基因總覽
TNFRSF17 是蛋白質編碼基因,其產物為 TNF receptor superfamily member 17,屬於腫瘤壞死因子受體超家族。這是一種單次穿膜的 III 型膜蛋白,具有細胞外區段、跨膜區段與細胞質區段;細胞外區含有 TNFR-Cys 重複。其受體角色與 B 細胞存活及體液免疫調節相關,並可辨識 TNFSF13B/BLyS/BAFF 與 TNFSF13/APRIL。這些基本特性使其成為連結細胞外配體與細胞內訊息反應的膜受體。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000053243 ★ | 11,965,210–11,968,068 | 3 |
| ENST00000396495 | 11,965,138–11,968,068 | 2 |
| ENST00001135427 | 11,965,138–11,968,068 | 3 |
| ENST00000562385 | 11,965,350–11,967,704 | 4 |
顯示 4/4 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TNFRSF17 的產物是 TNFSF13B/BLyS/BAFF 與 TNFSF13/APRIL 的受體。這兩種配體與受體的辨識,構成其參與免疫調節的主要分子角色;來源未進一步說明兩種配體各自作用的條件或差異。
此受體促進 B 細胞存活,並參與體液免疫的調節。換言之,TNFRSF17 所介導的訊息與維持 B 細胞存活及體液免疫相關,但現有資料未提供其在不同 B 細胞階段或免疫情境中的具體作用細節。
受體活化可啟動 NF-kappa-B 與 JNK。這指出其訊息傳遞涉及這兩條路徑;來源並未描述下游分子、活化過程的先後次序,或各路徑對 B 細胞存活及體液免疫調節的個別貢獻。因此,這些內容可支持受體與細胞內訊息反應相連的說明,但不宜據此推定更細緻的機制。
Promoter 與基因調控
>TNFRSF17 ENST00000053243 GRCh38 chr16:11964210-11965310 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter ACTGTGGATTTTTAAAATGGTTTTATCTGCTCATCTGTATTTCTAAATTTTCAACAATGGAACATAGATT ATTGTATTATTATTATAATACCCCAAACCTATCTTCCTCTCAGCCCTCTTTCCACGAGCTCTTACCCTAA ATGTCTCTTTTTCTGTCAGTGGCATTGTGCGTCTTCCTTAGTGCATCACCTCTGATCTTCCTGTAGAATT TTTTTTTTTTTTGAGATAGAGTCTTGCTTTGTCACCCAGGCTGGAGCGCAGTGGCCTGATCTTGGCTTAC TGCAAACTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCACGTCTCCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATCATAGGT GCCTGCCACCATGCCTGACTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTG TTCTGGAACTCCTGACCTCAAGTGATCCACCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGAGAGCG CCACGGCGCCCAGCTTACACCAGACTACTTTTTAAAATGTTTTTGTAAAGTCAGGGTTTCGCCATGTTGC CCAGGCTGATTTTGAACTCCTGGGCTCAAGCAATCCTTTTGCCTTTTGACTCCCAAAGTCCTGGGATTAC AGGTGTGAACCCCTGCAGCTGGCCTCAATGTTAAGATCTTAAGGGGCACAGCACAGACCTTGTCTTGTCT ATCTCCCTGGCACCTCTCACAGAGTACAGCTTATTAACAGATGTTCCAGAAACTGTTACTGAACATTCGG CTTGATGCTGTGGGCTTGTCTGCATCTTGCAACTGTCACCTGGCTGAGAAATTTCTTCTATAAATAAGCA GTTTCTGTTTCAGATGTGATATGCCCTGATATTTACACCCTGTCTCTTACCCCATCCAAGACTCAAACTT AGAAACTTGAATTAGATGTGGTATTCAAATCCTTAGCTGCCGCGAAGACACAGACAGCCCCCGTAAGAAC CCACGAAGCAGGCGAAGTTCATTGTTCTCAACATTCTAGCTGCTCTTGCTGCATTTGCTCTGGAATTCTT GTAGAGATATTACTTGTCCTTCCAGGCTGTTCTTTCTGTAGCTCCCTTGTT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TNFRSF17_1 ↗ | 16:11,965,210 | 正股 | 11,965,161–11,965,220 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR16_8CHFT · enhancer · 11964344–11964555 · regulatory
ENSR16_96Q84 · promoter · 11964720–11965223 · regulatory
· motif · 11961527–11961549 · motif
· motif · 11961527–11961549 · motif
· motif · 11962843–11962858 · motif
· motif · 11962849–11962861 · motif
· motif · 11962851–11962858 · motif
· motif · 11962902–11962913 · motif
· motif · 11963146–11963161 · motif
· motif · 11963162–11963174 · motif
· motif · 11963164–11963171 · motif
· motif · 11963164–11963179 · motif
· motif · 11964633–11964648 · motif
· motif · 11964638–11964650 · motif
· motif · 11964641–11964648 · motif
· motif · 11964807–11964822 · motif
· motif · 11964837–11964846 · motif
· motif · 11964839–11964851 · motif
· motif · 11965036–11965047 · motif
· motif · 11965038–11965051 · motif
· motif · 11965484–11965496 · motif
· motif · 11966107–11966118 · motif
· motif · 11966192–11966204 · motif
· motif · 11966393–11966407 · motif
· motif · 11966513–11966525 · motif
· motif · 11968421–11968435 · motif
· motif · 11968766–11968777 · motif
· motif · 11969144–11969159 · motif
· motif · 11969146–11969161 · motif
· motif · 11969146–11969161 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:184 aa
TNF receptor superfamily member 17 長 184 個胺基酸。其第 1–54 位為細胞外區,第 55–77 位為螺旋型跨膜區,並作為 III 型膜蛋白的訊號錨定區;第 78–184 位位於細胞質側。細胞外第 7–41 位註記為 TNFR-Cys 重複。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TNFRSF17 產物的定位註記包括細胞膜、內膜系統,以及核周的 Golgi-like structures;資料亦將其描述為單次穿膜的 III 型膜蛋白。 來源未提供這些位置間轉換的條件或動態差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
未繪示構造:Endomembrane system。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 4 個夥伴
- CMTM7Q96FZ5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PEX16Q9Y5Y5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TMBIM6P55061 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TNFSF13BQ9Y275 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
TNFRSF17 與 TRAF1、TRAF2、TRAF3、TRAF5 及 TRAF6 有關聯。資料使用「associates」描述這些關係,未進一步界定其是否為直接結合或同一複合體成員,因此不將其延伸解讀為特定結合機制。
疾病與遺傳關聯
涉及 TNFRSF17 的染色體異常曾見於一種 T 細胞急性淋巴性白血病(T-ALL)。所列異常為與 IL2 相關的 t(4;16)(q26;p13) 易位;此資料描述的是疾病中的染色體異常,不足以據此判定 TNFRSF17 對疾病具有因果作用。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TNFRSF17 產物是 TNFSF13B/BLyS/BAFF 與 TNFSF13/APRIL 的受體,可促進 B 細胞存活並參與體液免疫調節;受體活化會啟動 NF-kappa-B 與 JNK。 | 含實驗來源 | 證據與來源Receptor for TNFSF13B/BLyS/BAFF and TNFSF13/APRIL. Promotes B-cell survival and plays a role in the regulation of humoral immunity. Activates NF-kappa-B and JNK PMID 10801128 ↗ · PMID 10903733 ↗ · PMID 10973284 ↗ |
| 交互作用 | TNFRSF17 與 TRAF1、TRAF2、TRAF3、TRAF5 及 TRAF6 有關聯。來源未進一步說明這些關係是否為直接結合,或涉及何種複合體。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | TNFRSF17 產物的定位註記包含細胞膜與內膜系統,並列出核周的 Golgi-like structures;亦描述為單次穿膜的 III 型膜蛋白。來源未說明不同位置間的轉換條件。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Cell membrane / Single-pass type III membrane protein; Endomembrane system / Single-pass type III membrane protein; Perinuclear Golgi-like structures |
| 疾病關聯 | 涉及 TNFRSF17 的染色體異常曾見於一種 T 細胞急性淋巴性白血病(T-ALL),所列異常為與 IL2 相關的 t(4;16)(q26;p13) 易位。此項描述為疾病關聯,未確立因果關係。 | 含實驗來源 | 證據與來源A chromosomal aberration involving TNFRSF17 is found in a form of T-cell acute lymphoblastic leukemia (T-ALL). Translocation t(4;16)(q26;p13) with IL2 PMID 1396583 ↗ |
核酸與蛋白質序列
ATTGTTCTCAACATTCTAGCTGCTCTTGCTGCATTTGCTC40TGGAATTCTTGTAGAGATATTACTTGTCCTTCCAGGCTGT80TCTTTCTGTAGCTCCCTTGTTTTCTTTTTGTGATCATGTT120GCAGATGGCTGGGCAGTGCTCCCAAAATGAATATTTTGAC160AGTTTGTTGCATGCTTGCATACCTTGTCAACTTCGATGTT200CTTCTAATACTCCTCCTCTAACATGTCAGCGTTATTGTAA240TGCAAGTGTGACCAATTCAGTGAAAGGAACGAATGCGATT280CTCTGGACCTGTTTGGGACTGAGCTTAATAATTTCTTTGG320CAGTTTTCGTGCTAATGTTTTTGCTAAGGAAGATAAACTC360TGAACCATTAAAGGACGAGTTTAAAAACACAGGATCAGGT400CTCCTGGGCATGGCTAACATTGACCTGGAAAAGAGCAGGA440CTGGTGATGAAATTATTCTTCCGAGAGGCCTCGAGTACAC480GGTGGAAGAATGCACCTGTGAAGACTGCATCAAGAGCAAA520CCGAAGGTCGACTCTGACCATTGCTTTCCACTCCCAGCTA560TGGAGGAAGGCGCAACCATTCTTGTCACCACGAAAACGAA600TGACTATTGCAAGAGCCTGCCAGCTGCTTTGAGTGCTACG640GAGATAGAGAAATCAATTTCTGCTAGGTAATTAACCATTT680CGACTCGAGCAGTGCCACTTTAAAAATCTTTTGTCAGAAT720AGATGATGTGTCAGATCTCTTTAGGATGACTGTATTTTTC760AGTTGCCGATACAGCTTTTTGTCCTCTAACTGTGGAAACT800CTTTATGTTAGATATATTTCTCTAGGTTACTGTTGGGAGC840TTAATGGTAGAAACTTCCTTGGTTTCATGATTAAACTCTT880TTTTTTCCTGA891cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。