCTTAAAATTTTTAAATAATGAGCAATATATTTAATTTTAAAATAC
GAAGAATTAGGCTAAGGTGGTAATTTTTTAGTGAGTTGAAAGTCCAAACTATGAGTTCGGAAGAAACAGC
CCTAAAAGGCAAATAACATGGCTTTGGAATAATCACAGGGCAAATGCTTTGTTCTACATAATTCTTCTTT
TGTGAATTTTAAAATGCTCAACAAGTATTAATGAAATATGTCTAAGAAGTAGATATTGCTTTAAAATCTA
ATTTCCAGAGTCCCGAACTAAGGCAAAGATTGAGATTAAGTCTCCGCCCAAAGTCTTAAGTGAGCCAGTG
GAAGATGGCAGTTTATTCATGAATTGTTGGTTATCTGCTGCTTAACTACTTAACACAACCCGGTTTGATT
GGTAATCAGATCCTAATAATGTATGTTTCAAAGAAAGGGCAGTTTCCTTAAAATCCTTAAAGACTTGTCA
CTTTGAAAACTGGAATCAAAATGTGAAAATGTTATCGGTCCATCTGGCAGTGTCCTTGGGTGTTTTTTAG
AGTGGTCTCATAGTGCTATTTAACTATGCTGAATATTTGACACCCAGTCTCTGTAGGAAATTGTGATTTT
TATCAGCGAAGAGGCAATTAAATGCTGTCATTTGGCACGTCCATCCATCAGGGATCTTATCACCCAAGAA
GCATCCAGCAGCAGTTGCTGTCCTTTCCAGCTGGCAGACAGATAACAGAAACTGTCCTGTGTGAGGCACA
ATAGTCTAACATGATTAGAAATCAGCCAAACTCTGGCTTCTCTTGAGCTATACTCCCCCACAGGCTGAAT
TATAGCTCTCCTACCAGTCCCACGGCGCTGAATGATGTCATGGGATCTGCAGTTCAGCGAGATGAAAGGG
ATAAAGCAGAACCCGCTGGCACTAGGAAAAGCTTCCAACACACAGTCCACAACACAGCTTGGGAACCAAA
AAAGCTACAGATCCAGCCACTCAGCCCAAGCATGGGAGAACTACCAGCATT
TNFRSF19 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 3 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
TNFRSF19_2 ↗13:23,570,412正股23,570,363–23,570,422
TNFRSF19_3 ↗13:23,570,664正股23,570,615–23,570,674
TNFRSF19_1 ↗13:23,579,383正股23,579,334–23,579,393

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR13_57JN4S · CTCF_binding_site · 23567712–23567733 · regulatory

ENSR13_B6N9Q · enhancer · 23567894–23568417 · regulatory

ENSR13_9CCL4 · promoter · 23570012–23570422 · regulatory

ENSR13_B6NB5 · enhancer · 23570423–23571237 · regulatory

ENSR13_8NP82 · enhancer · 23571619–23571795 · regulatory

· motif · 23567714–23567730 · motif

· motif · 23568328–23568340 · motif

· motif · 23568330–23568345 · motif

· motif · 23568338–23568345 · motif

· motif · 23570351–23570364 · motif

· motif · 23570351–23570364 · motif

· motif · 23570379–23570393 · motif

· motif · 23570649–23570663 · motif

· motif · 23570713–23570727 · motif

· motif · 23571152–23571174 · motif

· motif · 23571152–23571174 · motif

· motif · 23571316–23571338 · motif

· motif · 23571316–23571338 · motif

· motif · 23574833–23574848 · motif

· motif · 23574969–23574982 · motif

· motif · 23574969–23574982 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:423 aa

1 aa423 aa重複區訊號胜肽跨膜區拓樸區域
依 Q9NS68 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

TNF receptor superfamily member 19 長 423 個胺基酸。蛋白質含有位於第 1–29 位的訊號胜肽;胞外區為第 30–170 位,跨膜螺旋位於第 171–191 位,細胞質區則延伸至第 423 位。胞外區包含三個 TNFR-Cys 重複區,分別位於第 33–72、74–114 與 116–149 位。

訊號胜肽1–29 aa
拓樸區域Extracellular30–170 aa
跨膜區Helical171–191 aa
拓樸區域Cytoplasmic192–423 aa
重複區TNFR-Cys 133–72 aa
重複區TNFR-Cys 274–114 aa
重複區TNFR-Cys 3116–149 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · Q9NS68…

AlphaFold · Q9NS68

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Membrane

TNFRSF19 被註記為膜上的單次跨膜第一型膜蛋白。 來源未提供定位變動條件、異構型差異或動態資訊。

未繪示構造:Membrane。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 7 個夥伴 · 最多顯示 50 個
TAJ-alphaTNFRSF19ARHGDIAPEBP1PHB1GIMAP5MTURNSGTASGTB
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 7 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

TNFRSF19 與 TRAF1、TRAF2、TRAF3、TRAF5 及 LINGO1 有關聯或交互作用的註記。來源未進一步區分這些關係是否代表直接結合或複合體組成,也未說明其功能後果。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

3 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 3 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能TNFRSF19 可介導 JNK 與 NF-kappa-B 活化;此外,它可能促進不依賴 caspase 的細胞死亡。來源未說明這些作用的條件或彼此關係。資料庫紀錄
證據與來源

Can mediate activation of JNK and NF-kappa-B. May promote caspase-independent cell death

開啟資料庫紀錄 ↗

交互作用TNFRSF19 與 TRAF1、TRAF2、TRAF3、TRAF5 有關聯,並與 LINGO1 交互作用。來源未進一步界定關聯或交互作用的分子性質。含實驗來源
證據與來源

Associates with TRAF1, TRAF2, TRAF3 and TRAF5. Interacts with LINGO1

PMID 10809768 ↗ · PMID 15694321 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位TNFRSF19 定位於膜上,屬於單次跨膜的第一型膜蛋白。來源未提供其定位變化或特定條件。推論支持
證據與來源

Membrane / Single-pass type I membrane protein

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 3 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000248484 · 4,438 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1ACTAGGAAAAGCTTCCAACACACAGTCCACAACACAGCTT40
41GGGAACCAAAAAAGCTACAGATCCAGCCACTCAGCCCAAG80
81CATGGGAGAACTACCAGCATTGCCTCATTGCAAAAAAGAG120
121GAGGAAAACAACGTGATCCATGTTTAACAAAAGAGTCTGT160
161GGACTAGGAGGTGGGAGGGTAACTACCTGCTGAAAGTGAA200
201CTTTCTTTGATATCCATGCATATATATAAACTCAGCCCTG240
241CCTTTGATGTTCAGCAACTGATTCACTGATCAGATTACAG280
281GCATTTCATCTCCCTGCTCGTCTGCCTTTGATCTGCATGG320
321TTAATTTTATTTTCCTGGATTTGAAGTTTCGTCTGGGCTT360
361GTGCTGACATACATTTTTGGGAAGGTAGAAGCATTTGGCA400
401CAGAAGTGCTGCCAGGAGAAACTAAGTTGCTGAACGGAAC440
441TCTCCAACAATAAATACATTTGATAAGAAAGATGGCTTTA480
481AAAGTGCTACTAGAACAAGAGAAAACGTTTTTCACTCTTT520
521TAGTATTACTAGGCTATTTGTCATGTAAAGTGACTTGTGA560
561ATCAGGAGACTGTAGACAGCAAGAATTCAGGGATCGGTCT600
601GGAAACTGTGTTCCCTGCAACCAGTGTGGGCCAGGCATGG640
641AGTTGTCTAAGGAATGTGGCTTCGGCTATGGGGAGGATGC680
681ACAGTGTGTGACGTGCCGGCTGCACAGGTTCAAGGAGGAC720
721TGGGGCTTCCAGAAATGCAAGCCCTGTCTGGACTGCGCAG760
761TGGTGAACCGCTTTCAGAAGGCAAATTGTTCAGCCACCAG800
801TGATGCCATCTGCGGGGACTGCTTGCCAGGATTTTATAGG840
841AAGACGAAACTTGTCGGCTTTCAAGACATGGAGTGTGTGC880
881CTTGTGGAGACCCTCCTCCTCCTTACGAACCGCACTGTGC920
921CAGCAAGGTCAACCTCGTGAAGATCGCGTCCACGGCCTCC960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。