基因總覽
TNFRSF19 是人類的蛋白質編碼基因,產物為 TNF receptor superfamily member 19,屬於腫瘤壞死因子受體超家族。此蛋白長 423 個胺基酸,具有單次跨膜的第一型膜蛋白架構:胞外區、跨膜區與細胞質區依序排列。其胞外部分含有三個 TNFR-Cys 重複區。這些基本特徵將 TNFRSF19 定位為膜受體家族成員;其訊號與細胞命運相關功能見下方說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000248484 ★ | 23,570,412–23,676,093 | 10 |
| ENST00000862810 | 23,570,194–23,676,105 | 8 |
| ENST00000862811 | 23,570,194–23,676,105 | 9 |
| ENST00001000013 | 23,570,194–23,676,105 | 8 |
| ENST00001114595 | 23,570,194–23,630,301 | 5 |
| ENST00001118969 | 23,570,194–23,676,105 | 9 |
| ENST00001129082 | 23,570,194–23,676,105 | 8 |
| ENST00001129084 | 23,570,194–23,630,324 | 6 |
| ENST00001132323 | 23,570,194–23,676,105 | 10 |
| ENST00000403372 | 23,570,370–23,676,105 | 8 |
| ENST00000960865 | 23,578,908–23,676,105 | 10 |
| ENST00000382258 | 23,579,348–23,669,273 | 9 |
顯示 12/26 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TNFRSF19 可介導 JNK 與 NF-kappa-B 的活化,顯示它能參與細胞內訊號傳遞。來源將這兩種訊號路徑的活化描述為可能由此受體介導,但未進一步說明觸發條件、下游分子或作用方式,因此不宜據此推定更具體的訊號機制。
此外,TNFRSF19 可能促進不依賴 caspase 的細胞死亡。這項描述保留了可能性,且指出細胞死亡作用不依賴 caspase;來源未交代其發生情境、實驗系統或與 JNK、NF-kappa-B 活化之間的因果關係。因此,目前可支持的功能範圍是參與上述訊號活化,並可能促進非 caspase 依賴性細胞死亡。
Promoter 與基因調控
>TNFRSF19 ENST00000248484 GRCh38 chr13:23569412-23570512 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AAGGAAGATGAAACTTCTTCTTATCTTCTATTTTACTAAATACTCAAAATAAAATAATCATATTGTATTG AATCTGACATTGTTAAGGAAAATAGCTTAAAATTTTTAAATAATGAGCAATATATTTAATTTTAAAATAC GAAGAATTAGGCTAAGGTGGTAATTTTTTAGTGAGTTGAAAGTCCAAACTATGAGTTCGGAAGAAACAGC CCTAAAAGGCAAATAACATGGCTTTGGAATAATCACAGGGCAAATGCTTTGTTCTACATAATTCTTCTTT TGTGAATTTTAAAATGCTCAACAAGTATTAATGAAATATGTCTAAGAAGTAGATATTGCTTTAAAATCTA ATTTCCAGAGTCCCGAACTAAGGCAAAGATTGAGATTAAGTCTCCGCCCAAAGTCTTAAGTGAGCCAGTG GAAGATGGCAGTTTATTCATGAATTGTTGGTTATCTGCTGCTTAACTACTTAACACAACCCGGTTTGATT GGTAATCAGATCCTAATAATGTATGTTTCAAAGAAAGGGCAGTTTCCTTAAAATCCTTAAAGACTTGTCA CTTTGAAAACTGGAATCAAAATGTGAAAATGTTATCGGTCCATCTGGCAGTGTCCTTGGGTGTTTTTTAG AGTGGTCTCATAGTGCTATTTAACTATGCTGAATATTTGACACCCAGTCTCTGTAGGAAATTGTGATTTT TATCAGCGAAGAGGCAATTAAATGCTGTCATTTGGCACGTCCATCCATCAGGGATCTTATCACCCAAGAA GCATCCAGCAGCAGTTGCTGTCCTTTCCAGCTGGCAGACAGATAACAGAAACTGTCCTGTGTGAGGCACA ATAGTCTAACATGATTAGAAATCAGCCAAACTCTGGCTTCTCTTGAGCTATACTCCCCCACAGGCTGAAT TATAGCTCTCCTACCAGTCCCACGGCGCTGAATGATGTCATGGGATCTGCAGTTCAGCGAGATGAAAGGG ATAAAGCAGAACCCGCTGGCACTAGGAAAAGCTTCCAACACACAGTCCACAACACAGCTTGGGAACCAAA AAAGCTACAGATCCAGCCACTCAGCCCAAGCATGGGAGAACTACCAGCATT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TNFRSF19_2 ↗ | 13:23,570,412 | 正股 | 23,570,363–23,570,422 |
| TNFRSF19_3 ↗ | 13:23,570,664 | 正股 | 23,570,615–23,570,674 |
| TNFRSF19_1 ↗ | 13:23,579,383 | 正股 | 23,579,334–23,579,393 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR13_57JN4S · CTCF_binding_site · 23567712–23567733 · regulatory
ENSR13_B6N9Q · enhancer · 23567894–23568417 · regulatory
ENSR13_9CCL4 · promoter · 23570012–23570422 · regulatory
ENSR13_B6NB5 · enhancer · 23570423–23571237 · regulatory
ENSR13_8NP82 · enhancer · 23571619–23571795 · regulatory
· motif · 23567714–23567730 · motif
· motif · 23568328–23568340 · motif
· motif · 23568330–23568345 · motif
· motif · 23568338–23568345 · motif
· motif · 23570351–23570364 · motif
· motif · 23570351–23570364 · motif
· motif · 23570379–23570393 · motif
· motif · 23570649–23570663 · motif
· motif · 23570713–23570727 · motif
· motif · 23571152–23571174 · motif
· motif · 23571152–23571174 · motif
· motif · 23571316–23571338 · motif
· motif · 23571316–23571338 · motif
· motif · 23574833–23574848 · motif
· motif · 23574969–23574982 · motif
· motif · 23574969–23574982 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:423 aa
TNF receptor superfamily member 19 長 423 個胺基酸。蛋白質含有位於第 1–29 位的訊號胜肽;胞外區為第 30–170 位,跨膜螺旋位於第 171–191 位,細胞質區則延伸至第 423 位。胞外區包含三個 TNFR-Cys 重複區,分別位於第 33–72、74–114 與 116–149 位。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TNFRSF19 被註記為膜上的單次跨膜第一型膜蛋白。 來源未提供定位變動條件、異構型差異或動態資訊。
未繪示構造:Membrane。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 7 個夥伴
- ARHGDIAP52565 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PEBP1P30086 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- PHB1P35232 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GIMAP5Q96F15 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MTURNQ8N3F0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SGTAO43765 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SGTBQ96EQ0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
TNFRSF19 與 TRAF1、TRAF2、TRAF3、TRAF5 及 LINGO1 有關聯或交互作用的註記。來源未進一步區分這些關係是否代表直接結合或複合體組成,也未說明其功能後果。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TNFRSF19 可介導 JNK 與 NF-kappa-B 活化;此外,它可能促進不依賴 caspase 的細胞死亡。來源未說明這些作用的條件或彼此關係。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Can mediate activation of JNK and NF-kappa-B. May promote caspase-independent cell death |
| 交互作用 | TNFRSF19 與 TRAF1、TRAF2、TRAF3、TRAF5 有關聯,並與 LINGO1 交互作用。來源未進一步界定關聯或交互作用的分子性質。 | 含實驗來源 | 證據與來源Associates with TRAF1, TRAF2, TRAF3 and TRAF5. Interacts with LINGO1 PMID 10809768 ↗ · PMID 15694321 ↗ |
| 細胞定位 | TNFRSF19 定位於膜上,屬於單次跨膜的第一型膜蛋白。來源未提供其定位變化或特定條件。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
ACTAGGAAAAGCTTCCAACACACAGTCCACAACACAGCTT40GGGAACCAAAAAAGCTACAGATCCAGCCACTCAGCCCAAG80CATGGGAGAACTACCAGCATTGCCTCATTGCAAAAAAGAG120GAGGAAAACAACGTGATCCATGTTTAACAAAAGAGTCTGT160GGACTAGGAGGTGGGAGGGTAACTACCTGCTGAAAGTGAA200CTTTCTTTGATATCCATGCATATATATAAACTCAGCCCTG240CCTTTGATGTTCAGCAACTGATTCACTGATCAGATTACAG280GCATTTCATCTCCCTGCTCGTCTGCCTTTGATCTGCATGG320TTAATTTTATTTTCCTGGATTTGAAGTTTCGTCTGGGCTT360GTGCTGACATACATTTTTGGGAAGGTAGAAGCATTTGGCA400CAGAAGTGCTGCCAGGAGAAACTAAGTTGCTGAACGGAAC440TCTCCAACAATAAATACATTTGATAAGAAAGATGGCTTTA480AAAGTGCTACTAGAACAAGAGAAAACGTTTTTCACTCTTT520TAGTATTACTAGGCTATTTGTCATGTAAAGTGACTTGTGA560ATCAGGAGACTGTAGACAGCAAGAATTCAGGGATCGGTCT600GGAAACTGTGTTCCCTGCAACCAGTGTGGGCCAGGCATGG640AGTTGTCTAAGGAATGTGGCTTCGGCTATGGGGAGGATGC680ACAGTGTGTGACGTGCCGGCTGCACAGGTTCAAGGAGGAC720TGGGGCTTCCAGAAATGCAAGCCCTGTCTGGACTGCGCAG760TGGTGAACCGCTTTCAGAAGGCAAATTGTTCAGCCACCAG800TGATGCCATCTGCGGGGACTGCTTGCCAGGATTTTATAGG840AAGACGAAACTTGTCGGCTTTCAAGACATGGAGTGTGTGC880CTTGTGGAGACCCTCCTCCTCCTTACGAACCGCACTGTGC920CAGCAAGGTCAACCTCGTGAAGATCGCGTCCACGGCCTCC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。